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1937年11月，日军华中方面军占领上海后，其所属之上海派遣军及第十军在日本海军中国方面舰队的配合下，开始向南京进击，以期一举攻占南京，迫使中国政府投降。12月，中日双方军队在南京城下展开激战，12月13日，南京沦陷。日军攻陷南京后，随即在南京各处搜捕所谓“败残兵”，并大规模屠杀放下武器的中国军人和无辜平民。在这一过程中，日军还大肆强奸、抢劫、纵火，犯下了令人发指的暴行。
1945年日本战败之时，日军有计划地销毁了大量的军方文件，许多重要的作战命令、战斗报告等因此化为灰烬。盟军占领日本后，曾缴获了少量日本的档案，其中包括日本军方的文件，并将这批档案运回美国。
20世纪50年代，经日方的交涉，美国于1958年4月将缴获的日本档案归还给了日本。其中包括日本军方的档案，这部分归还的日军档案大多数保存在日本防卫省防卫研究所图书馆。此外，经过努力，该所还收集到一些散落在民间的军方档案。目前，该所保存有日本陆军档案81000 余册、海军档案35000余册，其中不乏有关南京攻击战和南京大屠杀的档案史料。日本防卫省防卫研究所经过认真的整理和编目，将这些档案史料面向公众开放。
战后几十年来，在日本学者的不懈努力下，有关南京攻击战和南京大屠杀的部分日本军方档案史料已编辑于有关史料专集之中，并在日本出版。
此外，战争结束后，一些当年曾参加南京攻击战和南京大屠杀的原日军官兵纷纷组织“战友会”、“部队史刊行会”等，并搜集、整理散落于原官兵手中的历史资料，编辑出版了大量部队史。在这些部队史中，不乏珍贵的历史资料。
2008年夏，王卫星、李斌等再度前往日本，收集有关南京大屠杀的历史资料。在一个多月的时间内，收集到保存于日本各档案馆、图书馆中有关南京攻击战和南京大屠杀的日本军方文件和部队史。这些珍贵的史料从不同的角度记述了南京攻击战和南京大屠杀的真实情形。
本册是《南京大屠杀史料集》之《日军文献》册，收录了数十份当年的日军文件和有关南京攻击战、南京大屠杀的部队史。由于部队史并非真正意义上的军方文件，故本册定名为《日军文献》。由于日军部队史毕竟是若干年后由当年的日军官兵整理编撰而成，因此，其中难免存在记忆上的错误，如时间、地名等。在翻译和编辑过程中，为了忠实于原文，所有的史料均未做修改，以保持原貌。对史料中明显的错误，如人名、地名等在翻译时予以了订正；对一些原意不清的内容，则保持原文，以注释的方式加以说明。对一些与主题无关的内容则采取省略的方式处理，并注明“前略”、“中略”、“下略”等字样。
在本册史料的收集和编辑过程中，得到了日本著名学者笠原十九司教授的大力帮助，在此表示衷心的感谢。同时，李斌博士在本册的编译过程中，对部分译文进行了认真细致的校对和修改，在此同样表示衷心的感谢。
南京大学日语系主任叶琳教授组织南京各主要高校的日语教师，认真翻译、校对了日文史料，在此亦表示衷心的感谢。
在编译过程中，尽管编译者在忠实原文的基础上尽可能地做到尽善尽美，但错误、疏漏在所难免。另外，对史料中一些日军的军事术语，编者虽进行了大量的考证和注释，仍难免存在遗漏和差错，希望专家学者予以指正。
本册编者： 王卫星
译者： 刘军、罗文文、王卫星、魏高修、王鹏飞、李红、叶琳
中文稿审阅者： 孙宅巍