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神农架森林密布，林间植被丰富，落叶和枯萎的植物，源源不断的向土地输送养分，所以土壤十分肥沃，这为很多植物提供了生长条件，在丛林深处随处可见多种珍稀物种，是名符其实的“物种基因库”。
神农架已发现的各类植物有三千七百多种，属于国家一级保护植物的一种，即珙桐，又名鸽子树，是3世纪遗留下来的世界著名且稀有的孑遗植物。国家二级保护植物有16种，如连香树、香果树、鹅掌揪等。国家三级保护植物有23种，如秦岭冷杉、天麻、青檀等。
此外，在神农架的森林深处，还生长着很多野生中草药，其中的头顶一颗珠，七叶一枝花，江边一碗水和文王一支笔，被称作“四绝”，令人叹为观止。
（一）濒危植物香果树
神农架国家级自然保护区，有濒危植物香果树天然群落。香果树是第四纪古冰川幸存的古老孑遗植物之一，为我国特有单种，属珍稀树种，被称为“活化石”，具有重要的科研价值。由于香果树自然更新能力差，成年香果树结实量大。但是，在自然条件下种子难以萌发，濒临灭绝。
香果树主要分布在我国的西南和长江流域一带，一般生长在海拔600米至1400米的山坡或山谷的沟边林中，喜深厚湿润肥沃的土壤。
在神农架保护区里生长着一株世界上最大的香果树。这株香果树位于神农架自然保护区境内海拔850米的板仓乡电站后，树龄约四百余年，树冠覆盖面积达两千多平方米。
大树旁有一根脱离了母体的香果树大枝，这是雷击下来的，这个大枝就是用一辆载重汽车也拖不走。它那庞大的树冠，有如一把巨伞，山风刮过，巨伞轻轻摇动。大树粗大的茎干上，生长着许多槲寄生植物，叶片苍翠欲滴，用大树的营养塑造自身的美丽；根上长满青苔，显出了大树的古老。如今，这株大树仍年年开花，装点着神农架的秋色。
这棵香果树长在湿润肥沃的山坡上，旁边有一条小溪流过。由于具有了这么好的生长条件，香果树才有了如今的繁茂。
（二）神奇的千年杉王
在海拔800米左右的神农架小当阳，生长着一株巨大的铁坚杉，俗称“千年杉王”，是绝代珍宝的代表之一。
“千年杉王”栽于唐朝初年，据今已有一千一百多年的历史。树高48米，胸径2.45米，树冠覆盖面积达到了450平方米。其主干坚似青铜，叩之铮铮有声，凝着岁月的风霜。
“千年杉王”身上累累的伤痕，可以看出它历经了人间的霜雪风雨，刀火雷电！据传在很古的时候，有一个山霸康员外，听信了风水先生的话，说这古杉乃采天地之灵气、吸日月之精华长成，用它做棺木，便可骨肉不朽。后来，康员外便企图独霸此树做棺木。当地百姓知道后，大家同心协力，奋起保护，才保住了这棵杉树。
古人为纪念神农，求福免灾。在古杉的根部雷伤处，略加修凿，成为树穴，供奉泥塑金像。一时间，香火鼎盛，人来人往，络绎不绝。
随着时间的流逝，“千年杉王”的伤口愈合了，人们惊奇地发现，神农塑像竟被大树裹在肚子里了。这株千年古杉，虽屡遭劫难，却依然保持着勃勃生机。
（三）最大的天然盆景香柏
爬上华中第一高峰，即海拔3105米的神农顶，美景尽收眼底。蓝天白云下石林耸立，丛丛箭竹守卫着这些古老的山峰。
在那箭竹林的深处，美丽的天然盆景香柏，犹如天山中丛丛巨大的蘑菇，镶嵌在箭竹和草丛中，装点着这座“绿色宝库”。
香柏属柏科，园柏属，是一种匍匐树种。由于它一般生长在悬崖峭壁上，树高不超过一米，枝条向四周蔓延，形成一个很美的圆形，备受游人喜爱。
在华中第一峰对面的瞭望塔北边，间生着几株巨大的香柏，它们长在箭竹丛和各种不知名的野花中间。湖北省最大的一株香柏树高不过一米，然而它的枝叶向四周蔓延，形成一个直径达9米的椭圆，枝叶覆盖面积达63平方米，极为壮观。
据《湖北种质资源》介绍，这株香柏的树龄已达一千余年。虽然高山强烈的紫外线，严寒中夹着的狂风暴雨，常常袭击着它，然而香柏仍然扎根于岩石之上，默默承受着一千余年残酷的考验，长成今日令无数游人惊羡的形体。
目前，神农架自然保护区已在瞭望塔边建立了小景点，以观赏这几株美丽的盆景。
（四）鸽子树珙桐
珙桐，俗称水梨木，隶属于蓝果树科，是我国特有的珍稀树种，仅分布在华中和西南的部分山区。
珙桐花开得奇特美丽，其球形花序前有个尖尖的“嘴壳”，酷似鸽子的头；两片乳白色大苞片，宛如鸽子的双翅。满树的花朵如白鸽群栖或展翅欲飞，所以被誉为“鸽子树”。
关于鸽子树，民间还流传着一个故事。传说古时一位皇帝，有个独生女儿名白鸽，白鸽美若天仙，才华过人，皇帝视她若掌上明珠，不论临朝或出游均携之左右。
一日，游经一村小憩，恰遇农家小伙名珙桐，眉清目秀，仪表非凡，公主一见钟情，乘父王不察，将所戴碧玉簪一折为二，分小伙一半，作终身誓约。后来皇帝发觉，认为大损尊严，即择吉日为公主招驸马，并派人将珙桐抓往深山杀死。
噩耗传来，公主连夜淡装素裹，逃出深宫，寻至珙桐受害处，抚尸痛哭，泪飞如雨，感动上苍，尸体忽化为小树，形同半截碧玉簪，葱茏上长不已。公主随伸展双臂扑向树冠，顷刻变成洁白花儿，欢居枝头。
这是一个非常凄美的爱情故事，表达了古代人民对自由爱情与幸福的向往。
在神农架，观赏珙桐美景的佳期一般为5月份。此时，在林区的行政中心木鱼镇通往神农顶风景区的路边，可以见到一株较大的珙桐树，年年繁花似锦，给许多恰逢佳期的游客留下了美好的印象。
另一处容易看到鸽子树美景的地方，在神农架保护区内，由坪堑管理所通往东溪管理所的公路旁。更胜前者一筹的是，这是一片珙桐林，能观赏到更加宏伟的白鸽栖树的盛景，再加上附近争先恐后开放的形形色色的野花，绚丽芳香，置身于花海之中，恍如仙境。游人至此，无不因大自然的美妙而陶醉。
珙桐是一种落叶乔木，树皮为深灰色，常呈不规则薄片脱落。叶片呈宽卵形、基部心形，叶下面密生淡黄色或白色粗毛。花杂色，由多朵雄花与一朵雌花或一朵两性花组成。珙桐喜欢生长在群山环抱、湿度较大、气候凉爽的环境中。
珙桐一般分布在神农架自然保护区海拔800米至2000米的山坡、沟谷中，并常与一些珍稀濒危树种，如穗花杉、连香树、银鹊树等相伴而生。
在神农架，迄今发现的最大的珙桐树，高22米，胸径0.8米。生长在保护区内漳宝河上游，海拔2000米处。此地环境十分阴湿，适合珙桐生长发育。
近年，在东溪乡海拔1800米的倒拔营，发现了珙桐的变种，即光叶珙桐群落。该变种叶下面无毛，与珙桐有别。其分布范围与珙桐基本相同，但残存植株不多，更为珍稀。
珙桐不仅观赏价值高，而且是第三纪古热带植物区系的孑遗种，具有重要的科学价值。目前，珙桐和光叶珙桐均被列为国家一级重点保护野生植物。
（五）珍稀的七叶一枝花
神农架珍稀植物七叶一枝花，别名叫七叶莲，属百合科。
七叶一枝花喜欢在阔叶林下生长，中海拔的地方可以看见它的踪迹，如溪头、乌来等处。它的茎为一根，呈紫色，叶子只有一轮，为七片，长椭圆披针形，边缘呈波浪状，有柄，为褐色。它的根为须根，有毒性，民间有时将它做为外伤药。
七叶一枝花雌雄同株，每棵植株花只有一朵，为顶生，外轮花约有六片，为黄绿色，内轮花约八片，呈丝状颜色比较偏黄。七叶一枝花通常在2月至4月开花，雄蕊有六枚，花柱也有六枚，果实为蒴果。
（六）珍贵药材头顶一颗珠
在神农架，生长着一种十分珍贵的药材，名叫头顶一颗珠，属国家重点保护的种类。头顶一颗珠还别称延龄草，属百合科，多年生草本植物。匍匐茎圆柱形，下面生有多数须根。茎单一，叶三片，轮生于顶端，菱状卵形，先端锐尖。
夏季，自叶轮中抽生一短柄，顶生一朵小黄花。到了秋季，小黄花便结出一粒豌豆大小的深红色球形果实，这就是有名的“头顶一颗珠”。
此珠人们通常称之“天珠”。地下生长的坨坨又称“地珠”。所以，延龄草实际上是首尾都成珠，只是“天珠”在成熟后自然掉落，人们不容易找到，只能挖到“地珠”，地珠的药性与天珠一样。
采药人很难得到天珠，因为天珠不仅甜美可口，营养丰富，而且是鸟雀的美食。即使有幸遇上一颗，也被采药人当即吞下。
头顶一颗珠具有活血、镇痛、止血、消肿、除风湿等功能，是治疗头晕、头痛、神经衰弱、高血压、脑震荡后遗症等疾病的珍贵中药材。头顶一颗珠可以泡酒饮用，也可以研制成粉末，冲鸡蛋服用。
对于头顶一颗珠名字的由来，还有一个美丽的传说。传说，有一次，神农氏在深山老林里采药，被一群毒蛇围住。毒蛇一起向神农氏扑去，有的缠腰，有的缠腿，有的缠脖子，想致神农氏于死地。
神农氏寡不敌众，终被咬伤倒地，血流不止，浑身发肿。他忍痛高喊：“西王母，快来救我。”王母娘娘闻听呼声后，立即派青鸟衔着她的一颗救命解毒仙丹在天空中盘旋窥瞰，终于在一片森林里找到了神农氏。毒蛇见到了王母的使者青鸟，都吓得纷纷逃散。
青鸟将仙丹喂到神农氏口里，神农氏逐渐从昏迷中清醒。青鸟完成使命后，翩然腾云驾雾回归。神农氏感激涕零，高声向青鸟道谢。哪知，一张口，仙丹落地，并立刻生根发芽长出一棵青草，草顶上长出一颗红珠。
神农氏仔细一看，与仙丹完全一样，放入口中一尝，身上的余痛全消，便高兴地自言自语：“有治毒蛇咬伤的药方了！”于是，给这味草药取名“头顶一颗珠”。后来，药物学家给它命名为“延龄草”。
（七）圣药江边一碗水
“江边一碗水”为小檗科植物，是南方山荷叶的干燥根茎。因其根茎的每一茎节处有一碗状小凹窝，且最初是在河边高山坡林下挖得此药，故得此名。又因其根茎呈黄褐色，每节部均有一凹窝，故又名“金鞭七”“窝儿七”。
南方山荷叶为多年生草本。茎直立，高约五十公分。叶通常两片，生于茎顶，宽肾形，先端深两裂，边缘有几大缺刻和不等长的疏锯齿。叶柄长，盾状着生。5月至6月开花，花淡黄色，数朵，生于茎顶。6月至8月结果，果实多浆，球形，熟时为蓝黑色。
“江边一碗水”分布于尼叉河、红坪、酒壶坪、红河、马家屋场、长岩屋、鸭子石、大九湖、小神农架等地。生于海拔2200米至2700米的山坡林下或沟边阴湿处。
“江边一碗水”具有散热活血、止血止痛的功效。民间常用于治疗跃打损伤、五劳七伤、风湿关节炎、腰腿疼痛、月经不调等。
（八）圣药文王一支笔
“文王一支笔”，为蛇菰科植物，是筒鞘蛇菰或蛇菰的干燥全株。因它的花序形如粗粗的毛笔，民间传说周文王路经神农架，曾用它当笔写诗作画、批阅公文，故得此名。又因其为寄生植物，常寄生在其他植物的根部生长，所以又有“借母还胎”之别名。
筒鞘蛇菰和蛇菰，都是多年生的寄生性肉质草本。根状茎生长在地下，呈球形，表面有小瘤突。花茎呈红色或黄色，其上生肥大的肉稿花序。花单性，雌雄同株或异株。8月开花，9月至10月结果。
筒鞘蛇菰的雄花有柄，花茎中部有叶状的筒鞘包被；而蛇菰的雄花天柄，花茎的中部无筒鞘。仔细观察，容易分辨。
“文王一支笔”分布在神农架的阴峪河、板仓、红坪、鸭子石、下谷坪、大龙潭等地。生长在海拔1000米至2500米的山坡林下，寄生在木本植物的根上。
“文王一支笔”具有止血、生肌、镇痛的功效。民间常用于治疗胃病、鼻出血、妇女月经出血不止、痢疾及外伤出血等，还可作补药。
（九）神农架濒危树种
秦岭冷杉是濒危树种。为松科常绿大乔木，是我国特有的树种，分在秦岭山区、陕南及鄂西一带。
在神农架林区中部，海拔1300米至2100米的山坡，有较大面积的秦岭冷杉林。在宋洛冰洞山西坡海拔1400米的山坳中，有一株秦岭冷杉，树高45米，胸径1.75米，在6米高处分成双杆，直耸云霄，树龄近五百年。这是湖北省目前发现最大的秦岭冷杉。
麦吊云杉，又名垂枝云杉，濒危种。松科常绿乔木，是我国特有珍贵树种，分布于秦岭、大巴山山区及四川北部，神农架林区为其东南部分布的边缘地带。
在神农架林区，麦吊云杉多生长于西南部，海拔为1400米至2000米的山坡中下部或沟谷旁。小神农架海拔1500米处山坡上有一株麦吊云杉，树高28米，胸径1米，树龄420余年，属罕见的古老大树之一。
穗花杉，濒危种。红豆杉科常绿灌木或小乔木，为我国特有珍贵树种。在神农架林区产于南部及东南部，海拔700米至1200米的沟谷林中。小神农架附近海拔1100米处有一株穗花杉，高约15米，胸径0.32米，树龄90余年，是该种植物中比较罕见的老树。
鹅掌楸，又名马褂木，稀有种。木兰科落叶大乔木，为古老孑遗植物，多星散分布于长江流域及以南各省区。在神农架林区主产南部，海拔1200米至1700米的山坡或沟谷阔叶林中，局部地方有小片成林。同属植物，现仅残存鹅掌楸和北美鹅掌楸两种，为东亚与北美洲际植物间断分布的一个典型实例。本种树干端直，绿叶浓荫，叶形奇特，花朵美丽，有较高的观赏价值。
杜仲，又名丝棉木，稀有种。杜仲科落叶乔木，第三纪古老孑遗植物，也是我国特有的单属科、单种属珍稀植物。在神农架林区，产于南部海拔700米至1400米的山坡林中。由于杜仲的经济价值很高，各地产区均已广为栽培。
水青树，稀有种。水青树科落叶乔木，第三纪古老孑遗珍稀植物。在神农架林区产于西部、中部和北部，生于海拔1600米至2200米的沟谷或山坡阔叶林中。水青树，对研究我国古代植物区系的演化、被子的植物系统和起源，具有重要的科学价值。
领春木，稀有种。领春木科落叶小乔木，第三纪古老孑遗珍稀植物。神农架林区各地均产，生于海拔700米至1800米的山坡、沟谷林中。
领春木为典型的东亚植物区系成分的代表性品种，对研究植物区系有一定的科学意义。其花果艳丽，也是优美的观赏树木。
紫茎，渐危种。茶科落叶灌木或小乔木，我国特有孑遗植物和珍稀树种。在神农架林区，紫茎产于南部海拔1500米至1900米的山坡或沟谷林中。紫茎的树皮为红褐色或黄褐色，平滑，呈片状剥落，木质坚实，树木生长极慢。
猬实，稀有种。忍冬科落叶多分枝灌木，我国特有单种属珍稀植物。在神农架林区，生长于海拔500米的低山阴坡沟边灌丛中，种群数量稀少。猬实的花冠钟状，粉红色或紫色，艳丽夺目，也是优美的观赏花木。
黄连，濒危种。毛茛科多年生草本，我国特有的重要药用植物。在神农架林区，产于南部和西南部海拔1000米至2000米的山地林下或山谷阴处。
由于黄连药效显著，经济价值高，产区长期利用，大量采挖。现在野生黄连已极为稀少，各地已广泛栽培。
叉叶蓝，又名银梅草，稀有种。绣球花科多年生草本，我国特有的珍稀植物，仅分布于湖北西部，主产于神农架林区海拔500米至1600米的山谷沟边或林下阴湿草丛中，种群数量极稀少。叶形奇特，叶的先端常两叉裂，花蓝色，也有一定的观赏价值。
八角莲，渐危种。小檗科多年生草本，我国特有的珍稀植物。在神农架林区，产于南部和西南部海拔1300米至2100米的山坡林下和沟边。
八角莲为民间常用中草药，根茎入药有消气化痰、解毒消肿的功效，主治跌打损伤、蛇伤及风湿关节痛。
天麻，濒危种。兰科多年生草本，我国名贵药用植物，分布遍及全国，但零星分散，各地种群数量很少。在神农架林区主产于中南部和东南部，生长于海拔1400米至2150米的山坡林下或山谷沟边草丛中，多见在腐烂的树篼附近。块茎药用，有祛风止疼功效，且对多种疾病都有疗效。天麻是腐寄生植物，对研究兰科植物的系统发育有一定的价值。
神农架林区还有天麻的一个变型黄天麻。它与天麻的主要区别是，天麻的花黄略带橙红色，花茎橙红色，黄天麻的花为黄绿色，花茎黄色。
神农架自然保护区，堪称华中植被和物种荟萃之地和华中最大的“天然植物园”，令人眼花缭乱，心仪神往。
青檀 为我国特有的单种属，分布较广，茎皮、枝皮纤维为制造驰名国内外的书画宣纸的优质原料。稀有种，又名翼朴，为我国特有，残留极少，已不易找到。
槲寄生 为桑寄生科灌木植物，国内外均有分布。通常寄生于麻栎属、苹果属、白杨属、松属各树木，有害于宿主，植物带叶的茎枝可供药用。
蓝果树科 双子叶植物纲的一科，又称珙桐科，分布于亚洲和美洲，在我国分布于长江流域、西南和华南各省区。本科多为高大乔木，可制作器具和建筑材料。
蒴果 干果中裂果的一种，是由复雌蕊构成的果实，成熟时有各种裂开的方式。形成蒴果的雌蕊具有的胎座类型有中轴胎座、特立中央胎座和侧膜胎座。
百合科 属单子叶植物类，全球分布，但以温带和亚热带最丰富。百合科中既有名花，又有良药，有的还可以食用。
蛇菰科 似菇非菇的蛇菰科植物，可寄生在寄主植物的各级侧根上，因而在有寄主植物的林下偶可见到小面积片状分布的单纯种群。