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蔡元培校长最先提出“北大起源特殊性”这个问题，基本思想相当明确，但没有作出明确表述——前人多半没有提到这一点，而这个起点是不容忽视的。
蔡校长提出这个观点不是偶然的，与他的人生道路是息息相关的。1892年—1898年间，也就是在他26岁至32岁的“而立之年”，他曾在翰林院担任编修等职务，对于中国古代国学、太学有较深了解。1907年、1911年，他又留学德国，对于德国洪堡大学倡导的新人文主义大学教育改革有了更为切近的了解。在中西综合创新中，他形成了自己的北大教育改革观、创新观。
在1918年4月27日发表的《北京大学二十周年纪念册序》中，蔡元培是把古代太学国学，称之为近代新北大的“高曾祖”、“老祖宗”的：“吾国自虞夏时已有大学之制，见陈教授汉章所作《中国历代大学学制述》。然往昔太学国学，其性质范围，均与北京大学不可同日而语。然则往昔之太学国学，直当以高曾祖称视之。而北京大学本体，则不得不认为二十岁之青年也。”（高平叔编：《蔡元培教育论著选》，北京：人民教育出版社1991年版，第142页。）
1925年4月，蔡元培作了一次重要讲演，题为《中国现代大学观念及教育趋向》。一开头，他就开门见山地提出这个基本思想：
“在古代中国，文明之根一直没有停止过它的生长，尽管关于这方面的历史记载极少。进行高等教育的机构早在两千年前就出现了，那时称之为‘太学’。随后，又从这一切初步形式，逐步演变为一种称之为‘国子监’的教育制度。它包括伦理教育、政治与文学教育。现在看来，这是必然的发展，并且随着这一发展而增设了包括写与算等更多的学科”。“总之，古代中国只有一种教育形式，因此，其质与量不能估计过高”。（同上书，第489页。）
正是基于中国大学教育历史发展道路的这种特殊性，他特别提出“北大起源”、“北大历史”的独特性问题：
“下面请允许我以一所具体的大学，即我非常熟悉的国立北京大学的一些情况来对我所谈的加以印证。众所周知，这所大学由于她的起源及独特的历史而具备较完善的组织系统。根据目前的发展趋势和方向，我们很自然地能预见到未来的进展。但是，这种发展趋势和方向的主要特点究竟是什么呢？”（同上书，第490页。）
中国古代太学传统是不是已经成了完全过时的死东西？蔡元培先生在《中国教育的历史和现状》一文中做了明确回答：“进行这种个别教学的高等学校，早在两千年前就出现了，当时称之为‘太学’。以后在此基础上又演变为‘国子监’的一种教育体制。在‘国子监’讲授的是伦理、政治和文学……即使在最近二百年中，这类学校仍可说是具有一种深远的教育意义。尽管这些制度已经过时，但是我认为它们的历史对当前许多尚未解决的问题仍有所启示。”
蔡元培先生提出这种观点不是偶然的、随意的、倏忽而逝的思想火花，其理论基础就是多元文化综合创新的哲学观念。在《东西文化结合》一文中，他就提出“综观历史，凡不同的文化互相接触，必能产生一种新文化”。“照这各方面看起来，东西文化交通的机会已经到了。”