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朱元璋建立明朝后，对佛教采取了保护政策。不仅如此，他还在朝廷设立了僧录司官，一统全国佛教。每到诸王初封时，朱元璋都要为他们精心选出一名僧人加以辅佐。曾经有一位僧人法名道衍（本名姚广孝），是当时一位颇有谋略的人，朱棣对他十分赏识，所以在他被封为燕王的时候，就主动向朱元璋要了道衍。道衍到了燕邸没多久，又向朱棣引荐了一位术士，这个人名叫袁珙。于是，他们两个人都成为了朱棣的谋士。
洪武三十一年（1398年），朱元璋去世，被后人称为“明太祖”。他的孙子朱允炆继承皇位，成为明朝第二位皇帝，年号建文，历史上称之为建文帝。朱元璋为什么没有把自己的皇位传给儿子，而是传给了自己的孙子？事情原来是这样的，建文帝的父亲是朱元璋的太子朱标，而朱标的母亲则是朱元璋的原配妻子马皇后。由于朱标早逝，朱允炆则成了朱元璋的继承人，真可谓是“根正苗红”。
“新官上任三把火”，建文帝即位没多久，就烧起了第一把火，先是废除了一系列必要的改革。紧接着，又烧开了第二把火，他用亲信齐泰、黄子澄之议削藩，不到一年时间，周王、岷王、湘王、齐王、代王五位藩王便先后被废。毫无疑问，燕王朱棣成为他第三把火的直接“矛头”。朱棣看大势不妙，就想先下手为强。他先是挑选了数名壮士，以充实自己的护卫军。后来又以勾逃军为名，收罗了不少异人术士。表面上，朱棣藏起锋芒，假称自己有病在身。暗地里却在加紧练兵。此外，他还利用燕府崇深之便，没日没夜赶制军器。
建文元年（1399年），坐镇北平的燕王朱棣正式起兵，并以诛齐泰、黄子澄为名，革除建文年号，仍称洪武三十二年。他谕令将士，同时上书朝廷，声称根据《祖训》，“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶”。从此开始了一场长达四年之久的战争，历史上称“靖难之役”。
战争开始后，朱允炆任命耿炳文为大将军，统率副将军李坚、宁忠率师30余万北伐。但实际上只有13万人，军驻真定（今河北正定），在滹沱河的南北两岸分营扎寨。而当时的燕王朱棣，躬擐甲胄，率师至涿州，击败官军，耿炳文退守真定。耿炳文的失败让建文帝很是忧虑，因为他可是硕果仅存的老将。太常卿黄子澄却认为无需担忧，并推荐了曹国公李景隆代替耿炳文。于是，建文帝亲饯江浒，赐以斧钺，期在必胜。
李景隆，是开国元勋李文忠之子。他不过是个膏粱子弟，从未尝试过习兵见阵，只知道纸上谈兵。朱棣听闻是李景隆出战，心中暗喜起来，对作战也更加有信心了。于是他先出兵永平，引诱李景隆攻北平，而让世子朱高炽留守北平，并告诉他只许守、不许战。很快，朱棣打败了永平守军，进击大宁，并勾结兀良哈三卫渠长，挟迫宁王跟他结成联盟，一起对付李景隆。李景隆没能攻下北平，背后又有朱棣回军的追杀，他一战而败，被逼无奈之下只好退走德州“养精蓄锐”。
建文二年（1400年），朱棣和李景隆在白沟河再次作战。白沟河地理位置特殊，它流经华北平原，在保定与涿县之间。这一次李景隆的作战气势看似比以前强了不少，他率领60万大军列阵等待作战，待朱棣的军队到来，战斗就开始了。第一天的战斗非常激烈，直至深夜，双方才各自收军。这一仗朱棣的军队损失很大，再加之是深夜，打了一整天仗的士兵们竟辨不清东南西北，下马辨别水流，这才找到了回去的路。第二天再战，李景隆的军队气势看起来更盛。而朱棣呢？由于坐骑三次被创，弓矢皆尽，剑锋折缺，马又停滞不前，几乎被官军射尽。就这样，双方鏖战一直到过了中午，忽然刮起了一阵大风，李景隆的官军大将旗被折断了，军阵开始混乱起来。这时候，朱棣带劲骑乘机绕到敌人后方进行袭击，终于反败为胜，李景隆的军队大溃，被斩首及溺死者十余万，横尸百余里。打了败仗的李景隆单骑再一次逃回了德州。后来，朱棣又攻破德州，围攻济南。因为山东参政铁铉也是一名了不起的人物，一直死守济南。朱棣围攻了三个月依旧没能成功，只好暂时退师，决定日后再来攻取。
此时的朱允炆内心是崩溃的，见派去的两位大将还是一次次吃败仗，于是又任命左都督盛庸为大将军，再次率兵北伐。朱棣又开始耍花招，佯称要攻打辽东，其实发兵攻打沧州，打了沧州一个措手不及，沧州很快陷落。朱棣一刻也不肯放松，又率大军经临清、馆陶，至于东昌，与盛庸、铁铉所率主力相遇。双方大战，这一次朱棣损失不小，失去了一名叫张玉的大将，他自己也有几次处境十分危险，差点自身难保。朱棣军队大败，被擒斩万余人，只有朱棣一人殿后，被他的二儿子朱高煦带兵营救，才幸免于难。
不久后，两军再次战于夹河，这一次敌兵大败。一个月后，两军再战于藁城，朱棣再次乘风击打败敌军，斩首六万余级，擒其骁将，获其军资。自举兵以来已有三年了，双方一直处于僵持状态。这时，又有一批被罢斥的宦官从南京来投奔朱棣，并向他透露了南京布防的情况，说南京空虚，正是攻取的大好时机。于是，朱棣下决心迅速了结这场战争。
建文四年（1402年），朱棣挥师一路南下，由馆陶渡河，循徐州，与官军在大齐眉山下（在今凤阳灵璧西南）又一次开始了激烈的战斗。不料，敌军连连获胜，朱棣的几位大将相继战死。在如此危急的时刻，不甘失败的朱棣下了死命令，只许进，不许退，剩余的麾军便继续前进。朱棣的军队继续下泗州，克盱眙，徇扬州，驻军江北，终于凭藉大江麾师强渡。挣扎了许久的谷王朱橞、李景隆终于抵挡不住朱棣军队如此猛烈的进攻，准备开南京金川门迎降。就这样，朱棣率军队顺利进入了南京。也就是在那时，朱允炆下落不明，犹如人间蒸发。后来，在群臣的再三“劝阻”下，朱棣在南京即位，开始了他二十二年的统治。他成为明朝的第三位皇帝，年号“永乐”，后世称这一时期为“永乐盛世”。