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戊戌变法旋起旋灭，为后世史家所论及，见仁见智，不一而足。民国时期，一些学者将变法失败归咎于光绪皇帝的软弱，或是康、梁等维新派的书生意气。如萧一山就提出：“政变之总原因，盖出于光绪帝之怯懦，无权无勇，积威所施，不克自拔，慈禧以玩偶视之，一有异动，则随其喜怒而置焉！”陈恭禄则认为：“康梁之徒，欲以最短期内铲除千余年之积弊，俾中国欲为强国。梁启超述其师语曰：‘守旧不可，必当变法；缓变不可，必当速变；小变不可，必当大变。’其视事也，若此之易，实无政治上之经验……而康梁诸人不知环境之阻力，偏于理想，多招忌妒，终则一无所成，其人固无经验之书生也。”
由此可见，人们更多地将维新运动失败的责任归于这场运动的领导者，强调其自身的缺陷与不足，虽有一定的合理性，但也存在某些偏失。事实上，维新派并不是一个同质性的政治派别，其内部亦有激进与稳健等不同类型的人物存在。激进派以康有为、梁启超师生为代表，其变法理念糅合传统经学与西方学说而成，不仅保守派嗤之以鼻，也不为维新派全部接受和认可。在具体的变法方式上，他们主张依靠光绪皇帝，自上而下迅速推行全面改革。为求得光绪皇帝的支持，甚至可以放弃一些政治诉求。稳健派则以严复、汪康年等人为代表，主张自下而上改造国民素质，培育其自由意识和自治能力，然后再徐图国家政治的完善，达到变法图强的最终目标。与激进派热衷于政治运动不同，稳健派大多在文化教育领域倾注了更多的精力。两派意见分歧的核心，在于“改政制”与“开民智”的次序问题。可惜的是，维新运动始终没能走出这样一种自相矛盾的境地：救亡图存刻不容缓，然而激烈的改革容易招致多方反对，归于失败；温和的下层启蒙路线，看似更加安全稳妥，却难以速收成效。
在康有为及其支持者取得光绪皇帝的信任，维新运动深入发展之时，其传统文人结党营私的弊端也愈发显露，维新派阵营最终分裂。戊戌政变发生后，一些支持变法的官僚、士绅在总结失败教训时，不约而同地将矛头指向康有为等人。如严复在写给张元济的信中说：“平心而论，中国时局果使不可挽回，未必非对山（康有为）等人之罪过也。轻举妄动，虑事不周，上负其君，下累其友，康、梁辈虽啄三尺，未由解此十六字考注语；况杂以营私揽权之意，则其罪愈上通于天矣。”就连康有为的弟弟康广仁也曾感慨：“伯兄规模太广，志气太锐，包揽太多，同志太孤，举行太大，当此排者、忌者、挤者、谤者盈衢塞巷，而上又无权，安能有成？”新中国成立后，在革命史观的影响下，学者对戊戌变法多有批评，其中就包括维新派“脱离人民群众”。今日观之，此言也并非全无道理。实际上，维新派中的激进者又岂止是脱离民众呢？
当然，变法失败的根本原因，在于社会的险恶，没有为变法营造出适宜的环境。维新思潮的迸发始于列强侵略的刺激，数年之间即转变为疾风暴雨式的政治运动。然而，无论是社会精英还是普通民众都没有对这种变革做好足够的思想准备。支持变法的势力过于弱小，而反对阵营又异常强大。戊戌变法中道流产，也在所难免。
尽管如此，维新运动依然保有无可替代的历史地位，为世人留下了丰厚的文化遗产。变法运动是中国人追求中国全面现代化的初次尝试，也是中国政治现代化的先导；它既是一场政治运动，也是一场思想启蒙运动。变法期间，维新派通过办报刊、学会和学堂，大量传播西方近代自然科学和社会科学知识，介绍西方的自由、平等学说，抨击君主专制制度，鼓吹“兴民权”、“开议院”、“君民共主”，建立君主立宪制度，废除八股取士的科举制度，打开了人们的眼界，促进了西学的传播，为后人接受新思想扫除了一些障碍。维新运动的意义，还在于它点燃了爱国、变法的火炬，召唤着一代志士仁人，为救国救民的真理而献身。此外，维新运动的合理性，在此后的历史中被不断证明。变法失败后，仍有部分新政举措在后来的清末新政中实施出来。20世纪初，清王朝的统治风雨飘摇，被迫实行新政，许多戊戌变法期间提出的主张陆续付诸实践，有的甚至超出了当年的水准。从这个意义上看，戊戌变法又不能说完全失败了。
戊戌政变后，慈禧太后不仅囚禁光绪皇帝，而且还要另立新帝。她声称光绪皇帝“身体有恙”，以此试探外界的反应。戊戌变法期间，西方列强已将光绪皇帝和维新派视作开明、亲西方的代表。戊戌政变之后，西方列强担心清朝政府重回保守、排外的故态，因而各国公使无不对光绪皇帝的健康表示关心，纷纷要派医生前往探视。法国医生在诊视之后，宣布光绪皇帝并未生病。与此同时，列强的报刊媒体和军队也公开声援光绪皇帝，频频向慈禧太后施压，英、日两国还掩护康、梁流亡日本。
尽管饱受质疑，慈禧太后依然在废立问题上我行我素。1900年1月，她召集王公大臣于仪鸾殿，出示了一道由光绪皇帝签署的“上谕”，宣布立端郡王载漪之子溥儁为“大阿哥”，将来承继大统，是为“己亥建储”。慈禧太后立储之事传出后，立即招致各方强烈抗议。上海、湖北官绅以及南洋、美国海外华侨，先后公开表示反对。各国公使也扬言“干预”，拒不致贺，一致反对光绪皇帝让位。慈禧太后的“废帝立储”计划，在国内外一片反对声中化为泡影。
戊戌政变所带来的直接后果，是清朝政府内部的保守派重新得势。维新变法时期，以汉人为主的维新派在朝内迅速崛起，一些保守的满洲贵族对此深表忧虑，十分恐慌。他们将变法视为汉人的“阴谋”，军机大臣刚毅曾言：“改革者，汉人之利也，而满人之害也。设吾有为，宁赠友邦，勿与家奴。”满族统治者不但拒绝改革，还让向来敏感的满汉关系蒙上一层阴影。由于在废立问题上，各方列强处处与慈禧太后公开作对，这令她对洋人更加心怀不满。义和团运动爆发后，她决定利用民众的爱国之心，贸然向列强“宣战”，最终酿成更大的惨剧。
另一方面，流亡海外的维新人士不甘心变法失败，在海外到处奔走，举起“保皇”、“勤王”的义旗。1899年7月，康有为在华侨的支持下，在加拿大成立保皇会（又名中国维新会），以保救光绪皇帝、排除慈禧太后及荣禄等保守派为宗旨，准备起兵勤王。经康、梁多方努力，保皇会遍布五大洲170余埠，拥有数十万会众。同年冬，与革命党人有些交往的唐才常回到上海组织“正气会”，1900年春改名“自立会”，并联合长江中下游会党组建“自立军”武装，准备“讨贼勤王”。该年8月，自立军数十万人发动起义，旋即被张之洞镇压，唐才常被捕就义，自立军起义失败。
前有“六君子”喋血，后有唐才常捐躯，眼见挚友接连被杀，年轻的梁启超甚为悲愤，大力鼓吹“破坏主义”，宣称“今日以讨满为最适宜之主义”，号召人们用武力推翻清朝政府的统治，其言论与革命派相去不远。历经顿挫之后，部分激进的维新人士对腐朽的清朝政府不再抱有幻想，转而加入革命阵营，壮大了革命派的声势。可以说，维新变法运动的失败，也在客观上加速了中国革命事业的进程。越来越多的爱国志士幡然醒悟：既然清朝政府不可信赖，那便以武力将其消灭，为变法图强事业扫除障碍。