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王衍为自己家族预先设计的“狡兔三窟”战略，顶数王导的江南基地最成功。
当时司马睿为琅琊王，与王导素来友善。王导知道天下已经开始动乱，于是全心全意辅佐琅琊王，暗中立下了重振朝纲的志愿。司马睿也非常信任器重他，两人就像好友一样。司马睿还在洛阳时，王导总是劝说他要尽快回到藩国。
在“八王之乱”这动荡险恶的政治环境里，处于帝室“边缘”地位的司马睿无兵无权，为避杀身之祸，他采取恭俭退让的方针，尽量避免卷入斗争的旋涡。在洛阳，司马睿交结密切的朋友只有王导。
王导，字茂弘，出身于北方头等士族的琅邪王氏，公认的名士领袖王衍是其族兄。王氏家园所在的琅邪国，是司马睿的封国。司马睿的琅邪国在西晋算是大国，并与司马越的东海国相邻，治所都在徐州。
当时东海王司马越起用琅邪王司马睿为平东（后迁安东）将军兼徐州诸军事，留守下邳，为他看管后方。
司马睿受命后，请王衍的叔伯弟弟王导为司马。因为王导为人灵活机警、足智多谋，深得司马睿的信任，司马睿把他当作知心朋友。
公元307年（永嘉元年），司马睿听从王导建议，出镇建邺（后改建康，今南京）。王导相随南渡。
他们一同来到了建康。原以为作为琅琊王到这里会受到隆重的欢迎，可没想到江南有名望的大士族嫌司马睿地位低，根本没把他放在眼里，一个也不来拜见他。原因是西晋灭吴以后，南方士族被排斥，进入上层自然很困难，所以一直对晋朝不满意。
王导一看，想到要在原东吴境内建立以北方士族为骨干的一个政权基地，联络南方士族便成为极其重要的事务。
司马睿心里很不高兴。王导便告诉司马睿：“要在江南站住脚，没有本地这些大士族的支持是不可能的。”司马睿要王导去想办法。王导的堂兄王敦当时在扬州做刺史，很有点势力。王导就把王敦请到了建康。
王导对他说：“琅琊王仁义德行虽厚，但名望还不够大，你现在威望名声已经很高了，应该帮一帮琅琊王才对。”
两人商量了半天，总算想出了个主意。
这年的三月初三，按照当地的风俗，百姓和官员都要到江边去求福消灾。这一天，王导让司马睿坐上华丽的轿子，高擎着琅琊王的旗号，并布置有仪仗队鸣锣开道，王导、王敦侍立两旁，北方来的大官、名士，也一个个骑着高头大马跟在后面，排成一支十分威武的队伍。浩浩荡荡开往江边，迤逦有一里多长。
司马睿、王导他们故意绕道走建康城里最繁华的街道，这一天，在建康城里看热闹的人本来就多，大家看到这种从来没见过的大排场，都轰动了，纷纷围观，人声鼎沸。江南有名的士族地主顾荣、贺循等听到这个消息，从门缝里偷偷张望。他们一看这个阵势，都被镇住了，又见王导、王敦这些有声望的人对司马睿毕恭毕敬，大吃一惊，怕自己怠慢了司马睿，都纷纷出来迎接，拜见司马睿。
这样一来，司马睿在江南士族中的威望大大提高了。王导接着又劝司马睿说：“古代的帝王，没有不采取礼贤敬老，访问风俗民情，谦虚克己的一些方法，来招纳贤才的。何况现在天下大乱，神州大地四分五裂，建国大业才刚刚开始，正是需要人才的时候啊！顾荣、贺循，是当地有声望的名士，不如好好结纳他们以收揽人心。只要把这两人拉拢过来，就不愁别人不紧跟我们了。”
司马睿马上派王导上门请顾荣、贺循出来做官。两个人都很高兴地接受了官职，并开始在江南士族中大力推崇司马睿。打这以后，江南大族纷纷拥护司马睿，司马睿在建康也就站稳了脚跟。
“永嘉之乱”以后，中原人士到江南避难的有十之六七，王导劝元帝乘机收揽贤人君子，扩大力量以图大事。
王导劝说司马睿要及时救济他们，并把他们中间有名望的人都吸收到王府来。司马睿听从了他的建议，前前后后吸收了大量的北方士族，深得他们的欢心。
就这样，司马睿靠着王导的安排，既拉拢了江南的士族，又吸收了北方的人才，他的地位更加巩固了。他非常感激王导，感慨地对王导说：“你就是我的萧何啊！”
到江南避难的一些士大夫，每逢风和日丽的时候，就相互邀请着到郊外劳劳亭（现在南京南）去，坐在草地上宴饮。有一次，武城侯周凯在饮宴中叹着气说：“这里的风景和中原没有什么不同，只是山河不一样了！”
大家听了，都相视流泪。
突然间，像是一声霹雳在耳边炸响：“这是干什么呢？大家应该跟朝廷齐心协力，共同致力于收复中原，岂能在这里像囚犯一样哭哭啼啼呢？”
大家一看是王导，他慷慨激昂，态度诚恳直率。
于是都认为王导说得对，大家更加佩服王导了。
永嘉末年，朝廷升迁王导任丹阳太守，加拜辅国将军。
王导上奏笺说：“当年的魏武帝曹操，是通达政理的君主。荀文若，是功臣中最杰出的人，封爵也不过亭侯。曹冲，是他最宠爱的儿子，也不过授别部司马之职。以这样的做法处理所有的事情，人们能不谨慎吗！可今天执政者，不分贵贱贤愚，都封以重爵尊号，都拥有旗鼓伞盖等仪仗，动不动就相互攀比摆架子，有些没有得到的，便觉得很羞耻。天子与官吏之间的界限混杂不清，朝廷的威望日见降低。”
“王导我肩负重任，不能为朝廷清理河山，却开启导致混乱的先端，不切实际地贪窃名号，弄乱了朝廷礼法典章，请以后慎重而不要轻易赐予臣下旗鼓伞盖等礼崇之物，就从我王导开始吧，让尊卑雅俗有所区别，以后群下的信仰尊崇就不会出偏差。”
琅琊王司马睿下令说：“王导德重功高，为孤王所倚重，本想予以表彰加以殊礼，但他谦虚谨慎严格约束自己，努力王事尽一片忠心，以身作则，因此孤王顺从他的良好愿望，促进他纠正弊端的良苦用心和举动。”于是任命他为宁远将军，不久又加振威将军。
王敦，士族出身，王导的堂哥，娶晋武帝司马炎女襄城公主为妻。早年担任给事黄门侍郎，经王衍推荐担任荆州刺史，东海王司马越掌权时，被任命为扬州刺史。司马睿移镇建业，召为军咨祭酒，后又继刘陶任扬州刺史、都督征讨诸军事。与王导共同扶植司马氏的江东政权，消灭不从命的江州刺史华轶，镇压以杜弢为首的荆湘流民起义。
建武元年（317年），因晋愍帝被俘，长安陷落前，晋帝司马邺深知自己难逃被俘的命运，悄悄派平东将军宋哲捎信给丞相司马睿，表示“……朕今幽塞穷城，忧虑万端，恐一旦崩溃……丞相可摄统万机，还据旧都，修复陵庙，以雪大耻”。
晋愍帝司马邺被匈奴刘曜俘掳后，刘琨、段匹襌、邵续、刘演、曹嶷等晋朝众臣纷纷上表劝进。
温峤作为刘琨的使者来到江南，这个时候江南的王权刚刚开始建立，各种法律条文也还没有制定。温峤对这种情况非常担忧。
不久，他去拜访丞相王导，叙说了晋帝被囚禁流放，社稷宗庙被焚毁，先帝陵墓被破坏的惨状，表达了亡国之痛。温峤极其忠诚愤慨，感情激烈，边讲述边痛哭，王导也陪着他一起流泪。温峤同时提出了自己的一些对军国大事的意见，王导都一一记下，进行了答复。
温峤从王导丞相家出来，高兴地说：“江南已经有了管仲这样的人才了，我还忧虑什么呢？”
平东将军宋哲到达建康，称说奉晋愍帝诏书，令丞相、琅邪王司马睿总摄国家所有事宜。三月，琅邪王换上素色服装，避居于别室，举哀三天。此时官员、部属等共同进上皇帝尊号，琅邪王不肯即位。
琅邪王感慨地流着眼泪说：“孤是有罪之人。诸位贤良如果逼我不止，我将返归琅邪封国。”并传呼私人奴仆，让他们驾车准备返回封国。
于是他下属的官员们改变策略，以退为进，请求琅邪王依照魏、晋旧有成例，称晋王。
琅邪王同意了。三月（初九），琅邪王即晋王位，大赦天下，改年号为建武，开始设置百官，建立宗庙和社稷。
主掌官员请求立太子，晋王喜爱次子宣城公司马裒，想立他为太子，对王导说：“立太子应当视其德行。”
王导说：“世子与宣城公，都有清朗隽秀的美德，但世子年长。”
晋王听从了王导的意见。晋王立世子司马绍为王太子，封司马裒为琅邪王，继承恭王的祭祀；仍任司马裒为都督青、徐、兖三州诸军事，镇守广陵。封谯王司马逊的儿子司马承为谯王。司马逊是晋宣帝弟弟的儿子。又任征南大将军王敦为大将军、江州牧、扬州刺史；王导为骠骑将军、都督内外诸军事、领中书监和录尚书事。
丞相左长史刁协被任命为尚书左仆射，军谘祭酒贺循任中书令，右司马戴渊、王邃为尚书，司直刘隗任御史中丞，行参军刘超为中书舍人，参军事孔愉长兼中书郎，其余参军全部封官奉车都尉，部属封驸马都尉，行参军舍人官拜骑都尉。
王敦辞谢江州牧的官职，王导因为王敦已统领六州，辞谢都督内外诸军事的职务，贺循因年老多病辞去中书令，都获得晋王的同意。任命贺循为太常。此时江南东晋政权刚刚草创，因刁协久在西晋时为官，熟悉旧制；贺循为当世儒学泰斗，精通礼学，所以凡遇疑碍难决的问题，都由他们定夺。
公元318年三月，愍帝的死讯传到建康，晋王穿着丧服，搬到倚庐独居。百官奏请晋王使用皇帝尊号，晋王不同意。
大将军纪瞻说：“晋政权灭亡，至今已经两年，陛下应当继承大业。遍观皇室子弟，又有谁值得推让！陛下如果荣登皇位，那么祖先神灵和国民都能有所依凭；如果拂逆天命，违背人心，大势一旦失去，就无法挽回了。现在洛阳、长安两座京城被毁，国家无主，刘聪在西北自立国号，而陛下却在东南清高地推谢帝位，这就如同急于救火却恭礼谦让。”
晋王还是不同意，让殿中将军韩绩撤去摆好的皇帝宝座。
纪瞻喝斥韩绩说：“皇帝之座与天上列星相应，谁敢搬动就把他斩首！”
晋王脸色为之一变。
于是晋王在众臣再三请求下即帝位，史称“晋元帝”。文武百官陪列于两侧。
司马睿看到王导要给自己行大礼，赶忙从御座上站起，走下殿来一把拉住王导，要他一起到御座上接受百官朝拜。这个意外的举动，使王导和众大臣都大为吃惊。因为在封建时代，皇帝是至高无上的，哪有臣下与皇上同座的道理。
王导急忙推辞道：“这怎么行？只有太阳高高在上，万物才能得到它的照耀。如果太阳跟一般的生物在一起，生物还能得到它的照耀吗？”
王导的这一番吹捧，使司马睿听得十分高兴，他也就不再勉强，接受了大臣们的朝拜。
元帝大赦天下，改年号为太兴，文武官员都晋升二级爵位。元帝打算对所有曾经投贴上表章建议自己接受皇位的人格外优宠，凡官吏都增加爵位一等，平民都提升为官吏，总计有二十多万人。
散骑常侍熊远说：“陛下顺应天命，继承皇位，普天之下莫不拥戴，不能只奖励近的，而忽略远处的。不如依照汉朝的做法，普遍赐封臣民官爵，这样皇恩浩荡，而且可以省去考察核实的烦劳，堵塞弄虚作假的渠道。”元帝不听。
立王太子司马绍为皇太子。太子仁义而有孝道，喜欢文学，爱好武艺，礼贤下士，从谏如流，与庾亮、温峤等结为平民之交。庾亮为人端庄肃正，擅长谈论老子、庄子之学，元帝很器重他，礼聘其妹为皇太子妃。元帝任命贺循行使太子太傅职权，庾亮以中书郎身份侍讲东宫。
元帝喜好刑名之学，曾把《韩非子》一书赠送给太子。庾亮规谏太子说：“申不害、韩非行事刻薄有伤圣教，不值得圣上留心。”太子听从了。
司马睿登基以后，为了感谢王导、王敦兄弟的大力扶持，对他们特别尊重。他封王导为尚书，掌管朝内的大权；又让王敦总管军事。王家的子弟亲信一时布满朝中。当时，民间流传这样着一句话，叫做“王与马，共天下”。意思是说东晋的江山是王氏与司马氏共同拥有的。
当时荆、扬二州比较安定，人口众多，物产丰饶。王导的治理方针讲求清静，常劝元帝克己垂范励精图治。于是越发受到元帝的器重，两人之间的感情日益深厚，朝野之中都为之倾心，称王导为“仲父”。
元帝曾经真诚地对王导说：“你就是我的萧何呀！”
王导回答说：“过去秦朝无道，实施暴政，天下百姓厌弃乱世，人们感怀汉王刘邦的恩德，群起响应反秦，所以大功容易告成。自从曹魏立朝以来，直到晋太康时期，公卿士大夫及门阀世族，奢侈挥霍相互攀比，先贤政教逐步衰退，先朝治世法度，无人遵循，大小官吏，沉溺于享乐之中，才使得奸佞之人有机可乘，导致朝政大道亏伤。”
“然而混乱之后将会出现安定，这是天地间的规律。大王将要建立盖世之功勋，重新一统山河，管仲、乐毅这样的人才，这时就会出现，不是我们这样普普通通的臣子所能比拟的。希望大王能深谋远虑，广择贤能。顾荣、贺循、纪瞻、周玘，都是南方的名士，希望能对他们礼敬优待，则天下可安。”
元帝采纳了王导的建议，从而逐渐赢得了南北士族的共同拥戴。
王导分遣八部从事八个人外出检查扬州所属八郡，回来后同时召见了他们。各位从事纷纷禀告二千石官长的为政得失，唯独顾和默默无言。
王导询问他。顾和说：“您辅佐国政，宁可使法网宽松以至可以漏过大鱼，为什么又要搜集、听信道听途说，以斤斤计较来治理政事呢！”
于是王导感叹称赞，采纳了顾和的意见。
汉刘聪大军以摧枯拉朽之势灭掉了司马氏的西晋，但是司马氏以无可阻挡之势又建立起来了东晋。这次再想要这么轻易地“割掉”这一茬“韭菜”已经不大可能了，因为这时候刘聪的汉朝廷出现了一次极为严重的内乱。