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鸦片战争后，中国同西方列强签订了一系列不平等条约。列强希望据此打开中国市场，倾销商品、牟取暴利。然而外国商品遭到了中国自然经济的抵制，鸦片贸易的快速增长也影响了其他商品的销售。由此，列强纷纷对清朝政府提出“修约”的要求，以扩大侵略权益。1854年和1856年，英、法、美三国连续两次提出修约要求，均被清朝政府驳回。于是，英、法两国蓄意挑起侵华战争。
1856年10月，英国驻华海军炮轰广州，第二次鸦片战争爆发。1857年，英、法两国分别任命额尔金（James Bruce，8th earl of Elgin）和葛罗（Jean-Baptiste Louis Gros）为全权代表，率军侵略中国。美、俄两国虽未参战，却也派出公使从中“调停”，以坐收渔利。此后，英法联军攻陷广州、大沽，惊扰京畿。清朝政府急忙任命大学士桂良、吏部尚书花沙纳为钦差大臣，前往天津与英、法等国谈判。1858年6月，清朝政府被迫先后签订了中俄、中美、中英、中法《天津条约》，丧失大量主权：清政府同意各国公使常驻北京；增开10处通商口岸；英、法等国可以到中国内地传教、通商、游历；外国商船可在长江各口岸自由航行；海关邀请英人“帮办税务”等等。1859年6月，战端再开。至转年8月，英法联军攻占天津。9月，咸丰皇帝出逃热河，留恭亲王奕?主持议和。10月，英法联军攻入北京，烧杀抢掠，将著名的皇家园林——圆明园洗劫一空、付之一炬。在列强的威胁下，清朝政府不仅承认《天津条约》的各项条款，还在中英、中法《北京条约》中，加上增开天津为商埠，准许列强招募华工，割让九龙司给英国，交还没收的天主教堂财产等。法国传教士在条约中文版中偷偷加入了传教士在各省租买田地建造自便的条款。俄国趁火打劫，通过中俄《瑷珲条约》、《北京条约》及一系列勘界条约，共侵占中国东北、西北144万多平方公里的领土，成为第二次鸦片战争的最大获益者。
第二次鸦片战争给清朝政府带来沉重打击。正如冯桂芬所说：“有天地开辟以来未有之奇愤，凡有心知血气莫不冲冠发上指者，则今日以广运万里地球中第一大国而受制于小夷也。”《北京条约》签订后，列强虽然暂时停止了军事进攻，却在政治、经济、思想文化上向中国展开攻势，猛烈地冲击着清朝政府竭力维持的统治秩序。与此同时，国内人民起义仍此伏彼起。太平天国余部仍在坚持斗争，北方的捻军、西南苗民起义、西北回民起义都使清朝政府深感忧虑。
1861年，清朝政府内部又发生了宫廷政变。咸丰帝逃到热河行宫后，于8月病死，其6岁的儿子载淳继位。怡亲王载垣、郑亲王端华、户部尚书肃顺等8人作为“赞襄政务王大臣”，总摄朝政。载淳生母慈禧太后意图“垂帘听政”，遭到肃顺等人的反对。11月，慈禧太后联合奕?在北京发动政变，逮捕肃顺等人，将皇帝年号由“祺祥”改为“同治”。奕?被任命为议政王，慈禧取得最高统治权，是为“辛酉政变”。
战争结束后，奕? 等人站在维护清王朝统治的立场上，认定以太平天国为首的国内反清势力是“心腹之害”，俄国为“肢体之忧”，英国只是“肢体之患”，因此主张先解决国内问题。与此同时，英、法、俄等国也向清朝政府示意帮助镇压太平天国。双方一拍即合，1862年2月，清朝政府发布上谕，宣布“借师助剿”。在中外势力的联合绞杀下，太平天国逐渐被扑灭，清朝政府内外交困的局面暂时得到缓解。
在镇压太平天国的过程中，部分开明官吏进一步认识到了西方武器装备的某些长处，主张寻找新的对策，探索新的出路。近代中国新的变革力量——洋务派随即产生。洋务派是19世纪60—90年代，清朝政府官员中兴办洋务事业的官僚集团。在中央以奕?、桂良、文祥等为代表，地方则以曾国藩、李鸿章、左宗棠、张之洞等封疆大吏为代表。他们在镇压太平天国和与外国侵略者的交涉中，都为守护清朝政府立下了“大功”，并掌握了中央和地方的军事、政治、经济实权。此外，在他们的周围还有一批比较了解时局，希望通过兴办洋务富国强兵的官僚和开明人士。他们主张仿效西方资本主义的“坚船利炮”，“练兵制器”、兴办军事工业。此后，洋务事业又逐渐扩大到兴办厂矿、铁路、航运、电报等民用企业，以及创办新式学堂、翻译西洋书籍、派遣留学生等文化、教育事业。中国人学习西方以“自强”和“求富”的现代化实践活动，逐次展开。
19世纪中后期，清朝政府内忧外患的政治局势也带来了思想文化的激烈震荡，王朝内部的文化整合呈现出新旧思想杂糅并进的样貌。一方面，清朝政府为医治战争所带来的文化创伤，大力宣扬传统儒家伦理纲常，采取一系列措施重建文化秩序，程朱理学在同治年间得到复兴。另一方面，面对西方文明的不断涌入，朝野上下部分有识之士开始寻求调和中西文化之法，为接纳西学、实施各项改良营造社会心理和舆论环境。“西学中源”、“中体西用”诸学说应时而起。
持“西学中源”说的人士认为，欧美现代文明的各项成就，如制造、工艺、科技等，都源自中国古代，后流传到西方发展起来。因此，中国人学习西学，并非“以夷变夏”，而是“礼失求诸野”。“西学中源”说发轫于明末清初耶稣会士来华期间，鸦片战争后再度流行。洋务派官员试图凭借这一学说减轻保守人士对洋务运动的责难和阻挠，争取朝廷的理解与支持。此外，“西学中源”说也得到了维新思想家的推崇。与洋务派停留在器用阶段不同，中国近代早期维新人士对“西学中源”的阐释逐渐深入到政治制度与国家体制层面，借此宣传兴民权、设议院，实行君主立宪制。尽管“西学中源”说牵强附会、缺乏科学依据，在本质上也没有摆脱传统的“夷夏”观念与文化中心主义，但它的确曾产生了一定的作用，对维系民族精神、扫除思想障碍、传播西学等均有所帮助。
与“西学中源”相比，“中体西用”论是一套更为严谨、系统的理论。它最终也发展成为洋务运动的指导思想。“中体西用”即“中学为体，西学为用”。它的核心是以中国传统儒家纲常制度为根本，利用西方现代的工业技术物质文明，弥补中国文化的不足，以达到维护、巩固传统秩序的目的。“中体西用”是一种典型的文化体系可分论，其基本精神在于吸收部分西方文化，将其嵌入中国文化之中。在确保传统政治秩序和伦理观念不变的前提下，采用西方先进文化成果以为富强之术。
当代学者大多将冯桂芬的名著《校邠庐抗议》作为“中体西用”思想的滥觞。《校邠庐抗议》于1861年成书，1883年正式刊行，在洋务派官员中间广泛流传。在书中，冯桂芬明确提出“以中国伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”等主张，倡议“采西学”、“制洋器”、设翻译公所培养翻译人才等。同一时期的其他思想家如薛福成、王韬、郑观应等人，对此也有类似的表述，不过他们使用的词语却不尽相同，是“中本西末”、“中道西器”、“中主西辅”。
最早正式使用“中学为体，西学为用”一词的是沈毓桂。他在1895年4月第75期《万国公报》上发表《救时策》一文，明确指出：“夫中西学问，本自互有得失，为华人计，宜以中学为体，西学为用。”甲午战后，“中体西用”最终成为洋务派普遍认同的行事准则。不过，随着维新派的崛起，“中体西用”愈发遭到批判，为与“激进分子”划清界限、反对变法主张，洋务派大员张之洞于1898年刊布《劝学篇》，对“中体西用”论进行了全面、系统的阐释。《劝学篇》分内外两篇，内篇讲中学，外篇讲西学，讲求“中学为内学，西学为外学；中学治身心，西学应世事”。他主张“新旧兼学”，所谓旧学，即指“四书五经、中国史事、政书、地图”；所谓新学，即指“西政、西艺、西史”，“旧学为体，新学为用，不使偏废”。需要指出的是，张之洞所说的“西政”，并非指宪政民主等政治制度，而是指西方的教育、农业及工商业制度。尽管直到20世纪初，上述理论依然为清朝统治者及士人接受，然而“中体西用”却早已不再是引领时代潮流的思想主张。