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冯云山通常被称为太平天国开创者。当时还是基层干部的李秀成就知道“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”。（《李秀成供词》）后来史家还评为“其忠勇才德与智谋器度实为太平天国之第一人”。
1844年，洪秀全一创立上帝教，当时在农村当私塾先生的冯云山就参加了。他也曾参加科举考试，但一考未中，就不考了，不像洪秀全那样痴心于科举，连考多次。
翌年，冯云山与洪秀全离开家乡花县，云游邻邑清远、广州、顺德、南海等十一个州县，劝人敬拜上帝。后又深入八排瑶山地区，因语言不通，没有收效。这时冯云山提出“最好到广西，广西山多人野，最好召集英雄买马聚粮”。他们来到广西贵县赐谷村洪秀全的表兄黄盛均家，用教书、写书送人、谈论拳术、捣毁神庙等方式，与农民结合起来。不久，冯云山离开赐谷村，得悉桂平县北有座紫荆山，就决定前去。到紫荆山要经过新圩，这时他先到新圩，站在牛行榕树下等人雇佣，但没人要他，无奈只得北行到紫荆山口古林社，在路店投宿后借了畚箕、扁担，靠拾牛粪过活，后来又做短工，在劳动中常吟诗明志，其中一首是：
孤寒到此把身藏，
无食无衣也着忙，
拾粪生涯来度日，
他年得志姓名扬。
有一天，冯云山到监生曾槐英家去帮割禾，他担禾回来，迎着南风，不禁念了一首古风：“南风之薰兮，可以解吾民之愠兮；南风之时兮，可以阜吾民之财兮。”曾槐英听了十分诧异，在谈话中，发现他经史皆通，后来就把他推荐到大冲曾玉珍家当塾师。就此冯云山进入了紫荆山，他和平在山的烧炭工们打成一片，向他们灌输政治意识，并树立洪秀全的伟大形象，使人人都知道“救世主”洪先生。
三年后，即1848年，以平在山为中心的紫荆山地区加入拜上帝会已有二千多人。这年8月洪秀全到了平在山，见到冯云山为他创造的大好局面，真是喜出望外；不久，他们一起赴象州捣毁甘王庙和紫荆山区的社坛。此举引起当地豪强的恐惧，于是就勾结官府把冯云山投入桂平的监狱。
冯云山在监狱里，潜心研究历法，终于创造了后来为太平天国通用的天历。这时平在山的拜上帝会众聚集了省下来的炭钱向官府行贿，官府把他充作无业游民押解回原籍。冯云山在途中，向押送的两个差役讲道理，差役被他说服了，释放了他，而且还跟着冯云山到紫荆山加入了拜上帝会。
1851年，太平天国建立，冯云山任前导副军师，南王。他的地位本来应仅次于洪秀全，只因到决定起义时，杨秀清、萧朝贵要夺取领导权，由萧朝贵假托天兄意旨，命令洪秀全、冯云山外出躲藏，就让他俩抓得了实权。冯云山虽名在杨、萧之下，但他仍积极发挥自己才能，如制定《太平军目》，制定官制、礼制，起草《奉天讨胡檄》等。
翌年，太平天国从永安州突围北上，冯云山在途经全州城时中炮，伤重身亡。