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专制独裁的君主，用以维持和巩固皇权的两套法宝，一是军队，二是官僚机构，用武力镇压，用公文统治，皇权假如是车子，军队和官僚便是两个车轮，缺一不可。
朱元璋从亲兵爬到宋朝的丞相、国公，做吴王，一直做到皇帝，本来是靠武力起的家，有的是军队，再加上刘基的组织方案——军卫法，一个轮子有了（详后）。
另一个轮子可有点麻烦，从朝廷到地方，从部、院、省、寺、府、监到州、县，各级官僚要十几万人，白手起家的朱元璋，上哪儿去找这么多听话的忠心的能干的文人？
用元朝的旧官僚吧？经过二十年战争的淘汰，生存的为数已不甚多，会办事有才力的一批，早已来投效了。不肯来的，放下脸色一吓唬，说是：“您不来，敢情在打别的主意？”
也不敢不来。剩下的不是贪官污吏，便已老朽昏庸；不是眷怀胜国的恩宠，北迁沙漠
，便是厌恶新朝的暴发户派头，恐惧新朝的屠杀侮辱，遁迹江湖，埋名市井。
尽管新朝用尽了心机，软磨硬泡，要凑齐这个大班子，人数还是差得太远。
第二想到的是元朝的吏，元朝是以吏治国的。从元世祖以后，甚至执政大臣也用吏来充当，造成风气。
朱元璋深知法令愈繁冗，条格愈详备，一般人不会办，甚至不能懂，吏就愈方便舞文弄弊，闹成吏治代替了官治，代替了君治，这是万万要不得的。
第三只好起用没有做过官的读书人了。读书人当然想做官，可是也有顾忌，顾忌的是失身份：“海岱初云扰，荆蛮遂土崩，王公甘久辱，奴仆尽同升。”
和奴仆同升也许还不太要紧，要紧的是这个政权还不太巩固，对内未统一，对外，北边蒙古还保有强大力量。顾忌的是这个政权是淮帮，大官位都被淮人占完了，“两河兵合尽红巾，岂有桃源可避秦？马上短衣多楚客，城中高髻半淮人”
。更顾忌的是恐怖的屠杀凌辱，做官一有差池，不是枭示种诛，便是戴斩罪镣足办事，“以鞭笞捶楚为寻常之辱，以屯田工役为必获之罪”
。不是不得已，谁敢做官？
第四是任用地主做官，称为“荐举”。有富户、耆民、孝弟力田、税户人才（纳粮最多的大地主）等名目。有一出来便做朝廷和地方的大官的，最多的一次到过三千七百多人。
可是，还不够用，而且，这些地主官僚的作风，也不完全适合新朝统治的需要。
旧的人才不够用，只好想法培养新的了。朱元璋决心用自己的方法，新造一个轮子——国子监，来培养大量的新官僚。
国子监的教职员，从祭酒（校长）、司业、博士、助教、学正到监丞，都是朝廷命官，任免都出于吏部，国子监官到监是上任做官，学校是学校官的衙门。政治和教育一体，官僚和师儒一体。祭酒虽然是衙门首长，“严立规矩，表率属官”，但是，并无聘任教员之权，因为一切教职员都是部派的。监丞品位虽低，却参领监事，凡教官怠于师训，生员有戾规矩，课业不精，并从纠举。不但管学生规矩课业，还兼管教员教课成绩。办公处叫绳愆厅，特备有行扑红凳二条，拨有直厅皂隶二名，“扑作教刑”，刑具是竹篾，皂隶是行刑人，红凳是让学生伏着挨打的。照规定，监丞立集愆册一本，各堂生员敢有不遵学规，即便究治。初犯记录（记过），再犯决竹篾五下，三犯决竹篾十下，四犯发遣安置（开除，充军，罚充吏役）。监丞对学生，不但有处罚权，而且有执行刑讯之权，学校、法庭、刑场合而为一。当然，判决和执行都是片面的，学生绝对没有辩解申说和要求上诉的权利。
膳夫由朝廷拨死囚充役，如三遍不听使令，即处斩刑，学校又变作死囚的苦工场了。
学校的教职员全是官，学生呢？来源有两类：一类是官生，一类是民生。官生又分两等：一等是品官子弟，一等是外夷子弟（包括日本、琉球、暹罗和西南土司子弟）。官生是由皇帝指派分发的，民生是由各地地方官保送府、州、县学的生员。
原来立学的目的，是为了训练官生如何去执行统治，名额是一百名，民生只占五十名。
可是，后来官生入学的日少，民生依法保送的日多，以洪武二十六年（1393）的在学人数为例，总数八干一百二十四名，其中官生只有四名，国子监已经失去原来的用意，成为广泛训练民生做官的机构了。
功课内容分《御制大诰》、《大明律令》、四书、五经、刘向《说苑》等书
，最重要的是《大诰》。《大诰》是朱元璋自己写的，有《续编》《三编》《大诰武臣》，一共四册。主要内容是列举所杀官民罪状，使官民知所警戒和教人民守本分，纳田租，出夫役，老老实实替朝廷当差的训话。洪武十九年以《大诰》颁赐监生，二十四年令“今后科举岁贡生员，俱以《大诰》出题试之”。礼部行文国子监正官，严督诸生熟读讲解，以资录用，有不遵者，以违制论。
违制是违抗圣旨的法律术语，这罪名非同小可。至于《大明律令》，因为学生的出路是做官，当然是必读书。四书、五经是儒家的经典，治国平天下的大道理都在里面，孔子的思想是没有问题的，尊王正名，君君臣臣父父子子这一大套，最合帝王的脾胃，所以朱元璋面谕国子博士：“一以孔子所定经书诲诸生。”
可是，《孟子》就不同了，洪武三年，他开始读这本书，读到好些对君上不客气的地方，大发脾气，对人说：“这老头要是活到今天，非严办不可！”随即下令国子监撤去孔庙中的孟子牌位，把孟子逐出孔庙。后来虽然迫于舆论，恢复孟子配享，对于这部书朱元璋还是认为有反动毒素，得经过严密检查。洪武二十七年（1394）特别敕命组织一个《孟子》审查委员会，执行检删职务的，是当时的老儒刘三吾，把《尽心篇》的“民为贵，社稷次之，君为轻”，《梁惠王篇》“国人皆曰贤，国人皆曰可杀”一章，“时日曷丧，予及汝偕亡！”和《离娄篇》“桀纣之失天下也，失其民也。失其民者，失其心也”一章，《万章篇》“天与贤则与贤”一章，“天视自我民视，天听自我民听”“君有大过则谏，反复之而不听，则易位”，以及类似的“闻诛一夫纣矣，未闻弑君也”“君之视臣如草芥，则臣视君如寇仇”，一共八十五条，以为这些话，不合“名教”，太尖锐了，全给删减掉了，只剩下一百七十几条，刻板颁行全国学校。这部经过凌迟碎割的书，叫作《孟子节文》。所删掉的一部分，有“课士不以命题，科举不以取士”
。至于《说苑》，是因为“多载前言往行，善善恶恶，昭然于方册之间，深有劝戒”，是作为修身或公民课本被指定的。此外，也消极地指定一些不许诵读的书，例如“苏秦、张仪，由战国尚诈，故得行其术，宜戒勿读”
。由此可见学校功课的项目，内容的去取，必读书和禁读书，学校教官是无权说话的，一切都由皇帝御定。有时高兴，他还出题目“圣制策问”来考问学生呢！
学生日课，规定每日写字一幅，每三日背《大诰》一百字，本经一百字，四书一百字，每月作文六篇，违者都是痛决（打）。低年级生只通四书的，入正义、崇志、广业三堂，中等文理条畅的升入修道、诚心二堂，在学满七百天，经史兼通的入率性堂，率性堂生一年内考试满八分的与出身（做官）。
监生的制服叫“裥衫”，也是御定的。膳食全公费，閤校会馔。有家眷的特许带家眷入学，每月支食粮六斗。监生和教员请假或回家，都要经皇帝特许。
管制学校的监规，是钦定的，极为严厉。前后增订一共有五十六款，学生对课业有疑问，必须跪听，绝对禁止对人对事的批评和团结组织，甚至班与班之间也禁止来往，以及不许议论饮食美恶，不许穿常人衣服。有事先于本堂教官处通知，毋得径行烦紊。凡遇出入，务要有出恭入敬牌，和无病称病，出外游荡，会食喧哗，点闸（名）不到，号房（宿舍）私借他人住坐，酣歌夜饮等二十七款，下文都是违者痛决。最严重的一款是“敢有毁辱师长，及主事告讦者，即系干名犯义，有伤风化，定将犯人杖一百，发云南地面充军”
。朱元璋寄托培养官僚的全部责任于国子监，这一条的法意就是授权监官，用刑法清除所有不服从和敢于抗议的监生。毁辱师长的含义是非常广泛的，无论是语言、文字、行动、思想上的不同意，以至批评，都可任意解释。至于生事告讦，更可随便应用，凡是不遵从监规的，不满意现状的，要求对教学及生活有所改进的，都可以援用这条款片面判决之，执行之。国子监第一任祭酒宋讷是这条监规的起草人，极意严酷。在他任内，监生走投无路，经常有人被强制饿死，被迫缢死，祭酒连尸首也不肯放过，一定要当面验明，才许收殓。
后来他的儿子宋复祖当司业，也学父亲的办法，“诫诸生守讷学规，违者罪至死”
。学录金文征反对宋讷的过分残暴，想法子救学生，向皇帝控诉说：“祭酒办学太严，监生饿死了不少人。”朱元璋不理会，说是祭酒只管大纲，监生饿死，罪坐亲教之间，文征又设法和同乡吏部尚书余熂商量，由吏部出文书令宋讷以年老退休，这年宋讷七十五岁，照规定是该告老的，不料宋讷在辞别皇帝时，说出并非真心要辞官，朱元璋大怒，追问缘由，立刻把余熂、金文征和一些关联的教官都杀了，还把罪状榜示在监前，也写在《大诰》里头。这次反迫害的学潮，在一场屠杀后被压平。
洪武二十七年第二次学潮又起，监生赵麟受不了虐待，出壁报提出抗议，照监规是杖一百充军，为了杀一儆百，朱元璋法外用刑，把赵麟杀了，并且在监前立一长竿，枭首示众（这在朱元璋的口语叫枭令，比处死重一等）。二十八年又颁行赵麟诽谤册和惊愚辅教二录于国子监，到三十年七月二十三日，又召集祭酒和本监教官监生一千八百二十六名，在奉天门当面训话整顿学风，他说：
恁学生每听着：先前那宋讷做祭酒呵，学规好生严肃，秀才每循规蹈矩，都肯向学，所以教出来的个个中用，朝廷好生得人，后来他善终了，以礼送他回乡安葬，沿路上著有司官祭他。
近年著那老秀才每做祭酒呵，他每都怀着异心，不肯教诲，把宋讷的学规都改坏了，所以生徒全不务学，用著他呵，好生坏事。
如今著那年纪小的秀才官人每来署著学事，他定的学规，恁每当依着行。敢有抗拒不服，撒泼皮，违犯学规的，若祭酒来奏着恁呵，都不饶，全家发向武烟瘴地面去，或充军，或充吏，或做首领官。
今后学规严紧，若无籍之徒，敢有似前贴没头帖子诽谤师长的，许诸人出首，或绑缚将来，赏大银两个。若先前贴了票子，有知道的，或出首，或绑缚将来呵，也一般赏他大银两个。将那犯人凌迟了，枭令在监前，全家抄没，人口迁发烟瘴地面。钦此！
和统制监生一样，国子监的教官也是在严刑重罚的约束之下的。以祭酒为例，三十多年来的历任祭酒，只有以残酷著名的宋讷是善终在任上，死后的恩礼也特别隆重，可以说是例外，其他的不是得罪放逐，便是被杀。
痛决、充军、罚充吏役、枷镣终身、饿死、自缢死、枭首示众、凌迟，一大串刑罚名词，明初的国子监与其说是学校，不如更合式地说是监狱、是刑场。不只是学生，也包括教官在内，在受死亡所威胁的训练，造成绝对服从的、无思想的、奴性的官僚。
从洪武二年（1369）到三十一年（1398）这一时期监生任官的情形来看，第一，监生并没有一定的任官资序，最高的有做到地方大吏从二品的布政使，最低的做正九品的县主簿，以至无品级的教谕。第二，监生也没有固定的任官性质，朝廷的部院官、监察官，地方最高民政财政官、司法官，以至无所不管亲民的府、州、县官和学校官。监生万能，几乎无官不可做。第三，除做官以外，在学的监生，有奉命出使的，有奉命巡行列郡的，有稽核百司案牍的，有到地方督修水利的，有执行丈量、记录土地面积、定粮任务的，有清查黄册的（每年一千二百人），有写本的，有在各衙门办事的，有在各衙门历事的（实习），几乎无事不能做。第四，三十年来监生的任官，以洪武二年（1369）和二十六年（1393）为最高（洪武二年擢监生为行省左右参政，各道按察司佥事，及知府等官。二十六年（1393）以监生六十四人为行省布政、按察两使及参政、参议、副使、佥事等官），十九年（1396）为最多（命祭酒司业择监生千余人送吏部，除授知州、知县等职）。“故其时布列中外者，太学生最盛。”
大体说来，从十五年以后，监生的出路，已渐渐不如初年，从做官转到做事，朝廷利用大批监生做履亩定粮、督修水利、清查黄册等基层技术工作。为什么洪武二年（1369）和二十六年（1393），大量利用监生做高官呢？理由是，第一，刚开国人才不够，如上文所说过的，没有别的人可用，只能以受过训练的监生出任高官。第二，洪武二十六年（1393）二月蓝玉被杀，牵连致死的文武官僚、地方大吏为数极多，许多衙门都缺正官，监生因之大走官运。至于为什么洪武十九年（1386）监生任官的竟有千余人之多，那是因为上年闹郭桓贪污案，供词牵连到直省官吏，因而系死者有几万人，下级官吏缺得太多的缘故。为什么从洪武十五年（1382）以后，监生做官的出路一天不如一天呢？那是因为从十五年（1382）以后，会试定期举行，每三年一次，进士在发榜后即刻任官，要做官的都从进士科出身，甚至监生也多从进士科得官，官僚从科举制度里出来，国子监失去了培养官僚的独占地位。进士释褐授官，这些官原来都是监生的饭碗，进士日重，监生日轻，只好去做基层技术工作和到诸司去历事了。
地方的府州县学和国子监一样，生员都是供给廪膳（公费）的，从监生到生员都享有免役权，法律规定“免其家差徭二丁”。
洪武十二年（1379）颁发禁例十二条于全国学校，镌立卧碑，置于明伦堂之左，不遵者以违制论。禁例中最重要的是：“生员家若非大事，毋轻至于公门。”“生员父母欲行非为，则当再三恳告。”前一条不许生员交结地方官，后一条要使生员为皇家服务，替朝廷消弭“非为”。另一条“军民一切利病，并不许生员建言。果有一切军民利病之事，许当该有司，在野贤才，有志壮士，质朴农夫，商贾技艺，皆可言之，诸人毋得阻当，惟生员不许！”
重复地说“不许生员建言”“惟生员不许”，为什么单单剥夺了生员讨论政治的权利呢？因为朱元璋害怕群众，害怕组织，尤其害怕有群众基础有组织能力的知识分子，这个有号召力量的学生群，他是认清楚了他们的力量的。
地方学校之外，洪武八年又诏地方立社学——乡村小学。
府州县学和社学都以《御制大诰》和律令做主要必修科。
在官僚政治之下，地方学校只存形式，学生不在学，师儒不讲论。社学且成为官吏迫害剥削人民的手段，“有愿读书无钱 者不许入学，有三丁四丁不愿读书者，受财卖放，纵其愚顽，不令读书。有父子二人，或农或商，本无读书之暇，却乃逼令入学。有钱者又纵之，无钱者虽不暇读书，又不肯放，将此凑生员之数，欺诳朝廷”
。朱元璋虽然要导民为善，却对官僚政治无办法，叹一口气，只好把社学停办，省得“逼坏良民不暇读书之家”
。
除国子监以外，政府官吏的来源是科举制度。国子监生可以不由科举，直接任官，而从科举出身的人则必须是学校的生员。府、州、县学的生员（俗称秀才）每三年在省城会考一次，称为“乡试”，及格的为举人。各布政司举人的名额是一定的，除直隶（今江苏安徽）百人最多，广东、广西二十五人最少，其他九布政司都是四十人。第二年全国举人会考于京师，称为“会试”，会试及格的再经一次复试，地点在殿廷，叫作“廷试”，亦称“殿试”。这复试是形式上的，主要目的是让皇帝自己来主持论才大典，选拔之权，出于一人，及格的是天子门生，自然应该死心塌地替皇家服务，发榜分一二三甲（等），一甲只有三人，状元、榜眼、探花，赐进士及第。二甲若干人，赐进士出身。三甲若干人，赐同进士出身。状元、榜眼、探花的名号是御定的，民间又称乡试第一名为“解元”，会试第一名为“会元”，二三甲第一名为“传胪”。乡试由布政使司，会试由礼部主持。状元授翰林院修撰，榜眼、探花授编修，二三甲考选庶吉士的都为翰林官，其他或投给事、御史、主事、中书、行人、评事太常国子博士，或授府推官、知州、知县等官。举人、贡生会试不及格，改入国子监，也可选做小京官，或做府佐和州县正官，以及学校教官。
科举各级考试，专用四书、五经来出题目，文体略仿宋经义，要用古人口气说话，只能根据几家指定的注疏发挥，绝对不许有自己的见解。体裁排偶，叫作“八股”，也称“制义”。这制度是朱元璋和刘基商量决定的。十五年（1382）以后，定制子午卯酉年乡试，辰戌丑未年会试，乡试在八月，会试在二月。每试分三场，初场四书义三道，经义四道；二场试论一道，判一道，诏诰表内科（选）一道；三场试经史时务策五道。
学校和科举并行，学校是科举的阶梯，科举是学生的出路。学生通过科举便做官，不但忘了学校，也忘了书本，于是科举日重，学校日轻。学校和科举都是制造和选拔官僚的制度，所学习和考试的范围完全一样，都是四书、五经，不但远离现实，也绝不许接触到现实。诚如当时人宋濂所说：“自贡举法行，学者知以摘经拟题为志，其所最切者惟四子一经之笺，是钻是窥，余则漫不加省。与之交谈，两目瞪然视，舌木强不能对。”
学校呢？“稍励廉隅者不愿入学，而学行章句有闻者，未必尽出于弟子员。”
到后来甚至弄到“生徒无复在学肄业，入其庭不见其人，如废寺然”
。科举人才不读书，不知时事，学校没有学生，加上残酷的统制管理，严格的检查防范，学校生员除了尊君和盲从古人之外，不许有新的思想、言论。于是整个学术文化界、思想界、政治界，从童生到当国执政，都向往三王，服膺儒术，都以为“天王圣明，臣罪当诛”，挨了打是“恩谴”，被斫头是“赐死”，挨了骂不消说有资格才能挨得着，天下无不是的父母，更不会有不是的皇帝，君权由此巩固，朱家万世一系的统治也安如泰山了。