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1.徐阶用计，严嵩大势已去
张居正离开翰林院后，朝廷依然腐败、阴暗。严嵩的贪婪是无止境的。朝廷在他的掌控下，风气越来越糜烂，因此暗地里反对严嵩的大臣也逐渐增多。当然，严嵩沉浸自己的虚荣中，并没有发现这些现象。
嘉靖三十六年（1557年），告病三年的张居正回到了翰林院供职，因为他无法看着朝廷继续腐败下去。回归朝廷的张居正已经不是那个意气用事的年轻人，朝廷的险恶让他变得成熟，也使他学会了遇到事情如何隐忍不发。张居正的恩师徐阶也经常教导他“内抱不群，外欲浑迹”的为官道理。不可否认，徐阶在张居正的仕途中起到了非常大的作用，他不仅是张居正的恩师，也是张居正为官之路的引路人。
徐阶，松江华亭人。早年的徐阶非常擅长诗文和书法。嘉靖二年（1523年），徐阶考中探花并进入翰林院任职编修。《明史-徐阶传》中记载，刚入朝廷的徐阶爱憎分明，遇到看不惯的事情就喜欢发牢骚。而当时的嘉靖皇帝刚刚继位，满腔热血的嘉靖皇帝要彻底整顿明朝风气，其主要的做法就是废去了老夫子“大成至圣文宣王”的称号，只称呼老夫子为“至圣先师”。
徐阶对嘉靖皇帝的做法十分不满，并因为这件事情惹怒了嘉靖皇帝以及当时的内阁大学士张孚敬。张孚敬虽然为官十分清廉，但是心胸特别狭窄。徐阶得罪他后，没过多久就被贬到延平去做地方预审科长。
当时的延平民风非常乱，很多人都偷盗。徐阶到任之后开始整顿民风。在他的整顿下，很快一百多巨盗被捕获。徐阶雷厉风行的手段十分有效，很快大家都听说了徐阶这个人。而徐阶在延平一待就是十年，而这十年中也潜移默化地影响了他，使他变得圆滑老练。一次偶然的机会，当时身为首辅大臣的夏言认识了徐阶，并对徐阶这个人非常赏识，因此有意栽培他。后来，徐阶便因为政绩较为突出而被一次次地升官：先被升为黄州的同知，接着又升为浙江按察佥事，然后又被晋为江西按察副使，同时还担任浙、闽两个省的学政。嘉靖二十年（1541年），徐阶再次被调回了朝廷，任职国子监祭酒。两年以后，被升为礼部侍郎，随后又晋为吏部侍郎。那时徐阶以一副和和气气的态度对待所有人，因此在朝廷中的口碑十分好，而他的一些下属也经常称他为“愿为用”。另外，因为徐阶也写得一手好青词，所以他深得嘉靖皇帝喜爱。其实，夏言在死前就意识到严嵩的狡诈，但是事情已经到了无法挽回的地步，于是夏言转而提拔徐阶，他认为在自己的得意门生中只有徐阶可以与严嵩对抗。而夏言的死也让徐阶了解到严嵩的心狠手辣，但是那个时候的徐阶还没有实力与严嵩对抗。
夏言死后，朝廷由严嵩一手遮天，严嵩为内阁首辅，次辅是一个叫李本的人，而徐阶的地位仅次于李本。严嵩是嘉靖皇帝身边的“红人”，最受宠的时候甚至所有事宜都由他传达。严嵩觉得李本这个人比较忠厚老实，不会对自己造成威胁，但是徐阶就不一样了，因为徐阶是夏言的得意门生，所以对自己的地位有很大的威胁。按照徐阶往常的性格，再加上徐阶目前的地位，很有可能与自己作对。但是严嵩认为，先被贬，后又回到朝廷的徐阶想必已经改掉了当初容易冲动的性格，所以迟迟隐忍不发。
出乎严嵩意料的是，徐阶一直对他表现出友好的态度，但是严嵩仍然没有放松戒备，他担心皇帝宠信他人。史书上记载，当时严嵩对徐阶是“中伤之百万”，意思就是严嵩用各种办法排挤徐阶。但是徐阶隐忍不言，态度也表现得十分谦卑。
嘉靖二十九年（1550年），蒙古兵卷土重来，九门报急，京师也陷入恐慌。虽然嘉靖皇帝也想召集兵力抵抗，但是由于京城防守长期懈怠，附近的兵力不到三万，而且都是老弱残兵。这时，蒙古军已经在京城周围方圆十里烧杀抢掠，不知什么时候就要攻城。嘉靖皇帝看到这种情况，急切地征求大臣们的意见。严嵩却趁这次机会将责任推卸给徐阶主持的礼部。但是徐阶不会任人宰割，前思后想，他有了解决的办法--缓兵之计。徐阶认为蒙古军势单力薄，并不敢轻率地闯入京城，而蒙古军无非就是想掠夺一些钱财。既然如此，明朝可以先满足他们的要求，这样就可以暂时拖住他们，直到各地的勤王前来救驾。徐阶的方法果然奏效，各地的勤王军队陆续赶到京城，蒙古军迫于压力，迅速撤回。这一次，徐阶在嘉靖皇帝面前博得了信任与好感。也正是这个时候，徐阶开始偷偷地发展自己的势力，最明显的举动便是推荐自己的得意门生张居正入内阁。
徐阶隐忍的态度，使严嵩慢慢地放松了警惕。徐阶青词写得非常好，于是在不上朝的时候，嘉靖皇帝就会经常召他进宫和他单独谈话。而徐阶就利用这个机会，经常不露痕迹地说严嵩的不是，时间久了，嘉靖皇帝不但不再宠信严嵩，反而多了一些厌恶。为了让严嵩彻底放松警惕，徐阶把自己的孙女嫁给严嵩的孙子，以联姻的方式增进两人之间的交情。而这个时期，一些反对严嵩的人也开始弹劾他，但是都被严嵩父子压了下来，其中很多人都惨遭迫害。
在这时的朝廷中，不仅严嵩一手遮天，他的儿子严世蕃也开始卖弄财权。这时的严嵩已经年近七旬，却仍然要日夜侍奉在嘉靖皇帝身边，他逐渐感到力不从心，所以他将大部分事宜都交给了这个荒淫无耻的儿子，甚至私底下将全部的奏折交给儿子批复，然后才交给皇帝核查。而严世蕃比自己的父亲更会讨好嘉靖皇帝，因此嘉靖皇帝多次奖赏他。严世蕃得到嘉靖皇帝的赞赏后，严嵩更是大胆地把全部政务交给他。严世蕃的贪婪比严嵩更甚，严世蕃借着自己的权力，在选拔官员时不看能力和口碑，只注重官员的贿赂数额。同时，严世蕃还借用权力大肆搜刮民财，一时家里的财产竟可敌国。有记载说，有一天，严世蕃和妻子商量将所有的金银财产全部藏在地窖中，而这时严世蕃突然想起这些财产都是仰仗父亲严嵩才得来的，所以严世蕃就请严嵩前来观赏。严嵩看到这些财产后，顿时目瞪口呆，隐隐约约地感到家里将要出大祸。
嘉靖四十一年（1562年），万寿宫失火，严嵩在这件事情中失去了世宗皇帝的信任。相反，徐阶却得到世宗皇帝的信任并日益加深。此时，徐阶决定不再隐忍，彻底扳倒严嵩。于是，徐阶安排三位御史先后弹劾严嵩，列举严嵩的罪状，而这三位御史全部是徐阶的得意门生。虽然结果不理想，但是世宗皇帝对严嵩的态度明显有了转变。接着，徐阶又买通了一位深得世宗皇帝信任的名叫蓝道行的道长，蓝道行通过各种道家仪式来揭发严嵩父子祸国殃民的恶行。
嘉靖四十三年（1564年），当时身为御史的邹应龙做了一个梦，梦中他骑着马在乡间奔驰。他看到远方有一座山，山的东面有一个草做的楼，草楼的旁边又有一个米堆。马突然冲向了米堆，米堆倒后草楼也倒了，紧接着高山也倒了。他从梦中醒来后，仔细回想了梦中的画面，突然明白了，梦中的米堆就是指“蕃”字，东楼是严世蕃的别号，而高山正是“嵩”字。这是上苍提醒他要为民除害，除掉严嵩这个大奸臣。其实邹应龙早就痛恨严嵩父子一手遮天、祸国殃民的行为，只是碍于他们的势力太大，所以一直不敢正面对抗。做过这个梦之后，邹应龙联合了几名御史着手调查严世蕃贿赂一事，然后弹劾严嵩父子。嘉靖皇帝知道后勃然大怒，下旨将严世蕃打入大牢，由三法司审讯。
这个时候的严世蕃似乎一点也不担心自己的处境。在审判中，他只承认自己贿赂的事，却声称其他的行为都不是严重的罪行。严世蕃想，如果三法司上疏提到当初严嵩陷害杨继盛的事情，反而对自己有帮助。因为事情虽然是严嵩煽动的，但却是嘉靖皇帝同意的。一旦三法司想为当年的事情翻案，嘉靖皇帝必然会恼羞成怒。这样，严世蕃不但不会被降罪，还有被奖赏的可能。
当时的三法司确实是这么想的，他们认为想要扳倒严世蕃，最有力的证据就是严嵩曾经设计残害忠臣杨继盛。这件事在民间的影响非常大，足以将严嵩父子置于死地，而这种想法恰好也陷入了严世蕃设计的圈套。当三法司列举了严嵩父子的罪状后，于上疏前拜访了徐阶。徐阶从审词当中看出了严世蕃的诡计，于是说：“你们是想要严世蕃死，还是想要他活？”三法司异口同声地说：“当然想要他死。”徐阶哈哈大笑，说道：“你们给他定的罪等于在救他，当年杨继盛的案子都是皇上亲自定夺的，如果你们揭露出来并要求翻案，就意味着说皇帝无能。以皇帝的猜疑心，他会认为你们在变相的指责他，严世蕃就会翻身，你们则不会扳倒严嵩。”
最后，由徐阶来拟定奏章，这份奏章没有提杨继盛的冤情，只列出了两条：“交通倭寇，潜谋叛逆。”而这两条正是嘉靖皇帝最讨厌最痛恨的事情。最终，嘉靖皇帝下旨将严世蕃杀了，将严嵩革职，严家的家产全部充公。有记载称，当时严家的家产有二百万两之多。
2.张居正任教于裕王府
在扳倒严嵩这件事中，张居正也作了很多努力并且学到了很多东西。张居正在恩师徐阶身上学到了“隐身存身”的道理，这对他以后的辅政之路也起到了一定的帮助。
嘉靖四十三年（1564年），身为内阁第一首辅大臣的徐阶推荐张居正进入右春坊右渝德，同时张居正兼任国子监的官职。明朝的国子监分为祭酒和司业两个官职。而张居正所任职的司业的主要的职责就是负责国子监内的所有教学以及行政事务。这个职位使张居正认识很多将来官场中的人才，这也为张居正广泛的人脉打好了基础。
之后，徐阶将张居正安排到皇子身边做侍读，也就是平日陪皇子读书作画。虽然这个官职不大，但是却十分重要。张居正侍读的皇子是最有可能继承皇位的裕王朱载，这也为张居正的仕途打下了基础。
在裕王府侍读期间，裕王朱载十分看重张居正，因为张居正是一位知识渊博的人，而裕王也十分喜欢听张居正讲读。裕王府中的下人对张居正也十分尊重。据说，张居正每次给裕王讲课的时候，由于词句讲解得十分到位，裕王每次都是目不转睛地望着老师，这代表裕王对张居正的无上的敬意。而裕王府内的内侍大太监李芳对张居正也十分崇拜，经常请教张居正一些书中的道理，而他们的谈话也往往涉及到天下大事。
嘉靖四十五年（1566年），张居正正式掌管翰林院。同年十二月，整日痴迷于如何长生不老、大肆炼丹的明世宗驾崩了。裕王朱载顺利继位，他就是明穆宗。张居正以裕王旧臣的身份被提升了官职，正式被任命为礼部左侍郎。但是，张居正没有正式任职，而是借这个跳板再次升职为文渊阁大学士。隆庆元年（1567年），张居正四十三岁，这时他正式进入了内阁成为内阁辅臣。
在裕王府，除了内侍大太监李芳之外，张居正还结识了另外一个不平凡的人物，名叫高拱。
高拱，字肃卿，河南新郑人。嘉靖二十一年（1542年），高拱进入翰林院做编修，九年之后正式升为翰林侍读。嘉靖三十一年（1552年），裕王搬出皇宫入住裕王府，高拱这时也被选为侍读而进入裕王府陪伴在裕王身边。高拱是裕王的第一位恩师。嘉靖三十七年（1558年），在徐阶的推荐下，高拱升为翰林侍讲学士。
高拱在裕王府度过了整整九年。在这段时间里，高拱对裕王的教诲让裕王受益匪浅。两人之间建立了深厚的师生关系，亦师亦友。
嘉靖三十九年（1560年），高拱升为太常寺卿。嘉靖四十一年（1562年），高拱再次升迁，被任命为礼部左侍郎兼学士。第二年又改为吏部左侍郎兼学士，掌詹事府事。然而，高拱的仕途并非一帆风顺。
虽然当时高拱与裕王的关系十分密切，但是高拱是一位文人，他无法摆脱文人的清高。据说在一次讲题中，他用字句忤逆嘉靖皇帝，嘉靖皇帝非常震怒，于是下令将高拱赶回家种田。如果没有当时身为首辅的徐阶出面为他说情，高拱肯定被罢职。其实高拱也是人才，在才干、志趣、抱负、见解等方面都与张居正十分相似。但是高拱的性格与夏言很像，十分刚烈，缺乏人缘。所以，他的仕途也不如张居正一帆风顺。
在穆宗在位期间，张居正、徐阶以及高拱都是十分重要的大臣。
3.高拱和徐阶之间的恩恩怨怨
进入内阁后，张居正并没有得意。这个时候的明朝非常混乱，土地兼并现象严重，流民四处逃散，朝中国库空虚。北方鞑靼经常骚扰中原，南方的土司也借机争夺权力，尤其是岑猛叛乱使“两江震骇”，东南部的倭寇又趁机作乱，骚扰东南沿海，民不聊生。
而让张居正最担心的是朝廷内阁中的内部矛盾以及斗争。嘉靖四十一年（1562年）严嵩被扳倒后，徐阶被任命为首辅大臣。从那时起，徐阶就和张居正一起起草世宗的遗诏。遗诏纠正了世宗时期的各种弊端，并为含冤而死的忠臣恢复了官职，这些做法都受到了朝廷与民间的广泛好评。
但是徐阶也不是十全十美的人，他也有失误的时候。在扳倒严嵩、自己当上辅政大臣之后，他极力提拔一些清廉的官员，其目的是改变嘉靖时期的腐败状况，可是徐阶的疏忽却引发了一场十分激烈的朝政矛盾。而这场政治矛盾不仅使徐阶断送了自己的仕途，甚至也将张居正推入了洪流。
嘉靖四十五年（1566年），裕王继位后，徐阶极力推荐高拱，于是高拱被任命为礼部尚书兼文渊阁大学士并进入内阁参与朝政。在穆宗面前，高拱十分圆滑，深得穆宗信任。在这种情况下，他渐渐地变得清高自负，对于那些不肯依附自己的大臣采取了打压的手段，很多官员都因被打压而辞官回乡，因此那个时候高拱得罪了很多人，其中包括徐阶。
高拱与徐阶之间的矛盾积累了很久。早在嘉靖年间，高拱就因为直言不讳得罪了徐阶。那个时候，世宗皇帝经常住在西苑，若要商讨朝政之事也只是差人传来一些大臣问话，而那些被传唤的大臣都会因此而骄傲。一天，世宗皇帝又一次传来大臣并对他们说：“现在很多大臣都在西苑务事，但是文渊阁却没人照看，应该有一个人长期照看文渊阁。”高拱听到后却对徐阶说道：“您年纪已经大了，因此您应该一直留守在文渊阁，一旦有事情我们会过来跟您汇报。”徐阶听到这些话后非常生气，因为很多比徐阶资历老的大臣都对他毕恭毕敬，只有高拱似乎不买账。
后来，高拱因中年无子而十分着急，便举家搬至西华门附近居住，只要有空闲便回家与妻妾们团圆。世宗皇帝病重时，高拱急忙将书籍等物品从宫内搬走，计划回府常住。群臣知道这件事情后议论纷纷，一位名叫胡应嘉的大臣上奏弹劾高拱，高拱因此心惊胆战。但是，世宗皇帝因为病情十分不稳定，所以没有精力处理高拱。高拱在高兴之余并没有善罢甘休，他认为，既然胡应嘉是徐阶的同乡，那么胡应嘉弹劾自己肯定是受徐阶指使，从这以后高拱便对徐阶怀恨在心。
嘉靖四十五年（1566年），世宗皇帝驾崩。张居正和徐阶受任起草遗诏，在起草遗诏的时候也没有和其他人商议。高拱认为自己是新皇帝最看重的大臣，然而张居正和徐阶起草遗诏的时候竟然没让自己参与，因此便更加憎恨徐阶。新皇帝穆宗即位后，作为元老级别的徐阶仍然位居首辅大臣之职，随后他便将自己的学生张居正推荐入内阁，高拱这个时候心里更加不平衡，所以经常以各种借口与徐阶对立。
隆庆元年（1567年），高拱以徐阶门生以及家属在城镇为非作歹为理由来打压徐阶，并且指使自己的门生齐康上奏弹劾徐阶。这个时候徐阶以退为进，自己上奏要求退休。当时朝中大部分大臣都十分拥戴徐阶，这些大臣集体上奏，要求徐阶继续留任辅政大臣一职，接着大臣们又集体上奏弹劾高拱。在三个月内，弹劾高拱的奏折竟然有三十多份，高拱知道后也是战战兢兢，连连上奏十二份奏折，请求告病回家。隆庆二年（1568年）七月，徐阶因年事已高被迫解甲归田。
徐阶走后的第二年，张居正与几位大臣一起上奏要求高拱复职。同年十二月，在家休整一年的高拱接到圣旨后，便直奔京城，任职内阁大学士兼掌吏部。高拱复职后，曾经参与弹劾他的一些大臣开始坐立不安。胡应嘉在听到高拱复职的消息后，由于惊吓过度而身亡。这时，高拱通过自己的门生广传言论，称：“华亭有旧恩，后小相失，不足为怨。”言辞中颇有大度之气。群臣听到高拱这样的表态后都暗暗地松了口气。
当时的内阁首辅大臣是一个叫李春芳的人，他清楚高拱的为人和野心，也了解高拱与穆宗皇帝特殊的关系。于是，为了避免惹上祸事，在高拱复职后，不久他便辞官了，并且把内阁首辅大臣的位置交给了高拱。高拱成为首辅大臣之后尽心尽力，在各方面的表现都非常突出。但是，高拱对曾经弹劾他的大臣并没有像他所说的那样手下留情，他回朝后的第一件事便是想办法报复徐阶。《明史-高拱传》中这样记载：“拱之再出，专与徐阶，所论皆欲以中阶，重其罪。”意思就是说高拱用各种方法设计陷害徐阶。
高拱任职内阁大臣后，开始对徐家进行报复。在隆庆五年（1571年）的七月，苏淞兵备副使蔡国熙借孙克弘一案整治徐府众人，徐家也在这次的整治中遭到了重创，徐阶的长子徐以及次子徐琨被充军，小儿子徐瑛被削籍贬为平民，而徐府的所有家产也全部充公。这时，徐阶得到弟弟徐陟去世的消息，让一向高傲的徐阶觉得生活如此难熬。于是，他不得不低头写信给高拱，希望他能给徐家留条生路。而高拱收到徐阶的信后并没有因此而手下留情，但是张居正却无法袖手旁观。徐阶是张居正人生中的恩师，并且在辞官前曾恳求张居正照顾他的几个儿子。张居正了解高拱的为人，知道他心胸狭窄，但是张居正仍然没有袖手旁观。张居正义正词严地说服了高拱，让他放过徐阶，不要再为难徐家。高拱与徐阶的多年斗争就这样落下了帷幕。
4.官场之上没有永远的朋友
张居正在国子监任职时，与高拱就比较投缘，都对严嵩十分不满。那个时候，两人经常一起评论政事，后来两人都进入裕王府做伴读，两人的关系就越来越好。一天，担任国子监祭酒的高拱突然很想去郊外踏青，但是他一向自傲，不把任何人放在眼里，因此找不到陪同自己踏青的合适人选，最后他想到了担任国子监司业的张居正。高拱比张居正大十三岁，中进士的时间也比张居正早六年。当高拱与张居正登上山顶后，两人便讨论政事。高拱对张居正说道：“我们俩都一样，胸中有丘壑，不会是久居人下之人，你说我们能为朝廷做些什么呢？”张居正毫不犹豫地说：“如果他日身肩国事，我一定鞠躬尽瘁。”高拱听后十分赞赏，并且将张居正视为知己。两人击掌为盟，一旦他日两人同入内阁为相，定会同心协力振兴明朝。
高拱进入内阁后，排挤打压李春芳，使李春芳主动辞官并将内阁大臣的职位拱手让给了高拱，张居正做了次辅。这时的高拱变得十分自傲，从来不采纳九卿们的意见，更不把张居正放在眼里。
有一天，高拱抓住时机企图惩罚徐阶的儿子，便向皇帝谎称徐阶的儿子在乡里为非作歹，目无王法，并将他打入大牢。而这时张居正动用了人脉才使徐阶的儿子免受牢狱之灾。高拱知道这件事情之后心里十分不满，他从一些下人那里得到了一些消息，认为张居正因为收了徐阶儿子的三万两白银，所以才为他开脱罪名。
高拱是一个直言快语的人，当时他与张居正还是内阁中的同盟，但是他仍然出言嘲讽张居正。在听闻这个消息后的第二天，高拱特意找到了张居正并对他说：“恭喜你啊！”张居正发现高拱的语气不对，于是他问：“何来之喜？”高拱马上就变了脸色并对张居正说：“我怎么听说你因为收了徐阶儿子的三万两银子，所以才将事情压下来了。”张居正听到这话后十分气愤，当场指天发誓称没有这回事。
高拱看到张居正的态度后说道：“我也是听别人说的，你也别太认真了。”从这件事情之后，两人之间就有所疏离，友谊也出现了裂缝。
张居正与高拱两人都具有惊鸿之才，但是在很多政事中，他们都各有主见，因此两人总是不能达成共识。多年来，他们一直在暗地里争斗，而真正使他们的矛盾显现在众人面前的事件是关于两广总督人选的问题。
那个时候，广西的一些刁民占山称王，作为两广总督的李延多次带兵剿匪，但是都没有成功，而土匪却越来越猖狂。多次的剿匪行动耗费了大量的银子。这时，张居正上奏称一定要换掉此人，应该让殷正茂担任此职。殷正茂与张居正同年中举成为进士，两人私下关系很好。然而对于张居正的提议，高拱表现出坚决反对的态度，理由是殷正茂徒有虚名。高拱称，在他任江西巡抚时，很多人揭发殷正茂的罪行，其中包括贪污受贿等行为。
因为高拱与穆宗皇帝的关系不一般，所以张居正在与高拱的较量中一直处于劣势。此时，张居正意识到自己的地位岌岌可危，需要立刻找一个同盟，这时，张居正发现了太监冯保。
冯保，号双林，是河北真定府深州人，十岁的时候就净身入了宫。由于做事小心谨慎，冯保得到了世宗皇帝的喜爱。冯保非常聪明，进宫之后就开始学习琴棋书画。慢慢地，他有了一些儒雅的风范，于是世宗皇帝就提拔他做司礼监的执笔太监，平日掌管皇帝所审阅的文件以及奏折。
穆宗皇帝登基后，冯保就不再受皇帝喜欢，首辅大臣高拱也了解皇帝的态度，于是处处为难冯保，因此两人之间也积怨颇深。在隆庆三年（1569年）到隆庆五年（1571年）之间，司礼监掌印太监一职曾有两次空缺，如果按照后宫的规矩，应该由冯保来接任，可是高拱却偏偏没有让他如愿。在高拱的干涉下，这两次机会都落到了别人手中。冯保非常气愤，但又不能公然与高拱对抗，只能将怨恨积压在心里。高拱的权力欲望十分强，他经常控制一些官员并且在内部安插自己的门生。经常遭受排挤的冯保将高拱视为敌人，他发现高拱在朝中也经常借机打压张居正，因此张居正便与冯保联手对抗高拱，于是便有了穆宗驾崩后的假传遗诏之事。
隆庆六年（1572年）五月，年仅三十六岁的穆宗因病而亡，穆宗的儿子，十岁的朱翊钧登基，就是后来的神宗。神宗皇帝登基的时候，冯保一直站在皇帝身边协助他，并且假传遗诏称：“内阁与司礼监同受顾命。”满朝的文武都对此事感到震惊，而冯保正式地与内阁首辅大臣高拱、次辅张居正以及高仪同时成为神宗皇帝的顾命大臣。但是，高拱对于遗诏中的“司礼监同受顾命”的说法却十分不满，于是他指使有地位的大臣提出“还政于内阁”的说法，进而弹劾冯保。但是此时执掌司礼监的冯保看到这些奏折后，立即将这些奏章压下并且与张居正商量如何应对高拱。
后来，冯保利用高拱在穆宗皇帝驾崩后，说过的一句“十岁太子如何治天下”来大做文章。冯保和张居正同时弹劾高拱，并且向李太后和皇贵妃说明了情况。
当初，李太后是一名普通的宫女，是张居正和冯保为她争取来了贵妃的头衔。按照明朝的惯例，神宗皇帝登基后应该封隆庆皇帝的皇后为皇太后，封生母为太后。后来，冯保与张居正商量，试图将隆庆皇帝的皇后陈氏封为仁圣皇太后，将神宗皇帝的生母李氏封为慈圣皇太后，两人呈并列的地位，这样就提高了李氏的地位。这令李太后感恩不尽，因此李太后平时也非常倾向于张居正、冯保两人。
同年六月，在一次早朝中，神宗皇帝下旨废去了高拱首辅大臣的职位，并将这个职位交由张居正担任。随后，慈圣皇太后李氏又将辅佐以及教导神宗皇帝的任务交给了张居正与冯保，于是张居正与冯保正式全面执掌朝政。冯保也如愿地从执笔太监升为掌印太监，协助李太后照顾年幼的神宗皇帝，而冯保对神宗皇帝的教育也是尽心尽力。据记载，有一天张居正摘来了白莲、抓了一只白燕，并将这些送来给小神宗皇帝玩耍，这时冯保对张居正说：“皇帝尚幼，不应该让皇帝因为这些东西而变得贪玩。”另外，冯保还经常约束自己家族的人，警告他们不要为非作歹，所以百姓对冯保的评价一直很好。另外，冯保为人处世也非常圆滑，他知道自己在治理国家方面比不上张居正，因此他一直坚定地与张居正保持同盟的关系，并没有任何想夺政的举动。
5.在“王大臣案”中渔翁得利
万历元年（1573年），明朝发生了一件震惊朝野的事，那就是有名的“王大臣案”。
王大臣是常州府武进县人，也是抗倭明将戚继光手下的一名普通士兵，因为违反了军规而逃跑回了京城。逃跑后的王大臣在京城里四处游荡，后来混进皇宫做了太监的杂役。在万历元年（1573年）正月二十日的清晨，王大臣偷了太监的衣服在乾清门附近闲逛，正巧碰到刚刚登基的神宗皇帝坐着轿子前去早朝。王大臣从来没有看到过这样的威仪，在惊吓之余撒腿就跑，几名侍卫上前抓住了王大臣，并且从他身上搜出了利器。就这样，王大臣被误认为图谋行刺皇帝，立刻被送入了东厂由冯保亲自审问。在冯保的严刑逼供下，王大臣说出了自己是戚继光麾下的士兵的实情。冯保立刻将此事告诉张居正，张居正听闻也禁不住紧张起来，因为戚继光不仅手握重兵，而且还是张居正的心腹大臣。一旦这件事情泄露出去，戚继光和张居正都要被牵连。更重要的是，戚继光所守的边防也会出现问题。
当张居正向冯保分析了其中的利害之后，冯保也觉得此事非比寻常。但是如果审问无果又无法向皇帝交代，因此必须有人扛下刺杀皇帝的罪名。冯保想到了已经被罢官回乡的高拱。冯保一直担心高拱会东山再起，所以他想借这件事情打击高拱。冯保认为只有将高拱的九族全部杀光才能以绝后患。因此，冯保在秘审王大臣的过程中拿来了一些珠宝，并且对王大臣说：“你不要再提你是戚继光总兵下属的事情，以后你要对别人说是高阁老在幕后主使了这次行刺皇帝的行动。你小子要识相点，如果你按照我说的做，我保你荣华富贵，否则你就等死吧！”王大臣也不是傻子，立刻答应了这件事。
冯保决心要将这件事办好，并且让高拱永无翻身的机会。于是他让自己的心腹大臣辛儒进入大牢与王大臣朝夕相处，同时教他如何陷害高拱的儿子高本与高来。当王大臣一案再次公审的时候，王大臣果然按照冯保的意思叙述案情。接着，冯保派了四个人火速前往河南新郑县，名义是抓捕高家人，其实是想私下逼死高拱。这四个人到达新郑县之后先去了县衙，知县知道冯保在朝中的势力，所以对四人百般巴结。四人之中的一个是高拱的心腹下属，他告诉知县此次前来的目的是监视高拱一家，于是知县马上派人将高府包围起来。高拱看到这种状况以为皇帝下令要治高家死罪，于是便要自缢，但是在家人的百般劝阻下放弃了。高拱责问包围高府的校尉：“你们这是干什么！还有没有王法了？”校尉回答：“我们这不是要为难高府，是怕有些事惊扰到您，所以过来保护高府的安全。”高拱虽然不明白事情的缘由，但是听到校尉此行的目的不是赐死自己便稍微心安了些。
王大臣一案使京城到处流传着各种谣言，一些曾被高拱提拔的官员也担心自己被牵连。人人都想办法自保，没有人敢为高拱说情，只有掌管刑事的给事中为高拱打抱不平：“此事关系到刑科，若无一言，遂使国家有此一事，吾辈何以见人？”随后，给事中上疏要求将王大臣一案交给法司来审理，不应该交给东厂密审。
正月二十二日，张居正上奏说：“发生这样的事情，臣等无一不感到震惊。经过内阁的商讨，臣等认为宫廷之中防守严密，如果没有熟门熟路的人，刺客岂会如此顺利地接近皇上？王大臣一案显然是蓄谋已久的，必然会有主使之人，臣等请旨令刑部追查，务必要将罪魁祸首绳之以法。”这个奏章暗示高拱就是此案的主谋。都察院左都御史葛守礼、吏部尚书杨博挺身维护高拱，并且上疏要求将王大臣一案交由刑部以及都察院共同审理，张居正由于底气不足只上疏请旨让左都御史葛守礼以及锦衣卫左都督朱希孝一起会审。
正月二十九日，王大臣一案的会审正式开始。按照明朝的惯例，在会审前要先将犯人拖上前痛打五十大板，王大臣看到这个架势立即开始大喊大叫：“原先说给我官做，永享富贵，为何又打我？”冯保听后十分愤怒并且要王大臣说出到底是受谁指使前来行刺的。王大臣突然咬定受冯保指使，冯保看到王大臣供出了自己非常紧张，但是还仍然装做不知情，他责问王大臣为什么要陷害自己。王大臣突然说：“我根本不认识高阁老，是你教我说这些的。”为了帮冯保掩饰，朱希孝厉声喝道：“大胆奴才，竟然连问官也敢攀扯，真该直接乱棍打死。”会审就在王大臣的大喊大闹中结束。冯保怕王大臣供出自己，便暗地里指使人毒哑了王大臣。最后的结果是，三司看到王大臣已经成了哑巴，深知不会再问出任何结果，于是直接将王大臣判处死刑。
在这次的事件中，冯保与高拱都没有捞到好处，而大臣们都对冯保十分厌恶，经常防备着他。张居正却是渔翁得利，没有被牵扯到任何流言蜚语中，在朝中仍然十分受宠，并且稳稳地坐在首辅大臣的交椅上。