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贪污腐败是封建社会官僚政治的正常现象，念书识字，做八股，参加科举，侥幸得了一官，便千方百计弄钱，买田地，蓄家奴，官做得越大，弄的钱也就越多。升官发财，是封建社会知识分子的人生哲学，“万般皆下品，惟有读书高。”这两句话是有其深刻的社会根源的。
另一面，官吏贪横，无止境的剥削，也就不能不迫使饥寒交迫的人民起来反抗，“官逼民反”，从进入封建社会以来，数以百次计的农民起义，官吏的贪污剥削是其原因之一。
为了缓和封建统治阶级和广大人民的矛盾，巩固统治基础。朱元璋对地方官贪污害民的，用极严厉的手段惩处，进行了长期的残酷的斗争。
对朝廷和地方的官僚奸贪舞弊，严重地损害了皇朝的利益，朱元璋集中力量，全面地大规模地加以无情的打击，洪武十五年（1382）的空印案，十八年（1385）的郭桓案，两案连坐被杀的达七八万人，其中主要是各级官员，追赃牵连到各地许多大地主，都弄得破家荡产，旧地主阶级的力量更进一步被削弱了。
按照规定，每年各布政使司和府、州、县都得派计吏到户部，报告地方财政收支账目，为了核算钱粮、军需等款项，必须府报布政司，布政司报部，一层层上报，一直到户部审核数目完全符合，准许报销，才算手续完备结了案。钱谷数字如有分、毫、升，合对不拢，整个报销册便被驳回，重新填造。布政使司离京师远的有六七千里，近的也是千里上下，重造册子还不要紧，问题是重造的册子必须盖上原衙门的印信才算合法，因为要盖这个印，来回的时间就得用上个把月以至好几个月。为了避免户部挑剔，减省来回奔走的麻烦，上计吏照习惯都带有事先预备好的盖过官印的空白文册，遇有部驳，随时填用。这种方法本来是公开的秘密，谁都认为合情合理，方便省事。不料到了洪武十五年（1382），朱元璋忽然发现了这秘密，大发雷霆，以为一定有严重弊病，非严办不可，就下令各地方衙门长官主印的一律处死，佐贰官杖一百充军边地。其实上计吏所带的空印文册盖的是骑缝印，不能用于别的用途，预备了也不一定用得着。全国各地方衙门的人都明白这道理，连户部官员也是照例默认的，成为上下一致同意的通行办法。但是案发后，正当胡惟庸党案闹得很紧张，朝廷上谁也不敢分辩，有一个老百姓拼着死命上书把事情解释清楚，也未起作用，朱元璋还是把地方上的长吏一杀而空。当时最有名的好官方克勤（建文朝大臣方孝孺的父亲）也死在这案内，上书人也被罚做苦工。
郭桓官户部侍郎。洪武十八年（1385）有人告发北平二司官吏和郭桓通同舞弊，从户部左右侍郎以下都处死刑。追赃粮七百万石，供词牵连到各布政使司官吏，被杀的又是几万人。追赃又牵连到全国各地的许多大地主，中产以上的地主破家的不计其数。朝廷宣布的罪状是：
户部官郭桓等收受浙西秋粮，合上仓四百五十万石。其郭桓等只收（交）六十万石上仓，钞八十万锭入库，以当时折算，可抵二百万石，余有一百九十万石未曾上仓。其郭桓等受要浙西等府钞五十万贯，致使府、州、县官黄文通等通同刁顽人吏边源等做弊，各分入己；
其应天等五府、州、县数十万没官田地夏税秋粮，官吏张钦等通同做弊，并无一粒上仓，与同户部官郭桓等尽行分受；
其所盗仓粮，以军卫言之，三年所积卖空。前者榜上若欲尽写，恐民不信，但略写七百万耳。若将其余仓分并十二布政司通同盗卖见在仓粮，及接受浙西等府钞五十万张卖米一百九十万不上仓，通算诸色课程鱼盐等项，及通同承运库官范朝宗偷盗金银，广惠库官张裕妄支钞六百万张，除盗库见在金银宝钞不算外，其卖在仓税粮及未上仓该收税粮及鱼盐诸色等项，共折米算，所废（吞没）者二千四百余万（石）精粮
。
据一些同时人和地主子孙的记录，三吴一带、浙东西的故家巨室，不是“多以罪倾其宗”，便是“豪民巨族，刬削殆尽”。这些记载虽然有些夸大，但是反映了一部分旧地主阶级分子被消灭的情况，则是无可置疑的。这样严重的打击，当然会引起地主阶级和官僚的恐慌及不满，他们当然不敢申说买卖官粮这一严重犯法行为是合法的、应该的，只能指斥、攻击、告发处理这个案件的御史和法官，一时议论沸腾，情势严重。朱元璋也觉得这个矛盾如继续发展下去，对自己的统治十分不利，便一面以手诏公布郭桓等人的罪状，分析是非，一面把原审法官也杀了，作为对地主阶级和官僚们的让步，结束了这件大案。
除了空印案和郭桓案两次大屠杀以外，还有洪武四年（1371）录（甄别）天下官吏；十三年（1380）连坐胡党；十九年（1386）逮官吏积年为民害者；二十三年（1390）罪妄言者，四次有计划的诛杀。
四十年中，据朱元璋的著作：《大诰》《大诰续编》《大诰三编》《大诰武臣》的统计，所列凌迟、枭示、种诛有几千案，弃市（杀头）以下有一万多案。《三编》所定的案件算是最宽大的了，如“进士监生三百六十四人，愈见奸贪，终不从命，三犯四犯而至杀身者三人，三犯而诽谤杀身者三人，姑容戴斩、绞、徒流罪在职者三十人，一犯戴死罪、徒流罪办事者三百二十八人”
。戴死罪和徒流罪办事是朱元璋新创的办法，有御史戴死罪，戴着脚镣坐堂审案的；有打了八十大棍仍回原衙门做官的。戴是判刑的意思。他创立这种办法的主要原因是把这些官都杀了就没有人替他办事了，于是又判刑，又让回去办事，封建法纪确立了，各种事务工作也不致于因为缺官而废弛。
凌迟是最野蛮、最残酷的刑法。
枭示也叫枭令，种诛就是族诛，一人犯罪，就按家按族地杀。此外有刷洗，有秤竿，有抽肠，有剥皮，还有黥刺、剕、劓、阉割、挑膝盖、锡蛇游种种名目的非刑。
可见，朱元璋野蛮残暴的程度超过了历史上任何帝王。这种种酷刑，造成了朝官中的极度恐怖气氛，人人提心吊胆。据说在上朝时，朱元璋是否下决心大批杀人，很容易看出来。要是这天他揿玉带在肚皮底下，便是大风暴的信号，准有大批官员被杀，满朝官员都吓得面无人色，个个发抖；要是这一天他的玉带高高帖在胸前，大概杀人就不会多。
朝官按制度每天黎明就得上朝，天不亮起身梳洗穿戴。在几件大案发生以后，许多朝官在出门以前，就和妻子诀别，吩咐后事，要是居然活着回家，便阖家庆贺，算是又多活一天了。
用重刑惩治违法官僚，尽管杀死了几万人，效果还是不大。洪武十八年（1385）朱元璋慨叹说：“朕自即位以来，法古命官，布列华、‘夷’。岂期擢用之时，并效忠贞，任用既久，俱系奸贪。朕乃明以宪章，而刑责有不可恕。以至内外官僚，守职维艰，善能终是者寡，身家诛戮者多。”
郭桓案发后，他又说：“其贪婪之徒，闻桓之奸，如水之趋下，半年间弊若蜂起，杀身亡家者人不计其数。出五刑以治之，挑筋、剁指、刖足、髡发、文身，罪之甚者欤！”
他没有也不可能懂得封建专制的寡头独裁政治，地主阶级专政的残酷统治，官僚政治和贪污舞弊是分不开的，封建统治是以剥削人民为基础的，不推翻封建统治、封建制度，单纯地用严刑重罚，流血手段来根绝贪污，是根本不可能有任何效果的。
诛杀以外，较轻的犯罪官员，罚做苦工。洪武九年（1376），单是官吏犯笞以下罪，谪发到凤阳屯田的便有一万多人。
朝官被杀有记载可查的，有中书省左司都事张昶，礼部侍郎朱同、张衡，户部尚书赵勉，吏部尚书余忾，工部尚书薛祥、秦逵，刑部尚书李质、开济，户部尚书茹太素，春官王本，祭酒许存仁，左都御史杨靖，大理寺卿李仕鲁，少卿陈汶辉，御史王朴，员外郎张来硕，参议李饮冰，纪善白信蹈等。
外官有苏州知府魏观、济宁知府方克勤、番禺知县道同、训导叶伯巨、晋王府左相陶凯等。
茹太素性情刚直，爱说老实话，几次因说话不投机被廷杖、降官，甚至镣足治事。一天，在便殿赐宴，朱元璋写诗说：“金杯同汝饮，白刃不相饶。”太素磕了头，续韵吟道：“丹诚图报国，不避圣心焦。”朱元璋听了也很感动。不多时他还是因事被杀。李仕鲁是朱熹学派的学究，劝朱元璋不要太尊崇和尚道士，想学韩文公辟佛，发扬朱学。朱元璋不理会，李仕鲁着急，闹起迂脾气，当面交还朝笏，要告休回家。朱元璋大怒，当时叫武士把他掼死在阶下。陶凯是御用文人，一时诏令封册歌颂碑志多是他写的，做过礼部尚书，参加制定军礼和科举制度。只因为起了一个别号叫“耐久道人”，朱元璋恨他：“自去爵禄之名，怪称曰耐久道人，是其自贱也。此无福之所催，如是不期年，罪犯不公。”又说他：“忘君爵而美山野……忘君爵而书耐久。”后借题发挥把他杀了。
员外郎张来硕谏止取已许配的少女做宫人，说“于理未当”，被碎肉而死。参议李饮冰被割乳而死。
朱元璋对内外官僚的残酷诛杀和刑罚，引起了官僚集团的反对，洪武七年（1374）便有人抗议，说是杀得太多了，太过分了，“才能之士，数年来幸存者百无一二”
。九年（1376）叶伯巨以星变上书，论用刑太苛说：
臣观历代开国之君，未有不以任德结民心，以任刑失民心者，国祚长短，悉由于此……议者曰宋、元中叶，专事姑息，赏罚无章，以致亡灭。主上痛惩其敝，故制不宥之刑，权神变之法，使人知惧而莫测其端也。臣又以为不然。开基之主，垂范百世，一动一静，必使子孙有所持守。况刑者，民之司命，可不惧欤！夫笞、杖、徒、流、死，今之五刑也。用此五刑，既无假贷，一出乎大公至正可也。而用刑之际，多裁自圣衷，遂使治狱之吏，务趋求意旨，深刻者多功，平反者得罪，欲求治狱之平，岂易得哉！近者特旨杂犯死罪，免死充军；又删定旧律诸则，减宥有差矣。然未闻有戒饬治狱者务从平恕之条，是以法司犹循故例，虽闻宽宥之名，未见宽宥之实。所谓实者，诚在主上，不在臣下也。故必有罪疑唯轻之意，而后好生之德洽于民心，此非可以浅浅期也。何以明其然也？古之为士者以登仕为荣，以罢职为辱，今之为士者以溷迹无闻为福，以受玷不录为幸，以屯田工役为必获之罪，以鞭笞捶楚为寻常之辱。其始也，朝廷取天下之士，网罗捃摭，务无余逸，有司敦迫上道，如捕重囚，比到京师，而除官多以貌选，所学或非所用，所用或非其所学。洎乎居官，一有差跌，苟免诛戮，则必在屯田工役之科，率是为常，不少顾惜。此岂陛下所乐为哉！诚欲人之惧而不敢犯也。窃见数年以来，诛杀亦可谓不少矣，而犯者相踵，良由激劝不明，善恶无别，议贤议能之法既废，人不自励而为善者怠也。有人于此，廉如夷、齐，知如良、平，少戾于法，上将录长弃短而用之乎？将舍其所长苛其所短而置之法乎？苟取其长而舍其短，则中庸之才争自奋于廉智，倘苛其短而弃其长，则为善之人皆曰某廉若是，某智若是，朝廷不少贷之，吾属何所容其身乎？致使朝不谋夕，弃其廉耻，或自掊克，以备屯田工役之资者，率皆是也。若是，非用刑之烦者乎？汉尝徙大族于山陵矣，未闻实之以罪人也，今凤阳皇陵所在，龙兴之地，而率以罪人居之，怨嗟愁苦之声，充斥园邑，殆非所以恭承宗庙意也。
朱元璋看了气极，连声音都发抖了，连声说“这小子敢如此放肆！快逮来，我要亲手射死他！”隔了些日子，中书省官趁朱元璋高兴的时候，奏请把叶伯巨下刑部狱，不久死在狱中。
朱元璋晚年最喜欢的青年才子解缙，奉命说老实话，上万言书，也说：
臣闻令数改则民疑，刑太繁则民玩。国初至今将二十载，无几时不变之法，无一日无过之人。尝闻陛下震怒，锄根翦蔓，诛其奸逆矣，未闻褒一大善，赏延于世，复及其乡，始终如一者也……陛下进人不择贤否，授职不量重轻，建“不为君用”之法，所谓取之尽锱铢；置“朋奸倚法”之条，所谓用之如泥沙。监生进士经明行修，而多屈于下僚；孝廉人材冥蹈瞽趋，而或布于朝省。椎埋嚣悍之夫，阘茸下愚之辈，朝捐刀镊，暮拥冠裳；左弃筐箧，右绾组符。是故贤者羞为之等列，庸人悉习其风流，以贪婪苟免为得计，以廉洁受刑为饰辞。出于吏部者无贤否之分，入于刑部者无枉直之判。天下皆谓陛下任喜怒为生杀，而不知皆臣下之乏忠良也……夫罪人不孥，罚弗及嗣，连坐起于秦法，孥戮本子伪书，今之为善者妻子未必蒙荣，有过者里胥必陷其罪，况律以人伦为重，而有给配妇女之条，听之于不义，则又何取夫节义哉！此风化之所由也。
话说得很露骨，分量很重，但是他把这一切都归咎于“臣下之乏忠良”，不是皇帝的本意，朱元璋读了很舒服，连说：“才子！才子！”
在鞭笞、苦工、剥皮、挑筋以至抄家灭族的恐怖气氛中，凡是做官的，不论大官小官，近官远官，随时随地都会有不测之祸，人人在慌乱紧张、战战兢兢地过日子。有人实在受不了，只好辞官，回家做老百姓。可是这样一来，又刺着朱元璋的痛处了，说这些人不肯帮朝廷做事：“奸贪无福小人，故行诽谤，皆说朝廷官难做。”将此种行为定为大不敬，非杀不可。
左也不是，右也不是，真弄得官僚们“知惧而莫测其端”了。
也有个别得罪的官僚、贵族以装疯幸免的，一个是御史袁凯。有一次朱元璋要杀许多人，叫袁凯把案卷送给皇太子复讯，皇太子主张从宽。袁凯回报，朱元璋问他：“我要杀人，皇太子却要宽减，你看谁对？”袁凯不好说谁不对，只好回答：“陛下要杀是守法，皇太子要赦免是慈心。”朱元璋大怒，认为袁凯两面讨好，耍滑头，要不得。袁凯吓得要死，怕被杀害，便假装疯癫。朱元璋说疯子是不怕痛的，叫人拿木钻刺他的皮肤，袁凯咬紧牙齿，忍住不喊痛。回家后，自己用铁链子锁了脖子，蓬头垢面，满嘴疯话。朱元璋还是不相信，派使者召他做官，袁凯瞪着眼对使者唱月儿高的曲子，爬到篱笆边吃狗屎，使者回报果然疯了，朱元璋才不追究。这一回朱元璋却受了骗，原来袁凯知道皇帝要派人来侦察，预先叫人用炒面拌糖稀，捏成段段，散在篱笆下，大口吃了，救了一条命，朱元璋哪里会知道。
另一个例子是外戚郭德成，郭宁妃的哥哥。一天他陪朱元璋在后苑喝酒，醉了趴在地上去冠磕头谢恩，露出稀稀的几根头发，朱元璋笑着说：“醉疯汉，头发秃到这样，可不是酒喝多了？”郭德成说：“这几根还嫌多呢，剃光了才痛快。”朱元璋拉长脸，一声不响。郭德成酒醒后，知道闯了大祸，索性装疯，剃光了头，穿了和尚衣，成天念佛。朱元璋信以为真，告诉宁妃说：“原以为你哥哥说笑话，如今真个如此，真是疯汉。”不再在意。党案起后，郭德成居然漏网。
吴人严德珉由御史升左佥都御史，因病辞官，犯了朱元璋的忌讳，被黥面充军南丹（今广西），遇赦放还，到宣德时还很健朗。一天因事被御史所逮，跪在堂下，供说也曾在台勾当公事，颇晓三尺法度来。御史问是何官，回说洪武中台长严德珉便是老夫。御史大惊谢罪。第二天去拜访，却早已挑着铺盖走了。有一个教授和他喝酒，见他脸上刺字，头戴破帽，问老人家犯了什么罪过，严德珉说了详情，并说先时国法极严，做官的多半保不住脑袋，说时还北面拱手，嘴里连说：“圣恩！圣恩！”
民间流行着一个传说，说是朱元璋有一天出去私访，到一破寺，里边没有一个人，墙上画一布袋和尚，有诗一首：“大千世界浩茫茫，收拾都将一袋藏，毕竟有收还有放，放宽些子又何妨！”墨迹还新鲜。朱元璋立刻派人搜索作画题诗的人，已经不见了。
这个传说当然是虚构的，却真实地反映了洪武朝官僚们对现实政治斗争的不满情绪。
朱元璋以猛治国，以严刑处理统治阶级的内部斗争，他深信自己是正确的。但是他却不许后人以他为榜样，洪武二十八年（1395）五月下令：“朕自起兵至今四十余年，亲理天下庶务，人情善恶真伪，无不涉历。其中奸顽刁诈之徒，情犯深重，灼然无疑者，特令法外加刑，意在使人知所警惧，不敢轻易犯法。然此特权时措置，顿挫奸顽，非守成之君所用长法。以后嗣君统理天下，止守《律》与《大诰》，并不许用黥刺、剕、劓、阉割之刑。臣下敢有奏用此刑者，文武群臣即时劾奏，处以重刑。”