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王恺运为人慷慨激昂，向以霸才自居。他在咸丰五年（1855）劝曾国藩自立不成。咸丰十年（1860）再入曾府，仍喋喋而谈，其意也是“彼可取而代之”的意思；但曾国藩却正襟危坐，以食指蘸杯中茶汁，在几上点点划划。不多时，曾起立更衣，王恺运便站起窃视几上，只见上面依稀有个“妄”字。
一晃几年过去了，此时的曾国藩正准备北上“剿捻”。一见王恺运到来，极为高兴，但因有了前两次“劝进”，曾国藩自然有所警惕。但王恺运这次却好像换了一个人似的，只是与曾国藩讨论学问。他对曾国藩说：“公之文，从韩愈以追西汉，逆而难，若自诸葛，魏武帝以入东汉，则顺而易。”曾国藩起初听得津津有味，并频频点头。的确，学习辞章从唐代韩愈，上溯西汉，逆而难，如果自曹操入东汉，就较容易，也顺理成章。但到后来，曾国藩还是听出了王恺运的弦外之音。原来还是让他做曹操！但曾国藩这次倒也平静，故作不知。王恺运自知他的帝王之术再无实现的机会，颇为沮丧，只得悻悻而归。
三次纵横计不就，王恺运对曾国藩的看法大为改变。说曾国藩再次出山已“变节为巽顺”，虽功成名就，但“避事”不敢担当。直到晚年，王恺运已经历了清亡、袁世凯复辟败亡等重大的历史事变，才对曾国藩当初不自立为帝的看法有了改变。据说民国后，珍藏着曾国藩“倚天照海花无数；流水高山心自知！”一联的朱老夫子，曾专门去拜访这位当年行纵横计的王恺运，并拿出曾联求王写跋语。王恺运大为惊叹说：“难道真有这个联吗？涤丈襟怀，今日以前，我只知一半，今而后，乃全知。吾老矣，微君相示，几不知文正之所以为文正，左老三（指宗棠）之所以为左老三。”沉思片刻，即欣然命笔，另书一联曰：“花鸟总知春浩荡，江山为助意纵横。”书毕，对朱君说：“吾不敢著墨文正联上，以重污文正。另书此，纪文正之大，且以志吾过。”这就是以霸才自称的王恺运，垂老始悔的一幕。历史上多少委曲的憾事，就是这样不可思议。
曾国藩于同治十一年（1872）去世。两年后，曾国荃要写一部湘军志，请王恺运执笔，七年后初稿完成，时王恺运在四川，便亲自将稿送到了湖南。但曾国荃、郭嵩焘看后却大为不满，认为史事失实，甚至认为是谤书。因为写这本书的目的是为了表彰湘军功烈，垂乡邦之荣誉，使家乡增光添彩。但是王恺运要自成一家言，秉笔直书，对湘军、淮军将领的弱点也直言不讳地记录下来，甚至带着责备口吻，使湘军将领深感气愤。对于曾国藩，只写了他的军“苦”，而对他的军“功”却宣扬不够，而且，王恺运自负知兵，好谈大略，以自己的战略战术思想，凌驾于战争之上，妄加评论。他说曾国荃攻克南京，实属“罕搏战”，又说太平军“比于初时衰矣”，而且整个战争过程写得很简短。曾国荃认为这是贬低军功，尤为愤怒。王恺运知道这一情况后，便将木版交给郭嵩焘，嘱其毁版，以平息众人的非议。对此他又做了一些检讨，认为直笔非私家所宜，承认此书实亦多伤，有取祸之道，众人喧哗宜矣。并说：“韩退之言修史有人祸天刑，柳子厚驳之固快，然徒大言取耳。子厚当之，岂能直笔耶？若以入政事堂相比，则更非也。政事堂就事论事耳，史臣则专以言进退古今人，无故而持大权，制人命，愈称职愈遭忌也。若非史官而言人长短，则人尤伤心矣。”但是他仍认为这是一部奇作，并不像明人的著作，可以和《三国志》、《后汉书》等著作相媲美。他是力追古贤的仿古派。当然他也说明他本意并不想对曾国藩有什么恶意中伤，还是对曾国藩很尊重的。
最后，曾国荃又请王安定编了一本《湘军记》，这本书写得比王作要详细，而且在讲到曾国荃攻克南京一战役时则大肆渲染，写得有声有色，烘托出这是一场军兴以来未有之苦战，极古今之恶战，以辨正王恺运“罕搏战”的论断。在这一点上，使曾国荃的遗憾心情得到了一定程度的补偿。虽然如此，后人评论，仍对王作评价甚高，一是振笔直书，蔚然成一家之言，不讳避事实，真实性强。二是文章雅健雄奇，使读者感到浓厚的兴味，留下深刻的印象。
郭嵩焘在湘绅中负重望，是反对《湘军志》的领袖人物之一。他曾函信陈士杰，深斥《湘军志》，可代表反对派之言论：
湘军本末，宜有述录，发议自吴南屏，嵩焘实倡行之，曾吉力刚一以属之王壬秋。始见其《曾军篇》，于曾文正多刺议，寓书力戒之。去腊自蜀归，其书遂已刊行。沅浦宫保指证其虚诬处，面加诘斥，几动湘人公愤，将其版销毁，然闻蜀人已有翻刻本，贻毒固无穷矣。壬秋文笔高朗，而专喜讥砭。通志局初开，嵩焘力援之，为罗研生所持，言：“若壬秋至，湘人攻击且尽，曷云志也？”其后所修三志，《东安志》版已毁，《桂阳志》亦有纠缪之作，《衡阳志》托名彭雪琴宫保，无敢议者，衡人私论亦皆隐憾之，自王船山先生已遭其讥议，其他可知，要其失不在秉笔而在包修。吉力刚踵行其失，鄙心不能无歉然。因沅浦宫保之言，取其书读之，专叙塔忠武、多忠武战功，湘人一皆从略，江忠烈直没其名，至江西始载其以一军赴援，并帮办军务之命亦匿不书，而于李勇毅、杨厚庵则竟诋斥之。张笠臣指为诬善之书，且言：“楚人读之惨伤，天下之人无不爽心快目。”开端数行中，便谓洪寇之盛，实自湖南始，始合围而纵之，又起偏师追而歼之，直以是蔽罪湖南，亦竟不测壬秋之果为何意也。今其势不能不重加修辑，又万不能开局，当由思贤讲舍任之，壬秋高才积学，极谋以讲舍相属，而终见忤如此，所损声名实多。始悟君子成己成人之学，一皆性之德，于人多伤，终亦不能成己。重为壬秋惜之。
黎庶昌是曾门四子之一，对于《湘军志》却甚为赞赏。他所选辑的《续古文辞类纂》，于叙记类中特录《湘军志》之《曾军篇》、《曾军后篇》、《湖北篇》、《水师篇》、《营制篇》为一卷，惟标目不曰《湘军志》，而曰《湘军水陆战纪》，评注云：“此书不著作者名氏，盖湘潭举人王门岂运笔也。文质事核，不虚美，不曲讳，其是非颇存咸同朝之真，深合司马迁叙事意理，近世良史也。”
王恺运撰《湘军志》时对曾国藩的情绪，可见于《湘绮楼日记》。光绪四年（1878）二月二十一日云：“作《湘军篇》，颇能传曾侯苦心；其夜遂梦曾……”二十七日云：“夜观览涤公奏疏，其在江西时，实悲苦，令人泣下，然其苦乃自寻得，于国事无济，且与他亦无济。且吾尝怪其相法当刑死，而竟侯相，亦以此心耿耿，可对君父也。余竟不能有此愚诚。‘闻春风之怒号，则寸心欲碎；见贼船之上驶，则绕屋彷徨。’《出师表》无此沉痛。”三月十六日云：“看胡林翼奏稿书札及方略，见庚申年事，忽忽不乐。又看曾国藩的奏稿，殊矢忠诚之道。曾不如胡十分明显，而名比胡大，其始于至诚且贤，其后不能掩之也。我初未合观两公集，总是偏袒曾而不喜胡，今乃知胡之不可及，差一点失之交臂。”十七日云：“欲作《曾军后篇》，连日正不喜曾，乃改撰《水师篇》。”四月十一日云：“作军志。咸丰六年至八年，湖南协济江西军饷银二百九十一万五千两，此左生（宗棠）之功也。左生于江西殊胜曾公。”十二日云：“夜看曾书札，于危苦时不废学，亦可取，而大要为谨守所误，令万民涂炭，仍然问心无愧，是儒者之罪，与张浚差不多。”
王恺运怀才不遇，满腹劳骚，他在给吴大徵的信中说：“恺运平生志愿，满腹经纶，一不得申，每嗟感遇。”又与左宗棠书有云：“恺运行天下，见王公大人众矣，皆无能求贤者。涤丈收人材不求人材，节下用人材不求人材，其余皆不足论此。以胡文忠之明果向道，尚不足知人材，何从而收之用之？故今世真能求贤者，恺运是也；而又在下贱，不与世事，性懒求进，力不能推荐豪杰，以此知天下必不治也。”