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南京大学中华民国史研究中心张宪文教授主编的《南京大屠杀史料集》第1—28册，先后于2005年至2006年由江苏人民出版社和凤凰出版社顺利出版。
《南京大屠杀史料集》第1—28册，共1470万字。它的资料，来源于国内外档案馆、图书馆和有关史料机构。它涵盖着加害方日本、受害方中国和第三方欧美的大批重要的历史文献、亲历者的原始记录和口述回忆等；绝大部分是原始文本、第一手的历史资料，在海内外首次公开出版或第一次译成中文出版。它具有重要的史料价值，在学术上是一项传世的文化工程。
《南京大屠杀史料集》所收录的史料，从不同的角度厘清了历史事实，揭示了历史真相，最详细、最全面地鉴证了南京大屠杀是日本军国主义制造的反人类文明和基本道义的惨剧，使日本右翼散布的种种谬论和谎言不攻自破。它对于教育广大青少年，促进人类的理性反思，实现和坚持中日友好，维护世界和平，具有重要的现实意义，因而它也是一项重要的政治工程。
《南京大屠杀史料集》出版后，受到海内外各方面的关注，引起了广泛的社会反响。
国内外各类媒体做了大量报道，反响强烈。美国《纽约时报》、英国广播公司（BBC）、韩国KBS广播公司和爱尔兰电视台等，来南京作了专访。中国中央电视台1套《新闻联播》、4套《中国新闻》和《东方时空》均做了专题报道。新华社以“四年磨一剑：《南京大屠杀史料集》再现历史真相”为题发了特稿。《人民日报》、《光明日报》、《文汇报》及国内许多报刊作了大量报道或评述。国内外近四十家网站的报道达一万余条。
2005年至2006年先后举行的“《南京大屠杀史料集》国际学术研讨会”和由国家教育部组织的南京大学211工程验收总结会议，均对《南京大屠杀史料集》给予了高度评价。2006年，它被评选为南京十大“文化精品”。
鉴于仍有一些南京大屠杀原始资料散落在海内外有关部门，2006年编委会成员再次赴美国、日本、德国、英国及台湾等地深入搜集资料。经过学者们的努力，又获得一千多万字的原始材料，其中仍不乏十分珍贵的、有重要价值的历史材料。它进一步印证了南京大屠杀这一历史悲剧。
经过编委会成员认真细致地筛选、翻译、整理、校阅，编辑成《南京大屠杀史料集》第29至第55册，继续由江苏人民出版社和凤凰出版传媒集团联合出版。
《南京大屠杀史料集》的编纂工作，由南京大学中华民国史研究中心、南京大屠杀史研究所主持，联合南京师范大学、江苏省社会科学院、江苏省行政学院、中国第二历史档案馆、南京市档案馆、中共南京市党史工作办公室、华中师范大学等单位的学者完成。南京大学外国语学院及南京师范大学、东南大学、南京航空航天大学、南京国际关系学院、南京工业大学、南京信息工程大学等院校的学者承担了日文、英文、德文史料的翻译工作。
《南京大屠杀史料集》的编纂出版工作，得到了中国社会科学院中日历史研究中心、江苏省和南京市有关方面的关心和大力支持。编委会向他们表示衷心的感谢。
编委会成员在赴日本、美国、德国、英国和我国台湾搜集资料时，得到当地学术界朋友和各方面友好人士的热情帮助，在此向他们表示真诚的谢意。
《南京大屠杀史料集》的规模浩大，编校工作繁重，江苏人民出版社和凤凰出版社（凤凰出版传媒集团）领导调动全社力量，高质量完成编辑出版工作。对于他们的辛勤工作，我们亦深表敬意和感谢。
整理、编纂历史资料，是一项复杂的科学研究工作。由于我们缺乏经验，加之水平有限，不足之处，尚希学界朋友指正。