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一是裁定停止执行的情形增加一种“人民法院认为该行政行为的执行会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的”。行政诉讼期间是否应停止行政行为的执行问题是本次修法的热点问题。修订后的行政诉讼法继续延续了原法“以诉讼不停止执行为原则，以停止执行为例外”的思路，具体而言:一是诉讼不停止执行符合行政行为公定力原理。行政行为一旦作出，在未经有权主体变更、撤销或者确认无效之前，具有公定力、确定力和执行力，即使进入诉讼程序，也不影响其执行;二是以诉讼不停止执行为原则，停止执行为例外，能够较为有效地平衡和兼顾当事人合法权益保障与公共利益、行政效率间的关系，防止因诉讼活动使行政行为的稳定性和有效性受到干扰，从而影响行政管理的秩序和效率;三是法律通过适当增加应当停止执行的情形，能够实现必要情况下对当事人合法权益的保障，并不必然损害当事人合法权益。因此，法律对此进行了调整。修法之前，法院停止执行的裁定必须根据原告申请作出，但某些特殊情况下，原告没有申请或者无法申请，为了保障诉讼的顺利进行，维护国家利益、社会公共利益不受重大损害，修订后的规定允许法院在必要时依职权裁定停止执行。(第五十六条)
二是增加先予执行的规定。“人民法院对起诉行政机关没有依法支付抚恤金、最低生活保障金和工伤、医疗社会保险金的案件，权利义务关系明确、不先予执行将严重影响原告生活的，可以根据原告的申请，裁定先予执行。当事人对先予执行裁定不服的，可以申请复议一次。复议期间不停止裁定的执行。”一般而言，行政机关是否应当履行给付义务，应由法院判决加以确认，并根据判决内容予以执行。但实践中涉及抚恤金、最低生活保障、工伤、医疗社会保险金等行政给付，与维持当事人生活基本需要密切相关，如等待诉讼结果，可能严重影响当事人正常生活，因此有必要引入先予执行制度，使原告获得临时性的救济。本条以民事诉讼法关于先予执行的规定为基础，结合行政诉讼自身的特点，增加了行政诉讼中的先予执行制度。(第五十七条)
取消对当事人“两次合法传唤”的规定，修改为:“经人民法院传票传唤，原告无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭的，可以按照撤诉处理;被告无正当理由拒不到庭，或者未经法庭许可中途退庭的，可以缺席判决。”传票传唤是法院的一种正式传唤方式，这一修改使传唤方式更为明确。民事诉讼法规定了一次传唤即可，原行政诉讼法规定两次传唤影响了司法效率，既有损司法权威，也无现实必要。将“视为撤诉”修改为“按照撤诉处理”，原因在于:原行政诉讼法和司法解释规定了申请撤诉、视为申请撤诉、按撤诉处理三种情况，实际上视为申请撤诉就是按照撤诉处理，具有同等的法律效力，没有区分的实际意义，同时也与民事诉讼法相关制度保持一致。将按照撤诉处理和缺席判决的情形增加一条，即“未经法庭许可中途退庭的”，主要因为原规定只考虑了拒不到庭的情况，未考虑中途退庭的情况，不周延。(第五十八条)
一是将罚款数额由1千元调整为1万元。原“诉讼参与人或者其他人有下列行为之一的，人民法院可以根据情节轻重，予以训诫、责令具结悔过或者处一千元以下的罚款、十五日以下的拘留”的规定改为“诉讼参与人或者其他人有下列行为之一的，人民法院可以根据情节轻重，予以训诫、责令具结悔过或者处一万元以下的罚款、十五日以下的拘留”。根据当前的实际情况，1千元已经起不到应有的威慑和惩罚作用，因此予以调整。(第五十九条)
二是扩充妨碍行政诉讼的行为种类和具体情形。将“有义务协助执行的人，对人民法院的协助执行通知书，无故推拖、拒绝或者妨碍执行的”改为“有义务协助调查、执行的人，对人民法院的协助调查决定、协助执行通知书，无故推拖、拒绝或者妨碍调查、执行的”。增加“以欺骗、胁迫等非法手段使原告撤诉的”等内容。该条在原行政诉讼法关于妨害行政诉讼的行为基础上，增加了几种情形，旨在维持行政诉讼正常秩序，维护司法权威。原法规定了人民法院有调查取证的职权，实践中有的拒不协助调查，但按照原法律规定又无法给予相应惩戒。故这次修改予以增加。(第五十九条)
三是明确对有妨害行政诉讼行为的单位的主要负责人或者直接负责人员可以予以罚款、拘留。规定“人民法院对有前款规定的行为之一的单位，可以对其主要负责人或者直接责任人员依照前款规定予以罚款、拘留;构成犯罪的，依法追究刑事责任。”原规定对被告的强制措施只涉及单位，往往没有实际效果，为此，增加对单位主要负责人或者直接责任人员的处罚措施。该规定参照了民事诉讼法的规定，重在通过明确对可能妨害行政诉讼活动的行政机关和其他组织主要负责人和直接责任人员的法律责任，威慑上述机关单位规范诉讼行为，积极配合法院的审判活动。(第五十九条)
将不得调解的规定调整为以不适用调解为原则，有限情形可适用调解为例外。规定行政案件在几种情形下可以适用调解。由“人民法院审理行政案件，不适用调解”修改为:“人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。”原行政诉讼法出于公权力不得私自处分以及监督行政机关依法行使职权的考虑，明确规定人民法院审理行政案件不适用调解。但行政诉讼实践中，当事人通过案外协调和解达成一致的做法长期存在。此次修法确立了以不适用调解为原则、有限情形适用调解为例外的原则，主要出于以下考虑:一是尽管行政机关不具有对公权力进行私自处分的权利，但实践中，大量行政行为作出时存在较大的裁量空间与余地，行政机关可以运用自由裁量权作出不同处理;二是行政诉讼案外和解大量存在，由于没有制度认可和保障，有的行政机关采取欺骗、胁迫的方式使原告撤诉，但事后又不履行之前达成的和解协议，如果仍然对调解一概不予认可，不利于当事人合法权益的保障;三是实践中大量的涉及房产和地产的案件，如果一味机械强调合法性审查而不允许调解，不利于实现公平正义和行政争议的有效化解。因此，新行政诉讼法为了鼓励行政争议有效化解，调整了原先关于行政诉讼不得调解的禁止性规定，改为有限度的可适用调解。(第六十条)
增加行政附带民事诉讼的情形，明确民事与行政交叉案件的处理。规定“在涉及行政许可、登记、征收、征用和行政机关对民事争议所作的裁决的行政诉讼中，当事人申请一并解决相关民事争议的，人民法院可以一并审理。在行政诉讼中，人民法院认为行政案件的审理需以民事诉讼的裁判为依据的，可以裁定中止行政诉讼。”实践中民事与行政争议交织的法律问题往往导致审判部门间相互推诿、循环诉讼，以致矛盾纠纷久拖不决，诉讼程序空转问题严重。为了促进纠纷实质解决，减轻当事人诉累，节约司法资源，提升审判效率，修订后的行政诉讼法规定了在行政诉讼中一并审理民事争议机制。具体而言:第一，行政争议和民事争议依据行政诉讼法和民事诉讼法分别立案审理，不仅可能产生法律认识和裁判标准的不一致，还会造成司法资源的浪费，导致循环诉讼;第二，民事与行政交叉案件处理机制不明确，给当事人造成诉累，不利于其合法权益得到及时、有效的保护，允许法院在审理行政案件中对民事争议一并审理，有利于矛盾纠纷的实质解决;第三，通过列举方式对适用一并审理机制的案件予以明确，实际上对一并审理机制的适用范围作了适当限定，体现了立法的审慎性。(第六十一条)
一是简化条文，明确规定“人民法院审理行政案件，参照规章。”立法法对于规章的制定主体和适用规则已有明确规定，行政诉讼法可以不再规定，故立法予以简化。立法法中规定的一系列法律适用规则为审判机关作出判断提供了依据，因此删除了“认为规章之间不一致的，由最高人民法院送请国务院作出裁决”的规定。(第六十三条第三款)
二是明确了规范性文件的审查处理程序。规定“人民法院在审理行政案件中，经审查认为本法第五十三条规定的规范性文件不合法的，不作为认定行政行为合法的依据，并向制定机关提出处理建议。”实践中，以红头文件为代表的抽象行政行为违法对公民、法人和其他组织合法权益造成的侵害大量存在。本次修法通过本条规定确立了对规章以下的规范性文件进行附带审查的处理模式，主要出于以下几方面考虑:一是对规章以下的规范性文件进行附带审查，有利于从源头上减少违法行政行为，纠正因不当红头文件而产生的大面积权力滥用和违法情形。二是尽管我国立法法规定了对抽象行政行为的审查、备案和监督机制，但由法院在个案审判中对规章以下的规范性文件进行附带审查，能够更为有效地发现抽象行政行为的违法情形。三是规定法院有权选择性适用规章以下规范性文件，并对不合法的规范性文件向制定机关提出处理建议，符合我国宪法、法律确定的由人大对政府、政府对其部门和下级政府进行监督的基本原则。(第六十四条)
一是取消维持判决，增加驳回诉讼请求判决。取消“具体行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，判决维持”，改为规定“行政行为证据确凿，适用法律、法规正确，符合法定程序的，或者原告申请被告履行法定职责或者给付义务理由不成立的，人民法院判决驳回原告的诉讼请求”。根据立法宗旨的调整，维护行政机关依法行使行政职权的职能已经取消，且维持判决难以与原告的诉讼请求相对应，亦与裁判的既判力理论相悖，因此没有保留的必要。具体而言，取消维持判决主要基于以下考虑:第一，本次修法已经将立法目的中“维护”行政机关依法行使职权中的“维护”删去，因此相对应的维持判决不应予以保留;第二，维持判决与法院中立裁判的地位不符，使人产生与行政机关“官官相护”的感受，违背了行政诉讼法的功能定位;第三，维持判决对于原告而言可接受性差，与原告诉讼请求不相对应;第四，行政行为一经作出即具有公定力、确定力和执行力，不需要法院判决加以维持;第五，根据既判力理论，法院作出维持判决后即构成司法权对行政行为合法性的确认，如果行政行为存在合法但不合理的问题，行政机关难以逾越法院判决而作出纠正和调整，不利于纠纷的实质解决。而驳回诉讼请求判决完全可以涵盖维持判决的功能，同时更好回应行政相对人的诉讼请求，兼顾行政行为效力理论和裁判的既判力理论，故予以调整。具体理由包括:第一，驳回诉讼请求判决已经在实践中广泛使用，用驳回判决替代维持判决不会造成大的波动;第二，驳回诉讼请求判决对当事人诉讼请求的回应性更强，能够囊括的情形更为广泛，适用起来更为便利。(第六十九条)
二是撤销判决适用的情形有所增加。增加行政行为“明显不当的”情形。在撤销判决之下增加了“明显不当”情形，主要出于以下考虑:一是单纯的合法性审查已经难以适应社会发展的需求;二是原先对行政行为合理性审查的范围极其有限，“滥用职权”因具有较强的主观性而极少适用，“显失公正”也仅限于行政处罚的合理性审查问题，大量的行政自由裁量权运用未能得到有效的监督和制约，因行政行为合理性引发的争议难以得到彻底解决。此次将“明显不当”作为撤销判决的情形之一加以明确，主要为了将行政机关自由裁量权的行使纳入到司法审查的范围中来，强化对行政行为的审查力度，推动纠纷实质性解决。(第七十条)
三是使履行法定职责判决单独成条。规定“人民法院经过审理，查明被告不履行法定职责的，判决被告在一定期限内履行。”行政机关不履行法定职责情形在实践中日益增多，这一修改强化了对行政机关不作为的裁判力度。从逻辑上讲，行政机关履行法定职责需要一定期限，超过期限仍未履行的，构成不履行法定职责，而不是拖延履行。同时，本条也与第四十七条对不履行法定职责的有关规定保持一致。(第七十二条)
四是增加给付判决。人民法院经过审理，查明被告依法负有给付义务的，判决被告履行给付义务。此处修改呼应了受案范围中关于行政给付案件范围由支付抚恤金扩大为最低生活保障、社会保险待遇等事项的修改。构建服务型政府是全面建成小康社会的重要任务，在这个背景下，政府给付义务是行政诉讼不可回避的一个领域。于履行判决之外，增设给付判决，符合实际需要，也顺应了近年来社会保险法等相关行政给付法律制度的完善，彰显了对行政给付行为的监督与规范。(第七十三条)
五是增加确认违法判决。规定:“行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为: (一)行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的;(二)行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。行政行为有下列情形之一，不需要撤销或者判决履行的，人民法院判决确认违法: (一)行政行为违法，但不具有可撤销内容的;(二)被告改变原违法行政行为，原告仍要求确认原行政行为违法的;(三)被告不履行或者拖延履行法定职责，判决履行没有意义的。”此次修法完善了裁判方式体系，对于确认判决而言:一是确认违法判决符合审判需要，在司法审判实践中，已经根据司法解释在适用，应当在总结实践情况的基础上上升为法律。二是确认违法判决分为两种类型，有的是保留行政行为效力的，有的则不是，因此有类型化处理的必要。三是应当明确确认违法的法律后果，以区别于撤销判决等。(第七十四条)
六是增加确认无效判决。行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。同时规定，人民法院判决确认违法或者无效的，可以同时判决责令被告采取补救措施;给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。行政行为无效是行政行为效力理论的重要组成部分，无效行政行为在实践中客观存在，无效的行政行为自始无效，其他判决种类难以处理这种情况。此次修法增加确认无效判决，承认了无效行政行为的存在，完善了行政诉讼的体系，同时也通过列举重大明显违法的具体情形，限定了无效判决的适用范围，是对无效行政行为理论的有益探索。确认无效判决对原告的实体意义需要通过责令被告采取补救措施判决与赔偿判决体现。(第七十五、七十六条)
七是增加变更判决。规定“行政处罚明显不当，或者其他行政行为涉及对款额的确定、认定确有错误的，人民法院可以判决变更。人民法院判决变更，不得加重原告的义务或者减损原告的权益。但利害关系人同为原告，且诉讼请求相反的除外”。该修改扩大了变更判决适用范围，增加了行政处罚以外的行政行为中对款额认定有错误的情形，同时确立了诉讼禁止不利变更原则。法院能否对行政行为予以变更，本质上是司法权与行政权的权力边界问题。本次修法通过确立变更判决的方式，赋予法院对行政行为的变更权，主要出于促进矛盾纠纷尽快解决、减少行政程序反复、降低当事人成本的目的考虑。同时，将变更判决的适用范围限定为对行政处罚明显不当和行政行为涉及款额认定有误的情形，保持了司法权对行政权应有的尊重和克制。诉讼禁止不利变更原则的法理基础是，当事人不因寻求行政诉讼法律救济而获得更为不利的法律结果，从而鼓励当事人采取法定救济渠道解决纠纷。此次修法明确了诉讼禁止不利变更原则，同时兼顾了案件利害关系人的合法权益，规定了利害关系人同为原告，且诉讼请求相反情况下，诉讼禁止不利变更原则的例外情形。(第七十七条)
八是增加行政协议相关判决方式的规定。规定“被告不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除本法第十二条第一款第十一项规定的协议的，人民法院判决被告承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等责任。被告变更、解除本法第十二条第一款第十一项规定的协议合法，但未依法给予补偿的，人民法院判决给予补偿”。本次修法将政府特许经营协议、房屋土地征收补偿协议等行政协议纳入了行政诉讼受案范围。行政协议作为行政管理的特殊方式，在实践中广泛存在，因其兼具行政管理与合同的特性，必然存在协议的履行、变更、解除及责任承担等问题。此类案件的审理和裁判，显然难以用传统的行政诉讼审理和裁判方式予以囊括，因此有必要专门加以规定。该修改与将行政协议纳入受案范围的调整相呼应，明确了行政协议的审理思路、裁判方式以及补偿问题。(第七十八条)
九是规定“复议机关与作出原行政行为的行政机关为共同被告的案件，人民法院应当对复议决定和原行政行为一并作出裁判”。修订后的行政诉讼法规定，经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告。当事人不服提起诉讼的，不论起诉的是行政复议决定还是原行政行为，都应当同时对另一行为作出裁判。行政复议机关与原行政机关共同做被告的案件，是与传统共同诉讼不同的一类案件，具有特殊性，需要明确这类诉讼的裁判方式。该条明确了此类诉讼的裁判方式，促进行政复议职能充分发挥，解决了原行政行为与复议决定的效力关系问题。(第七十九条)
将一审行政案件审理期限由三个月调整为六个月。行政诉讼法关于第一审行政案件审理期限的规定，不仅大大短于民事诉讼第一审案件的审理期限，也大大短于国外行政案件的审理期限。随着行政案件的复杂性和专业性日益凸显，协调解决难度较大，很多案件难以在规定的审理期限内审结，但按期结案是一项重要的绩效考核指标，不可避免导致审判法官在办案压力下仓促下判，不利于审判质量的保障。为此，本次修法适当延长了行政案件的审理期限，将一审行政案件审限由三个月延长至六个月。(第八十一条)
一是规定了简易程序的适用范围。简易程序主要适用于事实清楚、权利义务关系明确、争议不大的案件: (1)被诉行政行为是依法当场作出的;(2)案件涉及款额二千元以下的;(3)属于政府信息公开案件的。此外，当事人各方同意适用简易程序的，可以适用简易程序。发回重审、按照审判监督程序再审的案件不适用简易程序。行政案件类型众多，繁简有别，原行政诉讼法只规定了普通程序，未规定简易程序，不利于提高行政审判效率，也不适当地增加了当事人的讼累。增加简易程序具有必要性和可行性。设置行政案件简易程序，有利于行政案件繁简分流，提高司法资源配置效率，降低当事人诉讼成本。(第八十二条)
二是规定了简易程序的审判组织形式和审限。适用简易程序审理案件必须体现降低司法成本、提高司法效率的价值，因此应当适用独任审理方式，并且在立案之日起四十五日内就应审理终结。(第八十三条)
三是规定了简易程序向普通程序的转换。人民法院在审理过程中，发现案件不宜适用简易程序的，裁定转为普通程序。实践中对于简易程序向普通程序的转换确有需求。适用简易程序审理的案件，初看案情简单，权利义务关系明确，争议不大，但有些问题是随着审理活动的推进而暴露出来的，对于经过审理发现案情复杂，权利义务关系不明确或者适用法律困难、属于新类型案件等，应当有转为普通程序审理的途径。(第八十四条)