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英宗被俘的消息传到北京，明朝百官一片恐慌。太后下诏立英宗长子朱见深为太子，命英宗之弟王朱祁钰辅政。在满朝大臣的强烈要求下，朱祁钰下令抄没王振全族，同党马顺等全部被杀。这时，瓦刺继续南下，并且带了英宗作为要挟。人心惶惶之际，大臣们提出必须另立皇帝以安定人心，兵部侍郎于谦等大臣请太后正式宣布让朱祁钰做皇帝。九月，朱祁钰正式登上皇位，改元景泰，遥尊英宗为太上皇。
也先带着英宗率大军直指北京城，于谦等率军誓死保卫。十月底，也先战败，率军退出塞外。
瓦剌内部的脱脱不花汗不满也先对明朝的攻掠政策，主张与明朝开展友好互市。景泰元年（1450）八月，英宗被释回京。由于已有皇帝了，英宗只能以太上皇的身份居住在南宫。景帝为巩固自己的帝位，一面派靖远伯王骥守备南宫，对英宗严加监视，一面废太子英宗长子朱见深为沂王，立自己的儿子朱见济为太子。朝中有些官员为维护皇室嗣位的统序不予赞成，景帝却一意孤行，不加理睬。一年多后，朱见济病死，而景帝只有一子，御史钟同等上疏请求复立朱见深为太子，受到景帝的惩治，皇太子问题因此被搁置不定。当时朝廷议论纷纷，有的大臣对景帝的行为非常不满。
景泰八年（1457）正月，景帝病重。武清侯石亨等考虑到景帝将不久人世，开始策划让英宗复辟，以谋求私利。他们找到太常卿许彬，许彬赞同，认为此举可建“不世之功”，并提议找副都御史徐有贞详商计谋。十四日夜，众人聚集在徐有贞家密谋。徐有贞问，英宗是否知道复辟的事，石亨说一天前已经密告。
十六日，正值有边吏报警，徐有贞说：“应趁机以备急为名派兵进入皇宫，谁也不敢阻拦了。”于是密谋政变的众人分别取走京城各门钥匙。四鼓时分，徐有贞打开长安门放进千余士兵，然后又把门锁上。徐有贞率众人奔向南宫，宫门牢不可开，命士兵用巨木撞击，又派士兵翻墙入内，才将门打开，挟英宗夺门而出。于是一群人簇拥英宗进入东华门，宫门卫士大声呵止，英宗说：“我是太上皇，有事见皇帝。”门卫便不敢阻拦。这样，黎明时分，徐有贞等在奉天殿拥立英宗登上帝位。
十七日早朝，文武百官在朝房只听得人声嘈杂，深感奇怪。忽然诸门大开，徐有贞号令说：“太上皇复位了。”事出仓猝，大家感到十分意外和惶恐，只得上朝向英宗朝贺。这时躺在病榻上的景帝隐约听见钟鼓齐鸣，大惊失色，问身边的人，得知是英宗，无奈地说：“好，好。”英宗终于在回朝后的第七年复位了。历史上称这一事件为夺门之变，又叫南宫复辟。
英宗即位后，废景帝仍为王，并把这一年改为天顺元年。病中的景帝被迁到西宫，不久死去，年仅30岁。景帝之死，是一历史疑案，有人说是病重逝世的，也有人传说是被害死的。景帝死后，以亲王的规格葬于北京西郊玉泉山，其妃嫔也被赐死殉葬。明宪宗朱见深即位后，恢复景泰帝号，将墓扩修成为皇陵。嘉靖时又改建陵碑，并将绿色琉璃瓦改为黄色琉璃瓦，使之符合帝陵规制。明代迁都北京后，帝王过世后全部葬于昌平的陵区，惟独景帝因特殊的原因葬于玉泉山的北麓，被后人称为十三陵外又一陵。
当年拥立景帝即位的官员，如于谦、王文、陈循等或被杀，或下狱。于谦在保卫北京一战中立下了大功，使明王朝转危为安，但此时却成了皇权之争的牺牲品。他对皇储争执向来置身事外，一心念国，这时被与他关系不协的徐有贞诬以欲立外藩襄王之子作皇储，用谋逆罪处于死刑。昏庸的英宗对拥立自己的人大加封赏，下诏恢复王振官名，祀其牌位于智化寺。夺门之变中的为首数人，全部晋升，如太监曹吉祥晋升司礼监太监，成为内臣之首；石亨进封忠国公，在武将之中权势最重。英宗昏庸，政治腐败，明王朝开始转入衰落时期。
嘉靖宫变之谜
嘉靖二十一年（1542）十月二十一日夜里，天气阴沉沉的，刺骨的寒风像利刃一样直刺人的心窝，紫禁城里寂静无声。站在各处的小太监们不安地东看看西看看，跺跺脚，哈一口气，一切似乎在预示着有什么事情要发生。
半夜，当世宗皇帝朱厚睡得似死猪一般时，一件骇人听闻的事情也就发生了。据《明史·后妃传·方皇后》记载：这天夜里，世宗睡在端妃宫内，16个宫女联合起来想把世宗杀死。宫女杨金英等商量后，决定等到世宗一睡熟，就用绳索套到他的头颈上将其勒死。讲是一回事，做又是另一回事，平素只干点鸡毛蒜皮事情的宫女们一旦要做这关乎人性命的大事情，不免就六神无主了。十几个人挤在一起，慌作一团，绳子结成死扣，无法勒紧，朱厚一度被勒气绝，两眼直翻白，连声音也发不出。宫女张金莲一看这等模样，吓得半死，心想看来皇帝是很难杀死的，马上离开现场去告诉皇后，皇后带人急忙奔跑过来，解开绳子，世宗逃过一劫。
同样记录这件事情的《明实录》，事情的经过与《明史》相差无几，十分简单，但罗列了九名宫女的姓名，有蓟州药、杨玉香、邢翠莲、姚淑翠、杨翠英、关梅秀、刘妙莲、陈菊花、王秀兰等。“蓟州药”在有的书中写成“苏川药”。
杀世宗不死，但宫女们全部被抓了起来，关到刑部大狱。皇后下令连夜进行突击审问，一定要把事情搞个水落石出。刑部主事张合将刑部审讯口供的回奏原文抄录了下来，写进了自己的著作《宙载》中。张合记载道：方皇后对刑部官员说：“好生打着问。”即重重地打一顿让她们招供。一用刑，这些女人就吃不消了。常在杨金英招道：“本月十九日，王嫔和曹妃（即端妃）在东稍间点灯时分，私下在商量说：‘咱们赶快下手吧，总比死在他手里要强。’杨翠英、苏川药、杨玉香、邢翠莲等在旁边一起听着。之后杨玉香就往东稍间走去，将细料仪仗花绳解下，一起搓成一条又粗又长的绳子。至二十二日卯时分，她将绳子递与苏川药，苏川药又递给杨金花，拴成一个套子，大家一齐下手，将绳子套进世宗脖子里。姚叔皋（淑翠）掐住世宗的脖子，边上的杨翠英说：‘掐着脖子，不要放松。’邢翠莲将黄绫抹布递与姚叔皋，蒙在世宗脸上。邢翠莲按着世宗的前胸，王槐香按着身子，苏川药拿着他的左手，关梅秀拿着右手，刘妙莲、陈菊花按着两腿，姚叔皋、关梅秀使劲地拉着绳套。边上的张金莲一看大事不好，跑去请皇后娘娘来。娘娘急忙奔过来，姚叔皋迎上去就是一拳。王秀兰一看皇后来了，马上让陈菊花去吹灭灯。总牌陈芙蓉说：‘张金英叫芙蓉点着灯。徐秋花、邓金香、张春景、黄玉莲把灯打灭了。’芙蓉就跑了出去叫管事牌子来，将各犯拿下了。”
世宗被勒受惊，气息将绝，方皇后召众御医进行急救。平时摇头晃脑的御医临事就吓呆了，人人畏惧获罪，不敢用药。惟独太医院使许绅冒着万死，“调峻药下之”。因为不下药也是死，还不如想办法医一下。辰时下药，过了三四个时辰，直至未时世宗喉咙里发出声响，吐出紫血数升，才能讲话。因抢救有功，许绅被赐赉甚厚，但不久他就得了重病，而且难以救治。许绅自己知道患此病的根源，他对家人说：“曩者宫变，我自己想，如果医皇帝无效，一定会被杀，因此惊悸过度，我现在的病不是药石所能治好的。”
上述这个审讯笔录十分详细，从商量起事到具体的经过，描述得十分清楚。这么多纤弱宫女齐心协力想杀死一个皇帝，在中国历史是不多见的。那么，宫女们为什么不顾自己的性命要这样做？杨金英说王嫔和曹妃曾讲过“总比死在他手里要强”指的是什么，难道她们面临着死亡的威胁？
一些专家认为，宫女害怕得要命的原因，必定和世宗朱厚炮炼丹药有关。朱厚即位不久，采纳朝臣的建议废佛，下令撤除京城佛寺。但在废佛的同时，他却开始崇尚道教了。嘉靖五年（1526）道士邵元节受召入京，进献“立教主静”之说，被世宗尊为“真人”。邵元节死，方士陶仲文被授予“神宵保国宣教秀士”称号，受到宠信。自此，他逐渐不理朝政，更加沉迷于道学方术之中。他大办祭神仪式，大兴土木建玄帝宫，连政事、刑狱也由方术决定，四方官员为了取宠只能大量进献白鹿、白龟、紫芝之类的祥物。更多的方士如王金、陶仿、刘文彬等纷纷假造秘笈、丹药。世宗还用虐待童女的方法来炼取长生不老药，服食后可壮阳强身。大臣们实在看不下去了，太仆卿杨最上疏谏丹药，竟被杖死。从当时的实际情形看，宫女们发生宫变的原因，必定是因为炼丹药要摧残少女的健康，甚至生命，而杨金英等之前已经看到被虐而死的其他宫女，死时十分凄惨，因而对世宗恨之入骨，为了自己的生命只能铤而走险。这么多宫女立场一致，必定是到了忍无可忍的地步。沈德符《野获编》说：“嘉靖中叶，上饵丹药有验。”至嘉靖三十一年冬天，他下令京师内外选女孩八岁至十四岁者三百人入宫。三十四年九月，他又选十岁以下少女一百六十人入宫。少女入宫干什么，主要是“供炼药用也”。有人猜测说是用宫女首次月经的经血制造“红铅”，用童子尿熬炼“秋石”。大量挑选宫女入宫虽是宫变之后的事情，但之前炼丹药要用少女是可以肯定的，这些宫女很有可能在炼药的过程中连生命也保不住。
大难不死，世宗不但没有丝毫忏悔，相反觉得自己的死里逃生是天地神灵的恩遇，更加变本加厉祭神求仙。他移居西内，“日求长生，郊庙不亲，朝讲尽废，君臣不相接”。他整天与方士混在一起，焚修斋醮，装扮神仙。他喜欢用道士醮祀用的青词作谕旨，字句离奇诡异，一般人很难理解。他一心追求真正的神仙方术，到生命最后一年也没有放弃。嘉靖四十五年（1566）冬，服食丹药后燥性过大，世宗病死。御医最后断定他的死因是“体虚过燥，补救无术”，吃了丹药，必然会发高烧。
行文至最后，还有一个问题必须注意，即谁是宫变的发动者？据前引张合的审讯笔录，应是王嫔和曹妃。曹妃当时被封为端妃，世宗十分喜欢她。出事的那天夜里，世宗来到端妃宫，刚和她亲热过，两人睡在一起，说她是主谋似不太可能。一些专家认为，之所以审讯的结果她是主谋，最后把她也杀了，这与方皇后蓄意捏造有关。因为世宗宠幸端妃，方皇后失宠，遂对端妃恨之入骨。宫变发生后，整个事件的善后都是方皇后一手处理的，妒忌使得方皇后乘机把端妃也打成是主谋者之一，结果草草一审判，端妃和其他宫女都被凌迟处死。史书中记载判死刑是奉了圣旨，但据其实是方皇后的主意。明人认为宫变“妃实不知也，以宠故及于难”，这的确是事实。世宗头脑恢复清醒后，也马上意识到事情的真相，从此以后他对方皇后又恼又恨。嘉靖二十六年十一月，宫中失火，太监要冲进去救皇后，世宗不答应，皇后也就在这场大火中被活活烧死。
世宗心知肚明端妃是被冤死的，之后他常常觉得端妃就在眼前，越想越怕，认为是宫中闹鬼了。他曾对阁臣徐阶说：“宫变之后，内宫常有冤枉者在闹鬼。”徐阶回答说：“她活着的时候被皇帝宠幸，受了冤屈而死去，能不闹鬼吗？”
一场由小女子发动的宫变，就这样夭折了。
弘光帝亲审太子之谜
1644年三月李自成农民起义军进入北京城，崇祯帝杀妻砍女，并且召来了自己的儿子让他们各自逃命。随着崇祯帝在煤山老槐树上吊死去，统治了中国277年的明王朝宣告灭亡。
崇祯帝自杀的消息传到陪都南京，城中官员一片慌乱。一些臣僚为再树明帜，商议拥立新君。当时思宗的从兄福王朱由崧与从父潞王朱常正避难于淮安。按世系序次，福王当立，但福王为人昏庸。凤阳总督马士英认为福王易于控制，遂联合刘孔昭等，力主拥戴福王。翰林院詹事姜日广等人认为福王品行不端，不宜拥立，主张立较贤明的潞王。双方相持不下，各请兵部尚书史可法定夺。
史可法到南京后，提出福王有七不可立：贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读、干预有司，他也主张立潞王。马士英闻讯，立即密约江北各总兵，致书南京诸大臣，说已传令将士奉福王到南京即位。马士英等握有兵权，声势较大，在既成事实面前，史可法无奈地同意了。
五月初一，福王至南京，百官入贺。史可法提出，祟祯太子存亡未卜，如果现在称帝，太子一旦南来，打算怎么办？他不主张福王马上称帝。五月四日，福王上监国之位，建南明政权。十天后，福王改即帝位，以是年为弘光元年，史称南明弘光政权，福王为弘光帝。
弘光政权建立后，极为腐败。他们天真地幻想清兵在消灭李自成后能停止南侵，并且派使携带大量金银去酬谢清军。弘光皇帝不理朝政，天天在宫里纵情声色，只知道在民间选择淑女供自己享受。
根据《明季遗闻》等书记载，1645年二月，有一少年从北方南来，经南京至杭州，住进了南明鸿胪寺少卿高梦箕的侄子高成的家中，自称是崇祯太子朱慈。高梦箕不敢隐瞒，密奏弘光帝和大学士马士英。弘光帝得知消息后，慌张不安，他虽然昏庸，但知道自己的皇位是怎么得来的，如果真的太子来了，必定会危及自己的皇帝宝座。于是命太监李继周将少年迎到南京。
李继周在金华见到了太子，太子说：“朱由崧想把皇位让给我吗？”李不知道如何回答才好。太监前来迎太子，顿时在金华传开，许多官员纷纷前去参见太子，一路上招待太子的官员接踵而至。太子到南京后，先被安置在兴善寺。弘光帝十分忧虑，不知该如何处理这件事。他先派两个原在北京皇宫里当差的太监前去观察动静，想不到两人一见太子就大哭起来。见太子衣衫单薄，就把自己身上的衣服脱下披在太子身上。太监一回来，就遭到弘光帝一顿臭骂：“太子是真是假都难搞清，就把他当成皇帝看待。就是真太子，我也不会让位的。”两个太监和李继周都被秘密处死。
太子到来的消息传到民间，引起轰动。南京百姓争相要一睹太子的风采，官员们也想先见上太子一面，将来能有个升迁的好机会。弘光帝一看此事已无法禁止，就传旨说太子的身份必须确认，不便见百官，把太子关进了大狱。
兵部有个官员上奏说，他知道太子的底细。太子名叫王子明，高阳人，是驸马都尉王的侄孙，外貌酷似太子。北京陷落后南奔，遇见高梦箕家人穆虎，是穆虎让他假冒太子来到南明的。弘光帝一听，激动万分，因为太子很有可能是假的，这样他的皇位就不会出现任何动摇的机会。他马上传旨要亲自审讯太子，这时他也有胆量让见过太子的官员前来辨认。曾教太子读书的刘正宗和李景濂被召到武英殿密谈，在一番晓之以情动之以理后，刘正宗马上表态：“听说太子已经死了，这个冒出来的太子我一定能够看出点问题的。”
大明门辨认正式开始。刘正宗拿出地图问图上的承华殿和坤宁宫是什么场所，想不到太子一一回答，说是自己的东宫和皇后的住所。接着刘正宗问自己以前教的课目，太子对答如流。问题问了一个又一个，都没有问倒太子。太子笑着说：“如果你以为我是假的，我就算是假的。我本来就不想来争皇位，是皇伯让人接我到京的。”刘正宗知道问不出名堂，最后对弘光帝说：“样子很像太子，但回答的问题都不对。”
有个姓苏的太监忽然记起太子的胫骨上有个特别的记认，一看就知是真假，连忙向弘光帝报告。这下弘光帝就不敢让人看了，万一是真的，就很难收场了，与马士英一商量觉得还是让人辨认比较好。他们想到了被关在监狱里的方拱乾，方当年曾为太子讲过一段时间的课，如果他说不是，就很有权威了。
三月初八，刑部会审太子，方拱乾前去辨认。审问官让太子跪下，太子不答应。一个官员指着方拱乾问太子这个人是谁？太子说是方先生。方拱乾一见太子，既不敢说是假的，也不敢说是真的，因为这个人太像太子了，真假实在难辨。一个官员见到辨认失败，干脆直截了当地说：“你不是太子，你真名叫王子明。”太子说：“我又没有自吹自己是太子，你们不想认也就算了，你们一年前不就是站在我父皇的朝廷上吗？如今为什么这样健忘，连一个人也不相认了。”大臣们被他讲得哑口无言。最后内阁官员王铎说：“太子肯定是假的，不要再审了。”
这时，百姓间流传开来了马士英和王铎要杀太子的消息，一些大臣纷纷上疏责问。将军黄得功说：“假冒太子的结论是官员奉承皇帝的结果。是谁下结论认为太子是假的？依据是什么？应该向天下百姓交待清楚。先帝的儿子，也是陛下的儿子，怎能关进大狱？”
弘光帝看了奏本，气得要死，下旨烧掉黄得功的奏本，但迫于舆论只能再审太子。
这次审问官员是左都御史李沾。李沾事先让人告诉太子，要他自认是王子明。开审时，李沾直呼王子明，太子不应。李沾命人上刑罚，太子痛得大呼小叫。当年东宫伴读的丘致中实在看不下去了，抱着受刑的太子大哭，当即被关中大狱。
外面舆论越传越厉害，南明一些大臣对这件事也十分关注。弘光帝无奈之下只能作出对北来之人“好生护养”、“勿骤加刑”，待正告天下后再行申法的决定。太子案真假还来不及搞清楚，南明小朝廷出问题了。先是驻守在江北前线的四镇总兵为争夺地盘互相开战，接着驻武昌的左良玉部以奉太子密诏“清君侧”为名起兵，直指南京。弘光帝、马士英急调各部入卫南京，无暇再理此案，使太子案不了了之。
五月十日，清军渡江，弘光帝、马士英连夜逃出南京。混乱中，有人拥太子登武英殿，群呼万岁。清军入南京，太子不知去向，有人说被清军俘虏，有人说在乱军中被杀。太子是真是假？当代有很多人进行了考证，有人说是伪太子，也有人说是真太子，双方各说各的理由。其实，太子的真假不要说今天我们是难以知道，就连当时的人们也无法搞清，这早已是一个千古历史之谜。
闯王李自成下落之谜
顺治元年（1644），吴三桂迎清兵入关。闯王李自成率领的大顺农民军受到清军和吴三桂的攻击，力战后败回北京。随后，李自成率军弃京西撤，经定州、真定、固关、平阳撤至西安。次年一月，大顺农民军与清军在潼关展开激战，双方对垒月余，大顺军经顽强抵抗，不敌，遂放弃西安，自陕西商洛山区退往湖北，进驻武昌。清军水陆两路追击而至，李自成只得率军从蒲圻、咸宁南下，到达通山县。
李自成最后的行踪，一些史书的记载不尽相同，三百多年来引起了人们的许多争论。尤其是新中国建立后，历史学界对这个问题的研究文章连篇累牍。然而总的来看，关于李自成最后死在什么地方主要有二种说法，一是湖北通县九宫山，另一为湖南石门夹山。而关于李自成是怎样死的，就有削发禅隐圆寂而终，有兵败被杀，有自缢身亡等说法。
李自成死在湖南石门夹山的说法出现于清代。乾隆年间，澧州知州何所作的《书李自成传后》一文中，对李自成死于九宫山说进行了有理有据的分析和驳斥。然后又谈到了他曾实地调查当地的老人，并且考订史迹，认为李自成在通县九宫山制造了自己已死的假象，以迷惑追击的清兵，从而脱身而去。李自成在自公安到澧州的路上，部下大部分叛去，至清化驿时仅十余骑，最后他单独行动，来到石门夹山寺为僧，取法号奉天玉。李自成曾自称为“奉天倡义大元帅”，这儿称“奉天玉”含有“奉天王”的意思。这个奉天玉死于康熙十三年（1674）。何在夹山寺旁看到了石塔，塔面写有很大的字“奉天玉和尚”。塔前还有一碑，是他的徒弟野拂所撰。何曾碰到一个服侍过奉天玉的带有陕西口音的和尚，和尚出示过一张奉天玉的画像，与史书中记载的李自成的模样很相像。而且何还怀疑，像野拂之类的人，说不定就是当时逃散的农民起义军。此后在一些笔记，如《小腆纪年》、《广虞初新志》等书中都曾引用过何氏提供的这一史料。今天在《澧州志林》上，还载有何赋《题奉天玉和尚塔院》七律一首。
民国初年，这种说法得到了一些人的支持。如国学大师章太炎就力主夹山说，他在《李自成遗诗存录》和《再书李自成事》两文中，对《明史》和《永历实录》关于李自成死于九宫山之说作了系统的驳斥，提出了不可相信的六点理由。为此他还亲自到夹山实地察看，找到了李自成写过的五首《梅花诗》。此后陆续有人支持此说。作家阿英曾将李自成在夹山出家为僧一事写进剧本《李闯王》，并在附录中作了详细的考证。
解放以后，许多湖南学者力主夹山说。1952年，何乾隆年间在夹山寺看到的奉天玉和尚塔和野拂和尚所立的碑被人发现。野拂断碑上，有“况值戎马星落”一词，看出奉天玉不是一个一般的和尚，与李自成的身世和身份相当。碑中还有句为“子门徒已数千指中兴”，这些人可能是李自成的残部，隐藏在夹山的寺庙中。1951年，奉天玉徒众所居的洛浦寺第十代僧松定，曾向县文化馆上交奉天玉和尚木像一尊和牌位一块。据松定说，这是闯王的像，是依照夹山寺奉天玉画像雕刻的，具有闯王的面貌特征。1980年。在修整夹山寺大雄宝殿时，在西墙搁梁处发现了《梅花诗》木刻残版一块，证明当年章太炎在《李自成遗诗存录》中的记载是有根据的。石门县有一位种过夹山寺庙田的老人还具体指证了在夹山寺的西坡有一大土堆，相传就是李闯王的葬地，经发掘，果然发现了奉天玉的葬地。在夹山的地下发掘到的文物还包括“永昌通宝”铜币，刻有“永昌元年”字样，而永昌是李自成大顺政权的年号。在夹山寺周围地区，群众中流传着大量的有关李自成行踪和禅隐的传说。
一些学者分析了李自成为什么要禅隐于夹山的理由。这是因为夹山地区处于澧阳平原进入武陵山区的门户，既有江湖交通之便，又有退避隐匿之地，两峰夹峙，形势险要。李自成曾到过澧州，对这一带十分了解。其次在清雍正八年改土归流以前，夹山一带均属土司管辖范围，是清朝统治的薄弱环节，有较大的回旋余地。1643年3月，李自成部陷常德时，曾得到澧州土司的帮助。李自成起义后，主要在长江以北活动，北方几省认识他的人太多，自然不宜他逃禅隐匿，而湘西一带，认识他的人很少，只要深居简出，是可以隐藏得住的。
李自成隐居的目的，在最初禅隐时，他的旧部尚在，转战于湘、鄂、川、桂一带，似有东山再起的意图。但后来主要部将相继败亡，南明也已覆灭，清朝统治已经巩固，他仍兴寺聚徒，壮心未已，但终难重振金鼓，再举义旗，也就只好隐逸禅林，就此终老了。
夹山说受到了主张九宫山说学者的批评。有人认为奉天玉不是李自成，何所述不可靠。学者张国光甚至提出了何的说法有八点不可信的理由，最后他认为“何之说一无可信”，“何文纯系编造”。也有人指出，《明史》说李自成“状貌狰狞”，崇祯十四年（1641）在战争中左眼中箭，被人称为“瞎贼”，而今天见到的奉天玉画像的左眼睛没有任何问题。夹山寺中的《梅花诗》也很难断定就是奉天玉的作品，当时僧人中才思横溢的人也不少。在经过研究后，他们发现奉天玉是顺治年间从四川云游到石门夹山寺的云游和尚，也有人说他是明朝遗臣；野拂和尚不是起义军中的一员武将，而是明朝原来的官员。1996年7月，中国社科院历史所专门成立了课题组研究李自成最后的下落，对涉及李自成的实录、档案、方志、笔记野史等所有材料进行了分析，并实地调查，最后研究成果由1998年辽宁人民出版社出版，书名为《李自成结局研究》。书中比较一致的意见是奉天玉和李自成是不同的两个人，出土的文物确凿证明了奉天玉这个人的存在，但并不能证明李自成同时期也活着。
李自成下落的另一说法认为李自成死于九宫山。当李自成残部到达通山县时，他令部下率军先行，自率二十余骑断后。五月，行至湖北、江西交界处的九宫山时，李自成率兵登山观察地形，不意遭到袭击，寡不敌众，遇难牺牲。这种说法影响较广，目前出版的一些工具书大都采用这种观点。
李自成死于九宫山的记录最早见于清靖远大将军和硕英亲王阿齐格向清廷的奏报和南明兵部尚书何腾蛟给唐王的奏报。阿齐格穷凶极恶地将李自成追至九宫山下，在激烈战斗后，他听说李自成已经死了。他的奏报是这样写的：“贼兵穷窜九宫山，随于山中遍索自成不得”，“有降将及被擒贼兵，俱言自成窜走时，携随身士卒仅二十人，为村民所困不能脱，遂自缢死。因遣素认自成者，往认其尸，尸朽莫辨。或存或亡，俟就彼再行察访。”照阿齐格的讲法，李自成是自缢而亡，死的地点是九宫山。何腾蛟给唐王的奏报中也说：“（清兵）斩自成于九宫山，以周二南死，失首级。”
此后的一些史书，都很具体地说明李自成到九宫山后，队伍散亡，李自成被乡民所杀，不过被杀的具体过程是有所差别的，地点也略有不同。如有认为是锄击而死的。《圣武龙兴记》云：“闰六月，贼晨起离走大队，以十余骑入祷九宫山，为乡民所锄。”《续九宫山志》也说：“自成毙于九宫山乡人之锄击。”《武昌志》也赞同此说。有认为是弩铳击毙的。《弋闯志》说闯王“须臾夺路，猝遭弩铳击毙。九百剽其首，尽得剑骑、缨盔、龙袍、佩玉，献于督宪军门佟。”有认为是为神所殛。《续九宫山志》在另一处说李自成在罗公山见到上面有玄帝庙，“贼见帝像，伏不能起”。《小腆纪传》也有类似记载。有认为是乱刃砍死的。《江夏县志》说李自成至通城，“以二十八骑登九宫，为窥伺计，乡兵四起，乱刃诛之”。有认为用铲杀死的。《荒书》中说自成在九宫山遭到山民伏击，随行十八骑被打散。程九伯与自成手搏，被自成压在屁股下，抽刀欲杀。九伯大叫，他的外甥听到后用铲杀自成，但当时不知他就是闯王。《明史》根据阿济格的奏报，认为是自缢而死。从被杀地点而言，有通城、通山县九宫山、通城罗公山等。
郭沫若在《甲申三百年祭》中认为李自成死于通城县，1955年他又到湖北通城县为李自成墓题词，当时的学术界也比较认同，并在通城县郊修建了闯王陵。新中国成立后，学术界曾掀起了一场李自成葬身地的讨论，后郭沫若注销了通城说，李文治等撰文考订李自成最后死于通山县九宫山。郭沫若表示赞同，有关部门在通山县九宫山牛迹岭下修了闯王陵。80年代，人们在通山县新发现了《朱氏宗谱》、《程氏宗谱》，为李自成死于九宫山提供了新的佐证。有学者研究后认为，李自成被杀地点是九宫山牛迹岭小月山西坡，经实地考察，发现当地的地名、地理环境和居民点分布等，与文献史料记载基本吻合。
当然也有人认为李自成可能牺牲于通城县九宫山，该山在县城南5里左右的桃花源洞北，上有九宫庙。但李自成的确没有到过通城，当地县志仅有大顺军诸将领进入县境的记录。
反对九宫山说者认为《程氏宗谱》矛盾殊多，不足为据。《程氏宗谱》有二种版本，均修于民国年间，而且年谱中记述的时间有误，被害人是“李延”而不是李自成。他们指出九宫山说有许多可疑之处。阿济格和何腾蛟，一个在武昌，一个在长沙，关于李自成的死讯都是从降卒嘴里听来的。阿济格没有交上首级以验明正身，因为已“尸朽莫辨”，所以受到其上司的斥责。当时有许多官员表示出了自己的怀疑，如郑命寿出使朝鲜，朝鲜国王问起李自成的下落，郑命寿说李自成变服而逃了。很可能是阿济格等人为了邀功，听信谣传后作的断定。何腾蛟的报告在南明王朝中引起了一场轩然大波，宰辅、御史等纷起而揭破何的奏报是不可靠的传闻。有御史说：“且自成或死或生，或死于吴三桂之追兵，或死于乡团之棒击，俱不可知。万一杀自成者他日且以首献，臣不知腾蛟之何以自解？且万一自成未死，而他日更出没于他所，臣又不知皇上之何以收反汗也。”学者认为，程九伯所杀者，从未自认是李自成，可能他是杀了李军的一个部将，与李自成无关。
那么当时为什么会出现李自成死亡的流言？有人认为那是军事战略和政治战略下的产物，只有这样，清军才会认为李自成全军溃败了，而大顺军就可赢得在洞庭湖东西两岸集结休整同南明将领谈判联合抗清的时间，同时可与南明军顺利达成妥协和联合，争取合法地位。不过持九宫山者认为李自成隐居幕后，指使所部投降南明之说根本不可信，仅是有关学者在凭己意猜测。
有的学者对大顺军的撤退路线作了详细的考察，认定当时大顺军的主力部队没有经过九宫山，占领通山县的仅是大顺军的一支小部队。
李自成的最后下落，各书记述上不同的地方有很多，湖南的学者比较主张是石门夹山，湖北的学者大多认为是通山县九宫山，双方各根据了许多资料。这个谜案一点一点的揭开，的确花费了人们大量的时间，并且仍有继续探索的余地。
努尔哈赤死因之谜
清太祖努尔哈赤是一位女真族的杰出领袖。他是后金汗国的建立者，杰出的政治家和军事家。在他的努力之下，原本分散的海西、建州、黑龙江等各个部落逐渐统一起来。他创建了八旗制度，使女真的经济、文化有较快的发展，为清朝进兵关内统一全国打下了坚实的基础。这样一个伟大的人物，关于他去世的原因却有好几种讲法，成了历史研究中的一个疑点。
长期以来，关于努尔哈赤的死因，最为多见的是讲他在攻打宁远（今辽宁省兴城县）与明朝军队的作战中为明军炮火所击，身负重伤，不治而死。最早提出这个看法的是日本一个叫稻叶君山的学者，他根据朝鲜使团翻译韩瑗在明军战场上见闻的记载，认为女真在攻城时，遭到了明朝袁崇焕指挥的士兵顽强抵抗，当女真人冲到城墙脚下时，明军一齐放炮，只见炮火中女真人人马腾空，土石俱扬，死伤无数，努尔哈赤也身负重伤，回去后忧恚而死。这种观点得到了许多人的认可，在20世纪五六十年代出版的一些历史书中都赞同这种观点。
但也有人持不同的看法。孟森早在20世纪的30年代就认为清太祖死于宁远之战是不确切的。他翻检了大量原始资料，认为在一些主要的史书中均不记载努尔哈赤中炮受重伤的事情，相反在《通纪辑要》中谈到努尔哈赤是“疽发背死”。不过他的这篇文章直到80年代才发表出来，所以这种观点到80年代以后受到了大家的重视，得到戴逸、商鸿逵、李鸿彬等学者的支持。他们认为努尔哈赤与袁崇焕率领的明军作战是在1626年的正月，多次攻宁远不胜，于2月回到沈阳。5、6月间还有对朵颜三卫用兵及与科尔沁结盟的事情，活动较多，说明他根本没有受伤，更谈不上受重伤。他患的病当时也称为“肉毒病”，即俗称的“搭背疮”，一种毒疮，是老年人的危难大症，在当时的医疗水平之下是极难治愈的。时年努尔哈赤已68岁，得这样的病是十分危险的。宁远战败，是对明战争以来的第一次挫折，而且损失巨大，他心中极不高兴，整日情绪郁忿，这都可能是他的发病原因。这年八月十一日，疽发而死，葬于沈阳福陵。
持这种观点的学者对受重伤的说法进行了驳斥，认为是否有韩瑗这个人，即使有这个人，他是否亲眼见到努尔哈赤受伤，都是值得怀疑的。既然朝鲜译官在宁远战斗中是在明军最高将领袁崇焕的身边，而袁崇焕还带了他到后金阵地上进行察看，那么译官看到的战况袁崇焕本人应该更加清楚，但努尔哈赤身负重伤这样一个对明朝而言极为重大的胜利，对明朝上下来说照例应该大书特书，以激奋军民的情绪和保卫辽左的决心，为什么袁崇焕本人屡次给朝廷的报告中并没有提及，朝臣们庆贺宁远大捷的奏疏中也只字不提？再者，从宁远败退到死去共八个月的时间，努尔哈赤根本没有医治疗伤，相反去试演火器，挑选军士，准备再次进攻宁远，这样的活动，绝对不是身受重伤的病人能做的事情。清朝最早的一部原始资料《满文老档》和《清太祖实录》都说努尔哈赤死于疾病，并没有说他受了重伤。
到底是病死还是受伤而死，上面二种观点都是各说各的。这时又出现了第三种看法，认为受重伤是事实，但后来转化成痈疽。他们认为这场战争中，努尔哈赤率13万大军攻打宁远，但想不到袁崇焕明军的抵抗空前顽强，而且发射西洋大炮，使后金死伤惨重，努尔哈赤自己也身受重伤，被迫解围而退。努尔哈赤一向用兵谨慎，从不轻易出战，一定要有胜利的把握才发动进攻，尤其是对明军作战，每战必胜。原本以为宁远城是用不着花费多大力量就能够占领的，但他过低估计了敌人的力量，以致挫败。这一仗的失败，完全出乎他的意料之外，对他的刺激很大，他恚愤交集，百思不得其解。这年八月，他创伤未愈，又突然得了痈疽，这才是他真正的死因。这种观点把受伤与忧愤成疾连到了一起，实际上是上述二种看法的折衷。
由于袁崇涣部将周文郁《边事小纪》这样的可信度较高和可以直接征引的史料在记录宁远之战上出现了阙文，《满文老档》这样的原始资料仅说是得了病，但语焉不详，这使得关于努尔哈赤死因的直接记载比较缺少，而我们得出的观点大多数是根据转手资料，产生不同看法在所难免，因此这个谜底至今还是无法解开。
努尔哈赤大妃殉葬之谜
努尔哈赤共有后妃14位，最宠爱的有二位。一位是皇后，她是叶赫部酋长杨吉努的女儿，皇太极的母亲。1603年，她年仅29岁就病死了。另一位是大妃纳喇氏，名阿巴亥，乌喇贝勒满泰女，出生于1590年，12岁时就嫁给努尔哈赤。孝慈皇后死后，她被立为大妃。大妃人长得很漂亮，在众妃子中最为努尔哈赤宠幸。尽管二人年龄相差有30岁，但大妃还是为努尔哈赤生了三个儿子，即十二子阿济格、十四子多尔衮和十五子多铎，另外又收养了努尔哈赤之弟舒尔哈赤的第四子多罗恪喜贝勒之女。1626年努尔哈赤死，大妃在本人并不愿意的情况下，被迫殉葬。如此漂亮年轻的妃子，按理说努尔哈赤是不会残忍到让她活殉的，那么大妃到底为什么要殉葬呢？
许多人认为大妃殉葬的原因是出于努尔哈赤的遗嘱，因为此前大妃的一些作为，引起了努尔哈赤的强烈反感。努尔哈赤在立大妃以后的年月里，南征北战，一方面和明朝作战，一方面统一东北各部，无暇顾及宫内事务。这时的大妃乌喇纳喇氏正当青春年华，不甘宫中寂寞，与比她大六岁的努尔哈赤第二子代善产生了爱情，私下来往甚密，有时甚至深夜二人仍眷恋不归。这件事后来被努尔哈赤的一个叫代因扎的妃子告发。据《满文老档》记载，代因扎的告发内容有：“大妃曾两次备饭送给大贝勒（代善），大贝勒接受后吃了。另外，大妃有时一天会二、三次派人到大贝勒家，自己在黑夜里也有数次外出。”如此这般一说，也引起了各贝勒和大臣们的共鸣，纷纷说道：“每次我们在大汗家里商量国事时，大妃总是盛装打扮，披金挂银，两眼直愣愣地看着大贝勒，两人互送秋波。”努尔哈赤听后，十分恼怒，对大妃的不安分十分反感，但若听了这些人的话而追究这件事，那么家丑必定外扬，对自己来说绝不是一件光彩的事，定会有损声威，而且自己又不想加罪代善，只能隐忍不发。
不久，大妃又被人告发私匿财物，努尔哈赤派人一查，还确有其事，查出的绸缎、银子还真不少。努尔哈赤骂大妃说：“你这个人心存奸诈、险恶，是个心狠虚伪的贼徒，人间所有的凶恶心肠，你都具备了。你不爱自己的丈夫，却背着我去爱别人，这样的人不杀掉还有什么用？”努尔哈赤杀大妃的心思在这时已经产生了，但当时顾虑到三男一女四个孩子还小，不忍心让他们从小失去母亲，所以才免其一死，将她废黜。但又令周围的人让他们看护孩子，不准孩子接受大妃的东西，听她的话。
1626年，努尔哈赤临死时，下遗嘱说：“大妃这个人心怀嫉妒，常常使我过得很不开心，人虽机智聪明，但如果留着必定会作乱。我已给各位贝勒遗书，待我死时让她殉葬。”大妃不想死，求各位贝勒，贝勒们不答应。在各位贝勒的逼迫下，大妃无计可施，穿戴好衣服，只能自尽以身殉葬。临殉葬前她对诸贝勒哭诉道：“我从12岁以来就事奉先帝，锦衣玉食了26年，我实在不想离开他，所以与上同殓。我的二个小儿子多尔衮和多铎希望各位多多照顾。”大妃死的时候，多尔衮只有15岁。
努尔哈赤死时到底有没有这个遗嘱？除了日本传钞的《三朝实录》记载外，其他史书并没有具体记载。从今天来看，即使有这样一个遗嘱，这个遗嘱是不是努尔哈赤本人的真实想法，仍是值得怀疑的。所以，很多人推测大妃殉葬恐怕另有隐情。
许多人认为，大妃实际上是皇权争夺的牺牲品，大妃殉葬是被皇太极逼迫的。早在努尔哈赤建立后金政权时，立八固山王分掌兵权，八固山王中就有代善、皇太极。当时诸王各拥重兵，互不相下。对汗位的继承，更是虎视眈眈。之后，代善、皇太极等四大贝勒因佐理国政，权势更大。四大贝勒中，代善和皇太极是汗位的最有力竞争者。这二个人战功都很卓著，但代善为人宽厚，而且居长（努尔哈赤长子褚英早丧），其地位比皇太极更为优越。在这样的情况下，皇太极就千方百计想陷害代善。当代善和大妃两情相悦时，皇太极怎能放过这个大好时机？至于背后指使、布散流言蜚语等等更是可想而知。那个告密的小妃子，如果背后无人指使，怎么有胆量与努尔哈赤最宠爱的大妃叫板？
皇太极为争夺汗位，只有将大妃及代善均打击下去，自己才能爬上汗位，所以他的一箭射去，不仅大妃被废，而代善也名誉扫地，更为重要的是离间了代善与努尔哈赤的感情，让他这个孝慈高皇后所生的儿子在父亲眼中地位更重。
然而大妃被废一年多后，又复立为大妃，这主要是大妃的确有可爱之处，努尔哈赤舍不得割爱，而且时间一长，发现她也没有什么大过。在代善势力的下降过程中，皇太极的权势在日益增大，忽然大妃又被立，皇太极是十分不愿意看到的。恰巧这个时候努尔哈赤驾崩，大妃就成了皇太极继位的惟一障碍。满族确有用活人殉葬的习惯，却没有汗死后必定要让皇后和妃子殉葬的成例。至于努尔哈赤遗嘱中讲大妃的一番坏话，更没有必要，纯属是皇太极矫诏而逼迫大妃致死。这时的代善，已是爱莫能助，剩下大妃孤儿寡母，也就只能任人宰割。37岁的大妃殉葬的确不是自愿，纯系皇太极逼迫所致。
与大妃同时殉葬的还有二个庶妃，一为阿吉根，另一为代因扎。代因扎就是当年告发大妃与代替有暖昧关系的那个人，告大妃与皇太极指使有关，现在也被令殉弊，应该是皇太极怕日后事情败露，借机杀人灭口，她成了皇太极皇权斗争中的真正殉葬品。
皇太极嗣位之谜
1592年，清太宗皇太极出生，他是努尔哈赤的第八子，母为孝慈高皇后。史书上说他仪表奇伟，聪明过人，脸色红润。1615年，努尔哈赤将最初设立的黄、红、蓝、白四旗扩建为八旗，22岁的皇太极为正白旗主旗贝勒。第二年，后金建立，努尔哈赤令四大贝勒共理政务，皇太极是四大贝勒之一。四大贝勒每月一人轮流值事，共同处理国家大事，权势显赫。他常随太祖征讨，运筹帷幄。1626年，努尔哈赤死，大贝勒代善以皇太极才德冠世，与其他贝勒一起请皇太极嗣位。皇太极推辞再三，但众人继续坚请，他只得遵从众人的意思，在沈阳即位。1636年，他改国号为大清，改族名女真为满洲，自称宽温仁圣皇帝。可以这样说，努尔哈赤是清朝的开创者，而皇太极是清朝的奠基人，他是清朝开国过程中极为重要的人物。
问题是后代的人们对皇太极的继位有许多疑点，大贝勒代善为什么自己不即位而非要拉了其他人一起请求最小的皇太极登基？皇太极自己说是不能违反众人的意愿而勉强嗣位，这样的一套做法是否有过分做作的嫌疑？对此，许多人见仁见智，提出了不同的看法。
女真族选择继承人与汉人不同，汉族的嫡长子继承制并不为他们认同，谁有才能，谁就有可能得到汗位。努尔哈赤最初挑选的继承人是长子褚英。褚英18岁时因作战勇敢被封为洪巴图鲁，即大勇士的意思，深受努尔哈赤的器重。27岁时封为阿尔哈图·土门，意为有谋略之人，实际上是努尔哈赤赞赏他善于动脑子。不过，褚英性格急躁，年轻气盛，在处理日常事务时得罪了不少人。不久，众贝勒及大臣有意发难，一再在努尔哈赤前说他的坏话，努尔哈赤渐渐对褚英有了看法。有口难辩的的褚英焚表告天，诉说自己的冤情，又被人告发是在咒诅努尔哈赤，不明就里的努尔哈赤于1613年愤然下令处死褚英。这样一来，皇太极就有了继位的问题。据朝鲜史籍《鲁庵文集》说：“老汗临死前说：皇太极能完成我的意愿。”如此说来，皇太极的即位是努尔哈赤的意思，是顺理成章的。
不过有一种观点认为皇太极的继承汗位并不是努尔哈赤的意思，而是由诸贝勒共同推举的。努尔哈赤在褚英死后，未立嗣子，但确立了八旗制度和四大贝勒共理朝政的制度，即汗位的人必须由诸贝勒共同推荐。努尔哈赤死的当天，代善长子劝代善说：“四贝勒（指皇太极，皇太极在四大贝勒中年龄最小）才德冠世，特别得到先帝的看重，而且众人对他也诚心悦服，他应该继大位。”代善认为确是如此。第二天，诸贝勒议事时，代善提出动议，请皇太极即位，各位贝勒也表赞同。中间确有相互推让的局面，皇太极前后有三天不同意即位，而代善等人硬是拉着他登上了汗位。与各个时期刀光剑影的争抢形成鲜明对比的这种推举，并不是不可置信的，而是极有可能的。因为后金民族崇尚武功，而皇太极从小就出征打仗，努尔哈赤曾经说过：“皇太极将来是父兄的依赖，就像身体上一定要有眼睛一样。”这样看来。皇太极的军事才能确是超过其他人，谋略、威望也是在其他人之上。代善在诸贝勒中的资格最老，他一推举，其他人跟着呼应，才能卓著的皇太极就被推举了出来，这并不足为怪。
也有观点认为皇太极的汗位是从多尔衮手中抢来的，著名清史专家戴逸先生就持这种看法。朝鲜著作《春坡堂日月录》说：“努尔哈赤临终前，对代善说：九王（指多尔衮）应该继位，但他年纪很轻，你可以当摄政王，以后传位给九王。代善认为这可能会使他人认为自己有夺位的嫌疑，遂立皇太极为汗。”蒋良骐的《东华录》记载了多尔衮自己的话也说“太宗文皇帝之位原系夺立”，意指皇太极是篡夺汗位的。一些人由此推断皇太极为了从幼弟多尔衮手中夺汗位，不惜让多尔衮的母亲大妃纳喇氏殉葬。持相反观点的人认为努尔哈赤痛恨多尔衮的母亲，多尔衮年纪又这样小，他无论如何是不会被立为继承者的，这恰恰是多尔衮在为自己后来的“擅作威福”寻找理由。皇太极继位后，对多尔衮这个小弟弟关心有加，尽力提拔，两人之间感情深厚，夺位之说是无从谈起的。
也有观点认为无论是多尔衮还是皇太极，都不是努尔哈赤生前立的嗣位者，皇太极之所以能登上皇帝，是他通过激烈争斗，力克竞争对手而得到的。四大贝勒之间，二贝勒阿敏是努尔哈赤的侄子，曾参预其父舒尔哈齐的叛乱；三贝勒莽古尔泰，生母因为偷藏金帛被处死，自己生性暴躁，不得人心；大贝勒代善最有竞争力，但由于与纳喇氏的关系，被皇太极使了计谋，让他在努尔哈赤前失去了信任，所以实际上皇太极是夺了代善的汗位。
这最后一种观点，实际上还是比较可信的，因为皇太极用贬低他人的办法取得了汗位，而即位后，不敢大意，又用尽心计对付三大贝勒。努尔哈赤规定的四大贝勒轮流执政，至皇太极时，因三大贝勒都是兄长，朝贺时，他们和皇太极都南面并坐，实际上仍是共同执政。1629年，皇太极以三大贝勒轮月执政，实在不好意思太辛苦三位兄长，让三大贝勒以下诸贝勒每人都按月理事，实际在削弱三大贝勒的权力。稍后，又设八大臣、十六大臣与诸贝勒共同议政。二贝勒阿敏因征朝鲜后不想回来，被皇太极历数十六大罪状幽禁起来，1640年死于幽所。三贝勒莽古尔泰在朝廷里与皇太极发生争吵，又拿出刀在手里摆弄，被削贝勒名号。不久又改各大贝勒朝贺时与皇太极并坐的体制，仅皇太极一人南面中坐，莽古尔泰忧愤而死。代善因为宴请了莽古尔泰的妹妹，使皇太极大为震怒，代善几乎被削去贝勒名号。其他各旗贝勒人人震恐，只得服从皇太极的威势。代善的存在本身就是对皇权的危胁，1635年，皇太极宜布了代善的四大罪状，革去贝勒名号，削夺职位。至此三大贝勒全部清除。
1636年，皇太极被拥立为皇帝，定国号为清。
皇太极庄妃下嫁之谜
1613年，蒙古科尔沁部博尔济吉特氏贝勒寨桑生下了一个女儿。当她13岁时，努尔哈赤第八子皇太极练兵路过寨桑部落，发现她特别漂亮，马上派人送上聘礼，要求寨桑将女儿许配给他。当时的后金联合了蒙古各部落反对明王朝，所以鼓励后金贵族与蒙古贵族通婚。皇太极原已与寨桑的妹妹为婚，但婚后多年不育，渐渐对她开始冷淡。小博尔济吉特氏在他的兄长吴克善台吉伴送下到达后金后，皇太极十分宠爱她，先后生育了三个公主。1636年，皇太极改号称帝，封博尔济特氏为永福宫庄妃。1638年，庄妃生皇九子福临，即日后的顺治帝。福临即位后，尊为皇太后。孙玄烨嗣位，尊为太皇太后。死，谥号孝庄，史称孝庄文皇后。
这位孝庄太后，人极其漂亮，又聪明能干，颇有谋略。传说1641年清军围攻锦州城，崇祯帝派了蓟辽总督洪承畴率大军13万驰援，后被围困在松山城。第二年3月，城破被俘。皇太极派出多位满汉大臣劝降洪承畴，洪只是大骂，至后来干脆不吃不喝，只求速死，以身殉国尽忠。但洪承畴有一个弱点，特别好色，皇太极知道后，马上派庄妃穿上汉族服装前去软化洪承畴。在风姿绰韵的庄妃一番劝说下，洪承畴再也守不住自己的坚强意志，第二天就投降了清朝。
1643年，皇太极突然去世，庄妃痛不欲生，愿以身殉，但诸王贝勒大臣皆认为子女年幼，不能没有人抚养教育，合辞力劝。皇太极死前没有立继承人，这时诸王兄弟都有窥视皇位的念头，其中皇太极弟弟睿亲王多尔衮和皇太极长子肃亲王豪格最有力量。然奇怪的是多尔衮没有自立，而是立庄妃年方六岁的儿子福临为帝，自为摄政王。
福临即位后，多尔衮的权势不断扩大，想做皇帝的念头也日益增强。1644年，他率军攻占北京，明朝百官对他山呼万岁，关内外只知有摄政王而不知有皇帝。四个月后，孝庄与顺治也来到北京，发现这时的多尔衮大权独揽，广树亲信，排斥异己，北京城成了多尔衮的天下。这种形势之下，福临的皇位岌岌可危，于是孝庄皇后按照满族父死则妻其后母、兄死则妻其嫂的习俗，纡尊降贵，下嫁给多尔衮。通过下嫁来笼络和控制多尔衮，巩固福临的地位。这个政治婚姻一定程度上起到了延缓与阻止多尔衮夺位称帝的作用，使多尔衮至死也没有登基。
在正史中，孝庄下嫁是没有明确记载的，因此许多人对下嫁之说十分怀疑。上世纪30年代，孟森发表了《太后下嫁史实考》，认为根本不存在下嫁的事实。他考证了许多资料，从而推断道：“既未下嫁，也并无暧昧。”也有人认为，多尔衮之所以皇太极死后没有自立，主要是自立的条件不太成熟，八旗中的两黄旗只效忠皇太极，并不肯让皇权旁落。多尔衮立福临，既可以堵住别人的嘴，又可以随时将他废掉。多尔衮占领了北京后，先后为自己加封了“皇叔父摄政王”、“皇父摄政王”等尊号，控制了朝廷的军政大权。他将竞争对手豪格下狱迫害致死后，将豪格的妃子收为己妃，还派人到朝鲜挑选王族的女子为妃。在当时的情况下，一些明朝遗民对清朝统治者怀有深刻仇恨，部分清朝大臣对他也十分不满，多尔衮迎娶豪格妻子的事，很快就被轻而易举地改成娶皇太后，成为太后下嫁摄政王。后来的许多历史文学小说如《清稗类钞》、《清史演义》等都据此演绎，以讹传讹，孝庄皇后下嫁小叔子多尔衮的事俨然成了历史事实。
更多的人认为，孝庄下嫁是可能的。按满族习俗，下嫁小叔子是可以接受的，只是后人因受了汉人的影响，觉得这样做不太体面，所以就把史书中相关的内容全部毁掉，使得人们无法从正史上得到历史真相。清人蒋良骐《东华录》说多尔衮自称“皇父摄政王，又亲到皇宫内院”，既称皇父，又深入内院，显然是把皇后当作了妻子，把福临当作了儿子。如果太后没有下嫁，太后和皇室亲王贝勒是万万不能接受的。《皇父摄政王起居注》一书后有刘文兴的跋，谈到他父亲刘启瑞奉朝命在库房里翻档案，找到了顺治时太后下嫁皇父摄政王的诏书，这可以说是最有力的证据。孝庄皇后死时，对康熙说：“太宗皇帝安葬已久，他的梓宫也有很长时间没有动过了，不可为我而去打开。我心里想着你们父子两人，不想远离你们，一定要在孝陵的附近为我找一块地方安葬，这样我也心满意足了。”这样的做法明显违反清朝的丧葬制度，实际上是她有难言苦衷，因为有了下嫁多尔衮，再同皇太极合葬就不合情理了，所以康熙只得把她的灵柩停放在东陵，雍正时才葬入东陵地宫。
南明鲁王大臣张煌言听说这件事后，曾讥笑清廷的悖德乱伦，有《建州宫词》说：“春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”又说：“椒寝梦回云雨散，错将虾子作龙儿。”暗示顺治帝不是龙种。因为多尔衮母亲死后，哥哥皇太极收养他在宫中。孝庄进宫时，仅比多尔衮小一岁，难保两人以前没有暖昧关系。多尔衮决定立福临为帝，可能也是基于这个原因。
其实，孝庄是否风流、是否下嫁并不重要，重要的是我们应该注意到这位伟大的皇后在多尔衮死后，是怎样精心辅助13岁的顺治开始亲政；顺治死后，她又是怎样全力辅助康熙主政。她的一生经历了清初三朝政局的变化，她对清王朝的建立和统一全国大业都起到了一定的积极作用。
顺治冲龄称帝之谜
1643年，皇太极突然“无疾”而崩。由于生前并未指定谁是嗣位者，新皇帝的人选一下子变得十分敏感。
如果按汉族人的通常习惯，当然继位者应该是豪格。皇太极有11个皇子，豪格年龄最大，时年34岁。他早年随皇太极四处征战，立有战功。皇太极称帝时又晋封为和硕肃亲王，与他的叔叔阿济格、多尔衮、济尔哈朗等并列于朝。豪格得到皇太极所领的两黄旗部下亲信大臣索尼、图赖等人的支持，实力较强。皇太极其他的儿子如叶布舒、硕塞等年仅十五六岁，既无战功，又无地位，高塞、福临等仅是小孩子一个。从表面上看，豪格继位是理所当然的事情。
皇太极的兄弟们中，也有多人垂青皇位，如睿亲王多尔衮、英亲王阿济格、豫亲王多铎等。这些人中，努尔哈赤的十四子、皇太极的异母弟多尔衮权势最强，战功居多，他的正白旗是八旗中最精锐的部队。他的同母兄弟阿济格、多铎及其他一些诸王贝勒，看看自己没什么大希望，都愿意他继位。
两个最有实力的人都看中了帝位，并且各不相让，一场宫廷动乱随时会发生。皇太极死后第五日，多尔衮到三官庙，召索尼讨论册立的事情，实际上想摸个底。索尼说：“先帝有皇子在，一定要立其中的一个，其他的我就不知道了。”把多尔衮顶了回去。这天晚上，图赖也到索尼处商量，认为一定要立一个皇子，并定下了用武力决斗的计划。第二天天刚亮，两个黄旗的大臣一起集中到大清门，命令两旗士兵张弓搭箭，将宫殿包围起来，然而带兵来到崇政殿。诸王大臣列坐东西两庑，索尼等抢先说一定要立皇子，因皇子中豪格希望最大，实际上想立豪格。多尔衮让大家先退一步，自己和阿济格、多铎商量该怎么办。多铎等劝多尔衮即帝位，多尔衮犹豫不决。多铎说：“如果你不想当，就应该立我，因为先帝的遗诏中有我的名字。”多尔衮说：“豪格在遗诏中也有名字，不单独是你。”多铎又说：“如果不立我，按年龄当立礼亲王代善。”代善说：“如果睿亲王自己当皇帝，那是大清国的福音。如果不即位，就应该立一个皇子。我老了，不能胜任皇位了。”
面对一触即发的险境，多尔衮尽管自己很想登上皇位，但从大局出发，果断决定自己不立为王。但是在不能自立为王的情况下，又玩弄起权术，在诸皇子中想选一个小娃娃。经过一番权衡，结果九皇子福临意想不到地选中，被捧上了皇帝的宝座。福临称帝，一方面把豪格势力压了下去，另一方面多尔衮可以利用叔父摄政王的地位独揽朝廷大权，达到个人的目的。
至于为什么在诸皇子中选择福临，一般认为是与皇太极庄妃有关。庄妃人长得很漂亮，与多尔衮一直有着说不清道不明的关系，而且代善也支持福临即位。传说后来庄妃下嫁给了多尔衮，所以多尔衮在这时挑选福临也不是漫无目标的。
其时还发生过奇怪的一件事情。多罗郡王阿达礼曾对多尔衮说：“睿亲王应该即大位，我们都会跟着你的。”固山贝子硕托也派人对多尔衮说：“内大臣图乐格及御前侍卫等人都和我计谋过，睿亲王应该自立。”这两人后来又到代善家，对代善说：“众人都已议定睿亲王应该登位，你为什么沉默不语？”事后，多尔衮和代善当众将这件事进行了揭发，多尔衮还以扰乱国政罪将两人杀死。多尔衮为什么要将这两个拥护自己的人当众处死，大概主要想讨好庄妃，同时笼络人心，让大家觉得自己对皇位是没有非分之想的。
就这样，福临在根本没有想到过的情况下登上了皇帝的宝座，当时还未满六岁，这是清朝历史上第一个小孩皇帝。第二年，改元顺治。顺治七年（1650），多尔衮去世，福临开始亲政。
顺治帝失踪之谜
世祖出家被列为清初三大疑案之一，是说顺治帝因爱妃董鄂妃之死，悲恸万分，痛苦异常，最后竟看破红尘，跑到五台山清凉寺当了和尚。这一说法流传得十分广泛，后代还据此派生出康熙皇帝五台山认父的故事。那么，历史上的清世祖真的出家当和尚了？要讲清这个问题，还得从他的几个皇后谈起。
清世祖爱新觉罗·福临，六岁登基，只活了24岁，他是清朝入关后的第一个皇帝。福临共有三个皇后，14个具有名位的嫔妃。当他11岁时，摄政王多尔衮派亲王阿济格到蒙古为他选聘皇后。满蒙联姻是清初政坛上的一件大事，只有联姻北方才会安定，皇太极有封号的后妃，几乎全是蒙古博尔济吉特氏的女子。多尔衮为顺治选的新娘是孝庄太后哥哥吴克善的女儿，孝庄太后自然是十分赞成。顺治八年（1651），册立为皇后，举行大婚姻礼。然而顺治并不满意皇后，婚后两人关系不和，长期分居，并未生下一子半女。顺治十年，皇帝下令废后。当时多尔衮已死，皇帝也已长大，孝庄见两人难以和好，遂默许皇帝另择皇后。1654年，蒙古科尔沁贝勒绰尔济的两个女儿被接进宫中，一个月后，姐姐被册封为后，即孝惠章皇后，妹妹封淑惠妃。这个皇后十分淳朴，没有什么特长，所以顺治对她横竖不顺眼，态度冷淡，皇后和淑惠妃都终身无子。这时，顺治看上了另一个女子，她就是董鄂氏。
董鄂氏是满洲正白旗人，内大臣鄂硕之女。15岁那年应选秀女，因她聪明漂亮，知书达礼，被顺治同父异母弟襄亲王看中，成为他的妃子。当时的贵族命妇要轮流到宫中侍候皇帝的后妃，这样董鄂妃就有机会接触到顺治，二人彼此萌生出感情。襄亲王知道后，大骂了董鄂妃一顿。此事被顺治听说，竟然打了襄亲王一记耳光。老婆跟别人私通，还要遭打，襄亲王受不下这口气，怨愤致死。顺治乘机将董鄂妃收到宫中，册立为贤妃。
孝庄太后在选择皇后问题上与顺治早有矛盾，她希望顺治在蒙古部落中挑选后妃，但现在董鄂妃的出现，使得蒙古的后妃均受冷落，孝庄的忌恨是可想而知的。尽管孝庄发现了顺治与董鄂妃之间的感情后下令停止命妇入宫，但为时已晚。1656年12月，顺治正式册封董鄂妃为贵妃，并照册立皇后的仪式颁诏天下。次年10月7日，董鄂妃生下皇四子，第二天顺治宣称皇子是“朕第一子”，弄得宫内宫外都猜测这位新生儿一定是将来的皇太子。孝庄太后忍无可忍，要设计构害董鄂妃。冬天来临，孝庄太后忽称身体不适，住到京郊南苑，谕旨后妃及百官视疾问安。谕令传到董鄂妃所在的承乾宫，她不得不冒着寒冬从京城赶到20里外的南苑，向太后问安，并朝夕侍奉，很快形销骨立。更为想不到的是，三个多月后，皇四子夭折，董鄂妃一下子受不了打击，此后在忧伤中苦度三年，病逝于承乾宫，年仅22岁。
董鄂妃死后，顺治帝悲痛万分，大办丧事，追封她为孝献皇后。半年后，顺治帝也从清宫中无声无息地消失了。那么，顺治帝到哪里去了？
研究这段历史的人对顺治帝的失踪有许多说法，归纳起来主要有三种：一为出家说，二为生天花而死说，三为出家不成生天花而死说。
出家说认为顺治帝在董鄂妃死后精神受到极大刺激，看破红尘，于1661年正月抛弃帝位，躲到山西五台山，削发为僧去了。这种说法在一些野史、文学作品中特别流行。他们认为清初著名文人吴梅村的《清凉山赞佛诗》是为顺治帝五台山进香所作。康熙帝曾四次巡幸五台山，前三次是为了看望顺治，第四次去时顺治帝已逝世，康熙吟诗哀悼，诗中悲痛之情十分动人。顺治帝一向喜佛，宫中有木陈、玉林两位禅师天天与他谈佛。他曾对木陈说：“愿老和尚不要将我看成天子，而把我当作走到你庵中的一个弟子。”他还表示：“人的一辈子最放不下的是财宝和妻、子。我对财宝无所谓，妻、子也是像风云聚散，没什么大的关系。如果不是还挂念着皇太后，就随老和尚出家去了。”顺治帝从宫中失踪的前几天，还叫最信任的太监吴良辅到悯忠寺削发做和尚。如此，在爱子宠妃先后去世的情况下皈依空门，是相当有可能的。
另一种说法是顺治帝生天花而病死在宫中。清朝入关时，天花流行，疫病泛滥，人们并没有很好的办法来对付这种传染病。顺治十八年（1661）正月初二日，京城沉浸在春节的欢庆气氛中，这天顺治帝前往悯忠寺观看他的亲信太监吴良辅削发出家仪式。下午回宫后，顺治帝觉得十分烦躁，伴有高烧，遂卧病在床，实际上已感染了天花病毒。宫女、太监们奉命撤去刚刚挂上的门神、对联、彩灯、彩带。正月初四日，朝廷正式向文武大臣宣布皇帝患了天花病，并“传谕民间毋炒豆，毋燃灯，毋泼水”，外界官民始知顺治帝得了天花。初六日，顺治帝感到自己活不长了，“患痘势将不起”，急命太监传谕大学士麻勒吉、学士王熙速到养心殿记录遗嘱。王熙等垂泪从命，在床前草就遗诏第一段，见顺治已累得疲惫不堪，奏请皇帝暂歇，待他们拟就之后，再请皇帝御览。二人赶紧到乾清官西朝房连夜起草遗诏，然后又赶到养心殿呈皇帝过目。顺治帝勉强挣扎着将遗诏修改了三遍，直到次日才定稿。初七日，病情更重。傍晚，下诏释刑狱。半夜里，“圣驾宾天”，24岁的顺治帝崩逝于养心殿。天花夺去了一位正值春秋鼎盛年的皇帝的性命。这种观点认为由于顺治帝年纪很轻，且得天花后发病极快，仅病五天就不治身亡，所以在民间出现了种种谣言和猜疑，甚至故意渲染他平时的好佛，把他说成到五台山“出家”了。
第三种看法实际上是对上述两种观点的折衷。即既承认顺治帝好佛，也承认顺治帝得了天花去世，但认为他没有出家。1657年，年仅20岁的顺治结识了当时的一个高僧憨璞聪，原本就十分笃信佛教的他更加热衷佛事。此后，他又先后结识了木陈、玉林、茚溪森等高僧，与他们过从甚密，对佛教达到了痴迷的程度，频频召他们进宫讲经说法，而且亲执弟子之礼，还让玉林给他起了个法号“行痴”。董鄂妃死，他的感情受到了极大创伤，于是整天沉迷于佛法之中，除召见茚溪森等和尚外，在不到两个月的时间里38次造访他们，时常作彻夜长谈，昏昏欲睡。后来他决意隐遁佛门，摆脱尘世中的烦恼，终于在1660年10月初，坚请茚溪森为自己举行净发仪式，准备到五台山当和尚。但这激起了整个朝廷的恐慌，孝庄皇太后为首的诸王贝勒们慌乱不堪，急忙设法阻止。
这时吴兴报恩寺的主持玉林接到朝廷诏书，说皇帝出外骑马受到惊吓，让他前来证道。他到了北京，听说自己的弟子茚溪森为皇帝进行了剃度，勃然大怒，在宫外某寺架起柴堆，下令捆缚茚溪森，打算当场用火烧死。顺治见状无奈，只得向玉林表示自己愿意重新留发，不再出家了。
痛失爱妃，想出家又不成，顺治整日郁郁寡欢，本来身体已十分虚弱的他再也支撑不住了。不久他又染上天花，在短短的几天中离开了人间。