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一是确立以开庭审理为原则，书面审理为补充的原则。对原来二审审理以书面审查为原则，以开庭审理为例外的规则进行调整，规定“人民法院对上诉案件，应当组成合议庭，开庭审理。经过阅卷、调查和询问当事人，对没有提出新的事实、证据或者理由，合议庭认为不需要开庭审理的，也可以不开庭审理”。该修改将二审开庭审理定为一般性原则，旨在增强行政诉讼的有效性，加大司法公开的力度，加强对当事人的诉讼权利和实体权利保护，提升二审程序的公正性和透明度。具体而言:第一，本次修改增加了行政诉讼简易程序的规定，而简易程序的审判组织采用独任制。为了避免产生第二审案件采用独任制还是合议制审判组织的争论，明确提出对上诉案件应当组成合议庭。第二，原法律规定的“事实清楚”的标准不好把握，导致司法实践中有些案件应该开庭审理的也以此为托词进行书面审理，难以体现第二审程序纠错和监督的功能，导致两审终审制成为事实上的一审终审制。第三，民事诉讼法的有关规定更为具体、明确、清晰，可以借鉴为用。(第八十六条)
二是强调全面审查原则。增加规定“人民法院审理上诉案件，应当对原审人民法院的判决、裁定和被诉行政行为进行全面审查。”行政诉讼不同于民事诉讼，民事诉讼一般只涉及当事人之间的利益争执，而行政诉讼则要平衡私人权益和国家利益、社会公共利益，不能与民事诉讼一样只对上诉请求的有关事实和适用法律进行审查，而应全面审查。民事诉讼法对二审全面审查原则进行了规定，行政诉讼法也参照民事诉讼法对此原则加以明确，继续强调二审对原审裁判文书和被诉行政行为进行全面审查。(第八十七条)
将二审审理期限由两个月改为三个月。基于行政诉讼效率和审理效果的平衡考虑，修订后的行政诉讼法将二审审理期限延长为三个月。(第八十八条)
此次修改修政诉讼法，完善了二审裁判方式。
一是改变原二审裁判方式仅针对判决设定的问题，调整增加对裁定的处理方式。如将“原判决认定事实清楚，适用法律、法规正确的，判决驳回上诉，维持原判”改为“原判决、裁定认定事实清楚，适用法律、法规正确的，判决或者裁定驳回上诉，维持原判决、裁定”。一审判决有判决和裁定两种结案方式，根据本法第八十五条的规定，当事人不服的都可以提起上诉。但原行政诉讼法中对于裁定上诉后的处理没有明确规定，实践中不知该如何操作。增加了对裁定如何处理的相关规定，填补了原行政诉讼法的漏洞。(第八十九条)
二是扩大二审法院改判、撤销、变更一审判决的权力。将“原判决认定事实清楚，但适用法律、法规错误的，依法改判”改为“原判决、裁定认定事实错误或者适用法律、法规错误的，依法改判、撤销或者变更。原判决认定基本事实不清、证据不足的，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判”。增加“撤销或者变更”的理由主要是:审判实践中有不少案件，经审查其认定事实或适用法律法规错误，或者在认定事实和适用法律法规方面都有错误，但是其裁判结果是正确的。如果依法改判，虽然可以纠正错误，但是二审裁判结果与一审裁判结果完全一样，不符合通常对于“改判”的理解。为此，在本次修法中细化了处理方式，可以对这种情况作出撤销或者变更处理。(第八十九条)
三是明确违反法定程序的情形及处理。将“由于违反法定程序可能影响案件正确判决的”改为“原判决遗漏当事人或者违法缺席判决等严重违反法定程序的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审”。程序的违反可能会影响案件正确判决，但影响的程度多大，是否到足以发回重审的程度，缺少客观标准，不利于规范法官的裁量权，为此根据民事诉讼法的相关规定进行改造，完善了违反法定程序的处理方式，列举了严重违反法定程序的情形，且以不影响案件正确判决为条件。(第八十九条)
四是确立“一次发回重审”原则。规定“原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审”。从理论上讲，由于发回重审是按照第一审程序审理，当事人可以上诉，如果不作这样的限定可能引发无限循环的诉讼怪圈。从实践角度分析，发回重审意味着二审法院已经给予一审法院一次重审机会，一审法院就应当对存在的问题加以纠正;若一审法院未作纠正，则说明一审法院或者不认为存在错误或者无力纠正，那么再次给予重审机会一般也无济于事，反而不能迅速解决争议，徒然导致诉讼成本增加、诉讼效率低下。专门增加发回重审次数的限制，旨在限制法院反复发回重审，防止循环诉讼造成当事人诉累。(第八十九条)
五是规定二审改判必须同时评判被诉行政行为。“人民法院审理上诉案件，需要改变原审判决的，应当同时对被诉行政行为作出判决。”如果不对被诉行政行为作出判决，则导致被诉行政行为效力难以确定的情况，产生更多的争执。规定改判同时必须对被诉行政行为作出判决，能够避免行政诉讼程序空转，有利于行政争议的彻底化解。(第八十九条)