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近代以来，随着中国门户洞开，大批外国传教士来到中国传教。至1900年，在华天主教、基督教和东正教传教士共有4000多人，全国各地建立了40多个教区，60多个教会，入教者达80多万人。许多传教士在传播福音、发展教务的同时，也在向中国社会各界人士传播西方思想文化，开展风俗改良与慈善救助等社会活动。也有一些外国传教士倚靠不平等条约所赋予的特权，为所欲为，肆意挑起民教冲突，产生了十分恶劣的影响。因此，反洋教运动在各地此起彼伏，绵延不断，大小教案达数百起。
民教冲突是中西文化冲突的主要表现形式之一。作为一种异质文化，基督教同中国传统风俗与宗教信仰迥然不同。基督教独尊上帝，不祀祖敬先，不扫墓。男女一同出入教堂，宣扬信教者皆为兄弟姊妹。这在秉持传统思想文化的中国人看来简直是无纲纪、无伦常、丧廉耻、亡礼义的禽兽之举。一些保守官绅担心洋教会引起人心风俗的改变，破坏传统秩序，因而采取敌视、抵制的态度。此外，传教士广建教堂的行为也常引来民众的恐慌。在他们看来，各式各样的教堂不仅外形奇特，还破坏了风水，给人们带来灾难。
当然，加剧民教矛盾的根本原因，与其说是文化差异，毋宁说是现实利益的争夺。如吕实强所说，近代教案频繁发生的关键性原因，需要在宗教以外的层面中寻找。中国社会各界人士反教“所关乎基督教义与儒家思想根本者，并非甚多，而出于人类贪婪自私之因素，实为主要”。自雍正禁教以来，天主教教产悉遭朝廷没收充公。由于时代久远，其原址大都改建他用，或数易其主，难以查明。至咸同年间，传教士开始凭借不平等条约，任意追讨、勒索教产，不仅要求绅民退还公所、会馆、书院、庙宇等地产，甚至强占土地民房。此外，有些教会片面追求信徒数量，所收教徒良莠不齐，不肖之徒竞相入教，横行乡里，无法无天。而贫穷之人则因贪图小恩小惠，也加入洋教，充当其爪牙。由于传教士享有治外法权，不受中国官员管治。他们藐视官府，时常进出衙署，干预审理案件。中国地方官畏惧洋人权势，对洋人一味纵容，在处理民教讼案时，往往“袒教抑民”，造成“民冤不伸”的局面。外国教士与中国教民的胡作非为，激起了中国社会各界人士的极大愤怒。19世纪末，随着西方列强侵略加剧、民族矛盾日趋激化，反洋教同反瓜分斗争相结合，最终汇成震惊世界的义和团运动。
义和团运动是一场活跃于北方各省的社会运动，其源流学界至今众说纷纭。秘密教门（白莲教、八卦教或其他民间宗教教派）、团练和民间习武会社等，皆可视作义和团的源头活水。义和团成员多为贫苦农民、失业手工业者和水陆运输工人、城市贫民、小商贩及散兵游勇等。义和团缺乏统一的组织，它的基层单位称“坛”（又叫坛口、坛场、拳场），是团民活动的中心。团民信奉玉皇大帝、关公、孙悟空等民间俗神，宣称“神仙附体”、“刀枪不入”，以“扶清灭洋”或“助清灭洋”或“兴清灭洋”为口号。
义和团运动起于山东直鲁交界地带的冠县梨园屯，在华北的迅速扩张与自然灾害密切相关。1900年春，华北平原普遍遭受了严重的旱灾，民众陷于持续的恐慌之中。他们把饥馑的起因，归咎于某种不正当、破坏宇宙平衡的行为，亦即归罪于外教入侵。一部流传甚广的反洋教揭帖，明白无误地道出了民众的心声：“神助拳，义和团，只因鬼子闹中原。劝奉教，自信天，不信神，忘祖仙。男无伦，女行奸，鬼孩俱是子母产；如不信，仔细观，鬼子眼珠俱发蓝。天无雨，地焦旱，全是教堂止住天。神发怒，仙发怨，一同下山把道传。非是邪，非白莲，念咒语，法真言。升黄表，敬香烟，请下各洞诸神仙。仙出洞，神下山，附着人体把拳传。兵法艺，都学全，要平鬼子不费难。拆铁道，拔线杆，紧急毁坏大轮船。大法国，心胆寒，英美德俄尽消然。洋鬼子，尽除完，大清一统靖江山。”
对于义和团，慈禧太后起初态度摇摆不定，时而主张镇压，时而主张招抚。6月初，她派刚毅等人到涿州一带宣布朝廷旨意，招抚义和团的态度日趋明朗。不久，北京义和团已有坛口约1000个，团民达10万人以上。清朝士兵及王公贵族也争先加入；天津义和团有坛口近300个，团民3万余人，“日以焚教堂、杀洋人为事”。
随着义和团运动在直隶和京津地区的迅猛发展，列强一方面加紧胁迫清政府予以镇压，另一方面开始着手准备直接出兵干预，以维护在华利益。1900年5月底6月初，英、美、俄、日、法、德、意、奥八国组成联军，发动侵华战争。5月31日，由近400名八国联军组成的先遣队侵入北京；6月10日，八国联军2000多人在大沽登陆，遭到了义和团与爱国清军的抵抗。21日，清朝政府正式向列强“宣战”。6月至8月，义和团与清军连续对北京的外国使馆发动围攻。在天津，他们与俄军反复争夺老龙头车站、攻打紫竹林租界区。北方激战不休，而东南地区的督抚大员们——湖广总督张之洞、两江总督刘坤一、两广总督李鸿章、山东巡抚袁世凯等人却与列强订立互保条约，在江苏、江西、安徽、湖北、湖南、广东、福建、浙江、山东等省实行“东南互保”。
由于实力悬殊，北方战局朝着有利于列强的一方倾斜。7月底，天津沦陷。8月初，联军向北京进犯。慈禧太后一面催促李鸿章北上与列强议和，一面挟光绪皇帝等人出逃，到西安躲避。八国联军攻占北京，大肆烧杀劫掠。沙俄还单独出兵侵占中国东北，制造一系列惨案。12月，英、美、法、俄、德、日、意大利、奥地利、西班牙、比利时、荷兰11国公使将拟就的《议和大纲十二条》照会清政府，涉及道歉谢罪、严惩祸首、武器禁运、赔款修约、各国留兵驻守等内容。1901年9月，奕劻、李鸿章代表清朝政府与11国在议定书上签字。除正约外，还有19个附件。由于该年是中国旧历辛丑年，因此这个条约就被称为《辛丑条约》，其主要内容包括：向各国赔款（总数超过10亿两白银）；划北京东交民巷为使馆区；拆毁大沽炮台；从北京到山海关铁路沿线允许外国驻军；向各国认错道歉，惩办“祸首”大臣；改总理衙门为外务部，“班列六部之前”等。在列强的要求下，一大批朝廷命官受到惩处：端郡王载漪、辅国公载澜定为斩监候，后发配新疆、永远监禁；赐庄亲王载勋自尽；毓贤即行正法；赵舒翘、英年赐令自尽；刚毅斩立决，以病故免议；启秀、徐承煜正法；徐桐、李秉衡已自尽，革职撤销恤典；董福祥革职远调；载滢、载濂撤职。
《辛丑条约》造成了一系列恶果：巨额的赔款严重破坏了中国的社会经济，列强控制了清朝政府除田赋之外的主要财政来源；列强在北京强行划定使馆区，设立兵营，以武力为后盾的公使团成为清朝政府的“太上皇”，进一步加强了对清朝政府的控制；拆毁大沽炮台，列强在北京附近驻扎军队，使中国首都门户洞开；不准中国输入军火和生产军火的材料，使本来就较为落后的中国军事装备和军火生产能力，削弱到更低的水平；清朝政府派亲贵载沣、那桐分赴德国和日本，为被害的德国公使克林德（Klemens Freiherrvon Ketteler）和日本使馆书记官杉山彬赔礼谢罪，在克林德被害处树立牌坊，并一批批地公布惩凶名单。清朝政府愈发沦落为列强统治中国的代理人，成为洋人的朝廷、卖国的政府。
义和团运动本是一场反对外国侵略的正义事业，然而却存在着明显的盲目排外倾向，有保守、非理性的一面。“灭洋”不止是砸教堂、杀洋人等，还包括反对外国人及与外国有关系的一切事物，如科学技术与思想文化等。义和团及其支持者，包括朝廷内的那些保守官员，并不乏爱国之士。然而他们的做法却违背了时代的精神，爱国变成了误国，流血牺牲换来的是国家利权更多的丧失。义和团运动的反现代化行为固不可取，不过，这场运动也显示了中国社会各界人士不甘屈服于外来侵略者的斗争精神和英雄气概，打破了列强瓜分中国的企图，令他们也不得不承认中国尚“含有无限蓬勃的民气”，认识到瓜分中国是行不通的。
中国民众在排外运动中所彰显的“民气”，既使列强心生畏惧，也让知识分子看到了国族振兴的希望。他们开始更为积极地对民众的爱国情感加以引导，陶铸新时代的民族精神。容闳曾言道：“汝以义和团为乱民乎？此中国民气也……纳民气于正轨，此中国少年之责也。”1904年，《东方杂志》发表名为《论中国民气之可用》的文章，号召“上下一心，乘此未衰之民气，固结之，鼓舞之，因势而利导之，以守我疆土，强我种族也”。另一方面，义和团运动还有效地促进了中国人革命意识的觉醒，壮大了革命阵营。统治者的卖国行径，使得广大爱国志士深受刺激，越来越多的人踏上了革命之路，与清朝政府势不两立。正如革命党人秋瑾在《宝刀歌》一诗中所云：“北上联军八国众，把我江山又赠送。白鬼西来做警钟，汉人惊破奴才梦。”革命派人士认识到民众力量的可贵，开始有意识地强化对民众的教育和革命动员：“凡各国民族之鼓舞兴起于革命之事业者，未有不由教育之影响者也”；“教育者，时代精神之导火线也；时代精神者，教育事业之聚光点也。故言教育而不言革命，则不足以发扬时代之精神；不足以发扬时代之精神者，不足以胎孕民族之事业”。也正是在这一时期，为在下层民众中推进思想启蒙，戏曲、阅报社、讲报、宣讲、演说、识字学堂等大量出现，社会上追求新学、讲求新风的人日益增多。
《辛丑条约》签订后，清朝政府面临着空前严重的统治危机。为了争取民心、继续维系统治，朝廷不得不重新打出变法的旗号，宣布实行新政改革。从其内容上看，大体上是戊戌变法时期改革主张的继续，虽新意有限，却也在军事、教育、法制等领域取得了一定的成绩。