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南京大屠杀事件绝不是偶然的，它是日本法西斯一次有计划、有组织、有蓄谋的行动。进攻南京，妄图用恐怖手段迫使中国政府投降，是由日本最高当局一手阴谋策划的，松井石根则是这一阴谋计划的具体组织者和执行者。
1937年8月15日，日本政府发表了“膺惩暴支”的声明。9月5日，日本外相广田弘毅在议会宣称：“我国为了使这种国家反省他的错误，而决心予以决定性的打击。”
对于这些，松井石根是心领神会的。他在接受上海派遣军司令官一职时，曾对陆相杉山元说，无论如何要攻打南京，并且声言：降魔的利剑现在已经出鞘，正将发挥它的神威。
他笃信只有武威才能迫使中国人民畏服。在他亲自起草的《攻克南京城纲要》中，规定了占领南京后，由各部队“分区对城内进行扫荡”的任务。
战后，远东国际军事法庭判决书也认定：“对都市或村庄居民实行屠杀……这就是日方所谓的‘膺惩’行为。这些行为在中日战争中一直未停过，其中最坏的例证就是1937年12月对南京居民的大屠杀。”
日军在南京有组织的大屠杀，显然是得到了指挥官的许可而实行的。日军上海派遣军司令官朝香宫鸠彦，曾向所部下达了“机密，阅后销毁”的命令：“杀掉全部俘虏。”
日军长官向部下布置任务（蜡像）
该军第十六师团师团长中岛今朝吾和第十三师团第一〇三旅团长山田旃二在日记或笔记中，都记载了执行虐杀俘虏的命令和残杀俘虏的情况。
隶属于上海派遣军的两个师团是这样，归第十集团军统辖的第一一四师团也不例外。该师团第六十六联队在其战斗详报中也有记载：“根据旅团命令：俘虏全部杀掉，其方法可以10多名为一组枪杀。”
由此可见，不保存俘虏的方针绝非日军哪一个部队的发明，至少是来自日本华中方面军的指令。此外，日第十集团军所属第六师团随军摄影记者河野公辉，到该师团司令部采访时看到一份关于屠杀平民的命令文件。内容是：
不容许共产主义的暴虐，为粉碎共匪的猖獗活动，农民、工人自不待言，直至妇女儿童皆应杀戮之。
正是在这一方针和命令下，侵华日军制造了一个又一个大屠杀事件。
至于日军在南京奸淫、纵火和破坏的兽行，也是在日本当局和军官的纵容下进行的。对于日军强暴妇女的暴行，师团长中岛今朝吾曾若无其事地说什么“强奸妇女在战争中是不得已的”。
一位曾参加过侵华战争的日本“志愿兵”在手记中写道：“上级号召士兵们要去养精蓄锐”，并挑唆说，“没有接触过女人的人，就打不了仗”。
日本兵在南京的劫掠和破坏，是在日军下达“在当地征收粮食，自谋自活”的征收令的幌子下进行的。
一位曾参加过这一暴行的日本兵追述说：正是这个征收命令，使“军人们变成了到处偷袭抢夺谷物、家畜来充饥的匪徒”，“使下级军官发狂，不但抢夺粮食，而且强暴了中国妇女”。
日军在南京所犯的种种罪行，还得到了日本当局的默许和支持。
南京国际委员会自1937年12月14日至21日，先后12次向日本大使馆提出抗议，并在照会中附录烧、杀、淫、掠罪行计113案，促请日本当局注意约束部属，防止暴行扩大。但是，日本当局对抗议信函一概置之不理。