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满洲以少数民族入主中原，凭十几万人统御全国数亿人口，国祚近300年，更享百年盛世，这一奇迹不能不引发后世人深深的思考。
入主中原后，满洲统治者在巩固统治集团核心地位的同时，承袭中原地区的传统文明，尊孔崇儒，获得汉族地主阶级的支持，迅速稳定和巩固了统治。与此同时，清初几代帝王还积极经营边疆，拓疆辟土，平定叛乱，加强对少数民族地区的管理。对边疆地区的有效治理增强了边疆各族与中原的联系，促进了民族团结，维护了领土的完整，标志着空前统一的多民族国家的形成。
“首崇满洲”与“满汉一家”
清朝入关后，实行“首崇满洲”以固国本，同时宣称“满汉一家”，采取种种措施，笼络汉族地主阶级和官僚士绅。此外，还大力尊孔崇儒，倡导理学，在思想上缔造满汉共同的精神纽带，从而巩固了满汉合作的封建统治。
所谓“首崇满洲”，也称“满洲根本”，就是清朝统治者实行了一系列政策措施，以巩固满洲贵族的核心统治地位。一是设立议政王大臣会议，议决军国大政。参加会议的大臣主要是满洲王公大臣及少数蒙古王公大臣，汉官除范文程、宁完我等清帝特批之人外，皆不能当议政大臣。二是加强八旗制度。顺治年间定制，京城八旗设骁骑、前锋、步兵、护军诸营，领侍卫府等八旗军队，负责京城尤其是皇宫大内的防务以及伴君随驾等。在全国各重要城市及战略要地设立驻防八旗，由八旗将士驻守，绥靖地方，拱卫京师。三是以诸王管理六部。六部设立之初只有满尚书，顺治五年（1648）始设汉尚书，但部印由满尚书掌管。理藩院之尚书、侍郎只能以满、蒙人员充任。由此，满洲贵族、王公大臣牢牢地掌握了军政大权，成为统治核心。
但是只凭区区千余名满洲王公大臣和十几万八旗兵，是消灭不了几百万抗清力量和对全国实施有效的统治的，必须依靠汉人，实施“以汉治汉”，才能坐定江山。因而满洲统治者又高唱“满汉一家”，争取汉族地主阶级的官僚、士人、兵将的支持。入关之前，清廷即打出“灭流寇以安天下”的口号，来争取汉族地主的支持。
同时严格军纪，禁止抢掠，甚至宣布“有抢汉人一物者，即行处斩”。对于投降者，“官仍其职，民复其业，录其贤能，恤其无告”。定鼎燕京后，多尔衮在范文程等人的建议下，采取了一系列措施安定民心。为了笼络汉族知识分子，多尔衮还亲赴孔庙行礼，规定每年三、九月定期祭祀。顺治九年（1652），皇帝亲赴曲阜奠基，并拨银3万两修整孔庙。此外，清政府组织前朝著名文人撰修《明史》，编校书籍，通过《顺治大训》、《资政要览》等官方文稿，大力提倡忠孝观念。在攻心的同时，统治者还积极保障汉族地主、官僚、士绅在政治、经济方面的权益。在政治上，对于降附者，礼遇重用；隐逸山野者，征辟录用；以身殉国者，立庙享祭。在形式上使满汉官员平等，皆有职权。顺治二年（1645），开科取士，此后规定每3年举行1次乡试。正科之外，再设加科、博学鸿词科，为汉族地主阶级知识分子广开仕途之门，大张利禄之网。通过“满汉一家”的政策，满洲统治者吸收了大量的汉官、汉士、汉将、汉兵加入到清政府来，充实了清政府的各级军政机构，为肃清抗清力量，统一全国，安定九州，巩固清王朝的统治，起了不可代替的作用。
汉人占全国人口绝大多数，是关系到满族统治安危的关键性因素，所以满族统治者除了鼓吹“满汉一家”之外，更为重要的是缔造维系封建伦理纲常和统治秩序的共同精神纽带。为此，清代统治者竖起了尊孔崇儒的大旗，大力倡导儒家伦理思想，以此收服天下士子之心，消除汉人观念中的夷夏之大防。顺治二年，顺治帝尊孔子为“大成至圣文宣先师”；康熙帝时又赐匾额为“万世师表”，南巡时过曲阜，谒孔庙，并以九五之尊向孔子行三跪九叩之礼。其后，历代皇帝都颁有赞颂孔子的御书匾额。康熙帝大力倡导汉族的传统文化，并身先示范，孜孜不倦地学习。针对当时陆王心学已演变为空疏无用的现状，康熙帝大力倡导程朱理学，以取代陆王心学。为了纠正明末王学空谈误国，康熙帝崇儒重道，经筵讲论，孜孜以提倡程朱理学为事，身体力行，使之上行下效，蔚然成风。
上有康熙帝倡导，下有诸臣如汤斌、李光地、熊赐履、魏象枢、魏裔介、张伯行诸理学大家力行，再加上朝廷的强力推行，程朱理学又成为思想正统。康熙九年（1670），康熙帝亲撰“圣谕”十六条，晓谕国内；雍正帝又给十六条做了注释，改称《圣谕广训》。“十六条”及《圣谕广训》体现了以儒家伦理思想治国的理念，充分反映了清政府要将儒家思想充分贯彻到社会各个方面的意图，行教化，明人伦，正人心，定秩序，从而从根本上维护了清王朝的统治。
盟旗制度与满蒙联姻
早在后金时期，努尔哈赤就对蒙古各部予以笼络，结为友好。天聪六年（1632）三月，太宗皇太极征集蒙古各部，亲率大军远征察哈尔部林丹汗，收降林丹汗数万部众。天聪九年（1635）二月，林丹汗之子额哲率部民归降。崇德元年（1636），漠南蒙古16部的首领齐聚盛京，尊皇太极为“博克达彻辰汗”，奉为共主。与此同时，漠北蒙古各部也向清纳贡称臣。漠西蒙古和硕特部在首领固始汗的率领下在明末清初进居青海、西藏地区，与清保持和好纳贡的关系；准噶尔部于乾隆年间隶属清朝；杜尔伯特部于乾隆十八年（1753）归附清朝；土尔扈特部也于乾隆三十六年（1771）在首领渥巴锡汗的率领下返回祖国。至此漠南、漠北、漠西蒙古诸部及地区尽归属清朝。
清政府在绥服蒙古各部过程中，根据八旗制度的组织原则，结合蒙古原有社会制度，逐步建立起盟旗制度，分为总管旗和札萨克旗两种。盟旗并非独立自主的政权，它受中央政府直接统辖和节制，履行清廷委付的职责。在盟旗之上，一切重大军政事宜的最高裁决权属于理藩院；而地方性的重大事件，则报有关地区的将军、都统和办事大臣会办。通过盟旗制度，清政府对蒙古地区进行了有效的管辖，巩固了多民族国家的统一。
满洲统治者还以联姻为手段，笼络蒙古上层王公，密切满蒙之间的联系。入关前后，满蒙联姻总计达586次，满族皇家嫁给蒙古的女子（包括皇女公主及其他宗女格格）多达430名，仅在乾隆帝统治的60年间，嫁与蒙古的皇家女儿就有179人。满蒙之间保持了3个世纪的通婚，建立了世代姻亲关系。满蒙联姻，对满蒙之间的长期和好、清廷统辖与治理边疆蒙古地区以及民族融合，都起到了重要的作用。
康熙年间，清政府正式设立了木兰围场，每年夏秋之际，皇帝都要带领宗室亲王、文武百官以及蒙古王公、漠南蒙古内札萨克49旗、漠北喀尔喀和漠西、青海诸部的札萨克，到木兰围场狩猎，称为“木兰秋”。通过围猎，进一步加强了朝廷与蒙古各部上层人物的关系，密切了蒙古族各部之间的联系。自康熙二十年至乾隆六十年间（1681~1795），清帝举行木兰秋共89次，既训练了八旗军队，又团结了蒙古各部。
削平三藩
康熙初年，云贵的平西王吴三桂、广东的平南王尚可喜、福建的靖南王耿精忠，掌握地方军事、行政、财政大权，拥兵自重。而朝廷每年须向三藩供应大量的饷银，致使“天下财赋，半耗于三藩”。三藩势力日益膨胀，成为清王朝的心腹大患。康熙帝亲政后，将撤藩视为首要之事。
康熙十二年（1673）三月，平南王尚可喜以年老多病上疏，请求归老辽东，留其子尚之信继续镇守广东。此举给予康熙帝撤藩的借口，他指出“广东已经底定”，藩王坐镇已无必要，同意尚可喜告老，但不许留子镇守，“全藩家属兵丁，均行议迁”。吴三桂、耿精忠闻讯，先后上疏请撤藩，试探朝廷意旨。此事引起清廷大臣们的激烈争论，康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，“不早除之，将养痈成患”，吴三桂等“蓄异志久，撤亦反，不撤亦反”，决意撤藩。
同年十一月，吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，以复兴明室相号召，率先发动叛乱。一时间，吴三桂在各地的党羽、一些叛明降清的文官武将纷纷起兵响应，四川、湖南尽数陷落。次年三月，耿精忠在福州起兵叛乱。叛军攻城略地，势力在南方迅速蔓延。
吴三桂叛乱，举朝震动。年方20岁的康熙帝临危不乱，在策略上“剿抚并用”：下令停撤闽、粤二藩，凡归降叛军“即与保全，恩养安插”，以分化瓦解三藩阵营；同时调兵遣将，集中讨伐吴三桂。此时的八旗兵因生活优裕已失去了当年的凌厉气概。新一代的贝勒亦缺乏指挥作战的实际经验，所以战斗一再失利，战争局势对清军极为不利。
康熙十三年（1674）十二月，陕甘提督王辅臣举兵反叛。吴三桂分兵两路，一路由长沙出江西，分扰袁州，陷萍乡、安福、上高，与耿精忠叛军会合；另一路由四川窥陕西，企图与陕甘提督王辅臣会合，进逼京师。吴三桂亲赴松滋调度，扬言将决荆州夹堤灌城，暗中却分兵据夷陵东北的镇荆山，掠谷城、郧城、南漳等地，想与西北的叛军会合。
康熙帝首先采用招抚的办法，争取王辅臣重新归附；将甘肃提督张勇加恩重用，使之忠于清王朝，稳定了西北局势，然后集中兵力南攻。由于八旗兵战斗力下降，康熙帝大胆起用绿营兵将，破格提拔赵良栋、姚启圣等人，予以重用。同时令时任钦天监副的传教士南怀仁设计督造的新式大炮，迅速投入战场使用，增强了清军的战斗力，因而清军很快转为反攻。
康熙帝组织清军从荆州江北和江西两个方向展开进攻。
从江西方向迂回间道破袁州，又自醴陵克萍乡，乘胜直指长沙。吴三桂急忙率松滋等长江湖口前线驻军回援长沙，又从各方调兵遣将，全力扼守。康熙帝看到吴军全力回救长沙，便乘其湖口各路守备空虚之际，令清军自荆州渡江进攻，吴军溃败。
对于耿精忠，康熙帝以招抚乱其阵营，同时加强军事攻势。康熙十五年（1676）十月四日，耿精忠在大军压境、内部矛盾重重的形势下，率部投降。随后尚可喜亦主动致密函请降，康熙帝令其“相机剿贼，立功自效”。康熙十六年（1677）五月，清军抵达广东，尚之信（尚可喜之子）率部“归正”。陕西、福建、广东以及江西都先后平复，剪断了吴三桂的侧翼。
康熙十七年（1678）以后，战局对吴三桂更加不利。为了振奋士气，吴三桂于同年三月在衡州称帝，定国号为“周”，建元“昭武”。八月，吴三桂暴死，诸将迎立其孙吴世继位，改元“洪化”，退居贵阳。
康熙十八年（1679），清军平岳州、长沙、衡州等地，同时又收复湖南、广西。康熙帝下诏“当时倡叛，罪止吴三桂一人，所属人员均系胁从，情可矜恕”，投诚者“皆赦其前罪，论功叙录，加恩安插”，对叛军起了迅速瓦解的作用。康熙十九年（1680）正月，清军定汉中、复成都、攻重庆，克复四川。康熙帝命清军自湖南、广西、四川兵分3路，齐捣云南。康熙二十年（1681），清朝3路大军在云南会师，围攻昆明，吴世自杀，其余叛军投降。历时8年之久的三藩之乱至此平定。
三藩分裂割据，违背历史潮流；清朝平叛则是维护国家的统一，顺应民心。在平叛战争中，康熙帝年少智勇，表现出杰出的政治、军事才能，成为平叛胜利的重要因素。平定三藩之乱，消除了地方割据势力，加强了中央集权。
收复台湾
明天启四年（1624），荷兰殖民者盘踞台湾。郑成功北伐失败后，为了坚持长期抗清，决定收复台湾，并以此作为反清根据地。顺治十八年（1661）三月，郑成功率军进击荷兰殖民者。康熙元年（1662）正月，郑成功指挥军队从海陆两方面向荷兰侵略者发动了进攻。面对中国军队的强大攻势，荷军统帅终于在投降书上签字。至此，被荷兰侵略者非法占据38年之久的台湾终于回归祖国。台湾收复后，郑成功采取一系列政治、经济和文化措施经营台湾，促进了台湾的开发建设。郑成功死后，被人讥为“顽童”的郑经即位。
康熙帝开始欲以和平方式解决台湾问题，曾两次派人招降。但郑经请同朝鲜一样，“不剃发、不易衣”，希望维持独立状态，被康熙帝断然拒绝。
“三藩之乱”时，郑经参与了叛乱。康熙二十年（1681）正月，郑经去世，其子争立王位，局面混乱，新继位的郑克无力控制局面。康熙帝趁机用兵，下令以施琅为福建水师提督，统舟师进取澎湖、台湾。
康熙二十二年（1683），施琅率水师由福建铜山（今山东）出发，进攻澎湖。当时澎湖守将刘国轩严阵以待，各港口均派重兵把守，又在沿岸环20余里筑垒设炮，火力凶猛，清军舰船无法靠岸。这时又逢飓风突起，清军前锋颠荡飘散，被刘国轩派战舰包围。施琅督率大船指挥突围，拼死力战，才转危为安。
针对不利形势，施琅迅速调整战略，兵分三路，两翼配合，中路主攻。以50艘出牛心湾；50艘出鸡笼屿为奇兵牵制；施琅亲自率56艘，分8队，攻其中坚，以80艘为后队。随后发起攻击，激战竟日，焚敌舰190多艘。刘国轩力不能敌，退守台湾。清军占领澎湖后，乘胜追击，无奈搁浅鹿耳门，泊海中20日候潮竟不至。一日忽起大雾，潮高丈余，清军舟师乘势进攻。郑克哀叹：“先王得台湾，鹿耳门涨，今复然，天也！”七月，遂遣使议降，归顺大清。至此台湾平定，与大陆复归统一。
康熙二十三年（1684），清政府在台湾设1府（台湾府）3县（台湾、凤山、诸罗），隶属福建省管辖；并在台湾设巡道1员，总兵官1员，副将2员，兵8000；在澎湖设副将1员，兵2000。从此，在清朝中央政府的统一治理下，台湾的开发也进入了新的历史时期。
抗击沙俄入侵
从16世纪后半期起，沙俄势力开始越过乌拉尔山，50多年间占有了整个西伯利亚，并进一步觊觎中国的黑龙江流域。明崇祯十六年（1643），一支哥萨克人远征军进入精奇里江的支流布连塔河流域和黑龙江流域，烧杀抢掠，侵扰2年之久才退回。顺治六年（1649）春，沙俄富商哈巴罗夫组织第二支远征军，对黑龙江流域进行武装入侵，次年占领了雅克萨。顺治十年（1653），斯捷潘诺夫接替哈巴罗夫统率沙俄侵略军，在黑龙江上游呼玛尔河口筑垒防御。顺治十二年至十七年（1655~1660），清军几次出击俄军，基本剿灭了斯捷潘诺夫军。但一批来自叶尼塞的沙俄殖民者重新占据了尼布楚，康熙四年（1665），另一伙沙俄侵略者又侵占了雅克萨。俄军以雅克萨和尼布楚为据点不断蚕食黑龙江流域的领土，招降纳叛，挑拨离间各民族之间的关系，进行野蛮的掠夺和屠杀，使当地居民处于水深火热之中。
康熙帝初欲以和平方式解决问题，几次派人到雅克萨、尼布楚送信，令俄人退出，但俄军置若罔闻，变本加厉。“三藩之乱”平定后，康熙二十四年（1685）二月，康熙帝命令都统彭春、副都统郎谈、黑龙江将军萨布素统军3000多人，水陆两路进取雅克萨。五月二十三日，清军抵达雅克萨城下，依康熙帝命令向雅克萨俄军统领托尔布津发出警告，要求其速撤回雅库茨克。守城俄军虽不过450人，但执意顽抗。次日清军水陆配合，包围雅克萨。在城南“设挡牌土垄，施放弓弩”佯攻，而将“红夷大炮”架于城北，又在两翼放神威将军大炮夹攻。二十五日黎明，清军发起进攻，俄军血肉横飞，死伤惨重，俄军头目托尔布津被迫率残部出城投降。
清军对他们宽大处理，放其回国。然后摧毁雅克萨城，还驻瑷珲。
清军撤军不久，托尔布津残部在600多援军支持下，又重返雅克萨，加固城墙，深挖护城壕沟，企图长期盘踞。康熙二十五年（1686）二月，康熙帝命萨布素统兵2000，乘船沿黑龙江溯流而上，进击雅克萨。七月兵临城下，俄军凭借城坚粮足，负隅顽抗。双方对峙，战斗激烈。十一月底，托尔布津被大炮击中毙命，俄军仅剩百余人。清军将雅克萨围困达3个月之久，俄军外无援军，内断粮草，士兵多数患病。
这时俄国政府代表抵达北京，要求停战交涉，清军遂撤围。
康熙二十八年（1689）七月，中俄双方在尼布楚进行谈判，签订了《尼布楚条约》。该约从法律上肯定了格尔必齐河和额尔古纳河以东，外兴安岭直至鄂霍茨克海以南的乌苏里江和黑龙江流域，包括库页岛在内的广大地区，都是中国的领土。《尼布楚条约》是中俄双方在平等协商基础上签订的第一个边界条约。这个条约给中国的东北边疆带来了150年的和平。
统一新疆
清初，居住在中国西北方的蒙古族分为三大部，即漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古。漠南蒙古于清入关前即已归服。漠北喀尔喀蒙古下分札萨克图、土谢图、车臣三部。漠西厄鲁特蒙古部，明朝初期称瓦剌，明末清初时称为厄鲁特，居住在巴尔喀什湖以东、以南一带。厄鲁特蒙古又分为四大部：游牧于巴尔喀什湖以东、天山以北、伊犁河流域的称准噶尔部；游牧于乌鲁木齐附近地区的称和硕特部；游牧于额尔齐斯河沿岸的为杜尔伯特部；游牧于塔尔巴哈台附近地区的称土尔扈特部。17世纪以来，漠西厄鲁特蒙古的准噶尔部逐渐强大起来。崇祯初年，土尔扈特部因受准噶尔部的排挤，离开塔尔巴哈台牧区，向西远徙到额济勒河（今伏尔加河）流域游牧。
之后，和硕特部也因为与准噶尔部发生冲突，离开原牧地，向东南移牧青海一带。只有杜尔伯特部与准噶尔部是同族关系，仍然共牧于阿尔泰地区。
康熙初年，噶尔丹自立为准噶尔汗。为了实现割据一方的狂妄野心，噶尔丹在沙俄政府的唆使下，于康熙二十七年（1688）对漠北喀尔喀蒙古部发动了突然袭击。沙俄侵略者趁机引诱喀尔喀蒙古投降沙俄。喀尔喀部宗教首领哲布尊丹巴拒绝了沙俄的诱降，毅然率领数十万部众南归内地，归顺清朝。康熙帝把他们安置在科尔沁草原游牧，责令噶尔丹退兵，归还喀尔喀牧地。但噶尔丹依仗沙俄的支持，公然率2万多骑兵，以追击喀尔喀为名，深入内蒙，前锋到达乌珠穆沁境，距北京仅900余里。
形势紧急，康熙帝遂决定亲征，康熙二十九年（1690），清军兵分两路出击。右翼在乌珠穆沁作战失利，噶尔丹进入乌兰布通（今赤峰市境），距北京仅700里；但左翼清军以优势火器摧毁了噶尔丹的“驼城”，大败叛军。康熙三十五年（1696），清军于昭莫多（今乌兰巴托东南）截击叛军，噶尔丹战败，连夜溃逃。康熙三十六年（1697），康熙帝又亲率大军至宁夏（今银川），将叛军包围。
噶尔丹四面楚歌，走投无路，服毒自杀而死。
噶尔丹叛乱平定后，喀尔喀蒙古各部回到了原来的牧地，各部首领接受了清朝的封号。至此，外蒙古地区完全统一在清朝中央政府的管辖之下。清朝在科布多、乌里雅苏台等地派了将军和参赞大臣，掌管当地军政大权，加强了对外蒙古的统治。
噶尔丹死后，康熙帝因策妄阿拉布坦助剿有功，承认其为准噶尔汗，并划阿尔泰山以西的辽阔土地供其放牧。但策妄阿拉布坦羽翼丰满之后，也走上了叛乱的道路。他不仅控制了天山南北，而且妄图吞并西藏。康熙五十六年（1717）十月，策妄阿拉布坦派兵攻入拉萨，杀死拉藏汗，掳其妻子财物，囚禁拉藏汗所立的六世达赖意希嘉措，组织傀儡政权，控制了西藏。康熙五十九年（1720），清廷分兵两路入藏进击策妄阿拉布坦。康熙帝还令北路军在进军的同时护送新册封的七世达赖格桑嘉措入藏。
在藏族人民的帮助下，清军迅速驱逐了叛军，使西藏的局势稳定下来。这一年，七世达赖在拉萨坐床，康熙帝赐给封号，并派大臣分管前藏和后藏事务，又驻兵留守西藏。至此，西藏地区完全归于清朝政府的统辖之下。
雍正五年（1727），策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位为准噶尔汗。乾隆十年（1745），噶尔丹策零死，准噶尔部陷入了长期的内乱。贵族达瓦齐乘机自立，但属下官民纷纷归降清朝，使他陷入了众叛亲离的境地。乾隆帝认为最后平定准噶尔部分裂割据势力的时机已经成熟，遂决定大举出兵。乾隆二十年（1755）春，清军分北、西两路，各2.5万人，马7万匹，向伊犁进军。五月初，两路清军进抵伊犁。达瓦齐逃往南疆，为维吾尔族军民捉获，送至清廷。清军遂占领了准噶尔部全境。
同年，策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳在伊犁公开叛乱。次年，清政府出兵平叛。阿睦尔撒纳溃败，叛逃俄境。
当清政府打败准噶尔部时，曾受准噶尔部奴役的维吾尔族首领大、小和卓木乘机逃回老家。他们想独霸一方，煽动维吾尔族上层分子，发动叛乱。乾隆二十三年（1758），清政府派兵镇压。次年，叛乱被平定，大、小和卓木被杀。清政府在喀什噶尔等地设官驻兵，加强了对天山南路的管理。
清政府平定准噶尔部和大、小和卓叛乱，统一新疆后，实行了军府制统治。于乾隆二十七年（1762）设伊犁将军于惠远城（今新疆霍城），任命明瑞为第一任伊犁将军，为统治新疆全境的最高官员，统一行使对天山南北各地的军政管辖。伊犁将军之下，分设都统、参赞、办事、领队大臣，分别管理各地军政事务。清政府对新疆各族人民的统治，依据“因地制宜”、“因俗施治”的原则，采用了不同的办法。如对广大维吾尔族聚居地区依旧实行伯克（突厥语音译，地方官吏称号）制度，但是废除了伯克的世袭，伯克的任免权归于中央，并严格实行政教分离；在东疆汉人较多的地区实行郡县制；而对北疆的蒙古族和哈密、吐鲁番地区的维吾尔族，则实行札萨克制，即册封王、贝子、公等世袭爵位。吐鲁番地区军府制与札萨克制并行。
清朝政府在官员的任用方面还采取了以满族为主、各族官员并用的政策；经济方面，推行以农业为主，农牧并举的经济措施，减轻赋税，采取中央财政定额补贴制度等。清朝统治时期，新疆的社会经济得到了较大的发展。
平定大小金川叛乱
在四川西北部小金沙江上游，有大、小金川两个支流，生活在该地的居民与藏人同族，明代其领袖哈伊拉木被封为世袭的土司，称“金川寺演化禅师”。哈伊拉木的后裔卜儿吉细，于顺治七年（1650）降服清朝。康熙年间，嘉纳巴袭封“演化禅师”职，世袭传至其曾孙泽旺。嘉纳巴的一个偏房孙子莎罗奔，曾于康熙五十九年（1720）跟随清军入藏作战，在岳钟琪麾下立下战功，经由岳钟琪的保荐，雍正元年（1723）莎罗奔被封为安抚使，衙门设在大金川东岸的噶尔崖。旧土司官泽旺衙门居小金川的美诺。
莎罗奔于乾隆十一年（1746）劫持泽旺，夺取“演化禅师”之印，兼并了小金川。次年，莎罗奔公开叛乱，攻打邻近土司。四川巡抚纪山派兵镇压，被莎罗奔所败。清政府调云贵总督张广泗为四川总督，率军3万攻占美诺，但是莎罗奔及其侄儿据险死守勒乌围和噶尔崖。加上张广泗左右所用非人，一个是泽旺的弟弟良尔吉，暗通莎罗奔，清军举动尽为莎罗奔得知；另一位心腹是汉人王秋，也为莎罗奔收买，为莎罗奔通风报信。由此清军久攻不下，损失惨重。
乾隆十三年（1748），清政府派大学士纳亲为经略大臣赴川西督师作战。纳亲到后，斩杀奸细良尔吉和王秋，然后颁令全军，3日内攻克噶尔崖。然而3天之后，噶尔崖屹立如故，清军伤亡惨重。纳亲遂产生畏难情绪，“久而无功”。乾隆帝怒杀张广泗，赐死纳亲；改用岳钟琪为四川提督，傅恒为经略，再率清军攻打莎罗奔。岳钟琪久经沙场，调度有方，率领清军一路攻城略地，势如破竹，直逼莎罗奔据守地勒乌围。在包围勒乌围后，岳钟琪只带12名随从进入勒乌围，与莎罗奔畅叙旧谊，劝其归降。
次日，莎罗奔带领儿子郎吉，到傅恒军前投降，表示愿意退还所占临近土司的土地，发誓不再侵犯，服从大清，按时纳贡。傅恒秉承乾隆帝之意，赦免了莎罗奔，令其官复原职。
莎罗奔年迈，遂让其侄子朗卡主持军政事务。乾隆二十三年（1758），朗卡又起叛乱，逐走小金川和革布什扎的土司。四川总督开泰率清军联合其他几个土司的兵马击败朗卡，收复其侵占的地盘。乾隆二十七年（1762），朗卡又侵略党坝。乾隆三十一年（1766）乾隆帝令四川总督阿尔泰联合九土司兵攻大金川。大兵压境，朗卡屈服，不久病死；其子索诺木继任土司，并转而联合小金川。小金川土司僧格桑野心正炽，双方一拍即合，于乾隆三十六年（1771）同时发动叛乱，清军尽为大小金川兵所败。乾隆帝得知后，立赐阿尔泰自尽，派大学士温福督师，以尚书桂林代阿尔泰为四川总督，再次进剿大小金川。三十八年（1773），温福所率清军接连溃败，温福战死沙场，军粮被劫。乾隆帝时在热河“秋”，闻报后，“急调健锐、火器营二千，吉林索伦兵二千”增援，升阿桂为定西将军，严令剿灭叛乱。阿桂率军在十月间连续作战5天5夜，攻陷小金川的美诺。次年七月，阿桂兵分多路，同时出击，索诺木惊惧之下，毒死僧格桑，企图以此与清军讲和。阿桂置之不理，继续攻打，于乾隆四十年（1775）底，包围噶尔崖，将索诺木擒获，押送京师。
清政府先后用了20多年，终于平定了大小金川的叛乱。
为防止土司继续叛乱，加强管辖，清政府废除土司制，改置州、县。设美诺、阿尔古二厅，隶属四川省，同时将四川西北各地的土司，也相继改为州、县。这样不但加强了这一地区与内地的经济、文化交流，也畅通了四川至西藏的通道。然而，前后两役耗银7000万两，对于清政府财政也颇有影响。
加强对西藏的管辖
早在入关之前，清政府就与西藏有了联系。清朝初期对青藏高原蒙古和硕特部固始汗和达赖喇嘛封给名号，维持他们的统治地位。顺治元年（1644），清朝派使者入藏，邀请五世达赖。顺治九年（1652）正月，五世达赖喇嘛应召到北京觐见顺治帝。为迎接五世达赖，顺治帝专门为他在安定门外建造了黄寺，由户部拨9万两白银作为供养。次年清政府册封五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，册封固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”。
自此，达赖喇嘛的封号和其在西藏的政教地位遂正式被确定下来，确定了清朝对西藏地方的主权。
固始汗和五世达赖喇嘛去世后，在拉藏汗和摄政第巴桑结嘉措联合执政时期，围绕所谓真假六世达赖喇嘛（即第巴所立仓央嘉措和拉藏汗所立意希嘉措）之争，西藏统治集团内部出现了严重的矛盾分歧，政局动荡不安。蒙古准噶尔部乘机攻入西藏。康熙五十九年（1720），清政府驱逐了准噶尔部势力后，次年春对西藏政权进行了改革：彻底废除了蒙古和硕特部汗王和格鲁派的第巴共同管理西藏政务的制度，任命抗击准军有功的康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐3人为噶伦（意为“发布命令的官员”）共同管理西藏行政。另外，清政府还在拉萨、昌都、里塘等地驻兵，保卫地方。
雍正元年（1723）清廷又增加颇罗鼐和代表黄教寺院集团的扎尔鼐为噶伦，会同以前任命的3名噶伦管理藏务。但是5名噶伦之间早有矛盾，康济鼐、颇罗鼐同属后藏贵族，又曾联合抗击准军，因而结成一派；阿尔布巴、隆布鼐加上代表黄教势力的扎尔鼐，结成另一派。而七世达赖之父索南达杰，也与阿尔布巴一派串通，两派势成水火，斗争激烈。
雍正五年（1727）初，清廷派出僧格、马腊两人赴藏查看，阿尔布巴先发制人，于六月间杀死康济鼐，又发兵攻打颇罗鼐。颇罗鼐一面组织抵抗，一面派人奏报雍正帝。次年，颇罗鼐攻入拉萨，擒获阿尔布巴等人，交由僧格、马腊处置。颇罗鼐精明能干，对朝廷忠心，雍正帝遂令他一人总理西藏事务。次年，清廷正式在西藏设立了“驻藏办事衙门大臣”，大学士僧格、副都统马腊为正、副驻藏大臣，分驻前后藏，监督西藏地方行政。此后直到乾隆十二年（1747），西藏在颇罗鼐的主持下，社会稳定，生产发展。颇罗鼐也因此先后被晋封为贝子、贝勒、多罗贝勒、郡王。
乾隆十二年，颇罗鼐病逝，其子珠尔墨特承袭父爵后，野心显露，暗通准噶尔。乾隆十五年（1750），驻藏大臣傅清、拉布敦诱杀珠尔墨特，他们二人也被珠尔墨特部下所杀。事变发生后，七世达赖迅速擒获凶手，奏闻朝廷。
乾隆帝随即派四川总督策楞、提督岳钟琪率军入藏处理善后事宜。总结西藏历次动乱教训，乾隆帝决定废除封王制度。乾隆十六年，清政府正式在西藏建立噶厦（西藏地方政府），设置4名噶伦，规定3俗1僧，共同处理政务。同时，清廷授权达赖掌政，遇有大事，噶伦须向达赖和驻藏大臣请示，自此西藏确立了“政教合一”的地方政权。
乾隆五十六年（1791）八月，尼泊尔的廓尔喀军入侵西藏。同年十一月，乾隆帝派福康安、海兰察率1.7万大军入藏驱逐廓尔喀军。次年五月，将廓尔喀军逐出西藏；七月攻入尼泊尔境内，廓尔喀王请降，九月，清军班师凯旋。乾隆五十八年（1793），清政府颁布了《钦定藏内善后章程二十九条》，由八世达赖在全藏公布，成为法典。《二十九条》的主要内容包括：明确规定驻藏大臣的地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，监督办理西藏事务（这是对驻藏大臣职责和地位的首次明确规定）。噶伦、代本等高级僧俗官员由达赖喇嘛和驻藏大臣会同选择，呈请中央政府任命；下级官员则由驻藏大臣与达赖喇嘛会同挑选。建立西藏地方的常备军，定额3000人，分驻前、后藏，拉萨、日喀则各驻1000，江孜、定日各驻500，驻藏大臣负责管理和训练西藏常备军队。确定了著名的金瓶掣签制度，即每世达赖、班禅的转世灵童必须在驻藏大臣监督下，经由乾隆帝所赐的金瓶掣出，再报中央政府批准；其后坐床，也须由驻藏大臣“看视”，报告皇帝。西藏的一切涉外事务均由驻藏大臣办理。西藏地方政府的收入统由驻藏大臣稽查。由驻藏大臣派员监督铸造银币。从此，驻藏大臣的政治权力更加巩固，达赖喇嘛和班禅额尔德尼平等的宗教地位和政治地位进一步确立，清朝治理西藏的制度更加完善。
经过对边疆地区100年之久的用兵，到乾隆时，形成了幅员辽阔的清帝国，实现了空前的巩固和统一。在这块辽阔的疆域内，生活着汉、满、蒙、回、藏、维吾尔、壮、苗、彝、布依、畲、纳西、侗、白、土家、黎等50多个民族，形成了统一的多民族国家，基本奠定了近代以来中国的民族格局。