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秦日纲成份划分是农村无产阶级，与人做短工度日。
1850年7月，萧朝贵假托天兄下凡，与秦日纲和洪仁达等举行所谓灵魂超升天堂的仪式。秦日纲参加拜上帝会是比较迟的，但他跟得紧，跑得快。金田起义后，萧朝贵假托天兄下凡，要冯云山和秦日纲负责教导不遵令的兵将，秦日纲的地位亦由此而突然得以抬高。到永安州建制时，竟名列诸王之下，群臣之首，封为天官正丞相。
太平天国在永安时期，天王和诸王在城里由秦日纲率精兵驻扎城外水窦、莫村，与州城互为犄角。
1853年9月，秦日纲封顶天侯。曾主持安庆事务，后封燕王。
1854年，秦日纲奉命赴湖北，主持军务；翌年因失守半壁山、田家镇，被革去王爵，改封顶天燕。未久又召回天京，关进监狱；放出后黜罚为奴。奴即奴隶，从事苦工。秦日纲任劳任怨，终于经住了考验，获得了宽恕。半年后，又恢复顶天燕原职。
1856年3月，秦日纲率军解救镇江之围，并与石达开军合力打破围攻天京三年的清江南大营，追至江苏丹阳，占句容，鏖兵金坛城下，但因指挥失当，多次被清军打败，杨秀清得悉大怒，还借天父附身传言，怒责秦日纲，说他帮妖。
秦日纲对太平天国事业鞠躬尽瘁，对杨秀清卑躬屈膝，反而常遭到杨秀清莫名其妙的谩骂和杖责，不知所以，由此衔恨日深。在他由金坛前线回来禀报途中，正遇到韦昌辉率军由江西赶来，韦昌辉说是接到密令，要他人城杀杨秀清，秦日纲就服从韦昌辉，参与杀杨。这时他的头脑突然发热大开杀戒，杀害很多无辜的东王部属。石达开出走，秦日纲奉韦昌辉命带兵追赶，至西梁山，当得悉京外太平军都对韦昌辉愤懑不平，而石达开正在集合一支强大的部队，他于是转移目标去攻击清军，企图讨好石达开。
天王诛死韦昌辉，应石达开等要求，秦日纲被逮系回京，同年11月28日被处死。
秦日纲在太平天国的宗教地位也是很高的。当时天京天王府外筑有南北长一百五十丈，东西约百丈的巨大广场，在大广场南筑有高二丈五、宽四五方丈的“天父台”。每逢举行祭天父仪式，只有背着幼主洪天贵福的秦日纲能随天王与诸王同登台敬天父，其他人等都跪于台下谢恩。