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永昌元年（322年）正月，王敦举兵向建康进发，以诛刘隗为名并向朝廷上奏刘隗的罪状。王敦的死党沈充也在吴兴举兵响应王敦。
沈充（？－324年），字士居，吴兴人。《晋书·列传第六十八》说他：“少习兵书，颇以雄豪闻于乡里”。深得王敦器重，推荐他担任了参军，后来担任宣城内史。
王敦对朝廷不满，多次扬言要造反。沈充也多次提出过反对意见，但王敦反意已决，不听劝谏。
永昌元年（322年），王敦上表讨伐刘隗，沈充积极招募兵士响应，王敦任命他为都督，统率东吴军事。
沈充向王敦推荐同郡钱凤。王敦任命钱凤为铠曹参军，这二人都支持王敦反叛。
王敦大军开到芜湖时又向朝廷上奏另一位宠臣刁协的罪状。司马睿对王敦的行为十分愤怒，于是决意与他决战，要亲率六军与王敦对抗，并命令刘隗和戴渊回建康准备防卫王敦的进攻，又下令：不管是谁，只要斩杀王敦就可被封为五千户侯。
在朝中任光禄勋的王敦兄长王含闻讯赶紧悄悄去找丞相王导，他对王导说：“王敦已经反了，咱们也该考虑一下咱们的退路了。”
王导若无其事地说：“什么退路呢？”
王含说：“王敦造反，司马睿对王敦无可奈何，可是对咱这些在都城的同族同宗，扔一句话就能灭门啊！当今之计，咱们应该去投靠王敦，即便不找王敦，也该离开这里，躲藏起来。以免灭门之灾。”
王导摇了摇头，说：“我哪里也不去。”
王含说：“你功劳再大，当皇帝的不信任你，把你架空这还是轻的。如果刘隗、刁协在司马睿耳朵边儿加把柴禾，司马睿的火气大起来，就会要了你的命。还是赶紧逃走吧！世界上没卖后悔药的。”
王导看也不看他，一直保持沉默。
王含见王导意志坚定，便说了一声“我走了啊。”自己偷偷乘船投奔了王敦。
王敦在芜湖驻扎下来，是为了等候梁州刺史甘卓——本来说好同他一同进攻的。
王敦并没等来甘卓的大军，等来的是甘卓的参军孙双。
王敦张口就责问孙双：“甘卓怎么搞的啊？说好了一同进军，怎么等到现在又没动静了呢？”
孙双说：“甘将军派我来是让我转告大将军，还是算了吧。他不想跟朝廷对着干。也让我劝你赶快悬崖勒马吧。”
王敦说道：“开弓没有回头箭！你回去告诉老甘，让他马上带兵前来，共同举事。事成之后，我一定把他封为公爵。”
孙双说：“那我回去看看他是啥意思吧。”然后就回去了。
王敦也想得到湘州刺史司马承的支持，写信告诉司马承，让他担任军司，共举大事。但是被司马承严词拒绝了。
王敦左思右想，感觉自己若是起兵继续前进，虽然没有了祖逖那样的强势对手，但是背后有甘卓这样的老将，也可能会是自己的心腹之患啊。他见许诺给甘卓公爵之职，甘卓仍然犹豫不决，按兵不动，便让人叫来参军乐道融。
王敦对乐道融说：“你前往襄阳跑一趟，一定要设法说服甘卓，让他跟咱的大军共同起事我才能放心。”
乐道融应了一声就走了。
再说甘卓，这个人本来就是个犹犹豫豫，首施两端的大老头子。他对王敦的反叛行为一会儿赞成，一会儿反对。
开始王敦邀请他共同起事，他同意了。结果没几天就后悔了，就派参军孙双去劝说王敦不要起事。结果王敦让孙双告诉他共同起兵之后，给他个公爵，他又感觉那样挺好的，便又想跟王敦前去会师。
不料这时候湘州刺史司马承派主簿邓骞来劝甘卓反对王敦，支持朝廷。又让这个老头子犹豫起来。虽然邓骞多番规劝，但甘卓仍然不能决定立场。
这个时候王敦的参军乐道融来到了。谁也没想到的是，这个执行王敦任务的“使者”却是王敦的反对者。乐道融愤恨王敦目无君上，图谋夺位的行为，于是他背叛王敦，反而劝说甘卓与他合作，袭击王敦的根据地武昌。
甘卓听后终于有了主意，做出了决定：“命令参军司马赞派人通知巴东监军柳纯、南平太守夏侯承、宜都太守谭该，王敦叛逆，命令他们率兵讨伐；命令孙双负责到台城上报，并联络司马承和广州刺史陶侃，正式讨伐王敦。我将自领中军起兵向武昌进攻。”
甘卓宣布进攻武昌后，武昌百姓都大惊逃散，而朝廷接到甘卓反王敦的上奏后都十分高兴，并任命甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆梁二州诸军事，荆州牧。
王敦派南蛮校尉魏义率军二万进攻湘州治所长沙，因长沙城城池不稳固而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧，有人劝司马承放弃此城投靠陶侃或退守零陵或桂阳，但司马承坚持要婴城固守。甘卓写信给长沙城的司马承，建议采用围魏救赵的计策，由甘卓出兵沔口断绝王敦归路，借以解除长沙之围。但司马承劝他直接攻击王敦。
又赶巧了——这个时候，王敦也派人来跟甘卓求和，来的人是甘卓的弟弟甘昂。甘卓的老毛病又犯了——犹豫起来没完没了，在猪口驻军停滞不前，并且一直停了数十日静观其变。
王敦抓住战机，一直猛攻向前。
公元322年二月，被召还建康防守的刘隗回京时受到百官在道上欢迎。刘隗一身戎装，端坐在马上，意气洋洋，镇定自若。
刘隗入宫后与刁协要求司马睿因王敦叛乱应尽快诛灭琅琊王氏，但遭到司马睿拒绝。于是刘隗、刁协心生畏惧，他们心里清楚：司马睿不杀琅琊王氏，显然是为皇室留了一条后路，也充分说明司马睿铲除王敦叛乱的决心并不彻底。但是王敦打出的旗号是“清君侧”，并且指明了就是来杀刘隗、刁协的，不管这理由是真是假，你说刘隗、刁协在此情况下，能不倒吸一口凉气吗？
王导为代表的琅琊王氏，当然不是傻子。在丞相王导亲自带领下，宗族子弟二十多人连续多日到皇宫门前请罪。
武城侯周凯正好进攻面圣，遇见王导。本来周凯就跟王导、王敦关系不错，所以王导就对周凯说：“我这一家老少百十口子，可就全托付给您了！”
周凯一句话也没说，径直走了过去。
周凯进宫后，交上自己的奏折，向司马睿奏道：“王敦虽然作乱，但是跟王导没有关系。现在王敦造反，臣恳求陛下不能连累无辜，不要牵扯到整个琅琊王氏，现在王导带领王氏子弟跪在宫门口好几天了，臣以为不应该让王导他们战战兢兢跪在宫门外这么长时间……”
司马睿说：“好吧，朕答应你就是了。”
周凯高兴地说：“圣上英明。”
等周凯走出宫门的时候，王导还带领着王氏弟子跪在宫门口。
王导怯生生地问道：“皇上怎么说的呢？您帮我们一家子求情了吗？皇上治不治我们的罪呢？”
周凯大概是想学习雷锋做好事，当无名英雄。便故意卖了个关子：“今年把乱臣贼子剿灭了，一定能够拿到斗大的金印挂在胳膊肘上。”
王导一听：这是什么话啊？着三不着两的——看来他周凯不给我王导帮这个忙啊！
你说你周凯也真是的，人家一家子，都心急火燎地期盼救星呢，这个火烧眉毛的关键时刻，你却跟他们玩深沉，他们心里能不记恨你吗？
过了半天，皇帝下令了：“王敦造反，跟没参与叛乱的琅琊王氏无关。”让跪着请罪的王氏一族平安回家，不必担心受到连累。王导这才放下心来。
皇帝司马睿下令：“任命王导担任前锋大都督，戴渊任骠骑将军，周札为右将军、都督石头诸军事。”皇帝还命令王导、王敦的堂弟王廙（yi）去劝说王敦，但王敦不听，甚至留下王廙自行任用。
王敦一路没费多大劲儿，就打到了建康外围。
见王敦逼近都城，司马睿命令刘隗守金城，周札守石头城。司马睿亲自领军在城郊准备迎战。
王敦兵临石头城，打算进攻金城，打击刘隗。
部将杜弘对王敦说道：“听说刘隗训练了不少的敢死队员，所以我认为刘隗防守的金城不易攻克。我建议先攻石头城。因为周札对士兵少有恩德，大伙儿都不服他，这样石头城可能比较易于攻克，而石头城一旦被击破，刘隗就会退走。”
王敦听从了这个建议并进攻石头城（建康西边的军事要塞），果然周札主动打开城门投降。王敦因而占据了石头城。
司马睿一看王敦都攻进“家门口”了，也急红了眼。于是命令刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军大举进攻石头城，但不幸的是都被王敦大军打败。
太子司马绍是个智勇双全的人才，他得知诸军兵败后打算亲率部分将士去跟王敦决一死战，但在太子中庶子温峤的多次劝说下没有出战。
公元322年三月，王敦在石头城中拥兵自重，不入宫朝见司马睿，还放纵他的士卒四处抢掠。于是当地大乱，官员都逃走了，只余下安东将军刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。这时司马睿一看大势已去，也只好脱下戎服，派使者向王敦求和。
这时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪对二人说：“两位爱卿，你们快点儿逃走去避祸吧，晚了恐怕朕也没法保护你们啊！”
这时候，刘隗和刁协也流着泪劝司马睿：“那圣上要多保重！”
皇帝也拨给了他们二人一部分人马保护他们逃走。
刁协因年老而不能骑马，又对人没有恩情，平时喝醉了，说不定骂谁。所以元帝指派卫兵给刁协当随从时，这些卫兵竟然全都推辞，没有一个“志愿者”。皇帝只能硬性指派了几个人护送刁协。所以刁协一行离开都城没多远，刚走到江乘刁协就被杀了，首级被送到王敦那里。后来司马睿得知刁协被害，马上秘密派出“暗杀小组”，后来将杀害刁协的凶手干掉了。
相比之下，刘隗逃跑还是比较顺利的，他带着几百人的队伍，携带着家属子女向北逃去，归顺了后赵。
司马睿此后便命令百官到石头城去拜见王敦。还任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公。王敦一边假意辞让，一边继续攻破了建康。
既然朝廷失败，向王敦求和，本着“求和”的诚心诚意，司马睿只好同意王敦任意处置朝中大臣。
王敦责备王导说：“我早就说过，司马睿不靠谱儿，当年咱们就该按我说的，让司马睿靠边站，立个年龄小的当皇帝，那样他肯定比司马睿听话。你看看，你当初不听我的话，结果你我都受到排挤和牵制，导致了内乱，几乎让咱们琅琊王氏灭族。”
王导说：“咱们是做臣子的，是在保着司马氏打天下。不能有控制朝廷控制皇上的心理。也就是不能有不臣之心。我赞成你清除奸党，但不同意你扰乱朝纲。”
王敦说：“我争论不过你，但我从来就佩服敬重你。你说吧，让我清除谁。”
王导说：“是你带领大军杀了过来，要求‘清君侧’的，你自己看着办。”
王敦说：“主要人物刘隗归附石勒了，刁协也被杀了。现在其他有威胁的就是戴渊和周凯了。戴渊我是一定要杀的，至于这个周凯是该重用还是该杀掉，因为过去跟咱的关系不错，我还拿不定主意，你说，这个周凯可以重用吗？”
王导不置一词。
王敦继续问道：“那就是该杀掉他了？”
王导想到了前段日子，在宫殿门口面对着自己茫然无助的表情，周凯事不关己，超然物外的潇洒神态，就觉得这人可恶。但是王导不喜欢杀人，所以他还是沉默以对。
王敦说道：“好吧，那我就杀掉他们了。”
王导还是没有说话。
于是，王敦下令，杀掉了戴渊和周凯。
可是没过几天，王敦弄来了最近一个时期的奏章，王导在清理过程中，发现了周凯写给皇帝的奏章，奏书里边言辞恳切地请求皇上不要因为王敦造反，就牵连到王导等琅琊王氏其他无辜人员……
王导一下子傻了。半天才哽咽着说：“我虽不杀伯仁（周凯的字），伯仁却因我而死啊！我在迷迷瞪瞪中犯了大错误啊。”他痛哭流涕，悔恨不及。
从此，“我虽不杀伯仁，伯仁因我而死”便成了一句成语。
王敦见太子司马绍勇敢而又有谋略，而且受到朝野上下的一直拥戴，感觉这个人，将来有可能成为自己的心腹大患。王敦于是打算给他安个不孝的罪名废了他。以免日后阻碍自己专政。
于是，又一次宾客聚集一堂的时候，王导故意说司马绍不孝的故事，而且说：“这是温太真（温峤的字）说的。他做过东宫率，后来在我手下做司马，很了解太子的情况。”
一会儿，温太真来了，王敦摆出威严的样子，问温太真：“皇太子为人怎么样？”
温太真回答说：“小人无法揣测君子。”
王敦气急败坏，想用自己的威力逼迫温太真顺从，就再次两眼放火地逼问道：“你说！太子哪里有点儿好呢？”
温太真大概也听到王敦散布太子不孝的言论了，这时他还是不慌不忙、不卑不亢地回答道：“太子深谋远虑，不是我这样见识短浅的人所能理解的。但是从按照礼法侍奉双亲来说，太子可以说是非常孝顺。”
其他人也都随声附和说：“是的，温太真说的对。”使得王敦废掉太子的图谋无法得逞。
王敦随意任免百官及军队领导，影响数百人，但决策朝令夕改，只是随心而作。
四月，王敦回到武昌，但仍遥控朝政。后来自己加封自己宁、益二州都督。
甘卓知道王敦得胜并杀害周凯等人后，又得到王敦命令台城假传的圣旨。旨意说“皇上害怕甘卓攻击武昌会逼王敦劫持皇帝”。于是甘卓决心撤回襄阳。都尉秦康和乐道融劝甘卓分兵截断彭泽湖口，断绝王敦在武昌和建康两批军队的接触支援，让王敦士众自动离散。但甘卓十分坚决，断然拒绝。
同时，攻打长沙的魏义手下捉住了司马承派出城去求援的周该和周崎，魏义向周崎说王敦已击败朝廷军队，主掌建康朝政，而甘卓亦已回襄阳，援军不会再来，要周崎去劝降，瓦解军心。周崎假意答应但却和城中人说援军快到，鼓励继续坚守，最终遭到杀害，周该亦被拷打至死。
及后魏义攻击转猛，又将王敦送来的朝廷文书射入城内，城内的人知到朝廷战败都十分惆怅和惋惜。两军攻守一百多日后，衡阳太守刘翼战死，士卒死伤很多。最终长沙城被攻破，司马承被活捉。
魏义又以槛车送司马承和舂陵县令易雄到武昌，王廙（yi）受王敦之命在押解途中杀害了司马承。易雄被押到武昌后仍然意志高亢，从容镇定。王敦反倒敬畏他言辞刚正，将他释放。但王敦不久还是派人将他暗杀了。
甘卓到襄阳后，家人都劝他防备王敦，但甘卓不听，命手下士兵解甲耕作，每听到别人劝他防备王敦的谏言都会大怒。
襄阳太守周虑受了王敦的密令，假称湖中有很多鱼，要甘卓将手下士兵都派去捕鱼。随后周虑领兵来到甘卓寝室袭击甘卓，并将他杀死，斩下头颅送交王敦，又杀害了甘卓的几个儿子。后来王敦任命自己的心腹周抚代替甘卓的位置。
王敦掌握朝政后，四方的朝贡大多都进了他的府第，同时将、相、州、牧的任命皆由他掌握，所任用的都是他的亲信或琅琊王氏的族人。同时又以沈充和钱凤为谋主，对这二人是言听计从。又任用诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍等人，更纵容沈充等人胡作非为。王敦堂弟王棱多次劝谏王敦，却遭到王敦暗杀。
由于朝政大权在握，王敦得意洋洋。生活更加荒淫无度。每当酒后就用如意敲打着唾壶（痰盂），高声吟诵曹操的诗篇“老骥伏枥，志在千里。烈士暮年，壮心不已”。声音高亢，神情激昂。可是被他敲坏的唾壶数不胜数，坏了一个又换一个。
身边的靓女也是如此，厌倦了一个再换一个。
他的属下因而劝谏他，说：“您这样乐此不疲，把身体都搞垮了。再这样贪图美色，将更加影响您的贵体安康。”
没料到王敦却非常痛快地说：“这很简单！”于是随即打开大门、侧门，一下子把家中数十名婢妾放了出去，任凭她们爱去哪里去哪里。当时的人们对此都十分惊异和赞赏。
这样，一个不是皇帝的大将军王敦把持着朝政，一个身为皇帝的司马睿却成了傀儡。
司马睿忧愤成疾，公元322年十一月初十，元帝病死。
十一日，由太子司马绍继位。实行大赦，尊生母荀氏为建安郡君。历史上称为晋明帝。
晋明帝即位后，跟王敦又展开了新的斗争。