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在心物问题上，阳明哲学中关于“心物同体”的讨论也值得注意。《传习录》下：
问：人心与物同体，如吾身原是血气流通的，所以谓之同体，若于人便异体了，禽兽草木益远矣，而何谓之同体？先生曰：你只在感应之机上看，岂但禽兽草木，虽天地也与我同体，鬼神也与我同体的。请问。先生曰：你看天地中间什么是天地的心？对曰：尝闻人是天地的心。曰：人又甚么教作心？对曰：只是一个灵明。（曰：）可知充塞天地中间只有这个灵明。……天地鬼神万物离却我的灵明便没有天地鬼神万物了，我的灵明离却天地鬼神万物亦没有我的灵明了，如此便是一气流通的，如何与他间隔得！（《全书》三，第85页）
万物同体这一段问答与山中观花及心外无物的讨论有些差别，心外无物是强调意识的第一性，而心物同体则是强调两者的统一性。而且，如山中观花表示的，心外无物的心可以指个体意识，而万物同体一段说的“灵明”是指整个人类精神，二者是有所区别的。前者是论个别事物与个体自我意识，后者则是存在物的整体与人类意识总体的关系。
阳明答季明德书说：“明德之意本欲合天人而为一，而未免反离之为二也，人者天地万物之心也，心者天地万物之主也，心即天，言心则天地万物皆举之矣”（《答季明德》，《全书》六，第117页）。“人”为天地之心是指人是宇宙的精华，具有万物不能具有的智慧，这是一个拟人的说法，它是基于心（精神）既是人之全身的精华，又是人体活动的主宰这一看法，从而，人心作为宇宙的精华，在此意义上也可以说是天地万物的主宰。这里的“主宰”不是指创生或控制，只是说具有根本性。《礼运》：“人者天地之心也，五行之端也”，晋人傅玄也说“心为万事主”，这些对心的说法都具有一种文学的、夸张的意义。
“人者天地之心，心者万物之主”，这个心作为人心，不是指个人的心，而是人类的精神，如果说整个天地可以看做一个大身体，人类的精神便是这个大身体的心，在这个意义上“人心与物同体”。人心既然是个“灵明”，即精神，又是宇宙间唯一的灵明，这个灵明也就可以看做整个宇宙之心（灵明）。
阳明晚年倡良知学说，心物的问题往往也以良知与万物的形式出现，《传习录》下：
朱本思问：人有虚灵，方有良知，若草木瓦石之类，亦有良知否？先生曰：人的良知就是草木瓦石的良知，若草木瓦石无人的良知，不可以为草木瓦石矣。岂惟草木瓦石为然，天地无人的良知亦不可为天地矣。盖天地万物与人原是一体，其发窍最精处是人心一点灵明，风雨露霜、日月星辰、禽兽草木、山川木石，与人原只是一体（《全书》三，第79页）。
根据这个看法，人与天地万物是一个整体，这种一体，一方面是“一气”所构成，另一方面，在这一气构成的宇宙中，只有人心最精最灵，所以人心可被看做这一气构成的整个世界的“灵明”，它的理性，它的精神，它的良知。由于把良知所安顿的躯体从小宇宙（人）放大为大宇宙（天地万物），因此作为宇宙结构成分的灵明或良知就不仅是人的良知，也可以看成草木、禽兽甚至瓦石的良知。如果没有良知，人就不成其为人，宇宙就不成其为宇宙，作为宇宙成分的草木瓦石也就不成其为草木瓦石了。天地人的这种一体性是有机的，没有人或人的良知，被破坏了原始有机一体性的天地，也就不再成其为原来意义上的天地了。这里的良知不是指个人良知，而是人类的意识与精神；物也不是个别的事物，而是整个存在的万物。这个思想是以一种有机整体宇宙的观念为基础的。
然而，如果宇宙中每一存在物及其属性都是必不可少的结构成分，那么不但无人的良知即无天地，无禽兽之恶亦不可为天地，因而，这种说法并不是哲学的论证，只是换了一个看问题的角度，或者提升了一个理解世界的境界而已。所以对于这一类命题，与其用存有论的方式去考察，不如从境界论方面去理解。这一点我们将在境界章中再详加讨论。
为了极力赞美良知作为主体性的意义，阳明不仅从心之灵明为身之主宰，经过万物一体为中介，而达到宣称“我的灵明便是天地鬼神的主宰”，在《传习录》中甚至有这样的记载：“良知是造化的精灵，这些精灵生天生地，成鬼成帝，皆从此出，真是与物无对！人若复得它完完全全，无少亏欠，自不觉手舞足蹈，不知天地间更有何乐可代！”（《全书》三，第78页）“生天生地”、“成鬼成帝”语原庄子《大宗师》，“与物无对”学程明道语，“皆从此出”即“万化根源总在心”（咏良知诗）。“精灵”的说法，以“今看死的人他这些精灵游散了，他的天地万物尚在何处”参之，当指“灵明”。这是不是表明阳明在存有论上有以良知为宇宙本体的思想呢？孤立地就这一条材料而言固然可以这样理解，但这一思想在整个阳明思想中并不能找到支持，因此，毋宁说这也是以文学性的夸张语言表示的心为万事主的思想。
在对待良知即造化的精灵这一类问题上，望文生义固然是理解能力不够的表现，而回避“唯心论”，把“唯心论”看成一个“坏”的语词，故意寻找非唯心论的范畴（如泛神论）去把握阳明心学，同样未能摆脱片面性。既然我们已经承认唯心论自有其认识的、伦理的价值，在哲学史的学术研究中就可以把它作为一个价值中立的范畴来使用。对于“唯物论”也是如此。因此，当我们使用诸如“唯心主义”一类范畴把握、描述阳明心学的性格时，决不表示我们对这一体系及其价值的简单否定。
在心物问题上，近代西方哲学中的唯心主义是有较大影响的。贝克莱那种基于经验论的存在即是被感知，实际上只承认观念的实在性，不承认存在的实在性。费希特则认为非我不能离开自我，非我是由自我设立的，谢林（Schelling）也认为客体不能离开主体，主客应该是绝对同一的。经验批判主义也是强调自我与非我的不可分割的同格，认为对现存的东西的任何完全的描述，不能只包括环境而没有某个自我，至少不能没有那个描述我们所见到的东西的“自我”。而胡塞尔的意向性理论，最终仍把他反对的原则同格说以另一种形式引入主体与客体的关系之中，否认有独立于意向结构的对象。从这个方面来看，在心物问题上，阳明基本上是唯心论。但不仅这一唯心论展开为不同侧面，而且其理论之中也还有些复杂性。如意有两种，一种为内心自己发动的意；一种则是心受外物所感而发生的意。从而意与物的关系上，在前一种情况下，基于意向结构来规定物，意是第一性的；在第二种情况下，意是作为对外感的“应”，第一性的则是物，可见阳明哲学中其哲学结构也是相当复杂的。站在唯物主义的立场，必然要突出客体的自在性，就会以使心有所感即刺激、引起心之活动的自在对象来定义“物”。而阳明哲学总的倾向是要凸显作为实践意向的意，因而选择了把物纳入意向结构来定义。他有意地不去分别意之所在是否为实在对象，以求把对外物的注意转移到意向行为本身中来。他的唯心论一方面是类似费希特的“伦理唯心论”（梯利），一方面与现象学的唯心主义有异曲同工之妙。