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此刻的吴敬琏已经超越了上一辈经济学家在旧框架里寻找改革出路的局限性，他是真正触破了那层窗户纸的人。
1991年的春天，北京的政治气氛仍然紧张，不过，微妙的转机悄然在南方出现了。
这一年的2月15日至3月22日，上海《解放日报》先后发表3篇署名“皇甫平”的评论，提出要继续坚持解放思想，敢冒风险，大胆改革，不要再囿于姓“社”姓“资”的诘难。
对时政变化十分敏感的吴敬琏则已经嗅到了新的空气。在晚年的口述史中，他回忆说，在后来的一年多时间里，他起草了一套改革方案，接办了一本杂志，写了一篇长文，出了一部著作，主持了一场研讨会，写了两份建言书。这些工作环环相扣，无一不在中国当代经济改革史上留下了浓重的一笔。我们且一一细说之。
改革方案是指“中国经济改革总体设计方案”。1990年秋冬之际，就在与“计划派”论战最激烈的时候，吴敬琏发起组织了一个“中国经济改革总体设计”课题组，组员为他的老同事张卓元以及一批比他年轻一辈的学者。他们以整体配套改革为基本理念，分别从企业、价格、财政、税制、金融等多个方向进行拓进式的研究，并提出了比较具体的措施和时间表。日后我们将看到，当改革高潮真的如期而至的时候，这个总体方案起到了决定性的作用，并最终改变了中国改革的路径。
接办的一本杂志，是由经济学家蒋一苇创办于1988年的《改革》双月刊。蒋曾任中科院工业经济研究所所长，以首倡“企业本位论”而闻名。他的思想颇为开放，一直主张要给企业以自主权，反对“鸟笼经济”的做法。吴敬琏接手杂志后，定题组稿，帮助培养一批特约撰稿人，事必躬亲，投入巨大精力。在整个90年代，《改革》是中国经济改革的一个思想重镇，吴敬琏以及多位学者的最新观点大多首刊于此。
从1992年的1月18日到2月21日，87岁高龄的邓小平南下视察，发表“南方讲话”。一时间，解放思想、加快改革步伐，成为舆论之共声。在焕然一新的大转折的前夕，吴敬琏发表的论文《论作为资源配置方式的计划与市场》和出版的《论竞争性市场体制》，为这场思想解放运动提供了经济理论上的依据，“吴市场”之名迅速为公众所知晓，他成了全国知名度最高的经济学家。
3月14日，在邓小平南方视察的讲话还没有在国内报刊上得到正式报道的情况下，由吴敬琏任主编的《改革》杂志和中国企业改革与发展研究会联合举办了一场“加快改革开放步伐，建设有中国特色的社会主义”理论研讨会，这是邓小平“南方讲话”后，国内最先作出反应的大型学术活动。会上，众多学者均一吐为快，表达了加快改革之意。
4月30日，吴敬琏写成一份题为《关于计划与市场提法问题的建议》的建言书，寄送中共中央总书记江泽民和时任国务院副总理的朱镕基。在这封信中，吴敬琏回顾了10多年来关于计划与市场的多场争论，然后明确建议中央，应当确立“社会主义市场经济”的提法。
他从理论的高度上十分尖锐地指出，中国的改革已经走上一条市场化取向的道路，已经无退路可走，因而在理论上也到了非得作出一个决定性突破的时刻。他说：“其实，由于马克思主义经典作家马克思、恩格斯、列宁一直认为商品生产或货币经济同社会主义不能兼容，如果要固守教条主义的传统观念，即使采用‘商品经济’甚至‘商品生产’的提法，也无法走出由于陈腐的教条与现实生活脱节所造成的困境。所以，将‘市场经济’改变为‘商品经济’，并不能解决问题。”
多年之后的人们，细读这段文字，仍然会为吴敬琏的赤诚和勇敢所感动。由这一段论述看到，此刻的他已经超越了上一辈经济学家在旧框架里寻找改革出路的局限性，在理论家的意义上，他表现得非常勇敢和义无反顾，他是伸出手指头，真正触破了那层窗户纸的人。