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SC是同源染色体间形成的梯子样的结构。在电镜下观察，两侧是约40纳米的侧生组分（lateral element），电子密度很高，两侧之间为宽约100纳米的中间区（intermediate space），在电镜下是明亮区，在中间区的中央为中央组分（central element），宽约30纳米。侧生组分与中央组分之间有横向排列的粗约7~10纳米的SC纤维，使SC外观呈梯子状。
长期以来，人们认为SC将同源染色体组织在一起，使伸入SC的DNA之间产生重组，但实验证明不仅SC的形成晚于基因重组的启动，而且基因突变不能形成SC的酵母中，同源染色体间照样可以发生交换。现在一般认为它与同源染色体间交换的完成有关。在磷钨酸染色的SC中央，还可以看到呈圆形或椭圆形的重组节（recombination nodules，RNs），RNs是同源染色体发生交叉的部位，RNs上有基因交换所需要的酶。
从形态学来看，SC形成合线期，成熟于粗线期，并存在数天，消失于双线期。联会复合体的形成与合线期DNA（Zyg-DNA）有关，在细线期或合线期加入DNA合成抑制剂，则抑制SC的形成。