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但是，黎元洪和段祺瑞也许都没有想到，在他们之间，实际上存在着一个制度的陷阱。举国一致赞同恢复的民元约法，充其量只是一个过于粗疏的宪法草案大纲。今天来看，这个大纲十分粗糙，上面所规定的政府制度，有着太多的含混不清。真要切实操作起来，国会、总理和总统之间的关系和权限很难界定。连最起码的国会与行政体系之间的制约条款都没有，甚至没有规定行政机构什么情况下可以解散国会、什么时候举行大选、由谁来举行大选。关于政府体制，更是一笔烂账。南京临时政府成立之初，采用的似乎是美国体制，临时大总统直接负责内阁，既是国家元首，又是政府首脑。临时政府的组织大纲里，就没有内阁总理一说。但是，南北议和成功，袁世凯答应反正，起义各省按原议，同意把临时大总统让给袁世凯。手中未有一兵一卒的孙中山，断没有恋栈的道理。旨在推翻清朝的革命，走了捷径，迅速奏功。这样的捷径，其实说白了，骨子里是因为革命党人没有把握拿下北洋军，打败袁世凯。首义的鄂军政府，在兵力占优势，还有海军支持的情况下，武汉三镇丢了两镇，黄兴亲临前线指挥，尚且一败涂地。张勋只能算是北洋系的一支非嫡系的偏师，孤守南京，跟占绝对优势的各省联军相持多日，最后还是放走了之。后来虽然北伐的调门很高，北伐军也来了不少，但没等开仗，先自兵变。南边底气不足，把取得全国胜利的宝押在争取袁世凯身上，实在是情势所致。
可是，尽管如此，孙中山和革命党人，对这样一个清朝官僚、对共和制度态度暧昧的强人做总统，委实放心不下。在参议院讨论《临时约法》时，一个湖南议员说，袁世凯是不能放心的，“我们要防总统的独裁，必须赶紧将约法完成，并且照法国宪章，规定责任内阁制。要他于就职之时，立誓遵守约法”。
所以，等到让位之意已定，《临时约法》出台之际，政府组织在国务员这一项中，就多出来一个总理了。“国务总理本为组织大纲（即南京临时政府组织大纲——笔者注）所无，改制约法始置也。”
设置一个总理，显然，傻子都明白，这是针对袁世凯的。有了总理之后，政府首脑就变成了总理，袁世凯是总统，但不能直接控制政府，虽然不能说是架空，但至少是一种制约。为了落实这个制约，孙中山在辞职前，还跟袁世凯约定了三事：一、首都定在南京。二、袁世凯到南京履任。三、袁世凯必须遵守《临时约法》，以及孙在任时颁布的一切法令。
后来事实证明，革命党人前两项都可以通融，特别在意的，就是最后一项。而袁世凯根本没把孙中山给他设的绊子当回事，但唯独对于内阁和总理，一直都没有大变。即使称帝把国务院改成政事堂，总理改成国务卿，也还有那么回事。当然，袁世凯意中的内阁和总理，是君主立宪体制的内阁和总理，跟当初孙中山的原义，已经差了不止十万八千里。
然而，孙袁交接之际，孙中山这点小计谋，却轻而易举地把一个大国的制度变了，从总统制变成了半总统制。或者说，从美国体制变成了法国体制。这种制度，既不是总统制，也不是议会内阁制。议会内阁制，总统是虚位的，行政权在内阁，内阁向议会负责，由议会选举席位过半数的党或者党派联盟组阁。而总统制则由全民选出的总统负责组阁，但阁员的提名需要议会的同意；总统掌握完全的行政权。一般来说，议会内阁制，议会对内阁的反制力度比较大，一旦议会对内阁的不信任案通过，内阁就只有下台，或者解散议会重新大选。但是，在总统制下，议会即使反对党占多数，一般也只能在议案上加以阻击，要想换人，只好等下一次大选。一般来说，议会内阁制政局动荡大一点儿，而总统制则容易导致总统权力过大。半总统制在理论上可以取两者之长，但实际情况却并非如此。“这种制度从表面上讲似乎是政府中总统模式和议会模式的结合，但它不太可能将两种不同的政府模式融合在一起。”总统比较强势的时候，它更像是总统制。
然而，革命党人加给袁世凯的半总统制，比成熟的法国体制，还要含混。《临时约法》第四章，规定“临时大总统，代表临时政府，总揽政务，公布法律”。而第五章只规定“国务总理及各部总长，均称为国务员”，“国务员辅佐临时大总统，负其责任”，但并没有规定，总理是政府首脑，国务员对谁负责，谁来任命，谁来罢免，仅仅规定了，“国务员受参议院弹劾后，临时大总统应免其职，但得交参议院复议一次”。
然而，《临时约法》出台之后，革命党人众口一词，都说已经是责任内阁制了。
尽管辛亥革命的先驱们，一直将他们的革命，比附为美国独立战争，但他们对国家制度的设计，却全然没有美国开国者的认真和虔诚。在权力上用的心计，实在是太多了。不过，对于革命党人的这种计算，袁世凯并没有太在意。他的着眼点，一是名分，二是实权。只要南北谈判，定下将来内阁的要害成员，比如陆军部、海军部、内政部、外交部和财政部是他的人掌握，而他又有大总统的名分就行，并不担心你怎样利用制度设置架空他。而革命党人，仅仅因为未来的总理唐绍仪名义上加入了同盟会，就大体满意了。
袁世凯是人们眼里的枭雄，是强人，无论谁做总理，只要不听他的，就只有走路。袁上台后第一任内阁总理唐绍仪，仅仅因为直隶都督问题，就下不来台。这个在朝鲜时就是袁世凯至交的留美幼童，只好不告而别，自我人间蒸发，国务院上下遍寻总理而不得。
很快，袁世凯就甩掉了《临时约法》，连国会也废掉，任何一丁点儿的制度羁绊，都不复存在。
可是，袁世凯的路走到了头，后来人又改回到《临时约法》去了，总统和总理之间，就有麻烦了。在国务院这边，人们想的是责任内阁，在总统府这边，人们想的却是总统才是总揽大权的人，脑海里浮现的，往往是袁世凯做总统威风八面的样子。在袁世凯就任之初，国会还存在的时候，有限的内阁实践，总理是总统提名的，内阁名单是总统和总理商议决定的，然后交国会通过。段祺瑞最初组阁，也是沿用这样的惯例，由他提出内阁名单，请黎元洪定夺，然后协商出台，最后交议会通过。这样的做法，更坚定了总统府一班人的想法，在他们眼里，总统是个实权职位。反过来，国务院的人依旧认为，当下是责任内阁制，总统就是一个盖章的机器。双方对制度理解的分歧，直接导致了两边的冲突。总统府秘书长丁世峄在给黎元洪的信中说，所谓府院问题，就是“发一令，总统不知其用意，任一官，总统不知其来历”，一句话，把总统当成了盖印的机器，总统没有权力。
总统没有权力，总统身边的人，就心气不平。
中国政坛，就像鲁迅说的那样，但凡一个猛人，就有一群包围者，或者幕僚，或者亲近人。在袁世凯时代，黎元洪周围的人，有以后来接任总统府秘书长的丁世峄（佛言）为首的四大金刚，另三人是金永炎、哈汉章和黎澍（有一说，以孙武代替丁世峄）。由于他们在总统府春藕斋办公，又称春藕斋人。除此而外，还有一干从湖北跟来的旧人，压抑久了，好容易有个出头之日，可以施展拳脚了，怎么也消停不了。即使黎元洪想低调，恐怕周围的人也不会让他低调。而段祺瑞的亲信，徐树铮、曾毓隽、靳云鹏等人，一直就是北洋圈子里的人，从来都以当家人自居的，更没有落在人后的道理。对于这些人来说，辛亥首义又算得了什么，更何况，谁都知道，黎元洪这个首义功臣是怎么来的。换句话说，他们谁也没把黎元洪放在眼里。