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20世纪后期已成为现代公司制度核心架构的公司治理在当时的中国还鲜为人知。不清晰的改革让国有企业的经营持续恶化。
2009年8月，行将80岁的吴敬琏在口述史中回顾1993年的那个整体配套改革方案，他评价说，外汇改革最成功，财税改革其次，国有企业改革再次，社会保障改革最无成效。
关于国有企业改革在早期，居于主导地位的是放权让利的思路。早在1991年4月和5月，吴敬琏就连续撰写《改革传统经济体系是搞活大中型企业的根本出路》和《国营大中型企业的困境与出路》两篇论文，对现行的企业改革放权让利思路提出了异议。对于放权让利，他认为，“从1956年以来一直就存在一种把旧体制的弊病归为权力过分集中，对企业管得过多，统得过死，从而把改革简单等同于放权让利的思路，根据这种思路，通过改革所要建立的经济体系，就是所谓用国家计划来配置资源，引进某些市场因素以调动地方、部门、企业和职工的积极性的体制。”而多年的实践证明，根据这一基本思路所进行的企业改革“收效甚微”。
吴敬琏和大多数中国经济学家一样，是赞成用公司制度（在中国又常常称为“股份制”）改造国有企业的。1993年他与钱颖一合作完成《关于公司化》一文，在文章中，他们建议国有大中型企业应该加快进行公司化改造，就是“将现有的非公司类型的企业改组成为公司法人组织”，其基本内容包括三个方面：明确公司的法人性质，界定产权关系和建立“公司治理结构”。
在十四届三中全会上通过的《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中“现代企业制度”这个新名词非常醒目地出现了，《决定》提出“进一步转换国有企业经营机制，建立适应市场经济要求，产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学的现代企业制度”。1993年12月，全国人大常委会通过了《公司法》，标志着着承包制即将在中国企业改革中走向终结。
可惜的是，在20世纪后期已成为现代公司制度核心架构的公司治理，在当时的中国还鲜为人知，可否在《决定》中写进这样一个并非一句话就能讲清楚的外国名词就成了问题。几经折中，写进文件中作为代替的是四句浅显明白的话：“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”。“法人治理结构”这个公司制度的核心概念，直到1999年的中共十五届四中全会才被采纳。
由于当时决策层中仍有不少人坚持认为国有企业改革的主要目标就是扩大企业自主权，对股份制或产权变革不以为然，他们的思想及声音渗透在很多文件、报告和讲话中，因此常常出现讲现代企业制度，讲着讲着就成了“放权让利”。
在企业一线则出现了操作中的难题。不少企业便把很多相干、不相干的东西都往“现代企业制度”这个箩筐里乱装。而能够在所有者和经营者之间建立起制衡关系的公司治理却付诸阙如。这样，新建立的“公司”往往有其名而无其实，更谈不上绩效的改善。
进入1995年之后，国有企业的经营状况持续恶化，几乎到了难以为继的地步。国务院发展研究中心的一份报告显示，国有企业的亏损面超过40%。另据国家统计局对15个大中城市的2600家国有工业企业的调查显示，这些企业的资产总额为2544亿元，负债却达2007亿元，企业负债率平均高达78.9%。
国家显然已经无力照顾数以百万计的“亲生儿子”们。正是在山穷水尽之处，改革再次“被动”地得到拓进。在总结了前几年建立“现代企业制度”试点未能取得成功的教训以后，1999年9月19日至22日召开的中共十五届四中全会通过了《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》，要求改制公司普遍实现股权多元化和建立有效的“法人治理结构”，国有企业（但一般只是集团公司控股的二级企业，而非母公司本身）的公司化改制才算“动真格”的了。