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“亲爱的妈妈、爸爸，我现在在坎布里奇，12小时之后，我将成为1904级的正式学生了！”1900年9月25日，富兰克林在信上写道。
富兰克林的许多老同学也和他一样进了哈佛。哈佛和格罗顿完全不同。格罗顿位于偏僻的乡下，哈佛大学正好隔着查理士河与波士顿相对。在格罗顿，富兰克林好像住在修道院，而在哈佛，他住在豪华的套房里。在格罗顿，学生必须上学校安排好的每一门课，在哈佛，他们是选择自己喜欢的科目！
大学第一年的课程——拉丁文、几何、英文、历史、法文和政治——根本不能满足富兰克林全部的精力和热忱。许多课不对新生开放，但是他尽可能地多修一些课程。他还被录取为《校旗报》的记者候选人，他花了许多时间来写新闻报道，以期赢得在《校旗报》的地位。他有能力同时做许多事情，并且做得很好。
就在富兰克林进入哈佛的前几个星期，共和党提名西奥多叔叔为副总统候选人。因此在到达哈佛后，富兰克林立刻成为校内共和党社团里炙手可热的人物，他也满腔热情地投入到总统竞选活动之中。
当时，校园中时常流传的问题是：哈佛校长会如何投票？查理斯·艾略特自1869年起担任哈佛校长后，使哈佛成为了最杰出的大学之一。除了《校旗报》的主编外，一般人并不容易见到他。
初出茅庐的富兰克林冒冒失失地跑去拜访艾略特校长，问他会在大选中投谁的票。罗斯福进攻性地对校长说：“如果你的投票代表你的信仰，你就应该乐意把你的影响放在天平上。”艾略特回答了他的问题。《校旗报》刊登了富兰克林的独家消息，美国的其他大报纸也纷纷转载了该消息。当富兰克林快毕业时，他已经升为该报的主编。
1900年12月，詹姆斯·罗斯福去世，享年72岁。父亲的葬礼结束后，富兰克林返回哈佛。他把落后的功课赶上，并重新开始他在哈佛的各种活动。
富兰克林大一课程结束后，他和母亲坐船到欧洲去度假。在旅途上，富兰克林为母亲讲述哈佛的生活，包括那些他没有时间写信告诉她的。他最喜欢政府政治和经济学课程。秋季课程开始时，富兰克林打算修全年的经济学、美国史及英国史。
此时，萨拉·罗斯福在波士顿租了一间房子，以便可以时常看到她的儿子。放假时，母子俩仍然在海德公园及纽约市度假。
1901年，总统威廉·麦金利被刺身亡，西奥多叔叔接替他成为美国总统。这之后，富兰克林和母亲经常出入白宫。