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在正常情况下，人类生理节奏日节律受太阳升落的持续影响。但是，对于那些与外界隔离的人来说，诸如囚禁在暗无天日地牢中的犯人，其生理节律就自动地延长了。
生理日节律似乎部分地受位于大脑基低部、靠近垂体的下丘脑的控制。下丘脑调节垂体的分泌，并依次影响其他内分泌腺的活动。其作用于肾上腺皮质，并改变氢化可的松的释放过程，似乎对某种类型的节律极为重要。这些结构具有高度适应性。
绝大多数的人接触各种自然刺激，生理日节奏的细微变化对他们来说是至关重要的。体温、血压、脉搏、呼吸以及激素活动，无不伴随着地球的缓慢旋转而起伏不已。
同理，一个人的能力、脾气甚至抗感染能力，都受生物钟的支配，这就是为什么一些癫痫患者仅在一天中的某一时刻发作，以及为什么孕妇常常感到早晨不适。实验表明，在上午4时注射肺炎球菌的老鼠，其存活率最高。这对人来说可能也十分重要。假如对疾病的抵抗能力也存在节律性的话，那么，接种疫苗也应该具有节律性。
生理日节律的不同，是造成晚上清醒、通宵工作与早起早睡这两种截然相反生活习惯的根本原因。百灵鸟型和猫头鹰型具有早起和晚睡生活习性的人，都有相当典型的生理节律，这可能是新陈代谢的节律不同所致。这种差异相当重要，它反映了同种类成员间存在着极为重要的不同节律模式。令人惊讶的是，尽管晚睡型的人比早起型的入睡迟，但他们的起床时间却相近。早起型的人，体温和精力上升较快，但一到晚上，就再也提不上精神了；而恰恰在这时，晚睡型的人正处于其精力高峰。
经常乘飞机的旅客都有“高速飞行导致生理节奏破坏”的体会。当他们快速地从一个时区飞向另一时区后，一种糊涂、懒散的感觉油然而生。这是因为人体生理节律尚未适应新的时间环境，但一周以后，就会逐渐适应下来。
最明显的周期是妇女的月经周期。这一月变化生理节律能显著地改变女性的情绪，以及影响她对疾病的抵抗力。男性也存在激素活动的月周期，但较不明显。