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在第一个沉思的开始段落，笛卡尔声明了他在《第一哲学沉思集》中的目的是在科学中建立一个坚固永恒的结构。在《哲学原理》的序言里，他说《沉思集》是他的形而上学，“它包含了知识原理，解释了上帝的主要属性、灵魂的非物质性以及我们本身的所有清楚简单的概念”。因此，《沉思集》将会包含笛卡尔认为的知识第一原理——这些事情必须先于其他事情被知道。
在如何到达人类知识第一原理上，笛卡尔在《沉思集》中运用的方法在文学上已经有了相当大的争论。在这个简介中，我打算说明笛卡尔在《沉思集》中的方法不是新方法或者他开始运用在《指导心智的规则》（这部作品他从来没有完成，并且在笛卡尔的有生之年也没有出版）中的发现逻辑。笛卡尔在《指导心智的规则》中的观点是，哲学可以成功，前提是要找到合理的探究方法。为此，他强烈主张，哲学不像要求改变一个运用在已经获得了无可置疑的知识的科目中的方法那样需要一个新方法（一个之前从来没有想到或者运用的方法）。在《指导心智的规则》里，笛卡尔坚持认为，已经发现的科学中，只有算术和几何学成功地提供了无可置疑的知识。因此，笛卡尔在《指导心智的规则》中的目标是理解算术和几何学怎样获得知识，并且将这些科学中的理解方法运用到哲学知识的探究中。
尽管《沉思集》符合笛卡尔的全部哲学观点——在《哲学原理》的序言中，他告诉我们《沉思集》要在我们获得了与发现的逻辑规则相关的技巧之后，在我们继续学习涉及物质的真正原理的物理之前学习，但在对第二组反驳进行的答辩中，他坚持认为《沉思集》中利用的，他称作分析的方法，仅仅适用于他对形而上学第一原理的研究。因此，《沉思集》的方法除《沉思集》外不能应用：一旦形而上学第一原理被发现并被作为真理而接受，运用在《指导心智的规则》中的发现逻辑就可以运用在对物理的研究上。对第二组反驳的答辩透露出对形而上学第一原理的探究遭遇了在算术和几何学中从未出现的困难。因此，通过回顾算术和几何学来学习这些学科中的发现方法，从来不会告诉我们形而上学第一原理是怎样被发现并被作为真理而接受。对《指导心智的规则》的研究可以告诉我们像知识的层级性这样的事，以及当我们寻求了解时需要服从的规则。无论如何，《指导心智的规则》没有揭露的是形而上学第一原理怎样被发现以及它们的不证自明怎样被理解。所以《沉思集》中需要的方法在数学中没有类比和对应的事物。
《指导心智的规则》写作的日期存在一些疑问〔诸如，马克斯·韦伯的《〈规则〉正文的结构》（巴黎：法国高等教育出版社，1964）；贝克《笛卡尔的方法论》的第一章〕，尽管它可能是1619年到1628年之间的著作。在一封给麦尔赛纳的日期为1630年4月15日的信中，笛卡尔写道，他认为他已经发现了怎样证明形而上学真理，通过一种比几何学证明法更明显的方法。贝克
把它看作运用在《指导心智的规则》中的方法的一个参考：
《指导心智的规则》的著作日期更具争议。巴耶是第一个传记记者，他看到了笛卡尔自己写的文本，事实上他没有把一些日期归到著作中……在信中或者笛卡尔的作品中没有直接的参照帮助确定日期，甚至是界定他人生的一个时期，除了在一封1630年4月15日给麦尔赛纳的信中的一个普通的短语，他写道：“至少我认为我已经发现了一种证明形而上学真理的方法，比其他人可以给出的几何学证明更明显的方法。”
当对笛卡尔运用在《指导心智的规则》中的方法的本质和视野进行评论时，贝克写道：“笛卡尔哲学方法论的主题是将运用在数学上的方法扩展到所有学问的分支，当然包括形而上学和其他哲学。”
科里
也引用了给麦尔赛纳的信中关于证明形而上学真理的片段，但他争论道，这些片段透露出笛卡尔放弃了，或者至少不那么依赖《指导心智的规则》中主张的方法。科里写道：
我认为大约在1628年的某个时间，笛卡尔变得深信《指导心智的规则》没有在学问的问题上足够深入，然而它仍然在一个层面有效。我认为那时的笛卡尔开始感到皮浪主义是一个比经院主义更危险的敌人，并且开始感到怀疑争论的压迫，这影响到了他在《指导心智的规则》中的立场和经院哲学家们。
如果贝克的解释是正确的，那么《指导心智的规则》就非常重要，因为如果我们不理解《指导心智的规则》中的方法，也就很难理解笛卡尔在《沉思集》中的方法。另一方面，如果科里的解释是正确的，那么通过研究《指导心智的规则》来学习《沉思集》，就会使我们了解得很少（如果有一点的话）。科里的解释也对笛卡尔认为的《指导心智的规则》的价值提出了怀疑。我打算检查每一个解释，然后展示关于《指导心智的规则》和《沉思集》关系的第三个解释，事实上，这好像是笛卡尔已经打算做的。
对于每一个位置的引用，我会提供一些辅助性文本证据。三项应该被注意来支持贝克的解释。
1.《指导心智的规则》没有提供指示，认为正在运用的方法将会容许不适用这个方法的领域运用。事实上，第一个规则强调了科学的一致性：
把所有一切都放在一起的科学和总是保持相同的人类智慧是一致的。然而，运用在不同的学科，所经受的从中产生的差异将与从被照亮的各种事物中获得的太阳光无异，没有必要把思想幽禁在限制中，因为对真理的认知没有像一门艺术所获得的那样的影响，也不会阻止我们找出另一个：它宁愿帮助我们那样做……我们必须相信所有的科学都是相互联系的，把它们放在一起研究比把其中一个孤立出来研究容易得多。
（HR I，2）
笛卡尔强调科学的内部联系是为了支持他的这个方法的适用范围是全宇宙的观点。这倾向于支持贝克的解释。
2.贝克和科里都没有尝试解释（按照他们各自的对于《指导心智的规则》与《沉思集》的关系的解释）为什么笛卡尔相信他已经发现的证明形而上学真理的方法比几何学证明法更明显。贝克，像我们看到的那样，对给麦尔赛纳的信中的这段内容的阅读使他把这一部分当作《指导心智的规则》中的方法。现在，这被用来支持贝克的观点。接着有这样一段解释：《指导心智的规则》不会借用数学中的绝对方法。笛卡尔十分清楚，在《指导心智的规则》中，数学的方法必须要解释后才更精确。这是隐藏在段落后面的意思，它把笛卡尔通过思考数学方法去寻找一种方法和工匠寻找合适的工具做了比较。
因此，当笛卡尔谈到用一种比几何学证明法更明显的方法证明形而上学真理时，可能是由于在《指导心智的规则》中运用的方法被认为是改进了数学中所用的方法。
3.支持贝克观点的文本也可以在《哲学原理》的序言中找到。笛卡尔在那里讨论了“在自我指导中应该遵循的规则”
。他建议我们以逻辑学的研究开始——“为了发现我们忽视的这些真理，逻辑学教我们怎样最好地指导我们的推论”
。换句话说，我们应该用《指导心智的规则》中的方法（在《谈谈方法》的第二部分进行了总结）开始我们的自我指导。在我们精通为发现真理而获得的技巧之后，他建议我们严肃地开始致力于研究真正的哲学，“它的第一部分是形而上学，包括知识的原理”
。我们被告知应该首先研究逻辑学，因为它是研究形而上学所必需的。至少，这是一个倾向于支持贝克观点的文本。
科里认为《指导心智的规则》中的方法适用于《沉思集》的观点，从对笛卡尔在后来的作品中对运用数学方法的关注中获得了一些支持（就像科里自己意识到的）：
像经院哲学主义一样，《指导心智的规则》把数学的确定性看作可做示范的，没有疑问的。不管是演绎的最终前提，还是推理本身的原则，都在很大程度上依赖于直觉的能力。它甚至没有考虑到有人可能会质疑这种信赖的可能性。《指导心智的规则》和经院哲学主义的主要区别在于，是否反对形式主义和是否希望我们能够在非数学科学中实现迄今为止教学的特权的绝对确定性方面。像经院哲学主义一样，很容易受到任何怀疑的攻击，这会动摇我们对数学的信心，或者能否有效地产生第一原理的问题。
在第一和第三个沉思里，笛卡尔质疑数学的确定性：在这两个沉思中，他对数学的关注源自上帝无限的力量。现在，《指导心智的规则》接受了数学的确定性，但是数学的全部在《沉思集》中遭受了质疑，好像笛卡尔已经在《沉思集》中运用了一个不同于《指导心智的规则》中的数学方法的方法。在这个解释上，当笛卡尔写信告诉麦尔赛纳他已经发现了怎样用一种比几何学证明法更明显的方法证明形而上学真理时，这是一个指示，说明《指导心智的规则》中的方法在他的想法中已经不再突出。不幸地，科里在解释笛卡尔用在《沉思集》中的方法上不是特别地有帮助性。就《沉思集》中的方法而论，他写道：
它是这样一个工程：系统回顾一个人过去的信仰，然后抛弃那些不符合理性的最高标准的工程。它定义了笛卡尔的成熟作品。第一次在《谈谈方法》中宣布，只是大略地实施。再一次提到是在《沉思集》和《哲学原理》的开始，在那里它被说成是一项每个人都应该做的一生一次的工程。但是在《指导心智的规则》中没有真正的类似物。
第一版的《哲学原理》出现在1644年，那时笛卡尔已经开始着手著作《指导心智的规则》并且完成了《沉思集》——就像我们已经看到的那样，笛卡尔建议在我们致力于研究数学之前先研究《指导心智的规则》的逻辑。因此，很明显《指导心智的规则》中的逻辑在笛卡尔全部的哲学体系中扮演了重要角色，并且，看上去《指导心智的规则》的重要性不会因为《沉思集》中数学引起的怀疑而降低。此外，因为当笛卡尔在《沉思集》中利用夸张的怀疑时不打算放弃《指导心智的规则》中的方法，所以我们可以推断，他在与麦尔赛纳谈论时已经发现了一种比几何学证明法更加明显的证明形而上学真理的方法，不是定向地反对《指导心智的规则》中的教学方式，像科里解释的那样。
数学的确定性直到他想通《沉思集》中清楚直接的真理后才建立起来，因此很明显《指导心智的规则》中关于数学的讨论——数学作为学习的模型——至多是暂时的。并且，数学在《指导心智的规则》中的临时角色从来不会被删除。现在，鉴于数学的确定性是在《沉思集》中建立的，我们应该去问《指导心智的规则》提供了什么样的优势。也就是说，接受数学在《指导心智的规则》中的临时角色，以及在这项工作中从数学发展而来的哲学方法，而且我们必须达到已经通过《指导心智的规则》中教授的哲学方法来解决问题的认知状态。就这一点而言，笛卡尔在第二组反驳的答辩中对无神论的评论是有启发性的：
一个无神论者可以清楚地知道一个三角形的三角和等于两个直角之和，对于这一点，我不否认；另一方面，我仅仅确定这样的知识对他而言不能构成真正的科学，因为没有哪一门被怀疑的知识可以被叫作科学。假设他是一个无神论者，他不能确定他没有被对他来说很明显的事情蒙蔽……尽管他没有遭到怀疑，然而它可能会出现，如果他检查原因，或者如果其他人建议，他绝不会感到安全，除非他首先意识到上帝的存在。
（HR II，39）
无神论者相信他知道，但是没有关于上帝的知识，无神论者就不会知道他知道（笛卡尔对于这一点的表达是“这样的知识对他而言不能构成真正的科学”）。知识的典范在《指导心智的规则》中是数学，对于笛卡尔来说，这些知识的显著特征是明显的。在第五个沉思中，他用数学做了清楚的记录：
我精神的本质是这样想的，以至我不能阻止我自己把它们当成真的，只要我能清楚地领会它们。我回想起甚至当我仍然强烈地依附于感官的物体时，我把我考虑得非常清楚的关于形状、数量和其他一些属于算术和几何学，以及通常情况下属于纯粹的和抽象的数学的东西，当作最确定的真理。
（p.90）
现在我们可以看到，在没有关于上帝的知识的情况下，使用《指导心智的规则》中的方法得到的结论，最多能让我们达到怎样的心理高度。从呈现的证据来看，结论将是不可抵抗的，然而，《指导心智的规则》中没有提出什么论证，从而向我们保证清楚感知到的事物就是真实的。《沉思集》表明，数学家满足于在数学中的心理状态和确定性。我们从《指导心智的规则》中得知，哲学家可以用数学作为模型来形成一种知识的方法。然而，当笛卡尔成功确立凡是可以被清楚感知的都是正确的时候，这种用在《指导心智的规则》中的方法的临时角色可以去掉。而他在《沉思集》的概要中告诉我们，这一点已经在第四个沉思中确立：
我们必须确信我们清楚感知到的所有事物在我们思考它们的方式中都是正确的，这不可能在第四个沉思之前被证明。
（p.51）
在第四个沉思里，我证明了所有我们能清楚感知到的事物都正确的。
（p.52）
形而上学真理对于笛卡尔来说是第一原理，或者是像他在《哲学原理》的序言里提到的“知识原理”。第一原理不能是几何学模型证明的结论。事实上，知识原理作为第一原理不能作为任何论证的结论。因此，几何学或者演绎模型证明在形而上学第一原理里被排除。因此，笛卡尔准确地看到，《指导心智的规则》中运用的方法论，即使它的确定性是肯定的，也不能在《沉思集》中为他的目的服务。通过第三个沉思，几何模型证明法对于怀疑总是易受影响的，直到我们知道上帝的存在，知道他不是骗子。另一方面，《沉思集》透露出无可置疑的形而上学原理知识，特别是在“我思”中关于自我的知识和上帝的知识，而不需要神圣的保证。因此，笛卡尔意识到他必须开发一种证明形而上学真理的方法，一种比证明几何学真理的方法更明确的方法。只要形而上学知识可以不需要神圣的保证就存在，形而上学就是可能的，然而，几何学模型证明会被认为是只有获得了神圣的保证之后才有的知识。
在这个阶段，容易看出，考虑到笛卡尔的形而上学知识的本质和重要性，他永远不可能将《指导心智的规则》中的方法运用到《沉思集》中。形而上学跟几何学都利用了第一原理。对于它们各自的第一原理，笛卡尔对形而上学和几何学之间相似点和不同点的分析，在对第二组反驳的答辩中可以找到。他指出几何学证明的第一原理“和我们的感官和谐一致，从而很容易被每一个人接受。因此，在这里面没有困难，只要对于结果恰当推出”。换句话说，凭直觉就可知道几何学第一原理，不需要特殊的方法。另一方面，形而上学缺乏这些优势：
形而上学中没有什么是比使人们清楚地感知到原始概念更麻烦的事情。因为，尽管它们的本性是明了的，甚至比那些几何学者所研究的更容易理解，却可能跟我们许多感官的先入之见相反，也就是跟那些我们已经习惯了很多年的概念相反，除了那些费尽心思研究它们、将思想从感官中摆脱出来的人，没有人能完全理解。
（p.112）
为了理解形而上学第一原理，这里需要一个不同的证明方法，在对第二组反驳的答辩里，笛卡尔把它叫作分析（p.110）。我认为就是这个分析法，笛卡尔在给麦尔赛纳的信中提到过。注意在他给麦尔赛纳的评论里，他说他认为已经发现了一种比几何学证明法更明显的证明形而上学真理的方法。他不是说他已经发现了一种比几何学证明法更明显的证明其他真理的方法。这里需要的是用在形而上学上的证明法比用几何学证明法更明显，因为，就像我们看到的那样，形而上学必须提供没有神圣的保证帮助下的证明，然而在所有其他的领域神圣的保证都是有效的。
笛卡尔谈到的几何学的“证明”，在给麦尔赛纳的信中，在《沉思集》中，在对第二组反驳的答辩中，他谈到形而上学的“证明”。现在，很明显这个术语正在被含糊地使用。当几何模型证明法被运用到《指导心智的规则》中时，“证明”是作为演绎推理被我们知道的。在对第二组反驳的答辩中，这种分析方法叫作综合。
它的确清楚地证明了它的结论，同样也运用了一长串定义、假设、定理、原理和问题，以致如果得到的结论中有一个被否定，那么它可能马上就被证明包含了某些已经不存在的东西。因此，无论读者多么固执地反对，都会被迫赞成这种方法。
（p.111）
他坚持主张这个方法，“尽管在分析后它找到了一个很适宜的地方……然而运用到我们正在讨论的形而上学的事情上时并不那么便利”。情况就是这样的，因为形而上学第一原理是“被我们理智的认知所反驳的”。对于形而上学，我们需要分析法：
分析法展现了一种系统地发现并导出事物的真实方法，就像它是从原因到结果，以至如果读者想要用这种方法去充分了解所有的事情，他会发现这个方法堪称完美，并使他感觉好像是他自己发现了一些东西。但是它不会煽动那些不在意或者对此心存敌意的读者去相信，因为如果他忽略了它提出的小事情，那么也就没有了追寻结果的必要性。
（pp.110-111）
笛卡尔指出：“我在《沉思集》中仅仅用到了分析法”，“因为它是最好的、最真实的教授方法”。（p.111）用分析证明法来指导思想，所有阻止我们理解第一原理的偏见将会被删除，第一原理本身就可以凭直觉知道。因此，一个分析证明，可以说是一个“推理”第一原理的过程——当偏见被去掉时发生了向上的运动。因此，笛卡尔谈到用分析证明法下结论或者总结一个第一原理（比如，在第二个沉思中，他写道：“所以在充分反映和认真检查了所有的事情之后，我们必须开始得到一个确切的结论，命题是：我思，我存在，每一次在我说出或者我在精神上持有它时都必然正确。”）时，他没有提到用演绎论证下一个结论。采用分析证明法得出结论就等同于说我现在可能看见（或者更准确地说，凭直觉知道）一个特定的第一原理的真理。
我们目前的讨论的价值是，至少是用一种普通的方法说明了我们应该期望在《沉思集》中见到的形而上学第一原理证据的类型，和我们不应该期望的形而上学第一原理证据的类型。我们不应该期望第一原理的演绎证明，尽管当涉及分析时我们可能会见到一些演绎证明。就是说，一个分析证明可以利用演绎证明，如果后者的证明在理解第一原理时可以帮助去除偏见。但是第一原理本身不会是演绎证明的结论。
早期用到的什么样的文本为贝克和科里的观点分别辩护？我们的研究表明科里在《指导心智的规则》和《沉思集》之间关系上的观点根本是错误的。尽管科里意识到《指导心智的规则》中的方法不是《沉思集》中的方法，但他没有意识到《指导心智的规则》在笛卡尔的哲学体制中的重要性，因此，他没有看到《指导心智的规则》中笛卡尔对哲学运用的方法，尽管它不适用于哲学。科里没有领会到《沉思集》中证明的凡是可以被清楚感知的都是正确的，在寻找清楚的知识的范围内也是在建立《指导心智的规则》的确定性。
至于为支持贝克的观点引用的证据，接下来的评论是相关的。
1.的确，《指导心智的规则》中没有指示正在用的方法会允许用于不适合这个方法的领域，然而，我们从对第二组反驳的答辩中得知形而上学第一原理的直觉遇到了困难，因为几何学第一原理的直觉没有模拟的偏见。因为《指导心智的规则》中用的方法用了一个数学模型，偏见（在数学上需要）的排除不会在《指导心智的规则》中被处理。事实上，它是精确的，因为几何学在它的第一原理的直觉上没有遇到困难，不需要一本几何方面的书可以与《沉思集》相媲美。
2.《指导心智的规则》强调，正在运用的方法是对数学中所用的方法的改进。我们现在理解这个数学方法的改进并不是导致产生笛卡尔写给麦尔赛纳的关于比几何学证明法更明显的证明形而上学真理的方法的东西。数学方法的改进对两个原理来说是必需的。第一，因为这个被数学家采用的数学方法仅仅适用于他们的关注点，如果它想要得到更广泛的应用，这个方法必须是精确的。第二，笛卡尔为哲学方法设的标准比数学家为增加数学知识设的标准高。
因此，如果它遇到了更高的标准，数学方法必须被改进。
意识到给麦尔赛纳的信绝不会涉及《指导心智的规则》是重要的。形而上学利用了分析法，它是比几何学证明法更明显的证明方法。几何学证明法透露了呈现出的证据的逻辑，展示了一个命题是怎样关联其他命题的。因此，对这类证明的关注点就是从什么得出什么。分析，从另一方面说，不是用来说明从什么得到什么，而是用来引导读者发现某些存在必然联系的确定主权的真理，因为它是第一手资料。形而上学第一原理总是按照必然联系被表达——在思考和真实存在之间，在我的有限的存在和上帝的存在之间，在上帝和真实性之间，以及在清晰明确和上帝之间。通过分析的模型证明，读者才能看到所涉及的观点是必然联系在一起的，并且，通过分析，我们直觉的信念“如此强大，以至我们没有理由怀疑我们已经说服了自己的真理，因此，没有什么要调查的，我们有所有可以合理要求的确定性……我们已经确定了一个强大的信念，没有什么可以动摇它，这个信念像完全的必然性那样清晰”（HR II，41）。几何模型证明总是要求有神圣的保证，并且从来不拥有完全的必然性；一个分析证明不需要（至少在第二个和第三个沉思里）神圣的保证，并且拥有完全的必然性。这是笛卡尔在给麦尔塞纳的信中提到的。
3.在我们讨论的过程中，我们已经看到笛卡尔强烈要求我们在着手研究《沉思集》之前先研究《指导心智的规则》，我们也看到《沉思集》中所涉及的在数学上的错误，没有在一定程度上反驳或者否定用在《指导心智的规则》中的数学模型的价值。就像无神论者，没有上帝的知识，缺乏“真正的科学”，因此哲学家如果在获得了上帝的知识之前用《指导心智的规则》中的方法解决问题，她/他将会缺乏“真正的科学”。《指导心智的规则》没有运用笛卡尔用在《沉思集》中的方法。研究《指导心智的规则》的价值是，它告诉了我们关于知识的本质，关于认知能力，即通过认知能力使知识变得可能，以及关于获得知识的方法。《指导心智的规则》没有提出和解决《沉思集》中引入的怀疑性反对意见，因此，《指导心智的规则》一定期待数学真理的证明，以及一般清晰独特的证明。现在我将要说明笛卡尔怎样试图在《沉思集》中完成这些。
如果我们从《沉思集》的开头就跟着笛卡尔，我们就能发现他接下来说的在科学中的建立稳定不变的结构。（a）从第一个沉思的概要中，我们知道精神将它自己从各种偏见中摆脱出来是必要的，以便在它面前只有清楚明确的东西。（b）在第三个沉思的开始，我们被告知，清楚这个特征使笛卡尔确信他的信念（在第二个沉思中得出）是真实的，即他是一个思考的事物，尽管，在一个骗人的神的假设的帮助下，他犹豫着去概括清楚和真理之间的联系。在《沉思集》中，他没有给出清楚的定义
，尽管他陈述了一个清楚的特征，也就是说，否定这种概念是“矛盾的”。在确定的概念中，特别是数学上那些，这个矛盾因素不足以确定什么是被构想的真理，因此，他添加了一个额外的要求。（c）笛卡尔坚持认为他必须确立一个真实的上帝的存在作为他的创造者。但是，即便如此也没有满足他对清楚的真理的怀疑。在第四个沉思里，他继续探究欺骗，尽管事实上他知道上帝是他的创造者，上帝不是一个骗子。
在《沉思集》的概要的两个不同段落里，我们被告知，清楚的原则在第四个沉思之前没有被建立起来。
（d）因此，笛卡尔需要某些上帝的知识之外的东西作为他的创造者，如果所有清楚的概念作为正确的存在被接受。
我现在打算研究这四个问题，以确定笛卡尔是怎样建立数学的确定性的，更确切地说，这四个问题关乎清楚和明确的原则的真理。
1.使精神摆脱偏见。笛卡尔为科学寻找的稳定不变的结构需要他以确定的和无可置疑的东西开始。同样地，他必须反对那些东西（并将其当作错误），那些他认为有任何理由怀疑的东西。这些怀疑的结果是给他前面的信念提供了平衡；通过这个方法，他可以使自己对所有可能会产生怀疑的东西漠不关心。
留下来的是那些清楚的东西，被收在“我思故我在”中作为范例。
2.清楚概念中的否定是矛盾的。我们现在必须解释当笛卡尔声称清楚概念中的否定是一个“矛盾因素”时是什么意思，同时也争取解释为什么在某些清楚明确的概念中，这种矛盾因素的特征不能被当作一个真理的无可置疑的标记。
他的意思是清楚概念中的否定，就否定是一种形式而言，在逻辑上是矛盾的吗？从他说的确定的东西中，可以看出来这不是他的意思。在为这个主张提供证据时，我会将重点放在“我思”上，我们都知道这本书是清楚的。
在对第六组反驳的答辩的开始，他写了“我思”：
这的确是真的，没有人可以确定他知道或者他存在，除非他知道思维是什么以及存在是什么……一个人总是通过那种先于反思性知识的内在认知来认识它就完全足够了，当对象是思想和存在时，这种认知是所有人与生俱来的……因此，当任何人感知到他在思考时，他就是存在的，尽管他从来没有预先问过思维是什么，但即便如此，他不能不去了解每一方面，以给他足够的保证。
（HR II，241）
在这个段落和一些其他引文里
，他主张“思维”和“存在”属于这些“最简单的可能类型”的概念之列，如果要理解“我思”并将它看作确定的，就必须知道这些概念。因此，“思维”和“存在”在这个方法里对笛卡尔而言不是完全相同的概念，比如，在这个方法里，“单身汉”和“未婚男性”是两个完全相同的概念。后面两个概念的概念同一性解释了否认“所有的单身汉都是未婚男性”的矛盾。但是“思维”和“存在”不是完全相同的概念，因此，尽管“我思”中的否定可能是错误的，甚至必然是错误的，但是这个否定不是自相矛盾的。我们从中可以得出结论：笛卡尔没有理解他在“思维”和“存在”中的立场，会阻止他断言如果“我思”被否定，就会产生矛盾，或者这种情况中的“矛盾因素”，他指的是不同于当他说“所有的单身汉都是未婚男性”中的否定是一个矛盾因素时所指的某些东西。现在我将确定笛卡尔支持的是后者。
在对第二组反驳的答辩中，在他声称一些清楚的理智的感知，包括“我思”，拥有完全的必然性之后，笛卡尔紧接着写道，它们的完全性建立在“对它们来说，我们从来不会怀疑它们是正确的”事实上（HR II，42）。接下来是他这个声明的理由：
除非我们思考它们，否则我们不怀疑它们；但是不同时相信它们是正确的我们就不能思考它们，即所采取的立场确定了。因此我们不能在不相信它们是正确的时候怀疑它们；就是说，我们根本不能怀疑它们。
（HR II，42）
如果这个论据以一种更严密的形式提出——包括提供他已经省略的前提，当他说对“我思”的否定是一个矛盾时，他所指的就变得明显。这段语录实际上包括两个论点（假设三段论）：
（a）如果“我思”是可疑的，那么它被思考。
如果“我思”被思考，那么它被认为是正确的。
因此，如果“我思”是可疑的，那么它被认为是正确的。
（b）如果“我思”是可疑的，那么它被认为是正确的。
如果“我思”被认为是正确的，那么它不能被怀疑。
因此，如果“我思”是可疑的，那么它不能被怀疑。
通过这些论据可以看出，矛盾因素没有在“我思”中，或者更精确地说，不在它本身的否定中。“否定的努力或行动”是自相矛盾的。如果争取从事某项努力或行动导致从事相反的努力或行动，那么它就是自相矛盾的。笛卡尔主张这恰恰是“我思”中的情节：如果你开始尝试怀疑，你会发现你不能怀疑它。
笛卡尔关于否定“我思”的结果里涉及的矛盾的观点，可以通过检查他在“必然联系”上的观点，就像《指导心智的规则》里呈现的那样来进一步发展。在规则十二里，他举例，简单的性质和“形状和延伸”“运动和持续”以及“7和4+3”必然地联系在一起。简单性质之间的联系是必然的，“当一个概念以一种模糊的方式隐含在另一个概念中时，如果我们的思维让它们彼此分开，我们不能清楚地构想其中任何一个”（HR I，41）。当然，在决定所有的物品被看作分开的时候，很难确定它们是否可以被清楚地感知。为了协助这个，笛卡尔提供了接下来的试验：肯定思维里的第一概念（比如形状、运动、7），同时否定第二概念（比如延伸、持续、4+3）；在否定第二概念的情况中，第一概念是不能被感知的，因此第一概念必须和第二概念联系在一起，而在否定第二概念不会使第一概念不能被感知的情况下，第一概念就不是和第二概念必然联系在一起的。“因此，形状是和延伸联系在一起的，运动和持续或时间等等联系在一起，因为不可能设想一个不延伸的形状，也不能设想不持续的运动。”（HR I，41）笛卡尔的简单性质之间的必然联系的概念不需要一个思维在概念上和另一个完全相同，就像“单身汉”和“未婚男性”的情况一样，而是一个思维是思考其他东西的必要条件。
现在，当两个概念用指定的方法联系在一起，可以得到，当第一个是思维，那么第二个也在精神之前，尽管我们可能没意识到这个。精神的偏见越多，就越不可能理解什么必须和什么联系在一起：“许多事情经常必须和另一个联系在一起，尽管大多数人没有注意到它们的真正关系是什么，而是模糊地认为它们在那些情况中是偶然联系在一起的。比如，我给出接下来的命题：‘我存在，因此上帝存在’，以及‘我理解，因此我有独立于肉体的精神’，等等。”（HR I，43）。因此，笛卡尔坚持认为，去理解哪些简单性质是必须联系在一起的，不需要我们把理解的概念都放在一起。因为，一旦精神摆脱了偏见，我们仅仅需要在精神决定它们必须联系在一起之前注意简单性质。根据必然性的解释，我们可以理解为什么简单性质之间的必然联系是这样，任何否定联系的努力导致结果的矛盾。试图怀疑联系需要肯定思维里的第一概念，然而同时否认第二个。然而，因为简单性质是不可分割的，我们总是发现这是一个不可能的任务：一旦我们否认第二概念，我们发现我们不能思考第一个。因此，如果我们尝试开始怀疑这些联系，会发现我们不能怀疑它们——要么当第一概念被思考，第二概念也可以被思考，要么第一概念不能被思考。因此，思考第一概念同时需要思考第二概念。
现在我们必须解释为什么欺骗之神的假设被看作怀疑的一种来源，关于数学上的说明而不是“我思”中的。
在第三个沉思的第四段的末尾，笛卡尔意识到，“我思”的清楚而独特的概念使他不可能在否定自己的存在时肯定自己在思考，同样的不可能性也适用于同样清楚而独特的数学概念。但是，前者逃脱了所有的疑问，后者没有。为了解释这个，我们必须思考从“我思”和数学上的和其他清楚的概念中获得的根本不同。当我思考5等于2加3或者运动必然和持续联系在一起时，我发现我不能思考其他的。同样地，当我思考思维和存在必须是联系在一起的时，我发现我不能思考其他的。现在，通过欺骗之神的假设去怀疑5等于2加3或者运动必然和持续联系在一起，需要思考欺骗之神这样构建了我的思想以至我正在思考的是错误的，尽管除了思考它们的方式我不能思考这些联系。但是这怎么可能呢？在什么情况下5等于2加3，以及运动必然和持续联系在一起是错误的？如果时间不流逝，某些东西可以移动，那么运动必然和持续联系在一起是错误的；同样地，假如有一组2和一组3不等于一组5，那么5等于2加3可能是错的。简单地说，笛卡尔所关心的清楚的概念是这样的，他的思维方式不能代表这些东西被真实讲述的方式，无论它们的关系是如何产生的，他不禁相信它们总是联系在一起的，就像他发现他必须思考它们。这恰恰是他在第三个沉思里所关心的，就是在他确立了清楚被感知的都是正确的之后，他明确地声明，这个问题不再使他担心。“但是现在……因为我可以从我的思维中得到某些东西的观点，就得出所有我清楚明显知道是属于这个物体的真的属于它。”
至于“我思”，我凭直觉知道思维和存在是必然联系在一起的，并且，按照笛卡尔的观点，关于这种出现在数学中的联系，我不需要有，或者最好没有任何疑问。因为对于“我思”，连接思维就是连接思维在起作用；它是那些当我们思考思维和存在之间关系时，凭直觉产生的涉及的东西之间的真实关系。“思考是什么？在这里我发现思维是一个属于我的属性，它不能跟我分开。我思，我存在，这是确定的。但是多久呢？就在我思考的时候。因为假如我完全停止思考，我可能就完全不存在了。”（p.61）因此，笛卡尔区分“我思”和其他清楚的并且被发现是必然联系的事情的理由是，只有在“我思”中，我们才能理解这些关于我们在思考的东西，因此，只有在这种情况下，思维和存在的必然联系是清楚的，是这种联系真实性的无可置疑的保证。因为在这里，怀疑需要相信思维和存在的联系不是像我凭直觉知道的那样——甚至当我在凭直觉感觉它时也是如此。笛卡尔坚持认为这些怀疑是不可能的：当精神摆脱了偏见，它呈现出来的是清楚的。关于“我思”的额外特征是凭直觉知道的必然联系是与思维相关的实际联系。因此，我不仅不能怀疑我凭直觉知道的，我也不能怀疑我能够凭直觉知道这个事实。另一方面，通过数学上的陈述知道，凭直觉知道的联系是真实的联系，因此，为了知道凭直觉的联系是真的，需要知道思维理解涉及的东西之间联系的方式就是这些东西必须始终相连。为了知道这一点，涉及否定清楚的数学解释与更早的解释方式中相矛盾的知识。
因为欺骗之神的假设提出所有凭直觉知道的必然联系都是可疑的，除了“我思”中关于联系的异议，笛卡尔主张，他必须调查是否有上帝以及他是否可能是一个骗子。
3.确立上帝的存在。通过第三个沉思，笛卡尔不再对一个特别的概念是否清楚感到困扰。眼下他关注的是，他凭直觉知道和清楚地理解的必然联系是否代表被联系者必须以这样的方式互相支持。除非他可以证实这个，否则他不能说清楚地理解到的都是正确的。
现在，根据这些原因，上帝存在的证据表明它们是不可接受的。因为证明的本质是为了展示上帝观点的客观真实性是这样，只有存在一个存在体，它形式上拥有所有上帝的观点客观地拥有的一切，我才可以有这样的观点；至于第二个证据，就是有上帝观点的我，只要有一个形式地拥有上帝的观点客观地拥有的一切的存在体，这个我就是存在的。
为了它的可接受性，这些证据中的每一个都需要这样的条件——上帝存在的证据需要确立，也就是，被联系者——关于上帝观点的第一个证据和上帝；至于第二个，拥有上帝观点的自我和上帝——他理解他们在证据里的关系时必须互相支持。
为了避免这些，有些人可能认为，上帝的观点与自我的观点以“我思”中“存在”遵守“思维”类似的方式对应；如果是这样，他不需要犹豫去坚持他清楚感知到的关于上帝和自我的关系是正确的。再一次，思维是什么和思维是关于什么没有直接区别，因此，任何他所理解的必然联系是无可置疑的。
事实上，有许多段落表明，笛卡尔是在认真地对待这个工作。从开始到第三个沉思的最后，当他被问到怎样获得上帝的观点时，他回答道：
我只剩下检查我从上帝那里获得这个观念的方法。因为我没有通过感官接收到它，……也不像是我精神虚构的，因为我没有从它里面拿走或增加一些东西的力量。结果，仅有的选择是它是我与生俱来的，就像关于我自己的观念是我与生俱来的。当然不该感到奇怪的是：上帝在创造我的过程中在我心里面放了这个观念，就像工匠在自己的作品上印上记号；这个记号不一定是和作品本身不同的东西。
（p.80）
对笛卡尔而言，在那样的思维里有了自我的观点就是有了上帝的观点，即是说，这两个观点是必然联系在一起的。当他在第三个沉思的最后三段中提到上帝的观点，他清楚地表明这种必然联系是凭直觉知道的：
因为单独从上帝创造我这个事实来看，很可能他已经用某种方式，把他的形象和外表放在我身上，并且我通过感觉我自己的能力感觉到这个外表（在这里面包含了上帝的观点），也就是说，当我思考我自己时，我不仅知道我是某种（不完满的）东西，不完整并且依靠其他，在比我更好、更伟大的某些东西出现之后，我总是不断地渴望着，并且知道我依靠的那个人，他本身拥有所有的更伟大的我所渴望的（这个观点是我在我本身里面发现的），那不是不确定的或者单独潜在的，而是真实的、实际的和无限的，因此他便是上帝。
（pp.80-81）
然而，虽然上帝的意识是通过和他意识到自我一样的直觉获得的，但这本身不能证明自我和上帝之间有必然联系以及上帝存在这一真理，因为还有其他问题，和在数学中出现的一样，即思维是什么和思维是关于什么是否一致。甚至如果这个问题没有出现被联系者中的一个（即自我）中，但在另一个被联系者（即上帝）中，它仍然会被提出。为了表明包括自我和上帝意识的直觉是确定的、正确的，因此，不得不表明通过自我的直觉认识上帝就像在这种直觉中认识自我一样——在我思考的和关于我在思考的之间必须没有区别。但是，关于上帝，这些是怎样被支持的？关于上帝的直觉和（领会）上帝不同，因为自我的直觉和（领会）自我一样。
现在，我将展示笛卡尔是怎样处理这个非常困难的问题的。相关段落出现在对第五组反驳的答辩中，其中，通过一个说明性的类比，他阐明了他的立场，即上帝的概念是“像工匠印在他的作品中的记号”：
当你们问我从哪里得到证据，证明上帝的概念就像工匠印在他的作品中的记号，那个记号的模型是什么，形式是什么，这有很多答案。就像我，偶然见到了一幅显示阿佩里斯作为一个画家的技术的画，画中运用的是无法模仿的技术，也就是说，这是阿佩里斯印在他所有画作上的记号，为了将它们和其他的画作区分开。但是你用这样的问题询问：“那个记号的形式是什么？记号的模型是什么？”这样的询问好像值得一笑却不值得回复。
（HR II，221）
上帝的观点用这样的方式支持自我的观点，这种方式类似于画家的技术和由技术形成的艺术作品之间的联系。因此，上帝的观点包含在思考事物的自我的直觉里，类似于对一幅画的观察包含在它自身的创作这幅画的艺术家的技术里的方式。就像观察一幅画以帮助理解画中的技术，通过“我思”来理解自我，我开始理解我能成为我的唯一方式。因此，当理解在自我直觉中的上帝时，没有基础区分直觉是什么和直觉是关于什么，同样，当理解一幅画的创作技术时，没有基础区分什么是理解和理解是关于什么。根据笛卡尔说的，是用这种方式，无可置疑性与自我的意识中上帝的意识有关。
理解这个非常重要，就是一旦上帝的“记号”在自我的意识中被直觉化，上帝存在的“证据”就不是必要的了，知道了自我就知道了上帝。就清除思想的偏见来说，第三个沉思中的证据可以引导头脑认识上帝，因此必然联系可以凭直觉知道；但是证据并不能代替直觉，像我们看到的那样，它们缺乏他坚持保持的无可置疑性要求。按照笛卡尔对清楚性的怀疑，关于上帝的知识的证据表明这样的事实：对上帝的理解将会像对自我的理解那样在直觉和直觉的指示对象之间没有区别。一旦上帝的观点被认为是上帝与自我观点密不可分的“标记”或者“印记”，我们知道上帝是以一样的确定性存在，就像我们知道自我存在，那么我们就不需要更多的上帝存在的“证据”。
在寻求理解这种直觉的过程中，用这样一个段落开始会是有用的，在这个段落里，笛卡尔注意到有限只能根据无限被理解的事实：
因为我明显地看到在无限的物体中比在有限的物体中有更多真实性，因此，在某种程度上，我心里无限的概念早于有限，也就是说，上帝的概念在我本身的概念之前。因为我怎么可能知道我应该去怀疑和期望呢？也就是说，我认识到我缺乏某些东西，我不十分完满，除非在我心里有一些比我本身更完满的存在的观念，在和它比较时我认识到我本质上的缺点。
（p.76）
这个出现在上帝存在的第一个证据的过程中的段落很有趣，因为它透露出一个有限的理解者怎样寻找无限的知识。就是说，通过这样的认识，为了意识到自我是一个有限的存在体，必须有一个无限的观点的意识。换句话说，在他分析的这个阶段，他发现如果他肯定他知道自己是一个有限的存在体，同时否认他对无限存在体有意识，那么他不能再把自己当作一个有限的存在体。从《指导心智的规则》中我们知道，感知不到的这个测试是笛卡尔检查哪些观点是必然联系在一起的方法。通过第三个沉思，他发现没有一个无限的意识，他的有限是感知不到的；因此，他认为这两种观点是不可分割的。
一旦上帝存在的证据都被提出，他的精神对于这一点就是没有偏见的，这一点就是对上帝的观点和自我的观点之间的联系有了更充分的认识，因为现在上帝的观点被认为是上帝印在他的精神里的“记号”，这个可以通过和理解自我一样的直觉理解。笛卡尔现在意识到他不仅不能把自己作为有限的存在体理解，除非无限的思维不可分割地和它联系在一起，而且，他不能作为一个有限的存在体存在，除非有一个无限的完满的存在体作为他存在的原因存在。检验或论证他作为一个有限存在体的存在和上帝的存在之间的必然联系，也是不可思议的。如果他认为自己是一个有限的存在，同时又否认他的存在归功于一个无限完美的存在，那么他就不能再认为自己是一个有限的存在：“我在这里用来证明上帝存在的论证的全部力量在于——我认识到我的本质不可能是现在这个样子……如果上帝不是真实的存在的话”。（p.81）
我们在第二个沉思中发现了同样的方法，在他确立了他的存在的无可置疑性和真实性之后。他继续问他是什么，并且发现，所有他之前有的关于他的本质的信念，只有一个思考他可以肯定是无可置疑的：“思维是什么？在这里我发现思维是一个属于我的属性，它不能跟我分开。”（p.61）就是说，他证明他的本质属性是思考，通过建立如果他认为他自己是存在的并且否定他在思考，那么他的存在是不能被感知的。因此，他得出结论，他的本质是一个在思考的东西。
同样的思考类型使笛卡尔到了分析的下一个阶段。在建立了他是一个在思考的东西之后，他问自己在思考的东西是什么，也就是说，和思考必然联系在一起的是什么。他回答：“但我是什么呢？一个在思考的东西。什么样的在思考的东西？它是怀疑的、理解的（思考的）、肯定的、否定的、愿意的、拒绝的，也是想象、在感觉的东西。”（pp.62-63）这个分析证明再一次用了肯定第一个被联系者的形式，并且发现如果第二个被联系者被否定，那么它不能被感知。
对于笛卡尔，通过直觉，上帝被认为什么也不是，而是一个额外的决定什么和什么是必然联系在一起的东西。既然这样，我作为一个有限存在体的思维和一个无限完满存在体是我存在的原因的思维，就是必然联系在一起的。
一旦关于上帝的知识通过自我的直觉获得，笛卡尔获得上帝的本质是非欺骗性的知识的方法就有了。为了确立上帝可能是一个骗子，需要在认识上帝的情况下思考欺骗的概念。为了确立上帝一定是一个骗子，也就是说，欺骗的概念必然和上帝的观点联系在一起，需要找到当否定他是一个骗子去思考上帝时导致无法思考上帝（笛卡尔关于必然性的测试）。为了确立上帝不是一个骗子，一定要给出他对上帝的看法和他对骗子和欺骗的看法，它们之间有必然的不一致：“所有的矛盾性或不可能性都由我们的思维构建，不能将彼此不一致的方法结合在一起。”（HR II，46）对上帝的观点以及骗子和欺骗的检查，透露了这样一个必然的不一致：
我意识到他不可能曾经骗过我，因为在所有的欺骗中都有一些不完满，尽管欺骗的力量可能标志着机智或力量，但是欺骗的想法毫无疑问证明了恶意和缺陷，因此它不可能在上帝里面。
（p.82）
他拥有所有那些至上的完满性，我们的思维可能的确有一些观念，但是不能全部理解它们。他可能没有错误或缺点（他没有所有那些表示不完满的记号）。由此可知，很明显他不是一个骗子，因为自然的光告诉我们欺骗一定来自一些过失。
（p.81）
因此，通过他在上帝的观点与骗子和欺骗之间发现的必然矛盾，他得出结论：上帝不可能是一个骗子。从中可以推断出，既然在开头的三个沉思中，上帝被认为是一个骗子，那么出现在思维中的不是上帝的真正观点，因为如果是上帝的真正观点，那么上帝的观点和骗子与欺骗之间的矛盾就会被理解了。 [25]
4.最后一步：确立凡是我清楚地感知到的都是正确的。在第三个沉思里，笛卡尔认为，如果清楚感知到的东西可以被认为是正确的，那么上帝存在并且不是一个骗子的观点是必须被知道的。因此关于清楚的原则的真理似乎已经在第三个沉思的最后确立了。然而，《沉思集》的概要告诉我们，这个原则是在第四个沉思中被确立的。在我们努力去理解笛卡尔在第四个沉思里的论据时，重要的是要指出，除了“我思”中自我的知识，上帝的知识，笛卡尔认为关于清楚的原则的真理的知识是形而上学中发现的原则——《沉思集》的主题。因此，关于清楚的原则最终必须在直觉上确定；和分析的方法一致，呈现出的论证是为驱除精神的偏见而设计，将注意力转移到直观地了解相关的重要概念。
《沉思集》的概要表明，关于清楚的原则已经确立，所有我们能清楚感知到的事物都是正确的，同时它解释了错误和虚假的本质在哪里。现在，在第四个沉思中寻找错误的原因时，笛卡尔将意愿和理解力孤立为可以产生错误的能力。我们被告知，错误来源于我们对并没有清楚感知的东西的赞同：
那么我的错误是从哪里来的呢？它们来自仅有的事实，就是既然意志比理解力在范围上更广阔，而我却没有在同样的范围内限制它，而是把它扩展到我不能理解的东西上；既然意志对这些东西是漠不关心的，那么我就很容易陷进错误和犯罪中，把恶当成善，或者把假当作真来选择……
但是如果我对我没有足够认识清楚的东西放弃判断，显然，我把这一点做得很好，没有犯错。
（pp.85-86）
在第三个沉思中，笛卡尔由于担心欺骗之神而质问清楚的观点（除了“我思”）的正确性。他担心的是，可能他已经由上帝用这样一种方式创造出来了，他不得不把确定的观点当作必然联系在一起，但是这些被思考的事物并不是以他认为他必须思考的方式被联系在一起。一旦他知道上帝存在并且不是一个骗子，他就会知道他的判断能力如果被正确使用，他就不会犯错。因为对清楚的观点的怀疑由对欺骗之神的关注而产生，一旦他知道上帝存在并且不是一个骗子，他就大概知道正确利用判断能力是为了赞同清楚的东西。但是如果这就是为了确立关于清楚原则的真理他需要知道的全部，那么这个原则的真理在第三个沉思的最后就该被确立。他将一个额外的沉思用于这个原则表明，确立这个真理需要知道的比他仅仅知道自己是由一个全能的、真实的上帝创造要更多。
我们上面检查的段落，其中错误被认为包含在赞同不能清楚感知的东西上，真理被说成包含于赞同那些清楚感知到的东西中的观点，是他在第三个沉思的分析中推断出的。就是说，如果关于真理的知识和错误的来源，他仅有的怀疑是上帝是不是一个骗子，那么一旦他知道上帝不会欺骗他，他就知道真理是在清楚感知中找到的，而错误是在模糊困惑中发现的。然而，因为知道一个全能的、真实的创造他的神存在，不足以确立清楚的原则的真理，因此可以得到在第四个沉思中我们迄今所研究的分析，尽管它有助于阐明涉及真理和错误中的功能，但不能被当作真理和错误的来源的证据。他的分析展示了真理和错误是怎样出现的，前提是清楚和明显的原则是真理可靠的来源；然而，这个原则的可靠性还没有被确立。
但是，在我们所讨论的原则被确认为真理之前，笛卡尔还必须知道什么？因为他已经知道他的创造者是谁，所以他必须知道的不可能是他自己的因果起源。理智是上帝的产物；但是他发现他必须赞同的、清楚的观点，可能是邪恶的天才给他的。我认为，这是余下的关注点，这将对清楚和明显原则的真理的调查放在第三个沉思之外、第四个沉思之中，笛卡尔仍然要去理解清楚的原因。
清楚的因果起源和它对这些观点正确性的影响，在第四个沉思的最后一段被讨论：
好像我从这些天的沉思中获得不少，因为我发现了虚假和错误的原因。当然，除了我已经解释的之外没有其他原因了。因为每当我把我的意志限制在我知识的范围内，除了通过理解可以清楚、明显了解的东西，我不再做判断，因此我从来不会犯错；因为每一个清楚明显的概念都是没有疑问的东西，因此它不是来自无，而一定是来自上帝的创造。上帝，我说，是至上完满的，不是任何错误的原因；结果，我们必然得出结论：这样一个概念（或者这样一个判断）是正确的。
（p.88）
在第五个沉思中，笛卡尔确信已经充分证明了所有他清楚地知道的都是正确的。并且，在上面引用的段落中，我将他对清楚原则的证明的部分用斜体标出。
从这个已经在对第二组反驳的答辩中检查过的段落中，我们知道分析使用了“证明”，但不像综合法的一样。分析法用的“证明”和综合法用的“证明”之间所有的不同不能在这里讨论；我们的调查仅限于解释笛卡尔用在第四个沉思最后一段用来确立清楚的原则的真理的“分析证明”。
从对第二组反驳的答辩中，我们知道“分析证明”的目的是将注意力引向所有的偏见被去掉，相关的重要的概念可以凭直觉知道这一点。笛卡尔坚持认为，它的特殊价值存在于这样一个事实中：如果读者遵循这个证明并且足够专心，他们将会在自己身上好像发现了这个特定问题。我们用在第四个沉思中的对“证明”的处理必须符合这一要点。
为了帮助我们的研究，首先我想要转到第二个沉思中的一段，就是笛卡尔“证明”了他自己的存在的一段：
但是我曾相信世界上什么也没有，没有天空，没有地，没有精神也没有物体。难道我不是也说过我并不存在吗？一点也不。因为一旦我说服自己一些东西是存在的（或者仅仅是我认为它们是存在的），那么我就是真实存在的。可是有一个非常强大、非常狡猾的骗子或者其他什么东西，他总是用各种伎俩骗我。所以，如果他骗我，那就证明我是存在的；我也愿意让他尽他的意愿来骗我，只要我想到我是什么东西，他就不会使我什么都不是。
（P.60）
这个段落包含了两个关于他存在的“证明”——第一个是在说服的概念的基础上，第二个在欺骗的基础上。说服证明好像是这样的：笛卡尔肯定某些他无法怀疑的东西，就是说，他被某些东西说服；然后他试图在思维上肯定他被某些东西说服和他不存在；通过找到这两个思维之间的矛盾（就是说，他不能在思维上同时肯定他被说服和他不存在），他得到结论：他的最初的思维必然地是和第二个否定联系在一起的。相似的情况出现在他的第二个证明中：他肯定他无法怀疑的，也就是他已经被骗；然后他试图在思维中肯定他被骗和他不存在；通过找到这两种思维之间的矛盾，他得出结论：他的最初的思维必然地和第二个否定联系在一起——如果他被骗，那么他必然存在。
我们现在可以理解为什么笛卡尔认为，这些分析证明如果被读者适当注意，将会使读者看起来似乎自己发现了问题。“证明”的目的是吸引读者对相关观点的注意力，因此适当的不必然的联系和必然联系可以凭直觉知道。证明指出的矛盾和必然性只能通过接受证明提出的观点，以及直观地理解不必然和必然性来领会。证明不能代替直觉，也能不用直觉就可以接受。因此，证明要指出的联系没有遵循证明（的前提）得出的结论，否则就是将“分析证明”和“综合证明”混淆，也就是说，将形而上学中的证明方法和几何学中的证明方法混淆。
从笛卡尔的上帝的非欺骗性的证明中，我们知道在所有的骗子和欺骗中一定有一些不完满。因此，要使一个清楚的感觉具有欺骗性，就它的因果来源而言，它应该来自一些不完满的东西。因此，当笛卡尔用“无”这个单词来证明他的清楚的真理（“因为每一个清楚明显的概念都是没有疑问的东西，因此它不是来自无，而一定是来自上帝的创造”）时，我们可以把这理解为一个缺乏至上完满性的原因。
笛卡尔的对清楚的原则的真理的“证明”，和他在第二个沉思里对他存在的“证明”是类似的。第二个沉思中的证明以一些他不能怀疑的事情开始（他被某些东西说服，他被骗了），他在第四个沉思里的证明也是以他不能怀疑的东西开始——“每一个清楚的概念都是某种（正确的）东西。”从笛卡尔关于清楚而明确的概念的其他观点来看，我认为，当他说任何清楚而明确的概念都是真实的东西时，他的意思是，这种概念被认为具有固定的或不可改变的性质。关于他的存在，他试图肯定在思维中他不能怀疑的事情和他的不存在；在第四个沉思中，我们发现他试图肯定每一个清楚的概念都是正确的（具有固定不变的本质），并且来源于一些不完满的原因。在第二个和第四个沉思中，他都发现了涉及的观点之间存在的矛盾——被说服和不存在，被骗和不存在，正确的和一个不完满的来源。在每一个情况中，他得到这样的结论（凭直觉知道的）：他的最初的思维必然和第二个的否定联系起来。因此，在第四个沉思中，他凭直觉知道清楚的东西必然来自上帝，笛卡尔知道他不是一个骗子。因此，这是笛卡尔的清楚原则真理的“证明”——一个原则的真理性是凭直觉得知的。
从这里提到的《指导心智的规则》和《沉思集》的关系来看，我们得到了许多结果。
首先，和我们的解释一致，《沉思集》发挥了双重的作用——提供形而上学第一原理（所有学问的第一原理）以及数学确定性的证据。因为《指导心智的规则》是建立在数学模型的基础上的，笛卡尔现在可以确信，当《指导心智的规则》中的方法被利用并形成了清楚的观点（结论）时，这些结论可以被当作正确的接受。
因此，《沉思集》在提供了数学的确定性的证据时，也提供了当《指导心智的规则》中的方法被使用并得出清楚的观点时的确定性的保证，尽管我们被指示在研究《沉思集》之前先研究《指导心智的规则》（由于前文列出的原因），只有在我们研究了《沉思集》之后，才能使用《指导心智的规则》中的方法来到达“真正的科学”。这是贝克和科里都没有认识到的。
从我们的研究中得到的另一个结论暴露了对笛卡尔的哲学几乎普遍存在的误解——根据数学的方法被笛卡尔用在《指导心智的规则》中的事实，很容易得出结论说他是沿着一个推论系统的线来看待所有的学问的。规则一当然适用于这样一个解释。比如，他写道：
没有什么比引导我们的调查没有指向一般的结果而是指向了确定的特殊的结果，更容易使我们偏离找出真理的正确方法。
（HR I，2）
或者：
因此我们必须相信所有的科学都是互相关联的，以至把它们放在一起研究要比单独孤立一个研究容易得多。因此，如果任何人想要严肃认真地找出事情的真理，他不应该选择一门专门的科学；因为所有的科学都是互相联系在一起的。
（HR I，2）
人们很容易想到他说的互相依赖和互联性在性质上是合乎逻辑的，就像在推论或公理系统中一样。然而，至少就《沉思集》中涉及的其他学问分支（物理、医学、力学和道德）而言，知识的第一原理在《沉思集》中在逻辑上与这些所谓的其他领域无关。事实是我们在开始了解其他的领域之前必须知道形而上学第一原理，而不是说这些第一原理是确定逻辑推论的前提。《沉思集》中揭露的思维与存在、我的存在与上帝的存在等之间的联系，并不是物理学开始的首要前提。