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科学是启蒙运动的引擎。比较具有科学倾向的启蒙运动作家，都赞成宇宙是物质受到明确定律的支配所呈现的规律现象。它能够划分成可测量并依照层级排列的实体，比方说，社会是由个人组成的，每一个人的大脑具有神经细胞，而神经细胞又由原子组成。至少在原则上，我们可以把原子重新组合成神经细胞，神经细胞组成大脑，并把个人组成社会，视整体为一个由机制和作用力所组成的系统。如果你仍然坚持要有神灵介入，那么启蒙运动的哲学家会告诉你，把这个世界想象成是神的“机器”。那些使我们无法看清物理世界的局限观念如果能够减少，将对人类各个领域的发展有所助益。因此，身处一个仍然受繁复事实牵累的时代，孔多塞呼吁人们以“分析的火炬”，照亮人类的道德和政治学。
这个梦想的总设计师不是孔多塞，也不是其他任何一位把这个梦想表达得很好的启蒙哲学家，而是培根。在启蒙运动的发起人之中，培根的精神影响力最为持久。在过去四个世纪中，他的精神让我们了解到，我们必须知道发生在自身四周与内心的自然现象，才能使人类走上自我改进的道路；而且当我们这么做时，必须认清命运是掌握在自己手中，如果否定这样的梦想，我们就会重新步入野蛮时期。在学术上，培根质疑古典“细致”学习（classi-cal“delicate”learning）的可信度，中世纪的这种学习形式根植于古代文献和逻辑解释中。培根嘲讽并反对依赖经院哲学（scholastic philosophy），呼吁不要参考预定架构，要根据自然和人类特有的状况来研究自然和人类。他以卓越的洞察力观察人类的心理过程，发现“人类心智往往在匆忙的状态下，毫无选择地吸收对事物的第一印象，并加以珍惜，从此之后事情相继而生，当初所犯的错误会永远持续下去，而不加以修正”。这么说来，知识并不是好好架构出来的，而是“一个没有基础的伟大结构”。
当人们同意去赞赏并夸大错误的心智潜能而忽视或摧毁可能成真的真理时，我们别无选择，只能寻求较好的协助，从头开始，并在一个坚固结实的基础上重新培育，建立起科学、艺术和所有的其他人类知识。
在培根想象的所有可能的研究方法中，他认为最佳的是归纳法。这个方法是收集大量事实，然后从中探索模式。为了获得最高的客观性，先见必须愈少愈好。培根宣称，各种学科可以组成一个金字塔，以博物学为基础，之上是包含博物学的物理学，哲学则位于最顶端，用来解释之下的所有事件——不过，有时也许会以超出人类理解范围的权威和形式来解释。