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洪秀全等人创立的上帝教，借鉴了西方基督教精神，融合中国传统信仰，是一种中西杂糅的新型教派。它在宗教经典、仪式、节日、教义等方面都和基督教有着显著的区别。与信奉多神的白莲教、天地会等民间秘密反清组织相比，上帝教是信奉独一真神的一神教，在维系人心、强化教众组织纪律性方面有更大的功效。此外，洪秀全等人对上帝的形象也进行了中国式的改造。上帝不仅有家人，还常常下凡对信徒表示关怀，多方指导，许诺在人间建立“小天堂”。这一切都迎合了中国人重视现世人生、务求实用的心理。正是在上帝信仰的鼓舞下，太平军将士奋勇杀敌、视死如归。
然而，当上帝教在太平天国居于支配地位之后，其教理、教义中存在的某些不足也暴露无遗。如洪秀全自称上帝次子，拥有至高无上的权力，然而，他的权力却又受到传言代天父下凡的杨秀清的挑战。洪秀全、杨秀清之间的权力之争难以避免。随着时间的推移，上帝教活力渐渐消失，信仰危机日益严重。正如洪仁玕所说，“天朝初以天父真道蓄万心如一心，故众弟兄只知有天父兄，不怕有妖魔鬼”，而“今因人心冷淡，故锐气减半”。上帝教既无法克服自身缺陷以求自新，也不能起到精神支柱的作用，更无力解决太平天国所面临的一系列现实问题。19世纪60年代初，英、法等国基于现实利益的考虑，开始放弃“中立”，公开支持清朝政府镇压太平天国。太平军接连失利，天京遭到重兵围困。此时的洪秀全却已陷入严重的宗教迷醉之中，不理政事。他拒不接受李秀成“让城别走”的建议，甚至说道：“朕奉上帝圣旨、天兄耶稣圣旨，下凡作天下万国独一真主，何惧之有……朕铁桶江山……朕的天兵多过于水，何惧曾妖者乎！”1864年6月，洪秀全逝世。7月，天京陷落，太平天国政权即告覆灭。
理想与现实之间的巨大鸿沟，让太平天国制度革新的成效非常有限，甚至饱受争议。《天朝田亩制度》关于平均分土地的方案没有实际推行，太平天国只能是照旧交粮纳税。所谓“照旧”，是指仿照清朝旧制，维持地主收租的权利，承认旧有土地所有制和租佃关系的合法性。即便如此，太平天国的民众仍未过上安稳的生活。1861年3月，曾访问过天京的英国人宓吉（Alexander Michie）写道：“没有哪个正派的中国人会与叛乱运动发生瓜葛。他们一味烧杀掳掠，除此之外，他们几乎没有任何别的事情可做……他们占据了南京八年之久，而这里却毫无重建的迹象。商业和工业遭到禁绝。他们收的田赋比清廷高出三倍；他们不采取任何安抚民众的措施……他们不关心如何确保细水长流的财政收入。”至于《资政新篇》，尽管洪秀全本人对洪仁玕所提出的大部分建议都表示赞同，在许多条款上亲自批示“此策是也”，予以肯定，但是《资政新篇》终究没有实行。这一纲领与其说是太平天国的产物，毋宁说是洪仁玕个人思想觉悟提升之后的结晶。通过在香港持续多年的学习与生活，洪仁玕成为能够准确地预见世界发展大势的中国人。然而他发展资本主义及其制度建设的这些提议，超越了当时大多数人的理解和可接受的范围。加上太平天国后期日益惨烈的战争环境，最终使得这一纲领失去了妥善施行的社会条件，变成了一纸空文。
在文化教育政策方面，太平天国也出现了不少失误。作为一个政教合一的政权，宗教对太平天国文化教育政策的影响可谓无处不在。尽管上帝教受到了中国传统文化的浸润，然而一神信仰的排他性，使得太平天国对儒学和“迷信”的态度十分激进。太平天国对孔孟儒学进行了猛烈的抨击，所到之处毁学宫、拆孔庙、砸偶像、查禁孔孟“妖书”。自金田起义以来，太平军所过之处“庙宇祠观，无论土木形骸，金碧神像，悉遭残剥”。定都天京后，不仅“学宫正殿两庑木主亦俱毁弃殆尽，任意作践，或堆军火，或为马厩，江宁学宫则改为宰夫衙，以璧水圜桥之地为锥牛屠狗之场”，还曾大规模搜书、烧书，“搜得藏书论担挑，行过厕溷随手抛，抛之不及以火烧，烧之不及以水浇”，并明确规定，“凡一切妖书如有敢念诵教习者，一概皆斩”。1855年再次重申：“凡一切孔孟诸子百家妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读也，否则问罪也。”在天京，还专门设立了“删书衙”，根据上帝教的教义和原则删改儒家的典籍，特别是对“吉礼”、“鬼神丧祭”之类的内容，统统删除。“始以四书五经为妖书，后经删改准阅。惟《周易》不用，他书涉鬼神丧祭者削去，《中庸》鬼神为德章，《书》金縢，《礼》丧服诸篇，《左传》石言神降俱删。《孟子》则可以祀上帝，上帝上加皇字，《诗》荡荡上帝，上帝板板皆加皇字，《论语》夫子改孔某，子曰改孔某曰”。这些删改传统典籍的行为和措施，虽然是为了维护上帝教的教义、教规，但是焚毁和删改等简单粗暴手段，非但不能批判地继承中国传统文化遗产，更不能达到去其糟粕，取其精华的目的；用宗教教义和戒律删除或毁灭古代文化典籍，也不可能构建科学的现代文化。反对太平天国的士人们将其行为与秦始皇的“焚书坑儒”相提并论：“秦灰之暴，清流之祸，乃复见于斯时。”
除了拒斥古人古书、毁灭偶像寺院，太平天国还严禁民众祭祖及庆祝农历传统节日等等。这些行为不仅招致了传统士人的愤恨，被指斥为“灭古荒今，背弃伦常”，而且动摇了统治根基，引起普通民众的不满。太平天国的宗教处境十分尴尬，传统士人视其为叛逆，而西方传教士也多视其为异端。显然，他们的宗教理念既背离了中国人，也背弃了西洋人。
为广泛招揽人才，太平天国也曾效法传统，举办科举考试，不过考试题目并不取自四书五经等儒家经典，而是以《圣经》、基督教论著和太平天国诏书为主要内容。太平科试对男女一体开放。最初在洪秀全及幼天王的寿辰日开考，后将太平天历的3月5日、13日设为考文、武秀才的日期；5月5日、15日设为考文、武举人的日期。考生来自社会各界，考试标准也不甚严格。据说湖北省的一次科试，1000名考生中竟有800人中榜，虽然此举能够博得不少人的欢心，却也和借此选拔人才的初衷相去甚远。这样的科举考试，显然难以获得士人的支持。此外，太平天国领袖在使用人才方面也有着不小的失误。进入太平军阵营的文人，大多用于文案，而不能参与军政事务。“贼掳我官吏绅矜读书有心计人，或挫折以死，或分为各馆充当书手，号曰先后，所办无非写奏章、诰谕、封条、出告示、造家册、兵册等事，一切军令盖不与闻，盖防有用之才之算己也。”及至太平天国后期，其人才的匮乏、官员的腐化已经非常严重，不惟传统士人向无好感，就连接受过新式教育、对太平天国抱有些许同情的新式知识分子也大失所望。1860年11月，容闳与两位传教士一起来到天京考察太平天国，对太平军的感受是：“其所招抚，皆无业游民，为社会中最无知识之人。以此加入太平军，非独不能增加实力，且足为太平军之重累，而使其兵力转弱。盖此等无赖之尤，既无军人纪律，复无宗教信仰，即使齐之以刑，不足禁其抢掠杀人之过恶……锐气既挫，迨占据扬州、苏州、杭州等城，财产富而多美色，而太平军之道德乃每下而愈况。”
尽管太平天国采取了不少反传统的举措，然而太平天国的领袖们也很难完全消除传统文化的影响。在洪秀全的作品和其他宣传品中，都保留了不少的儒学教条。反孔却又无法彻底摆脱儒学的影响，太平天国领袖在统治策略上最终不得不复归传统。一方面，他们积极向民众宣扬天下一家、人皆兄弟的平等理念，一方面却又制定了十分严格的上下尊卑等级制度。在洪秀全写给民众看的《天父诗》、《幼学诗》等文献中，充斥着大量宣扬君权神授、三纲五常等传统伦理道德的内容：“众小尔们要一心扶主，不得大胆。我差尔主下凡作天王，他出一言是旨是天命。尔们要遵，一个不顾王顾主都难”；“天朝严肃地，咫尺凛天威，生杀由天子，诸官莫得违”；“只有媳错无爷错，只有婶错无哥错。只有人错无天错，只有臣错无主错”。严格的等级观念，往往转化为严苛的法律条文。太平天国曾规定：“凡东王、北王、翼王及各王驾出，侯、丞相轿出，凡朝内军中大小官员兵士如不回避，冒冲仪仗者，斩首不留。凡东王驾出，如各官兵士回避不及，当跪于道旁，如敢对面行走者斩首不留。凡检点指挥各官轿出，卑小之官兵士，亦照路遇列王规矩，如不回避或不跪道旁者斩首不留。”由此看来，太平天国在许多领域并没有比清朝政府好到哪里去，甚至更加糟糕。
除此之外，太平天国的妇女政策也值得品味。太平天国主张男女平等，禁止纳妾蓄婢、娼妓、缠足等陈规陋习，实行一夫一妻制，给予妇女在经济、政治、教育、军事等方面的平等地位。如《天朝田亩制度》规定妇女可以同男子一样获得土地，接受教育，参加科举考试；可以在女营和军中担任两司马到军帅，甚至女丞相、检点、指挥等要职。在天京主管妇女制刺金彩冠服生产的行政人员中，也有相当于监军、总制、将军、指挥之职的女官。但是，太平天国在要求男女平等的同时，又维护和制造了新的不平等。如在提倡一夫一妻制的同时，诸王沿袭了封建帝王的妃嫔制。此外，它还公开宣扬和维护男尊女卑思想。如洪秀全撰写的《天父诗》中对宫中妇女的规定是：“服事不虔诚一该打，硬颈不听教二该打，起眼看丈夫三该打，问王不虔诚四该打，躁气不纯静五该打，讲话极大声六该打，有喙不应声七该打，面情不欢喜八该打，眼左望右望九该打，讲话不悠然十该打。”太平天国妇女政策与具体实践间的矛盾、冲突，正是农民局限性的一种反映。所以说，太平天国无法摆脱与旧式农民起义相同的宿命：革命者为平等而战斗，却也在战斗的过程中制造了更多、更为严重的不平等。
太平天国失败了，江南地区的社会经济与文化遗产也因这失败遭受了空前沉重的打击。太平天国领袖所构筑的人间“天国”，与其标榜的革命理念相去甚远，不可能得到世人普遍的支持与认可。然而，太平天国的反清事业也确实激励了后来者，为实现自己的政治理想而奋斗。民主革命的先驱孙中山，少年时代即对洪秀全的反清志向大为叹服，以“洪秀全第二”自居。太平天国部分未竟的事业，终于在未来以全新的方式得以继承和发展。