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朱棣，是明太祖朱元璋的第四个儿子。洪武三年（1370年），被明太祖朱元璋封为燕王，驻地在北京，势力范围也在北京。后来，由于朱允炆实行削藩，遂发动“靖难之役”，攻打侄子建文帝，最终夺得了皇位。他在北京发展多年，也算是个有作为的君主。可以说在北京，朱棣能消除许多隐患，坐稳这个从侄子手中抢来的江山。
朱元璋在世时，大臣中就曾有人提出要迁都北京，可以利用元朝旧有的宫殿，节省民力的同时，还可以节省财力。但是，朱元璋以为它是亡元旧都，一直托词不肯考虑此事，后来人们也不再提迁都的事情了。直到明成祖朱棣称帝后，因为他是篡位而夺得的皇帝之位，内心自然会产生巨大压力。于是，他想通过迁都，改变环境的同时，也改变一下自己压抑的心情。一直以来，朱棣都有着很大的抱负和野心，在京都经营多年，早已经习惯了那里的生活。最为关键的是，朱棣觉得南京是一个血流成河的地方，每每经过一个地方，上面都是血迹斑斑，这使得新上任的皇帝更加心有不安。在这种刺激下，朱棣更是有了迁都的打算。
后来，加之北方边患比较严重，遭受鞑靼和瓦剌不间断的威胁。此时的朱棣为了证明自己有能力治理好国家，于是实行了所谓“天子戍边”的政策，正式提议迁都北京，以表现他守卫边疆的决心。再来说南京这个地方，因为南京偏于江南一隅，非常不利于控制北方的局势。而且自秦朝开始，中国历朝的首都大都建立在北方。在宋朝之前，长安、洛阳、开封等地都曾做过都城。其中，在长安的时间最长。虽然南方也有做过都城，比如金陵、杭州、扬州等地。但让人匪夷所思的是，在南方建都的王朝，大多数都过于短命，不知道是不是纯属巧合；而在北京建都的王朝，大多数都国祚长久，不知道是否真的是地理位置的原因。而朱棣迁都北京的短暂目的，貌似主要是为了抵御异族的大肆入侵。
永乐元年（1403年），礼部尚书李至刚等人奏称：“燕京北平是皇帝‘龙兴之地’，应当效仿明太祖对凤阳的做法，立为陪都。”于是，朱棣正好借此机会，同意迁都北京，并大力擢升燕京北平府的地位，并以北平为北京，改北平府为“顺天府”，又称为“行在”。同时，朱棣开始不断迁发人民，只为了充实北京。其中，被强令迁入北京的有各地流民、江南富户和山西商人等百姓。
永乐四年（1406年），朱棣正式下令迁都。次年五月，正式开始北京城的修建工作。朱棣仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京都一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京都一样，唯独名字不一样，北京所在府为“顺天府”，南京所在府为“应天府”，它们合称“二京府”。
永乐七年（1409年），朱棣以北京为基地，率领军队进行北征。同时还下诏书在北京附近的昌平修建长陵，为自己以后做打算。他将自己的陵墓修在了北京，而不是南京，这更加证明了朱元璋早已经下定决心要迁都。到了第二年，朱棣亲征回师后，便下令疏通京杭大运河，打通南北漕运。永乐十三年（1415年）宣布完工。从此，北京所需物资可以通过相对经济地运输。
永乐十四年（1416年），朱棣召集群臣，正式商议迁都北京的事宜。对于提出反对意见的一些大臣们，朱棣下了狠心，革职或严惩。从此，再也没有人敢反对迁都。次年，以南京紫禁城为模板的北京紫禁城正式动工了。
永乐十八年（1420年），北京皇宫和北京城终于建成了。北京皇宫以南京皇宫为“蓝本”，只是规模稍大了些。新修的北京城周长四十五里，呈规则的方形，完全符合《周礼·考工记》中理想的都城的形制。一切准备就绪之后，朱棣下诏正式迁都，改金陵应天府为“南京”，改北京顺天府为“京师”。
永乐十九年（1421年），也就是刚刚迁都几个月的一天傍晚，北京城突然风雨大作，并夹杂着阵阵惊雷。新修建不久的奉天、华盖、谨身三大殿因遭到雷击起火，火势汹汹，瞬间化为灰烬。对于此事的发生，朝野上下议论纷纷，朱棣心中也升起了不祥之感。礼部主事萧仪立即上奏：“迁都后诸事不便，且弃绝皇脉与孝陵，有违天意。”朱棣看完奏本之后，顿时气急败坏，他觉得萧仪把迁都与雷击三大殿联系起来，完全是在蓄意诽谤。因此，他几乎在第一时间内就做出决定，命令锦衣卫将萧仪抓进北镇抚司大牢，没有进行任何审讯，就以“谤君之罪”处以极刑。
如此一直到明成祖朱棣去世，朱高炽明仁宗即位。长期以来，朱高炽作为太子在南京监国。等他即位后，面对残破的北京皇宫，他立刻有还都南京的打算，并下令提前修葺南京宫殿。紧接着，北京六部原印信被收回，新印信重又加印“行在”，这就等于废除了北京作为京师的地位。但是朱高炽享国日短，未满一年就驾崩了，此时还都的实际行动尚未展开。尽管在朱高炽的遗诏中强烈表明了他希望还都的意愿，但后来即位的明宣宗还是暂缓了还都的计划。待明宣宗的儿子明英宗即位后，就正式确定北京为明朝京师，不再称“行在”，从此终明一代再未做任何的改变。