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日本在遏制洗钱方面的动作比欧美国家稍晚，这与日本普通国民和企业家相对比较本分的原因密不可分。但是，随着以山口组等黑社会团伙为首的日本富裕人群在东南亚避税天堂动作频频，日本金融厅和国税厅等机构也纷纷派遣调查人员常驻中国香港等地，与当地有关部门配合，积极地收集本国公民海外洗钱活动的证据。
在日本，比较“文明”的洗钱基本手法之一是，把不记名的贴现债券存入金融机构，然后通过正常的银行间的往来，将其向海外汇款。在日本，曾经有大鳄级别的富豪阶层，将面额1亿日元的大量国债（贴现债券）存入信托银行后，向瑞士的私人银行转移的洗钱现象。这已经不是什么新鲜和偶然的现象了，通过有价证券向国外私人银行汇款从而转移资金的漏洞，几乎成为人人皆知的“秘密”了。事实上，近年来，日本国税厅已经大大加强了对此类现象的监控，作为“纯内政型”的政府部门，日本国税厅近年来不断派遣员工“海外出差”，经常被人羡慕不已，但其实是个苦差事。
2006年，日本著名的活力门事件中，堀江贵文等企业高层在香港和加勒比岛国设立纸面公司的细节在日本引起巨大轰动。其实，类似手法在世界富豪中属于尽人皆知的“常识”，其在日本这样一个资本主义高度发达的国家受到如此瞩目，实属大惊小怪。
根据1998年改定后的《对外汇率及对外贸易法》，日本国民可以自由地选择并利用任何国外的合法金融机构，但即便如此，避税天堂、离岸经济等概念，对绝大部分日本国民来说，都如同天方夜谭般的遥不可及。
在本世纪初，日本成立了特定金融情报室（Japan Financial Intelligence Office，简称JAFIO），它是为了对金融机关提供的洗钱情报进行管理、分析而在金融厅里设置的情报机关，作为日本的金融情报中心，依法履行相关职能。成立初期，JAFIO设在金融厅总务企划局总务课之下，没有调查职责。该机构原来有16名雇员，由来自金融厅的人员和执法部门的人员组成。来自执法部门的人员自从执法部门交流至JAFIO后，即作为金融厅的成员，由金融厅发放工资，但相应地不能再行使其在原执法部门所拥有的执法权力。日本JAFIO在2004年财政年度的运行费用大约7.5亿日元，其中的4700万日元用于信息技术，还有1400万日元用于支付相关经费。在2004年，共收到可疑交易报告43768件。在金融厅内部，JAFIO受总协调处的领导。JAFIO的职能包括接受和分析从可疑交易报告系统报来的信息，向执法部门移送对犯罪调查有用的信息，与国外金融情报中心交换情报。可疑交易报告系统接收来自银行、合作金融组织、证券公司、保险公司、邮局、放款人、外汇交易等方面的报送信息；向检察院、警察总署、毒品取缔厅、海事安全署、海关、证券交易监督委员会等部门移送信息。自1999年以来，由可疑交易报告系统接收的可疑交易信息的数量逐年攀升：1999年为1059件，2000年为7242件，2001年为18768件，2003年为43768件。在2003年的可疑交易报告中，银行、信贷公司报送42134件，占96.27%；证券公司报送125件，占0.28%；保险公司报送20件，占0.05%；其他机构（包括邮政总局和非银行机构）报送1489件，占3.4%。
日本反洗钱的法律框架主要由四部法律所构成，即1992年7月施行的《毒品特例法》、2000年2月施行的《组织犯罪处罚法》、2002年7月施行的《向恐怖活动犯罪提供资金的处罚法》和2003年施行的《本人身份确认法》。
《毒品特例法》将清洗毒品犯罪收益作为刑事犯罪加以惩处，首次将报告可疑交易作为一项法律义务；《组织犯罪处罚法》将洗钱上游犯罪的范围扩大至严重刑事犯罪，要求在日本金融厅内设立特定金融情报工作室（JAFIO），作为日本的金融情报中心，依法履行相关职能；《向恐怖活动犯罪提供资金的处罚法》将恐怖融资规定为刑事犯罪，恐怖融资被加入洗钱上游犯罪名单；《本人身份确认法》要求金融机构核定客户身份，保存客户身份及交易记录，需要确认本人身份的交易包括：开设的账户，超过200万日元的现金交易以及本人的信息（例如姓名、住址、出生年月等）存在可疑之处的交易。
日本的反洗钱法律以及日本金融厅（FSA）对金融机构在反洗钱中的义务作出了明确规定。在日本，金融机构的范围包括下列机构：银行、信用金库、证券公司、保险公司、邮政公社、贷款融资公司和货币兑换商。金融机构的义务包括以下三部分。
一是要求金融机构核实客户身份，保存客户身份及交易记录。在实务方面，金融机构在处理客户开户申请时，应要求该客户出示专用证件、驾驶执照及身份证等有效证件。为确保开户申请者就是客户本人，银行往往会通过邮寄信件来确认申请开户者的真实身份。
二是向JAFIO提交可疑交易报告。可疑交易报告的内容包括提供报告的金融信息；金融机构客户的基本信息，如姓名、地址、出生日期、电话号码、职业、国籍身份证明文件等等；认定金融交易可疑的理由；金融机构客户账户和交易信息以及其他有用的信息。至于商业银行分支机构是向总行报告还是直接向JAFIO报告，日本法律本身没有直接作出规定，实际做法是先向其总行报告，由总行转报JAFIO。
三是向JAFIO注册负责可疑交易报告处理的队员姓名及其所在部门。在日本，法律没有要求金融机构向JAFIO报告大额交易（对于超过200万日元的现金交易，金融机构应当核实客户的身份），但是从实际看，大额交易往往属于可疑交易，包含在可疑交易中，金融厅要求金融机构予以高度关注。
但是，鉴于洗钱犯罪大多与黑社会、暴力团和跨国恐怖活动有关联，一直以金融监管者形象出现的JAFIO，在调查棘手案件时间往往面临无法在第一时间对犯罪对象实施强制手段，从而及时收集犯罪证据并阻止犯罪扩大化的窘境。于是， 2007年4月开始，JAFIO由原来所属的金融厅划归日本公安委员会， 也就是说，由警视厅刑事局有组织犯罪对策部的防止犯罪收益转移管理长官进行托管，名称也改为： Japan Financial Intelligence Center（JAFIC） 。按照警视厅的解释，这是日本版的国际通行的FIU（FINACIAL INTALLIGANCE UNIT：金融情报机构）。从以下表格可以看出，随着JAFIO向JAFIC的行政归口的转换，洗钱案件的侦办数也大幅提升。
日本JAFIC官员与开曼政府机关工作人员进行反洗钱的跨国交流。
日本JAFIC官员与西班牙反洗钱情报组织人员交流。 |
日本JAFIC关于与印度反洗钱情报中心官员交换合作文本。 |
从以下日本JAFIC与海外FIU的情报交流情况年份推移表可以看出，合作成果（数字）在不断显现，尤其在JAFIC主动向海外FIU征询情报方面来看，从2007年的16件上升到2010年的78件。同时，这也可以从一个侧面反映出洗钱案件在日本的逐年递增的大趋势。
