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督军团等了两天，见到没有批准下来，估计黎总统不肯同意，于是向总理告辞，陆续离开北京。到了天津，他们又在督军曹锟的军营里召开了一次秘密会议。正好徐州张勋也有密电到达天津，邀请各军长一起到徐州。各军长又南下和张辫帅会晤，彼此商定密约之后，各自回去静待中央的消息。
隔了两天，他们收到黎总统的命令，罢免国务院总理兼陆军总长段祺瑞的职务，由外交部长伍廷芳暂时代理，陆军次长张士钰代理陆军部务。这好像一声晴天霹雳，响彻中原，各军长正准备和中央翻脸，质问是怎么一回事时，忽然总统府发出了通电：
段总理任事以来，劳苦功高，深资倚畀，前因办事困难，历请辞职，叠经慰留，原冀宏济艰难，同支危局。乃日来阁员相继引退，政治莫由进行，该总理独力支持，贤劳可念。当国步阽危之日，未便令久任其难，本大总统特依约法第三十四条免去该总理本职，由外交总长暂行代署，俾息仔肩，徐图大用，一面敦劝东海出山，共膺重寄。其陆军总长一职，拟令王聘卿继任。执事等公忠体国，伟略匡时，仍冀内外一心，共图国是，本大总统有厚望焉！
这道电文颁发出来，各位军长都很意外，看到电文署名，除了黎总统外，还有代理国务总理伍廷芳副署，大家更觉得惊讶。很快他们又接到了段祺瑞的通电说：“祺瑞辞职离开京城，暂时住在天津。只是调换总理的命令没有经过我的副署，将来地方和国家因为这个出事，祺瑞概不负责。”这份电报的意思明明就是想让外省督军质问中央，指责黎元洪违反条例。于是浙江巡阅使张勋首先拍电报说：“这道命令是伍廷芳的副署，不合法律。”
各省的军长也和张勋一样，陆续拍电报质问。张勋并不是和段祺瑞一派的人，他首先站出来驳斥黎元洪，无非是想看段祺瑞和黎元洪斗个你死我活，自己好坐收渔人之利。国会的议员也不得不提出质疑，伍廷芳只能依据《约法》和民国之前任免总理的先例，通电解释，并向国会答复。国会本来只是敷衍质问，根本没想穷追猛打，可各省的督军却不肯善罢甘休，非要黎总统收回成命。黎总统也不肯同意，将各省督军的电文放在一边，不理会他们，并特派王实珍为京津一带临时警备总司令，江朝宗、陈光远为副司令，严加戒备。
正在大家内外争持不下的时候，突然接到宁夏护军使马福祥来电：“擒获伪皇帝吴生彦，即日正法。”这个吴生彦是甘肃的土匪头子，因羡慕皇帝的美称，所以集结数千人，骚扰甘肃蒙古边境，谎称自己是清室后裔达儿六吉，并把光绪、宣统两个年号凑在一起，自称为统绪皇帝，封手下卢占魁为大帅，兴兵复辟帝制。不过他们都是乌合之众，不堪一击，马福祥的部队轻轻松松就将他们击垮了，伪皇帝和伪大帅都被活捉。袁世凯想当皇帝都没有成功，何况你们这几个毛贼呢？黎总统接到捷报，才放心了一些。
伍廷芳由黎元洪任命为临时总理，但是没有经过国会同意，再加上各省的督军都反对，伍廷芳心里也不踏实，多次向黎总统提出辞职。黎总统冥思苦想后，想出了一位德高望重的人物，如果能请他上台，说不定能够凭借他的权威镇住局面，这个人就是刚任命的财政部长李经羲。
李经羲本来是李鸿章的侄子，已经很大年纪了，没有什么实权，但他是北洋军阀以前的长官，也许能镇压北洋军人，阻止祸乱发生。正好李经羲奉命来到天津，黎总统立即告知国会，打算任命李经羲为国务总理，请求同意。国会议员大多数站在黎总统一边，但手续上还是要投票表决。经过投票，结果不出所料，多数同意通过。黎总统立即下令，特任命李经羲为国务总理，接着便派委员前往天津，接李经羲来北京。但是李经羲却不肯答应，回信辞谢。黎总统又亲自写信劝说，李经羲还是没有给出准确的答复，不肯前往。弄得黎总统望眼欲穿，非常焦灼。
没想到督军团的手段更加厉害。民国六年五月二十九号，安徽省长倪嗣冲通电各省，宣告独立。电文上大概说：“一小群小人扰乱政局，国会议员乘机勾结，弄得国家动荡不安，政府基本是摆设。从今天开始，安徽省和中央脱离关系。”三十号这一天，倪嗣冲竟然扣押津浦铁路火车，运兵前往天津。之后奉天督军兼省长张作霖，陕西督军陈树藩，河南督军赵倜、省长田文烈，浙江督军杨善德、省长齐耀珊，山东督军兼署省长张怀芝，黑龙江督军兼署省长毕桂芳、帮办军务许兰洲，直隶督军曹锟、省长朱家宝，福建督军李厚基，山西督军阎锡山，第二十师师长范国璋，绥远旅长王丕焕，第七师师长张敬尧，第八师师长李长泰等也异口同声宣布独立，以此来威胁中央。
此时苦口婆心的黎总统突然感到危机四伏，没法收拾。代理国务总理伍廷芳没有兵权，也不能做什么。无奈之下，黎总统只好让秘书写了几千字劝告督军团。但是这帮督军手握重兵，气焰嚣张，岂是几句话就能挽回的？当下各省派官员到天津，设立各省军务总参谋处，推举雷震春为参谋总长，想建立临时政府，组织临时会议。风声一天紧过一天，黎总统寝食不安，孤立无援。这时安徽督军张勋递交呈文说，现在局势危险，劝黎总统不要固执，言语之中表示出愿意出面调停的意思。黎总统以为张勋是出于好意，巴不得求他帮忙。黎总统以为张勋是根救命稻草，却不想这个张勋是来帮倒忙的。
黎元洪致电询问李经羲，李经羲也建议张勋过来调停。黎总统便下令让张勋立即来北京商讨国事。张勋接到命令，满心欢喜，当天就启程前往。众议院议长汤化龙察觉出局势不妙，猜想一定会发生大变故，决定离开这个是非之地，不久向院中请求辞职，各议员表决通过，同时改选吴景濂为议长。副议长陈国祥也提出辞职，却没得到通过，仍然留任。
另外参众两院议员中，那些想远离是非的人纷纷请辞，离开这个让人烦恼的地方，回去享福。最让人吃惊的是副总统冯国璋也通电参众两院，请求辞去中华民国副总统一职，同时冯国璋还派人把委任书和印信送交两院，并通电中央和各省声明：时局危急，却没有办法补救，没脸坐这个位置。
黎总统收到来电，越来越着急，慌忙回电安慰挽留，又敦促安徽督军张勋和国务总理李经羲来京挽救危局。江西督军李纯热心地站出来调停，特地前往北京，希望能探听双方意见，尽力周旋。偏偏黎总统此时只认那辫子张大帅，天津各省的总参谋处也是作威作福，不让李纯瞎掺和，李督军因此白走了一趟，只好扫兴回去了。
六月七号，张勋带领五千精兵出发，八号到达天津。一下车，张勋便和李经羲秘密商议了很久，商讨调停的条件，即解散国会和撤销京津警备。黎元洪明知道这两项都不可行，但是为了解决燃眉之急，不得不依了其中一条，将王士珍、江朝宗、陈光远的警备总副司令撤销，然后回复张勋，表示国会不能解散。张勋却说：“要是不解散国会，调停是没有希望的，我也不便帮忙，只好回去了。”黎总统闻听张勋此言，又大吃了一惊。就在这个时候，驻京美国大使来了一件照会，上面说：
美国政府闻中国内讧，极为忧虑，笃望即复归于和好，政治统一。中国对德宣战，抑或仍守与德绝交之现状，乃次要之事件。在中国最为必要者，乃维持继续其政治之实验，沿已得进步之途径，进求国家之发展。美国所以关心于中国政体及行政人物者，仅以中美友谊之关系，美国不得不助中国。但美国尤深切关心者，在中国之维持中央统一与单独负责之政府。是以美国今表示极诚恳之希望，愿中国为自己利益及世界利益计，立息党争。并愿所有党派与一切人民，共谋统一政府之再建，共保中国在世界各国中所应有之地位。但若内讧不息，而欲占其以应得之地位，则必不可能也。
黎总统一看都是些套话，也没工夫看完，放下公文对伍廷芳说：“这是友邦的好意，但是目前危机四伏，几乎朝不保夕，伍兄有什么好的办法？”伍廷芳犹豫了一会儿，也想不出什么办法，只好敷衍说：“还是听总统的吧。”黎总统说：“张勋要求的两个条件，京津警备已经撤销了，可解散国会事关重大，不好执行，他偏偏要我们答应，你看怎么办？”廷芳说：“民国《约法》并没有解散国会的条件，怎么能依他呢？前段时间段总理被免职，可以根据《约法》来办，却遭到各省的督军反对，如果现在解散国会，是要被全国人民唾骂的。不如再派人和张勋商量一下，看能不能换个条件。”黎总统点点头表示同意。
当天，黎总统派人到天津去找张勋。过了一晚，那人就回来禀报，张勋的意思是非解散国会不可，限期三天，否则就无能为力，他只能回去了。随后，黎总统想召见伍廷芳和他商量，伍廷芳却推辞身体不舒服，只递上一份辞职书，而应召前来的几位国务员也是你看看我，我看看你，问他们问题，也是支支吾吾，敷衍了事。
时间一晃就是三天，张辫帅说的期限已经到了。黎总统再次召集国务员商量，大家都不肯说什么，把事情推到总统一个人身上，只有刚刚被免职的警备副司令、原步军统领江朝宗想乘机出风头，建议为了保全大局，可以暂时撤销国会，再作打算。黎总统捋来了捋胡须说：“廷芳为了上回副署一事，已经辞职了，总理这个位子有谁担当？如果要取消国会，也需要总理同意，各位部长有谁愿意担任？”各位部长纷纷推辞，黎总统无奈地说：“看来只有仰仗朝宗老弟了。”江朝宗说道：“本来这件事不属于我管的，但是事已至此，也不能不为总统分忧了。朝宗也不想那么多了，干了！”黎总统也知道形势危急，只好死马当活马医了。等到大家都退出去后，命令秘书起草三道命令：第一道是批准外交部长伍廷芳辞去国务总理一职；第二道是特任江朝宗暂时代行国务总理；第三道是解散国会。
最后一道解散国务的命令，当然也要江朝宗签字，而他又害怕因此得罪国民，于是致电全国解释说：
现在时艰孔亟，险象环生，大局岌岌，不可终日，总统为救国安民计，于是有本日国会改选之命令。朝宗仰承知遇，权代总理，诚不忍全国疑谤，集于主座之一身，特为依法副署，藉负完全责任。区区之意，欲以维持大局，保卫京畿，使神州不至分崩，生灵不罹涂炭。一俟正式内阁成立，即行引退。违法之责，所不敢辞。知我罪我，听诸舆论而已。
发令以后，黎总统长吁短叹，总觉得愤懑不安，想要再表明一下心迹，以免让大家误解。