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府院之争的序曲，是府院之间关于两者权限的厘定。议员丁世峄取代随和的张国淦成为总统府秘书长，安心就是来打抱不平的。他对总统府秘书韩玉辰说：我一定要跟“歪鼻子”（段祺瑞一生气，鼻子就歪）较量一番。韩忧心地说，如果治不了他，坏了事怎么办？答曰：那也得试试。
就这样，新秘书长新官上任，第一把火，就提出了一个《府院办事手续草案》，明确地提升了总统的权力。明确规定，总统可以随时出席国务会议，总统如果对国务院议决事项有不同意见，可以交国务会议再议。
国务院方面理解的责任内阁，总统是虚位的，现在这个虚位总统不仅要管事，而且还出席国务会议，那这个会议的头儿是谁呢，总理，还是总统？这个令段祺瑞和徐树铮头痛的草案，偏偏很有可能得到国会的通过。反正《临时约法》就是一个很有黏度的橡皮糖，只要谁能运作国会来抻它，谁的权限就大一点儿。鉴于刚刚恢复旧章，段祺瑞本人，也有心按共和国的规矩办事，经过一番犹豫和苦恼，府院双方讨价还价，徐世昌和熊希龄也掺和进来调解，最后双方达成有关府院办事的五点协议。总统虽说不必随时出席国务会议了，但如果他认为有需要，还是可以去的，只是要国务院事先准备。国务会议议决事项，如果总统不同意，再议免了，但需要总理和国务员前来说明。最后一点，是直接针对徐树铮的，要求院秘书长每日呈阅文件以及呈请用印，要亲自来府上。
规矩定了，但守不守规矩，却是两说了。老段倒是想守规矩，但他是甩手掌柜，好些事，要小徐来办。而小徐，却是个根本不讲规矩的人。别说这刚刚定的五点协议，就是比这更严肃的规矩，他也压根儿就没放在心上。在府院双方对各自权限协商之际，徐树铮就接二连三地擅权胡来，不是不经总统盖印，就擅自以国务院名义发布命令，就是擅自以国务院名义，对国会发咨文。害得段祺瑞不得不一次次一边把事揽到自己身上，一边发文对徐树铮进行“约束”。
在中国，规矩都是针对弱者定的，强者只有在认为有必要遵守的时候，才会遵守，没有必要，就肯定不遵守。关键是，对不守规矩的惩罚，落不到强者头上。
不过，在1916年秋天的时候，段祺瑞和徐树铮还没有强到可以肆无忌惮的份儿上。而老段也真心想试试按规矩办事，到底能不能行得通。
更大的冲突，就在此时爆发了。
孙洪伊原来是国会议员，而且是国会中的头面人物。小孙虽说比不上大孙知名，脾气之大，却过之。他的名言是“政治家要硬干”
。由于得到黎元洪的支持，孙洪伊入阁，做了内务部总长。那时候，议会制在中国实行不久，议员薪水不少，收入不菲，但能入阁或者外放做官，都是乐意的。因为按照中国传统，只有做官，才是光宗耀祖的事，也是积累财富的终南捷径。当年，内政部是个挺要害的位置，管着警察，段祺瑞没能安排自己的人，本来就不爽，而这个小孙，偏又跟小徐针尖对麦芒，斗个没完，一点儿没有让步的意思。
1916年的9月下旬，孙洪伊整顿内务部，大动干戈，撤掉了一部分部内官员的职务。这种砸人饭碗的事，无论在哪个时代，做起来都是有绝大难度的。这些人一纸状纸，将小孙告到平政院，即行政法院。这样的案例，后来有一例特别著名的，就是鲁迅告章士钊案。1926年，作为当时临时政府教育总长的章士钊，以煽动学潮为名，将担任教育部佥事的鲁迅免职。跟这回内务部官员告孙洪伊一样，平政院做出了有利于原告的判决。这次平政院议决内务部原命令违法，违反了《文官惩戒条例》和《文官保护法草案》，撤销原议，裁决这些人回原部门任职。一般来说，虽然平政院的裁决，还需经过总统的认可，但只要裁决做出，作为总长的，大抵是要走人的，至少也得认账。后来的章士钊，就因此而辞职了。
但是强悍的孙洪伊，却不肯退让。他居然以平政院是1914年袁世凯设立的为由，质疑平政院的合法性。作为总统的黎元洪，也对孙洪伊表示支持，不肯在平政院的裁决书上盖印，而按照孙洪伊的意思，把此案交给国会裁决。早受不了孙洪伊的小徐和老段，当然不能接受，他们索性提出要罢免孙洪伊。而孙洪伊则策动一部分国会议员，提出了对徐树铮的弹劾案。府院之争，却在国会里打成一团。
显然，在平政院裁决这件事上，孙洪伊和黎元洪没有多少道理。行政法院，原本就是受理行政诉讼的，包括行政体系内成员之间的诉讼。文官没有重大过失，不能随意撤职，是民主国家的通例，孙洪伊所为，不管有多少理由，本身就涉嫌违法。裁决出来，不利于自己，就说法院的存在不合法，近乎强词夺理。尽管袁世凯称帝犯了大错，但1914年的时候，他还是国会，也包括孙洪伊自己，选出来的中华民国合法总统，不能说后来的袁世凯做错了，凡是袁世凯做的事，就都是错的。行政法院原本就是司法权对行政权的一种制约，如果总统站在行政一边，轻易否定司法裁决，三权分立的原则就被破坏了。将司法部门对行政部门的裁决，交给国会裁决，更是没有道理。作为立法机构的国会，怎么可以给法院的判决做裁定？在那个时代，各方势力，包括内阁、总统、国会，还都没有学会如何按照三权分立的规则运作，所有的法律、规则，都是权力斗争的工具，合意，则遵守，不合意，则废弃。对于府院之争的两大巨头而言，黎元洪是受不了徐树铮，而段祺瑞则是想去掉孙洪伊，两个看似简单的人事问题，却演变成了一场打乱仗的内阁危机。
由于丁世峄是报人出身，一班报界老友，在府院之争中，“声气相求，不知不觉多袒黎责段”，徐树铮遂创办《公言报》，反其道而行之。
政争从来都伴随着舆论战，说是舆论监督，但政界不成熟，媒体也成熟不了，监督未了，各自站边，也成了帮忙打架。
当然，中国式的政争，还是得依赖中国的方式来解决。法院也好，国会也罢，谁都说了不算。最后，还是得请出双方都能接受的大佬，最终，在和事佬徐世昌的调停下，这一轮的府院之争，以徐树铮和孙洪伊双双去职而告结束。内务部总长换人，而徐树铮也为比较温和的张国淦取代。接着，在段祺瑞看来比较碍眼的总统府秘书长丁世峄，也被免了，以比较随和的夏寿康代之。
但是，事情并没有完，经过这番较量，黎段关系大坏，近乎撕破脸皮。而段祺瑞原本的尊重规则之心，也减了不止一分。府院之间，隔阂已深，几个月后，双方因为对德宣战问题，最终，还是彻底闹翻了。