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秦始皇统一六国之后，如何治理如此广阔的疆域确实是一个大问题。在地方行政体制上，他是继续实行西周初年的诸侯分封制，还是采用战国时期出现的中央集权的郡县制，秦始皇很愿意听听群臣的意见，因此召集文武百官就此问题进行商议。
群臣在这一问题上形成截然相反的两派，大部分人的思维还局限在西周和春秋战国以来的政治框架内。周朝在国家政权的建设中，对地方的控制是通过血缘关系来维持的。周天子将自己的宗亲分封到各地做诸侯王，通过与诸侯王的血缘关系来维系地方与中央的关系。
其中丞相王绾就主张实行传统的分封制，以维护帝国的安定。他对秦始皇建议说：“六国刚刚被灭掉，人心还不稳。原来燕、齐、楚的地盘离我们国家的中心很远。如果不派有能力的王去镇守就会很难管理，甚至发生暴乱。所以可以将皇子立为王，前往边镇治理地方。”
当时几乎所有大臣都同意实行原来的分封制。只有廷尉李斯提出了反对的意见。因此，两派各持己见，展开舌战。
李斯说：“周文王、周武王当年把土地分封给自己的儿子、兄弟、亲戚。在定国初年确实稳定了政治局面。但是随着诸侯王位的代代相传，亲戚关系越来越疏远，亲情也越来越淡薄。大家相互争夺、相互攻击，简直成了仇人，就连周天子也拿他们没有办法。因为各诸侯国都有自己的国力，已经将周天子架空了，周天子实际上只有王的尊号，没有王的权力，形同虚设。
“现在天下归一，我们不能再重蹈周天子的覆辙。我们划分郡县，可以用征收的赋税来奖赏有功的皇子和功臣。这样天下的局面就更容易控制了。也不用担心皇子的子孙对皇帝不利。”
李斯的主张是全面实行郡县制。郡县制并不是新东西，据史书记载，郡县制最早产生于战国时期的晋国。战国时期，郡主要设立在边防重镇，这些郡级别略低于县。魏文侯时期的吴起就是西河郡的太守，后因武侯的猜疑而离开魏国来到楚国，在楚国边郡做了一年太守后才被任命为令尹。商鞅变法时，也曾合并了一些边陲小镇组成县。
郡县主要的官员由中央任命，并领取一定的报酬，也就是俸禄，他们的职位无法世袭，随时可以任免。这完全不同于诸侯国。诸侯国君主世袭，有程度不等的独立性，诸侯王有权任命诸侯国的官员。
从这一方面来说，郡县制远比分封制更加集中了中央的权力，而中央的权力，理论上讲，是集中在皇帝的手中。郡县制从制度上有效地把权力集中在中央，有利于维护皇帝的主宰地位，有利于维护国家的统一和地方的治理。
而嬴政本来就想大权独揽，并且这个大权越少威胁越好。他深刻地明白，周王朝深刻的历史教训他看在眼里，寒在心里。因此，他坚决支持李斯的建议，他说：“天下遭受战争之苦已经很久了，根本原因就在于有诸侯存在。现在靠着祖先的神灵保佑，天下终于得到安定，如果再分封诸侯王，无疑将埋下战争的隐患。分封大大小小的诸侯，要想使天下安定，岂不困难？！李斯的建议是正确的。”
始皇帝只是将郡县制作为全国政治体制改革的重要一步，将行政改革推行下去。他选择郡县制不是没有道理的，他希望建立一个中央集权的国家，更希望这个中央集权的国家只听他自己的。
要想控制住全国局势就要控制住下面的百姓，要想控制住下面的百姓就要设立控制机制。这个机制就是郡县制。
秦王二十六年，也就是公元前221年，秦朝在全国推行郡县制。把天下分为三十六个郡。其名称是：三川、河东、南阳、南郡、九江、鄣郡、会稽、颍川、砀郡、泗水、薛郡、东郡、琅砑、齐郡、上谷、渔阳、右北平、辽西、辽东、代郡、钜鹿、邯郸、上党、太原、云中、九原、雁门、上郡、陇西、北地、汉中、巴郡、蜀郡、黔中、长沙。另外还有一个内史郡。
内史本是官名。因为咸阳是首都，咸阳及其周围地区得有人管理，而且要比其他郡级别高，所以叫做内史郡。
李斯规定郡有郡守、郡尉和郡监。郡守是一郡之长，郡尉分管治安，郡监是监察官，专门监察地方官吏。这种制度也是秦始皇所创立。郡以下称县，主官设县令、县丞和县尉，县令是一县的总管，县丞管司法，县尉管治安和军事。
管理地方县仍然太大，又具体下设亭和乡两级基层政权。这样全国就有条有理了，行政上再也没有了死角，保证了秦始皇的政令畅行无阻。后来又扩展到40多个郡。从某种意义上讲，此时所推行的郡县制，只是将秦国原有的地方行政体制推广到整个中国。郡县制度后来成为历代王朝中央政权控制地方行政的基本形式。
在中央行政制度上，这样立法，国家的最高权力属于皇帝。他不受法令限制，可随时交大臣立法或自行立法。因此在中央政府设立了三公九卿。这三公为：
丞相：辅佐皇帝处理政务，总领百官，统理地方，任免中低级官吏，主持朝议。
御史大夫：掌管监察，辅助丞相。太尉：主管军政，在军令方面他是皇帝兼总司令的参谋长。发兵及任命将军等事务，由皇帝下诏而由他来执行。十二卿为：奉常：掌管宗庙礼仪。郎中令：掌管宫廷的守卫，统帅皇家卫队。卫尉：帮助郎中令保卫宫廷的安全。廷尉：掌管刑法，并统领全国各郡、县、亭、乡的法尉，形成严密的司法网络。治粟内史：掌管全国的粮食作物。典客：掌管安抚、处理归顺的蛮夷事务。宗正：掌管皇家宗族事务。太仆：掌管皇室舆马。少府：掌管皇家山海池泽的税收，以供奉皇室。将军，征伐时临时任命，平时则镇抚新占领的地方，不需要时即召回归府。博士官七十人：掌管图书文籍并备皇上顾问及参与朝议。太史：掌管史实记载、天文地理的报告及有关国运吉凶的预测。此时的嬴政为自己有这样的创意与魄力感到自豪。可是那些长久以来实行的分封制在人们心中根深蒂固。那些王公贵族、功臣名将习惯了接受封赏土地，习惯了祖祖辈辈享受爵位。突然之间把他们的权力、财产、名誉都剥夺了。这可是关系到切身利益的大事。
于是在全国范围内推行郡县制做法的同时，也不断地遭到许多信奉儒家经典、崇尚西周制度的学者的强烈质疑。这导致了秦始皇三十四年，也就是公元前213年的一场有关郡县制度的辩论。
秦始皇在咸阳宫中大宴群臣，70个博士官为皇帝祝酒。一位叫周青臣的官员奉上了一段歌功颂德的祝酒辞：“以往秦国的地盘不过方圆千里，今日靠陛下的神明，平定了海内，驱逐了蛮夷，日月所照的地方，全都成了陛下的国土。在诸侯统治的旧地设立郡县，人人安乐，不再有战争的祸患，这样的功业可以传之万世。自上古时代，没有一个帝王能赶得上陛下的威德。”秦始皇听了非常高兴。他正在沾沾自喜地认可周青臣的颂扬之际，宴会大厅爆发出欢呼和掌声。但是并非所有的赴宴者都被此人的歌功颂德所感动，一位从以前的齐国地区来的学者大概是喝醉了，他提出了异议，他就是淳于越。
淳于越反对周青臣的“设立郡县”观点，他乘着酒意，胆子也壮了，进言道：“我听说殷周的天下能维持一千多年，正是因为分封诸位王子和功臣，诸侯国相互支持。如今陛下拥有天下，推行郡县，诸位王子没有封地，和普通人一样，一旦有什么祸乱，诸位王子又该如何相救？做事不遵循传统而能够长久的，我没有听说过。”
淳于越是一名儒家思想的支持者，他相信许多传统的存在都是有原因的，淳于越认为秦始皇的郡县制不可能有机会真正开始，它是造成不稳定的危险因素，尤其从有人真正开始对某地方进行统治时，郡县制将使他们对中央的忠心大打折扣。淳于越的想法并不具有广泛代表性，但他的陈词说得很精彩，足以引起秦始皇的注意。
于是，秦始皇便把这个问题交给群臣来讨论，让他们回答。这一次又是李斯力排众议，他说：“远古时代五帝的政策并不完全相同，夏、商、周三代的制度不相沿袭，但各自都实现了国家的安定昌盛，并不是故意采取不一样的制度，而是随着时代、形势的变化而变化。如今陛下创立大业，建树万世的功德，这本来就不是愚笨的书生所能理解的。更何况所谓的三代制度，遥远渺茫，怎么能够效仿？”
李斯严厉批评博士淳于越追随上古制度的观点，竭力推行严格管制、整体一元的社会秩序。李斯承认郡县制也仍然有因刚刚草创而存在的种种缺陷，但仅仅是在刚刚确立的六年之内，它就已经起了作用。
郡县制是一笔不小的政治遗产，后世统治者的行政管理体制都是在这个框架的基础上构建起来的。“始皇帝”确实开创了一个史无前例却影响千古的政治制度。这一点是任何一个人都无法否认的，也是需要大智慧、大勇气才能做出的抉择。