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明帝刚走，王敦派的追兵就赶到了。他们来到明帝刚停留的旅舍前面，见有一位老妇人正在那里坐着卖饭，便下了马向老妇人打听：“见到有两个骑马的人从这里经过吗？”
老妇说：“是有两个人从这里过去，他们走了半天了，恐怕已经走远了。他们在这里吃了点儿东西，就走了。哦，对了，有个黄头发的小伙子还给了我一个鞭子呢，很好看的鞭子啊，我从来也没见过这么好看的鞭子。”说着，从口袋里把明帝给她的七宝鞭掏了出来，递给士兵们看。
这几个士兵接过七宝鞭，看到上面镶嵌了好几十颗珠宝，亮晶晶的，煞是好看，几个人轮流把玩着，欣赏着，看了好久，后来感觉东西再好，也不能归自己，便恋恋不舍地交还给老妇人。
有个士兵看到了不远处的马粪，便说：“咱们过去看看吧，如果马粪都凉了，就说明人早已经走远了。”
他们走了过去，有两个人还发扬了“不怕脏”的精神，用手摸了摸，说道：“嗯，马粪确实凉了。他们肯定过去半天了。”
“咱们追也不会追上的，就回去算了。”
几个人只得失望而归。明帝就这样逃脱了追捕。
六月二十七日，明帝司马绍进行了战略部署。任命司徒王导加大都督、假节，领扬州刺史；以丹杨尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦守石头城；以光录勋应詹为护军将军、假节，督朱雀桥南诸军事；以尚书郗鉴行卫将军，都督从驾诸军事；以中书监庾亮领左卫将军；以尚书卞壶行中军将军。征召平北将军、徐州刺史王邃，平西将军、豫州刺史祖约，北中郎将、兖州刺史刘遐，奋武将军、临淮太守苏峻，奋威将军、广陵太守陶瞻等还朝护卫京师。
明帝的信任和重用，调动了王导的工作积极性。他向明帝司马绍献计说：“王敦这一病，已经好几个月了。是人所共知的事情，更是王敦将士上下皆知的事情，咱们现在一齐称说王敦已死，一是鼓舞我军士气，二是可以让叛军丧失战斗意志。”
司马绍高兴地说：“哈哈哈，这一招高明，就这么办。”
一时间，京师里到处都在传言大将军王敦已经病死。这时候，王导带领京师琅琊王氏子弟为王敦举行了隆重的丧礼。
司马绍在宫中说：“王敦已死，朕现在宣布：下诏讨伐王敦的党羽。”
于是晋朝将士上上下下都以为王敦已死，士气空前高涨。
王敦接到司马绍讨伐王敦党羽的诏书后大怒，但因病重而不能领兵，于是马上命令：以诛杀奸臣温峤为名号，以王含为元帅，带领钱凤与冠军将军邓岳、周抚领兵攻向建康。
王敦反叛之前试探性地询问记室参军郭璞起兵的吉凶。
郭璞（276年—324年），字景纯，汉族，河东闻喜县人（今山西省闻喜县），东晋著名学者，既是文学家和训诂学家，又是道学术数大师和游仙诗的祖师，他还是中国风水学鼻祖，著有《葬经》。
郭璞毫不讳言，当即回答说：“大将军起兵将一事无成。”
王敦很不高兴，但还是耐着性子继续问道：“那么你再算算我的寿命如何呢？”
郭璞说道：“根据刚才的卦象来看，大将军起兵则寿命不长，但是如果回到武昌，寿命则不可限量。”
王敦怒不可遏：“那你知道你的寿命如何？”
郭璞毫不迟疑，当即答道：“我的小命儿就在今天中午结束。”
王敦喊了一声：“来人，把这个逆贼给我押走。”
中午时分到了，果然有两个士兵押解着郭璞往外走去。
郭璞问道：“这是去哪里行凶呢？”
士兵答道：“南岗头。”
郭璞说：“必是两棵柏树下面。”
两个士兵走到南岗头一看，果然有两颗柏树。
两个士兵刚要行凶，只听郭璞说道：“树上还有个很大的老鸹窝呢。”
两个士兵看了半天，也看不到老鸹窝，说道：“不会有吧？”
郭璞说道：“肯定有，你们再仔细找找啊！”
两个士兵又找了半天，才看到了层层叶子之间藏着的一个大老鸹窝。
后来，晋明帝得知郭璞被害的经过，很敬佩他。想为郭璞建坟立碑，但尸首已找不到。他的亲人、朋友献出了保存的郭璞衣冠，葬在玄武湖畔。这便是郭璞衣冠冢的来历。
七月初一，王含水陆并进，领五万兵到江宁南岸，逼近建康，京师人心惶惶。
温峤率军移驻北岸，并烧毁朱雀桥，令王含不能渡过秦淮河攻击。
王导向王含写信向王含劝降，但王含没有回复。
七月初二，明帝司马绍亲率诸军出屯南皇堂。并在夜里招募壮士，派将军段秀和中军司马曹浑等率一千勇士夜间渡过秦淮河，趁叛军立足未稳，进行了突袭，取得了初步胜利。
清晨，后续主力部队跟随先头部队在越城突然向王含大军发动攻击，大破王含军，并斩其前锋将领何康。
此时的王敦，身在姑孰，一颗心却始终牵挂着建康的战事。
士兵来报：“朝廷大军在越城击败王含元帅……”
王敦闻听大怒。他对养子王应说：“我那都是战无不胜的士兵啊，怎么会吃败仗呢？咳！一个个都说是将军啊，元帅啊，听起来真他娘的好听，打起仗来，才知道真他娘的窝囊。还是我去吧，我要亲自领兵，再度拿下建康城！”
他挣扎着要从床上坐起来，但因病重乏力却无法起身。只好哀叹一声。
王应说：“一时失利而已，父亲不必担心。”
王敦嘱咐王应说：“我看这次胜负难料。胜算太少。我的病越来越重。我死后，你们应该先设置文武百官，然后在处理丧事……”
王应说：“父亲放心，你一定能够康复的。”
士兵再次来报：“钱凤、邓岳率军攻打建康，与司马绍亲自率领的军队多次交战，我军无法对抗，节节失利……”
王敦还没听完，就气得吐了一口鲜血，不一会儿便气绝身亡。享年五十九岁。
王应冲外边喊了一声：“来人，把他的尸体装殓起来，准备发丧。”
这时，谋士诸葛瑶对王应说：“不可。现在大将军归天，我们千万不可发丧，如果派出去的大军得知大将军去世的消息，那么他们一定不肯尽心出战。”
王应疑惑地问道：“那么这具尸体应该怎么办呢？”
诸葛瑶说：“不如就地掩埋。弄个草席，把尸首包裹起来，再埋在屋中。不但不能发丧，还要假装快乐，让士兵们尽管去攻建康，等到占领京师，然后再发丧不迟。”
王应听从了这一建议：暂不公布王敦死讯，用席子包裹王敦尸身，外面涂蜡，埋在议事厅中，然后和诸葛瑶等人日夜纵酒淫乐。
议事厅中，下面是老将军慢慢腐烂的尸首，上面是歌舞宴饮的不孝子侄和大不敬的部下。
前任宗正虞潭在会稽自发组织义军讨伐王敦叛军。初九，沈充率万余人与王含等将领会合，在陵口修筑营垒。
十六日，刘遐、苏峻等率精兵一万人到达京师。明帝连夜接见慰劳他们，赏赐鼓励将士。
义兴人周蹇杀了王敦所任命的太守刘芳，平西将军祖约将王敦任命的淮南太守任台驱逐出寿春。
二十四日，王含率军渡水来攻。护军将军应詹率领建威将军赵胤等率军迎战，未能取胜。王含军到达宣阳门。北中郎将刘遐、苏峻等从南塘横向截击，大破王含军。刘遐又在青溪击破沈充军队。
王含一看大势已去，于是在二十五日，烧毁营垒连夜逃走。
二十六日，明帝得胜回宫，宣布实行大赦，但是王敦的忠实走狗除外。明帝分别派遣诸将继续追剿王敦党羽残余势力，派庾亮跟苏峻率军追击沈充，温峤跟刘遐率军追击王含、钱凤。
王应和父亲王含准备投靠王含的堂弟荆州刺史王舒和江州刺史王彬。
王含对王应说：“大将军（王敦）平时和王彬的关系很一般，而你却想去投靠他？”
王应说：“是的，这才是应该去的原因。王彬在别人强大的时候，能够坚持不同意见，不趋炎附势，这不是普通人所能做到的；到了看见别人衰败、危急时，就一定会表示同情。王舒稳重守法，怎么能按意料之外的做法办事？”
王含不听他的意见，王应也没有坚持，于是两人便一起投奔王舒。王舒果然把王含、王应父子沉入长江。
王彬听说王含、王应会来，暗地里准备好了船来等候他们。但是他们最终也没来，王彬深感遗憾。
王敦尸首被起出，焚毁他的衣服并斩下头颅示众。钱凤到阖庐洲时投奔周光，被周光杀死。
沈充兵败回到吴兴，逃亡的时候迷失了道路，误入他的故将吴儒家，吴儒把沈充诱骗到屋内夹墙，笑着说：“哈哈，抓住你了，我就成了三千户侯了啊！”
沈充曰：“我劝你不要贪图什么三千户侯之类的高官厚禄。如果你以过去的情谊保护我，我家定当给你厚报。如果你受利益诱惑，杀了我，你将招致灭族之祸！”
吴儒不听沈充的劝解，执意杀死了沈充，并将首级传到京师。与王敦的头一同挂在朱雀大街上，向平民展示。后来王敦的尸首都没有人敢收葬，最后在尚书令郗鉴的建议下才让王敦家属收葬。
后来沈充之子沈劲确实将吴儒一家灭族了。
至此王敦之乱正式结束。
王敦覆亡后，王敦各党羽都被追捕，但琅琊王氏并未被牵连，如王导等人甚至还获得加官晋爵。朝廷论功行赏，封王导始兴郡公，食邑三千户，赐绢九千匹，进位太保。又加剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名的特殊礼遇，王导推辞不接受。
朝廷论功行赏，封丹杨尹温峤为建宁县公，尚书卞壶为建兴县公，中书监庾亮为永昌县公，北中郎将刘遐为泉陵县公，奋武将军苏峻为邵陵县公，食邑各一千八百户，绢各五千四百匹；尚书令郗鉴为高平县侯，护军将军应詹为观阳县侯，食邑各一千六百户，绢各四千八百匹；建威将军赵胤为湘南县侯，右将军卞敦为益阳县侯，食邑各一千六百户，绢各三千二百匹。其余将士封赏不等。
冬十月，以司徒王导为太保，兼领司徒，应詹为平南将军、都督江州都军事、江州刺史，刘遐为监淮北诸军事、徐州刺史，庾亮为护军将军。下诏申明：对王敦叛乱的胁从者一律不再追究。
苏峻凭着协力平定王敦之乱有功获得封赏，并且威望渐渐增长，军事力量也日益强大。但同时苏峻也越来越骄傲自满、妄自尊大，并慢慢对朝廷产生了异心，最终导致了后来的苏峻之乱。
王敦之乱期间，东晋集中应付内斗，对于北方后赵的侵扰都没有力量去应付，导致后赵在这一期间夺取了东晋的大片土地。
石勒早就对曹嶷拥兵自重不满，趁东晋无法顾及北方之时，命令石虎率领步兵、骑兵四万，进攻曹嶷于广固（山东益都县西北）。曹嶷部下东莱太守刘巴、长广太守吕披相继投降，曹嶷也只得投降，被石勒杀死于襄国。
这个一向杀人不眨眼的石虎要将俘虏的曹嶷士兵和百姓三万人尽数活埋。新任命的青州刺史刘征说：“赵王任命我来当刺史，是要治理人民的，你现在要把人杀光，那还要我这个刺史做什么？我还是跟你回去吧！”
石虎这才留下男女七百口与刘征。于是，青州郡县完全归于后赵石勒。
石勒派将兵都尉石瞻，攻取东晋的下邳（江苏睢宁县西北）、彭城（江苏徐州市）、东莞（山东沂水县）、东海（山东郯城县北）等郡。又派司州刺史石生，攻杀前赵河南太守尹平于新安（河南新安县），破垒壁十余所，掠五千户而还。这下可好，捅了前赵的马蜂窝。不过，前赵后赵早晚必有一战，自然是无法避免的。
很显然，后赵王石勒从东晋的内乱中明白了一个道理：外边的敌人不可怕，身边的敌人更需在意，不得不防。于是，他对他建立的赵国以及襄国的治安加强了戒备，并且不断亲自查访。
当时后赵的宫殿已经建成，开始有出入门户的限制。
有一个胡人喝醉了酒，骑马闯入止车门。
恰好这个事被石勒发现了，石勒大发雷霆，厉声斥责宫门卫队小队长冯翥。
石勒对冯翥曰：“君王有令则行，有禁则止。当今政令畅通传于天下。宫禁之地更应该严格执行！刚才这个骑马的人随随便便闯入宫廷，你怎么也不查问清楚就让他进来了呢？”
冯翥惊惶恐惧，忘了忌讳，连忙跪下对石勒说：“刚才这个是个醉酒的胡人骑马冲进来，我虽极力呵斥禁止他，但他十分蛮横，简直没法和他交谈，他就强行冲进来了。”
因为后赵王石勒本身就是羯族，是胡人，所以他建立后赵，明确胡人为国人，并且施用刑法非常峻刻，特别忌讳“胡”这个字眼。
跟随在石勒身边的记室参军徐光教训他说：“大胆冯翥，忘了新的法令忌讳这个词了吗？”
冯翥更加惶恐，说：“情急……急……之下，说……说错了话，死罪死罪。”
石勒却笑着说：“哈哈，胡人本来就难以和他们言谈。恕你无罪。”
石勒法外开恩，饶恕了冯翥，不再追究。
冯翥赶紧谢恩：“谢陛下不杀之恩！”
夜间石勒还要微服出行，检视察看各营帐守卫。
这天夜里，石勒独自来到永昌门，向守门人提出要出城。
守门人不认识石勒，说：“城门早就关了，要出城，只有等天明了开了城门才能出去。”
石勒说：“你是看门的，做不了主吧？找你们的守门官，肯定让我出去。”
守门人一指，说：“那边坐着的就是我们的守门令王假。”
石勒说：“我过去看看他到底是真的假的，说话管事儿不。”
石勒走过去，深施一礼，说道：“大人是这里的守门令吧？俺家里有点儿急事儿，需要现在出城一趟，请守门令大人给以方便。”
守门令王假看了一眼石勒，并不知道眼前站立的人就是赵王。说道：“城门日出而开，日落而闭。定时开关，这可是赵王严令。你就是有天大的事儿，也得等到明天开城门后才可以出城……”
石勒说：“大人啊，可俺确实有急事啊。”说着他从随身布包里拿出几根金锭和几匹绸缎递给守门令王假请求出门，说，“一点儿意思，请笑纳。”
永昌门守门令王假把脸一沉，说道：“好小子，你胆子不小啊，竟敢贿赂本官，这是罪过一；违反禁令黑夜要出城，肯定有不可告人的目的，这是罪过二。来人啊！把这个人给我绑起来。”
话音刚落，就上来几个守门兵士拿着绳子要把石勒捆绑起来。
“住手！”随着一声断喝，就见一群士兵陪同一位将军赶了过来。守城门的士兵赶紧停手。
守门令王假认识这位记室参军徐光，赶紧跪下行礼。
徐光说：“你们真是狗胆包天啊，知道你们要捆绑的人是谁吗？这是咱们的赵王啊。怎么？还不赶紧赔罪吗？”
王假及手下的守门兵士大吃一惊，赶紧跪在地上，磕头如捣蒜，口称死罪，说道：“不知赵……赵……王驾到，多有冒……冒……犯，罪……罪……该万死！”
石勒看了他们一眼，啥话也没说，就跟着徐光和卫兵回宫了。
王假及一帮守门士兵一见赵王离去了，大概是吓破了胆，好半天才爬了起来。
王假及手下守门人一夜惴惴不安。总担心这个杀人魔王随时派人来要了他们的小命儿。
但是这一夜竟然平安无事。
第二天，王假刚办完交接班，准备回家休息，突然接到一道赵王圣旨，要他立即进宫面见赵王。
王假当即两腿发软，几乎栽倒。
但是王命不可违，害怕也得去啊。临行前，他让手下去告诉家人：“到晚上如果不见我回家，就准备棺材吧，肯定是小命玩完了。”
来到宫殿门外，宫门太监让他进殿。
王假进得殿来，慌忙跪下磕头：“罪臣王假叩见陛下，愿陛下万岁万岁万万岁！”
石勒说：“卿何罪之有啊，免礼平身吧。”
王假说：“谢陛下。”
石勒对记室参军徐光使了个眼色，徐光说道：“王假接旨。”
王假慌忙又跪下。
徐光说，“赵王旨意：查守门令王假忠于职守，特任命为振忠都尉，赐封关内侯。”
王假惊喜不已，赶紧磕头，说：“谢陛下洪恩！”便退了出去。
不知道这“钓鱼执法”的行为是否就是从赵王石勒这里开始的。