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孙中山并非不知道康有为的保皇立场，但直到1900年他仍没有放弃与康有为合作的最后希望，与维新派的接触更是从未断过。1899年3月2日，孙中山给宫崎复信：“兄果知其人诚实，可请于明日午后五时来见可也。”4月1日他又复宫崎信：“某君前日来见时，弟已应言尽言，倘能如弟言去办，则于中国前途大有补益也。余则非弟力所能及，似可毋容再见。”“某”与前面的“其人”是否同一人不知，但可确定是“维新派”的。
1900年3月29日，梁启超写信给孙中山，劝他接受“借勤王以兴民政”的策略，“我辈握手共入中原”。孙中山决定到新加坡与宗旨迥然不同的康有为商谈合作事宜不是偶然的。当时，谢瓒泰写信给孙中山，“为了防止各党派领导间的自私竞争与妒忌”，特别推举容闳“为维新联合党派的主席”。1900年4月底，杨衢云到日本与孙中山协商，6月，孙中山计划到新加坡与康有为商谈，举容闳为联合党派主席应在议程之中。尽管谢瓒泰的提议既有针对康有为等人阻挠合作，又含有报复杨衢云与孙中山争夺兴中会会长失势之意，但孙中山表示赞同，这从他在新加坡的谈话也可以看出。
1900年6月上旬，孙中山在《离横滨前的谈话》中说：“清政府在康有为公开致力于种种运动或采取恐吓政府的手段之际，对他的党派抱有严重警惕，并因而对我们党派的注意逐渐放松，这在某种程度上正是我党的幸事”。
六、七月间，他在给平山周的信中说：“如足下于说合之事无成则已矣，由他自行其是，吾行吾人之事可也。”
但他没有放弃对康有为的争取，7月10日他在新加坡《与斯韦顿汉等的谈话》中说：
“我想要会见康有为，就当前中国的问题征询他的意见，并向他提出我的劝告。不错，我志在驱逐满洲人，而他支持年青的皇帝。我希望与他磋商，为我们在共同路线上的联合行动作出安排……
我想，大概除了康党以外，都能够结成一体。我们担心中国被分割。我们当中的一些人力主行动；如果无所作为，他们将会倒向另一方。我认为康指控宫崎和青藤是犯了严重错误。当康等与我来往时，他们的行动便是不寻常的。皇太后悬赏十万两购缉康的头颅，他那头颅的价值三倍于我。中国政府派人处处监视我的行动，我来这里的目的在于会见康，并增加我的中国追随者。”
日本方面很关注孙、康合作，到1900年7月，犬养毅和平冈浩太郎还派内田良平考察过两派态势。曾迎接康有为到日本的宫崎滔天认为自己于康有恩，听说康到了新加坡，愿意先行去游说，促使他抛弃保皇主义，争取他与孙中山合作。
经孙中山同意，6月29日宫崎和青藤幸七郎等到新加坡，先见了支持维新的当地富商邱菽园，提出要见康有为。香港的康门弟子道听途说宫崎到广州见过刘学询，怀疑其与李鸿章有什么密谋，就电告康有为，宫崎奉李鸿章之命到南洋行刺，请其慎防。康将这一信息告诉了新加坡的英国殖民官。所以宫崎他们到新加坡几天后被警察逮捕入狱。此前1898年11月、12月，慈禧太后确曾下达密旨除掉康有为，刘学询、庆宽等就是执行人，甚至企图利用孙中山诱捕康有为，“法用诱用掳，活上毙次”，不过孙中山对此并没有回应。
1900年7月1日，康有为派弟子来见宫崎，表示面谈不便。不料7月6日，宫崎他们竟以谋刺罪下狱。孙中山在越南听说此事，7月9日赶到新加坡展开营救，亲访英国总督说明缘由，才使他们获释。他第二天接受英国殖民官员斯韦顿汉、科利尔、埃杰顿三人访问时发表的谈话，斯韦顿汉有记录，并上呈英国外交部，原件至今还保存在伦敦的国家档案局。
对此，康有为在1900年8月11日给女儿康同薇的信中是这样说的：“日人之事，系发难于林君，此事于日本邦交有碍，故我欲忍之，而林骤告督。遂为大案。然无如何，又不敢言其非，恐得罪林及英官也。其人为宫崎，诚是戊戌九月与我返日本者（并未住其家，又非送至美洲）。但伊不合与孙同行，且替孙办事。日本有两电五信言其谋害也。彼党既乱攻，当另函使人驳之。孙既为港所阻，其党人往见者，港督皆影相，并禁不得言。孙文无钱给人，故皆散。英官又使人责日本人，日人亦散归东，闻孙亦散回东也。其党人因影相，又不能上城，孙从此办事甚难，东人亦将散心，但攻我则不免耳。汝可与港督书，或面见督夫人，告以孙往坡谋害，赖坡督保护得免，今坡督特亲同我入新埠，在其督署住，供应饮食，一切招呼，吾感激至极。惟孙党多在港，不无串同其党人多方攻击，日散谣言，将来必至造生事端，甚至谓我攻英国，或且谓我遍攻各国者，望总督及各官切勿听之，看其如何回话，我再与信港督。”
信后还有康有为的批语：“（康批）此信述孙文与日人宫崎寅藏行刺事大案，宜永保存。”
从信中内容来看，一是为自己辩解，二不无幸灾乐祸之意。“林君”即林文庆是新加坡著名华侨，邱菽园的好友，《天南新报》英文总校。1900年7月6日，康有为函告柏原文太郎，他接到宫崎寅藏的来信后，次日就向英国殖民当局申请返回新加坡与宫崎会晤，不料日本某僧密告林文庆，见到数封来电，文中都有康有为、邱菽园的名字，这时又有人闻讯刺杀康有为可得赏金数十万，林一概告诉了邱菽园。邱又得到电报，称孙文欲图大举，为筹款来新加坡，恐生异变，宜加慎防。林文庆闻之大惊，就报告了新加坡总督，请求密查。总督大怒，决意查办。
此外，林告诉了朋友，《天南新报》翻译陈德逊，陈转告日本人，被宫崎得知，写信给康有为，怀疑他故意避而不见。这一天，康有为刚好回到新加坡，闻讯大惊，告诉林文庆，宫崎是日本志士豪杰，与他自己旧交，请转告总督中止查办，否则无面目再见日本故交。经康有为再三请求，林文庆才同意了。康又转托当地警官请求中止查办，但遭到拒绝。
由此看来，康有为信中所述基本属实。
8月12日，康有为又给女儿康同薇一信：“至北中之变，乃天助我，上有天命，必能保全，惟孙假我名，至为大碍，可虑。来此闹成一大案，因我拒之，致失日人心，事出于无可如何，然益明我与彼之不相合也。吾党布置甚密，可勿念。”
宫崎回忆，他们一行一到新加坡就有人告诉他，最近有传闻“有刺客已从日本出发到此地来刺康”。康派中间有人怀疑他们就是刺客。第二天，康门弟子汤觉顿来访，交给他一封信，是康有为写给邱菽园的：“滔天先生是我的恩人。据闻今来此地，极思一见。乃立即请求政府办理会见手续。但如你所知，政府保护过严，几如处于狱中，能否相见，尚难预料。倘不幸不得相见，请代我馈赠百金，以作程仪。滔天先生若有要事与我磋商，门生汤某可代为领教，然后转达于余。汤生为我亲信，任何秘密，均可直言。”
实际上是康拒见，宫崎拒绝赠金，并给康有为直接写了一封信。当地警察拘捕他们后，讯问内容主是有三条：一、来新加坡的目的；二、和康有为的关系；三到此后欲和康会晤采取的手续。甚至被问及：“你是不是受中国守旧派的委托，想要暗杀改良派的首领？”
他们关押5天后被驱逐出境（附加5年不得入境）。
在亲身领教了康有为的“狭隘”“疑惧”之后，从此，日本志士认为康有为是“无情汉”，不再倡导孙、康合作，两派更无合作之望。
不久，当自立军事败，清廷大捕康党，一时草木皆兵，康有为在香港的家人也处于惶恐不安之中。8月后，康有为写信给康同薇安慰家人：“港督于党人断无听中国官捕拿之理，可安慰诸亲，按公法以国事犯例当保护，最大亦不过令之出境，无听拿之理。孙文在英，可见我能为保，断断无事，忽恐也。”
孙中山与康有为之间有分歧、有不同的选择，但也不是没有任何合作的基础，他们都是政治流亡者，都与慈禧太后主宰的政权相对立。（在庚子勤王运动发生后，清廷方面声称：“目前据各领事言，从前谓康、梁为志士，今已知康、梁为匪徒，各国断不帮助庇护”。
）
张之洞也把康有为与孙中山并列。1900年9月13日，《张之洞于荫霖奏擒诛自立会匪头目分别查拿解散折》有这样的话：“听说康有为、孙汶派人会合大刀会，孙汶已到山东。”
10月3日，《张之洞于荫霖摘叙两湖自立会匪紧要情节告示》中也说，据湖南拿获的会党头目李英等供述，“听说康有为、孙汶派人会合大刀会，孙汶已到山东。此事是康有为为总，康有为以唐才常为总，各粮台之钱，均是康有为接济”。
都是将康有为与孙中山一视同仁。
有这些因素，所以尽管发生了宫崎等新加坡入狱事件，但直至惠州起义前夕，孙中山还试图争取澳门保皇会总局的支持、配合。1900年10月，康有为在《驳后党张之洞于荫霖伪示》中也说：“今日即孙文议论，亦不过攻满洲，而未尝攻皇上”。
不过他还是在这篇文章中把自己和孙中山划清了界线，并承认自己在新加坡拒见宫崎等：
“一、伪示谓‘听说康有为、孙文派人会合大刀会，孙文已到山东，此事是康有为为总’等语。
查六月时，孙文与日本三名宫崎、青藤、内田等来坡行刺康有为，康有为拒之不见；事泄，新加坡英总督拿办宫崎下狱，孙文幸而得放，不准到坡。此事详于各报，各埠纷纷致电问康有为安。盖康有为为保皇之魁，孙文为攻满洲之魁，故成反对。至于行刺，与今年正月伪上谕出十万金令人行刺康有为同。夫孙文之仇康有为如此，亦与张之洞有同心矣。今乃比而称之，谓其派人会合大刀会，岂康有为今不畏行刺，而肯与孙文同谋耶？六月至今八月，几时举事？在新加坡与孙文已绝，何能同谋，不待辩矣。
闻康有为自到日本，新坡皆绝孙，故孙文深恨。今张之洞畏康有为保皇上也，天下皆信之，欲攻无法，故思得孙文而捏入之，与孙派并称，使人疑之，而后可加罪，亦与戊戌八月伪谕谓康有为保中国不保大清同耳。无如孙派行刺之事，新加坡英督有存案，何徒劳张之洞之苦也。
至通大刀会，则孙文不知有否，惟康有为素通新法，又托于英国，大刀会乃守旧而仇西人也，康有为岂肯通之？义和团最恶广东人，呼为二毛子，杀之甚众。大刀会与义和团类耳，岂肯通广东人乎？张之洞为此知大刀会为西人所恶，故诬康有为为通大刀会，以怒西人耳，而孙文既诬，则大刀会之诬可知。”
1900年9月，唐才常弟弟唐才中的供词中说得更清楚：“……那文廷式于六七月间到长沙，是来办孙革命党的事，又名三合会，广东人最多，约了富有会的张尧卿帮他散票。他们革命党，与康、梁之保皇会相反，彼此不合，他们久已水火，不能联成一气的。”
这里大致上透露出社会舆论及各种力量对康、孙同异的认识。康有为拒绝合作，而且发生了新加坡这样不愉快的事，但孙中山对其他维新派人士包括梁启超在内依然有信心，所以孙中山才会说“大概除了康党以外，都能够结成一体。”1900年春，维新变法的重要支持者文廷式到日本访孙中山，商谈过国事和起义事宜。7、8月间文廷式与会党要人张尧卿到长沙就是“办革命党事”。8月中旬，梁启超回国路过日本，有可能与孙中山会面过。
1900年8月中旬（当月22日起程回国前），北京被八国联军占领着，孙中山在《与横滨某君的谈话》中说：
“在中国的政治改革派的力量中，尽管分成多派，但我相信，今天由于历史的进展和一些感情因素，照理不致争执不休，而可设法将各派很好地联成一体。作为众望所归的领袖，当推容闳，他曾任驻美公使，在国内也颇孚人望。此外，对国内的李鸿章等各总督以及康有为一派也应重视，暗中联络，这样料可使政治改革方案得以渐次施行。根据这种考虑，我个人准备从中尽力，故匆匆决定回国。我并不抱任何危险激烈的企图，而是考虑始终采取温和的手段和方法。视情况还有最终赴北京的打算。已离神户前往上海的梁启超，大概也是抱着类似的想法而成行的。
我这次回国，毫不担心会遇到危险。我的归国一事，将会得到日本领事和另一国领事的间接保护。加以北京正处于外国军队的占领之下，更可放心。依我看来，梁启超的决定回国，也是有鉴于此的。”
可见直到此时，孙中山都没有放弃与康有为合作的幻想。8月28日，他与平山周等抵达上海，得知唐才常的自立军未起事即已失败，9月1日起程返回日本。