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统治阶级内部矛盾的另一方面，是一部分旧地主阶级的文人对新兴皇朝臣属关系的斗争。他们的阶级立场很坚定，认为造反的穷苦农民怎能做皇帝，对地主进行统治，因而拒绝和新朝合作。
这些文人对由红军发迹的朱皇帝，怀有深刻的憎恨。典型的例子如贵溪儒士夏伯启叔侄，斩断手指，立誓不做官，被逮捕到京师。朱元璋问他们：“昔世乱居何处？”回答说：“红寇乱时，避居于福建、江西两界间。”朱元璋大怒：“朕知伯启心怀忿怒，将以为朕取天下非其道也。”特谓伯启曰：“尔伯启言红寇乱时，意有他忿。今去指不为朕用，宜枭令籍没其家，以绝狂愚夫仿效之风。”特派人把他们押回原籍处死。
苏州人姚润、王谟也拒绝做新朝的官，都被处死刑，全家籍没。
有的文人怕朱元璋的严刑重法，动辄挨打以至杀头，谢绝新朝的征召，实在推脱不了，勉强到了南京，还是拒绝做官。例如浙江山阴人杨维桢，号铁崖，诗名擅一时，号铁崖体。洪武二年（1369）被征，婉辞不去。三年（1370）又被地方官敦促上路，赋《老客妇谣》明志，大意说快死的老太婆不能再嫁人了，皇帝如不见谅，只好跳海自杀。朱元璋因他名望很大，不好过分勉强。维桢在南京住了几个月，便请求回家。宋濂赠诗说：“不受君王五色诏，白衣宣至白衣还。”
江阴王逢自号席帽山人，张士诚据吴，其弟士德用逢计劝士诚北降于元以拒西吴。士诚亡，逢隐居乌泾。洪武十五年（1382）以文学被征，亏得他儿子在朝廷做官，向皇帝磕头哭求，才放回去。
也有抗拒不了，被迫非做官不可的，如大名秦裕伯避乱居上海，两次被征不出，最后朱元璋写了亲笔信说：“海滨民好斗，裕伯智谋之士而居此地，坚守不起，恐有后悔！”情势严重，秦裕伯只好入朝。
也有另外一些文人曾经做过元朝或东吴的官，坚决不做新朝官吏的。例如回族诗人丁鹤年自以家世仕元，逃避征召，晚年学佛法，到永乐时才死。
长乐陈亮自以为曾是元朝儒生，明初屡征不出，终身不仕。
山阴张宪学诗于杨维桢，仕东吴为枢密院都事，东吴亡，宪改名换姓，寄食杭州报国寺以死。
庐陵张昱在杨完者镇浙江时，做过左右司员外郎行枢密院判官，张士诚要他做官，辞谢不肯。朱元璋要他出来，一看太老了，说：“可闲矣。”放回去，自号为“可闲老人”。他小心怕事，绝口不谈时政，有一首诗说明他的处境：
洪武初年自日边，诏许还家老贫贱。池馆尽付当时人，惟存笔砚伴闲身。刘伶斗内葡萄酒，西子湖头杨柳春。见人斲轮只袖手，听人谈天只钳口。
总之，在明初，除了一部分大地主出身的文人如刘基等人已经参加了新兴的统治集团以外，中小地主出身的文人可以分作两类：一类是倚靠新朝保护，得到了新朝统治的好处，决心和新朝合作，有官便做，甚至想尽办法钻营，要升官发财，改换门庭，光宗耀祖的。这类人占极大多数，是朱元璋统治所依靠的主要力量，各级政府官员的主要来源；另一类便是对红军抱有深刻仇恨，对新朝当然也抱着抗拒态度，不肯合作的。这一类人人数虽不甚多，但对当时的社会和政治却有相当影响。
朱元璋对付这些不肯合作的封建文人，采用严峻的刑罚，特别制定一条法律：“率土之滨，莫非王臣。寰中士大夫不为君用，是自外其教者，诛其身而没其家，不为之过。”
寰中士大夫不为君用，办法就是杀。
一部分士大夫不肯为朱元璋所用，朱元璋便用特殊法律、监狱、死刑以至抄家灭族一套武器，强迫他们出来做官。一方面一部分人不肯合作，另一方面新朝又非强迫他们出来合作不可，这样便展开了统治阶级内部另一方面的长期流血斗争。
一部分封建文人不满意朱元璋的统治，朱元璋也痛恨这些人胆敢抗拒，用尽一切方法镇压，这种对立形势越来越显著。在斗争的过程中，朱元璋特别注意文字细节和他自己出身经历的禁忌，吹毛求疵，造成了洪武时代的文字狱。
所谓禁忌，含义是非常广泛的。例如朱元璋从小过穷苦的生活，当过和尚。和尚的特征是光头，剃掉头发，因之，不但“光”“秃”这类字对他是犯忌讳的，就连“僧”这个字也很刺眼，推而广之，连和“僧”同音的“生”字，也不喜欢了。又如他早年是红军的小兵，红军在当时元朝政府和地主官僚的口头上、文字上，是被叫作“红贼”“红寇”的，曾经在韩林儿部下打过仗的人，最恨人骂他是“贼”是“寇”，推而广之，连和“贼”字形音相像的“则”字，他看着也有气了。
对文字的许多禁忌，是朱元璋自卑心理的一面，相反的一面却表现为卖弄出身。历代开国帝王照例要拉扯古代同姓的有名人物做祖先，朱元璋的父亲、祖父都是佃农，外祖父是巫师，在封建社会里都是卑微的人物，没有什么可以夸耀的。据说，当他和文臣们商量修玉牒（家谱）的时候，原来打算拉宋朝著名的学者朱熹做祖先的。恰好一个徽州姓朱的典史来朝见，他打算拉本家，就问：“你是朱文公的后人吗？”这小官不明底细，怕撒谎闯祸，只好直说不是。他一想，区区的典史小官尚且不肯冒认别人做祖宗，而且几代以来也从没听说和徽州朱家有过瓜葛，万一硬认上，白给人做子孙倒也罢了，被识破落人笑话，如何使得？
只好打消了这念头，不做名儒的后代，却向他的同乡皇帝汉高祖看齐，索性强调自己是没有根基的，不是靠先人基业起家的。在口头上、文字上，一开口、一动笔，总要插进“朕本淮右布衣”，或者“江左布衣”，以及“匹夫”“起自田亩”“出身寒微”一类的话，强烈的自卑反而表现为自尊。自尊为同符汉高祖，不断地数说，卖弄他赤手空拳，没一寸土地却打出来天下，把红军大起义的功绩一古脑儿算在自己头上。这两种不同心理，看来是矛盾的，其实质却又是一致的。可是，尽管他自己这样经常卖弄，却又忌讳别人如此说，一说又以为是挖他的根基了，结果又会引起一场血案。
地方三司官和知府、知县、卫所官员，逢年过节和皇帝生日以及皇家有喜庆时所上的表笺，照例由学校教官代作，虽然都是陈词滥调，因为说的都是颂扬话，朱元璋很喜欢阅读。他原来不是小心眼儿的人，也不会挑剔文字。从渡江以后，大量收用了地主阶级的文人，替他办了不少事。建国以后，朝仪、军卫、户籍、学校等制度规程又多出于文人之手，使他越发看重文人，以为治国非用文人不可。文人得势了，百战功高的淮西集团的公侯们不服气，以为武将流血打的天下，却让这班瘟书生来当家，多少次向皇帝诉说，都不理会。公侯们商量了个主意，一天又向朱元璋告文人的状，朱元璋还是老一套，世乱用武，世治宜文，马上可以得天下，不能治天下，总之治天下是非用文人不可的。有人就说：“您说得对。不过文人也不能过于相信，否则是会上当的。一般的文人好挖苦毁谤，拿话讽刺人。例如张九四一辈子宠待文人，好第宅，高薪水，三日一小宴，五日一大宴，把文人捧上天。做了王爷后，要起一个官名，文人替他起名士诚。”朱元璋说：“好啊，这名字不错。”那人说：“不然。上大当了！《孟子》书上有：‘士，诚小人也。’这句也可以破读成：‘士诚，小人也。’骂张士诚是小人，他哪里懂得。给人叫了半辈子小人，到死还不明白，真是可怜。”
朱元璋听了这番话，查了《孟子》，果然有这句话。从此更加注意臣下所上表笺，只从坏处琢磨，果然许多地方都有“和尚贼盗”，都像是存心骂他的，越疑心就越像，有的成语，转弯抹角一揣摩，好像也是损他的。武将和文官争权斗争的发展，使他在和一部分不合作的地主文人对立的基础上，更增加了对一般文人运用文字动机的怀疑，用他自己的政治尺度、文化水平来读各种体裁的文字，盛怒之下，下令将写这些文字的文人，一概拿来杀了。
文字狱的著名例子，如浙江府学教授林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，中有“作则垂宪”一句话；北平府学训导赵伯宁为都司作《贺万寿表》，中有“垂子孙而作则”一语；福州府学训导林伯璟为按察使撰《贺冬至表》的“仪则天下”；桂林府学训导蒋质为布按二使作《正旦贺表》的“建中作则”；澧州学正孟清为本府作《贺冬至表》的“圣德作则”，朱元璋把所有的“则”都念成“贼”。常州府学训导蒋镇为本府作《正旦贺表》，内有“睿性生知”，“生”字被读作“僧”；怀庆府学训导吕睿为本府作《谢赐马表》，有“遥瞻帝扉”，“帝扉”被读成“帝非”；祥符县学教谕贾翥为本县作《正旦贺表》的“取法象魏”，“取法”被读作“去发”；亳州训导林云为本州作《谢东宫赐宴笺》，有“式君父以班爵禄”一语，“式君父”被念成“失君父”，说是咒诅；尉氏县教谕许元为本府作《万寿贺表》，有“体乾法坤，藻饰太平”八字，就更严重了，“法坤”是“发髡”，“藻饰太平”是“早失太平”；德安府训导吴宪为本府作《贺立太孙表》，中有“天下有道，望拜青门”两句，“有道”说是“有盗”，“青门”当然是和尚庙了。朱元璋下令把作表笺的人一概处死。甚至陈州州学训导为本州作《贺万寿表》的“寿域千秋”，念不出花样来，还是被杀。
象山县教谕蒋景高以表笺误被逮赴京师斩于市。
杭州府学教授徐一夔《贺表》有“光天之下，天生圣人，为世作则”。朱元璋读了大怒说：“生者僧也，骂我当过和尚。光是剃发，说我是秃子。则音近贼，骂我做过贼。”把礼部官吓得要死，求皇帝降一道表式，使臣民有所遵守。
洪武二十九年特命翰林院学士刘三吾、左春坊右赞善王俊华撰庆贺谢恩表式，颁布天下诸司，以后凡过庆贺谢恩，如式录进。
照规定表式抄录，只填官衔姓名，文人的性命才算有了保障。
文字狱的时间从洪武十七年（1384）到二十九年（1396），前后达十三年。
唯一幸免的文人是翰林院编修张某，此人在翰林院时说话出了毛病，被贬作山西蒲州学正。照例作庆贺表，朱元璋记得他的名字，看表文里有“天下有道”“万寿无疆”两句话，发怒说：“这老儿还骂我是强盗呢！”差人逮来当面审讯，说：“把你送法司，更有何话可说？”张某说：“只有一句话，说了再死也不迟。陛下不是说过，表文不许杜撰，都要出自经典，有根有据的话吗？‘天下有道’是孔子说的，‘万寿无疆’出自《诗经》，说臣诽谤，不过如此。”朱元璋被顶住了，无话可说，想了半天，才说：“这老儿还这般嘴强，放掉罢。”左右侍臣私下议论：“几年来才见容了这一个人！”
苏州知府魏观把知府衙门修在张士诚的宫殿遗址上，犯了忌讳，被人告发。朱元璋查看新房子的《上梁文》有“龙蟠虎踞”四字，大怒，把魏观腰斩。
佥事陈养浩作诗：“城南有嫠妇，夜夜哭征夫。”朱元璋恨他动摇士气，取到湖广，投在水里淹死。
翰林院编修高启作题宫女图诗：“小犬隔花空吠影，夜深宫禁有谁来？”朱元璋以为是讽刺他的，记在心里。高启退休后住在苏州，魏观案发，朱元璋得知《上梁文》又是高启的手笔，旧恨新罪一并算，把高启腰斩。
有一个和尚叫来复，为讨好皇帝，作了一首谢恩诗，有“金盘苏合来殊域”和“自惭无德颂陶唐”两句，朱元璋大为生气，以为“殊”字分为“歹朱”，明明是骂我。又说“无德颂陶唐”，是说我无德，虽欲以陶唐颂我而不能，又把这乱巴结的和尚斩首。
地方官就本身职务，有所建议，一字之嫌，也会送命。卢熊做兖州知州，上奏本说州印兖字误类衮宇，请求改正。朱元璋极不高兴，说：“秀才无理，便道我衮哩！”原来又把衮字当作滚字了。不久，卢熊便以党案被杀。
朱元璋从个人的禁忌进一步便发展为广义的禁忌了。洪武三年（1370）禁止小民取名用天、国、君、臣、圣、神、尧、舜、禹、汤、文、武、周、秦、汉、晋等字。二十六年（1393）出榜文禁止百姓取名太祖、圣孙、龙孙、黄孙、王孙、太叔、太兄、太弟、太师、太傅、太保、大夫、待诏、博士、太医、太监、大官、郎中字样，并禁止民间久已习惯的称呼，如医生止许称医士、医人、医者，不许称太医、大夫、郎中，梳头人止许称梳篦人或称整容，不许称待诏，官员之家火者，止许称阍者，不许称太监，违者都处重刑。
其他地主文人被杀的，如处州教授苏伯衡以表笺论死；太常卿张羽坐事投江死；河南左布政使徐贲下狱死；苏州经历孙蕡曾为蓝玉题画，泰安州知州王蒙尝谒胡惟庸，在胡家看画，王行曾做过蓝玉家馆客，都以党案被杀；郭奎曾参朱文正军事，朱文正被杀，郭奎也论死；王彝坐魏观案死；同修《元史》的山东副使张孟兼、博野知县傅恕、福建佥事谢肃都坐事死；曾在何真幕府的赵介，死在被逮途中；曾在张士诚处做客、打算投奔扩廓帖木儿的戴良，得罪自杀。不死的，如曾修《元史》的张宣，谪徙濠州；杨基罚做苦工；乌斯道谪役定远；顾德辉父子在张士诚亡后，并徙濠梁，都算是十分侥幸的了。
明初的著名诗人吴中四杰：高启、杨基、张羽、徐贲，都曾和张士诚来往，杨基、徐贲还做过张士诚的官，四人先后被杀、谪徙，看来不是巧合，而是有意识的打击。只有临海陈基是例外，陈基曾参张士诚军事，明初被召修《元史》，洪武三年（1370）卒。他在张士诚幕府时，所起草的书檄骂朱元璋的很多，不是死得早，他也是免不了的。
朱元璋用严刑重罚，杀了十几万人，杀的人主要的是国公、列侯、大将；宰相、部院大臣、诸司官吏，州县胥役；进士、监生、经生、儒士、文人、学者；僧、道；富人、地主等，总之，都是封建统治阶级内部的成员，他心目中的敌人。他用流血手段进行长期的内部清洗工作，贯彻了“以猛治国”的方针，巩固了朱家皇朝的统治。
另一面，他又坚决反对社会上长期以来的政治上的地域、乡土之见。他认为做皇帝是做全国的皇帝，不是做某一地方的皇帝，选用的人才也应该是全国性的，淮西集团李善长、胡惟庸死抱住只有淮人才能掌权做大官的阶级、小集团偏见，是他和淮西集团内部矛盾焦点之一。正因为他有这样的看法，洪武三十年（1397）发生了南北榜的案件。事情是这样的，这一年的会试，由翰林学士湖南茶陵人刘三吾和纪善白信蹈等主考，榜发，江西泰和人宋琮考了第一，全榜没有一个北方人，举人们纷纷议论，不服气，难道北方人连一个够格的也没有，便向皇帝告状说主考官刘三吾等都是南方人，偏袒南人。朱元璋大怒，命侍讲张信等检查考卷，北方人还是没有及格的，朱元璋大不高兴。又有人告发张信等受了刘三吾等人的嘱托，故意拿不合格的卷子评阅。朱元璋大怒，把白信蹈等杀了，刘三吾这年已经八十五岁了，以其太老为由，免死充军边境，会元宋琮也充了军。朱元璋亲自出题目重考，考取了六十一人，全是北方人，当时称这次会试为南北榜，也叫春夏榜。
其实当时的实际情况是，北方经过长期战争破坏，生产水平低于南方，就教育、文化的发展而言，南方是高于北方的。考卷照旧例弥封，考官并不能知道考生是南人还是北人。刘三吾等只凭考卷文字决定去取，尽管所取全是南人，倒不定存有南北之见。经过北方考生几次抗议，引起了朱元璋的密切注意，他为了争取笼络北方的地主知识分子，重考的结果，一榜及第的全是北人，南人一个也没有，他是从政治出发的，从大一统国家的前提出发的，而不是单纯从考卷的优劣出发的。白信蹈等考官的被杀，宋琮的充军是冤枉的。
统治阶级的内部矛盾，也表现在地域关系上，淮西集团和非淮西集团，南人和北人之间都有极其激烈的斗争。前者的矛盾随着淮西集团的消灭，解决了。但是南方人和北方人的矛盾，却并未解决。后来国都迁到了北方，皇帝成为北人，朝廷上当权的也是北方人逐渐占优势，洪武以后两百多年间，随着朝廷上当权的是北方人还是南方人的不同情况，各自庇护本阶层本地区的利益，互相排挤，有若干次政治斗争，都与南人和北人的阶级内部利益矛盾有关。