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行政诉讼的基本原则是指贯穿行政诉讼的始终和各个方面，用以指导诉讼活动的基础性规则。关于行政诉讼的基本基础性规则，本次修法主要涉及以下几个问题：
新修改的行政诉讼法第三条规定:“人民法院应当保障公民、法人和其他组织的起诉权利，对应当受理的行政案件依法受理。行政机关及其工作人员不得干预、阻碍人民法院受理行政案件。被诉行政机关负责人应当出庭应诉。不能出庭的，应当委托行政机关相应的工作人员出庭。”全国人大常委会法工委副主任信春鹰在《关于〈中华人民共和国行政诉讼法修正案(草案)〉的说明——2013年12月23日在第十二届全国人民代表大会常务委员会第六次会议上》中指出:“行政诉讼面临的‘三难’，最突出的是立案难。公民、法人或者其他组织与政府机关及其工作人员产生纠纷，行政机关不愿当被告，法院不愿受理，导致许多应当通过诉讼解决的纠纷进入信访渠道，在有些地方形成了‘信访不信法’的局面。”
增加这一条是本次修法的一大亮点，意味着我国行政诉讼法在保护当事人诉权方面向前迈进了一大步，符合党的十八大和十八届三中全会、四中全会精神，有利于进一步保障人民当家作主的地位、推进社会主义民主法制建设。对此，全国人大法律委员会的解释是:有些常委委员、地方、法院和社会公众提出，行政诉讼是“民告官”的制度，应当对行政机关负责人出庭应诉提出要求。行政机关负责人出庭应诉，不仅有利于解决行政争议，也有利于增强行政机关负责人依法行政的意识，应当总结近年来一些地方推动行政机关负责人出庭应诉的好的做法，对行政机关负责人出庭应诉作出可行的规定。法律委员会经研究，建议增加本条规定。(第三条)
修改后的行政诉讼法第六条规定:“人民法院审理行政案件，对行政行为是否合法进行审查。”本次修法最终仍然继续坚持了合法性审查原则，但是与修订前的“合法性审查”原则相比，在内容的广度和深度上都有了巨大的变化。也可以说，修改后的行政诉讼法中的合法性审查原则，是一个蕴含了部分合理性审查的原则，在一定程度上体现了依法行政和建设法治政府的要求。根据本法和有关法律的规定，如果行政行为属于显失公正、重大且明显不合理、滥用职权、明显不当等情形的，人民法院可以对其进行纠正。