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20世纪后期以来，科学已经给予了复杂性和不确定性以较多的关注，只不过尚未将复杂性和不确定性作为一种普遍性的观念确立起来，更没有反映到社会治理的过程中来。
复杂性和不确定性理论是在系统论中成长起来的，但是，它与系统论的分野已经显示了出来。20世纪的系统论明显带有旧哲学的痕迹，即具有还原论的色彩。只不过，系统论改变了旧哲学还原论的路径：不是向个体方向的还原，而是向整体方向的还原。这就是莫兰所指出的：
系统论用“整体论”或“整体”观来反对还原论。然而，自以为超越了还原论的“整体论”却实行了向整体的还原：它不仅对部分之为部分闭目不见，而且对组织之为组织十分短视，对统一整体内部的复杂性一无所知。
鉴于20世纪系统论的这一缺陷，莫兰提出了对系统论加以重新修订的设想，其中，他认为最为关键的就是应当对系统的概念加以重新界定。莫兰说：
系统论的复杂性一方面随着元素的数量和多样性的增长而增长，另一方面也随着元素之间的相互关联……愈来愈具有柔性、愈来愈错综复杂、愈来愈少决定论特点……而增长。
我们应该把系统的概念建立在整体的非集权式和非等级性的观念的基础上，建立在多样性统一的复杂性观念的基础上，并向多方面的整体开放。
的确，如果对系统的概念做出这样的理解，也许就能够帮助我们去把握全球化、后工业化进程中的社会现实，就能够助益于我们去建构适应高度复杂性和高度不确定性的社会治理模式。
莫兰认为，在高度复杂性的条件下，系统可能会同时表现出“多中心”、“无中心”和“单一中心”等多种特征。他说：
高度复杂性表现在它们同时是无中心的（也就是说以无政府的方式通过自发的相互作用运转）、多中心的（即拥有几个控制和组织的中心）和一中心的（即同时还有一个最高的决策中心）。
这种在形式上表现出来的多样性，恰恰能够对“复杂性”这个概念做出准确的注释，而在实质上则包含着更为深刻的内涵，那就是这种“多中心”、“无中心”和“单一中心”的状况意味着我们所面对的世界已经无法被纳入传统的中心化思维中而加以理解了。如果说人们以往所看到的系统都有一个确定的中心的话，而高度复杂性则使系统的中心变得不确定了，甚至会出现无中心的系统。也就是说，一个系统并不必然拥有一个中心，可能拥有多个中心，也可能其中心处在不断的变动之中，还可能是根本就不存在中心。
有着确定的中心，是我们已经习惯了的系统，对于这种系统而言，其秩序也是我们一直拥有的。这种系统的中心如果出现了变动，其秩序就会丧失，这反而是我们不习惯甚至不能接受的。现在，如果说多中心、无中心的系统出现了，那么，其秩序也将不再是我们所习惯的那种秩序了。这样一来，就要求原先根据简单的、静态的、确定的系统而建构起来的思维方式也随之改变，因为，复杂性决定了按照传统的“中心化”思维习惯去认识和把握系统已经不再可能。思维方式的改变也就意味着行为方式的改变，甚至行动方案都将建立在新的思路上。由此推断，社会治理模式也必将发生根本性的变革。我们已经无法否认，在全球化、后工业化进程中，社会治理是发生在一个复杂系统中的，无论是社会治理所承担的任务，还是社会治理得以展开的环境，都具有高度复杂性和高度不确定性的特征，不仅根据集权思维去维护一个确定的中心是不可能的，而且，根据民主思维去建构静态的多中心也是不可能的。系统的中心因高度复杂性和高度不确定性而不断地发生变动。中心本身就是不确定的，在地理空间的意义上，中心并不停留在某地；在与人相联系的意义上，中心并不与固定的人发生稳定的联系，甚至不与某种固定的职位、岗位联系在一起。所以，这其实是一个无中心的状态，高度复杂性和高度不确定性所支持的是系统的“无中心论”。
莫兰对复杂性理论做出了这样的定位：
我们的系统观是对还原论和整体论的超越，它通过统合两派各自所有的部分真理来寻找一个理解原则：它不应该为了部分而牺牲整体，也不应为了整体而牺牲部分。重要的是阐明整体与部分之间的关系，它们互相凭借。
尽管这还只是一个初步的描述性的定位，而不是对复杂性理论实质所做出的揭示，但是，它已经能够表明，复杂性理论是包含着一种全新的思维方式的，所实现的是对已有的科学思维方式的超越。至少，在莫兰这里，肯定寄予了这样的期望。传统的向个体方向还原的理论以及20世纪的向整体方向还原的系统论，所包含的思维方式都过于简单，无论是还原到哪一个方向上去，都不足以帮助人们把握系统中的复杂性和不确定性。特别是对于开放系统而言，其复杂性和不确定性程度之高，使任何形式的还原论都显得荒谬不堪。对复杂性和不确定性的把握，是需要有着与之相适应的思维方式的，这种思维方式必然具有复杂的内涵，事实上，已经有学者用“复杂性思维”来加以命名。对于这种思维来说，不再谋求统一性，而是直观地和具体地把握每一事物。也就是说，这种思维将从各种具体的、现实关系的具体性出发，而不是从实体的具体性出发去认识和把握事物；这种思维既不把认识对象还原为某种抽象的属性，更不还原为具体的实体。总之，这种具有复杂性特征的思维既不把系统还原为个体的实体，也不把系统还原为整体的实体，是一种彻底告别了还原论的思维方式。
复杂性理论要求既不把系统整体也不把系统的任何一个构成要素作为思维的原点，但是，在认识和把握复杂性和不确定性的时候，系统的整体和构成系统的要素又都是无法回避的因素。而且，对于理解复杂性和不确定性而言，系统的整体及其要素都是必不可少的，应当在思维中共存。在把复杂性原理应用到一般的社会科学研究中时，我们也同样看到，社会整体以及这个整体中的个体的人，也都是认识复杂性和不确定性的基本思维要素。事实上，个体的人应当具有哪些基本特征和功能，以及这些特征和功能如何在社会整体中获得，都依然是非常有价值的问题。詹奇指出：“自主性以复杂性为前提，但确切地说两者并不等同……自主性是复杂性的能动的、动力学的应用……”
在我们考察社会的时候，我们倾向于把复杂性视作环境、结构等方面的性状，而自主性则是拥有复杂结构的整体性主体所必须具备的。这个主体因拥有自主性而能够在不依赖其他主体的情况下应对复杂环境，也能够因应对复杂环境的需要而自觉地与其他主体开展合作。正是因为把复杂性和不确定性引入思维系统中来，才与传统的整体论或个体论区别了开来。这个时候，在对复杂性和不确定性的把握中，个体的人是作为整体存在物而出现的，社会也不是一个僵化的整体性概念所能描绘的。根据这一思路，一切关于社会的建构性行动都要从个体的人的整体性的获得、实现和维护出发，同样，社会也只有在个体的人能够作为整体性的存在物而存在的时候才能够获得和谐的基质，才能够通过自主的行动而走向和谐社会的境界。
具体地说，根据复杂性理论来观察社会治理，所得出的结论就应当是：“用中央集权的办法来控制社会不会有好效果”；“另一方面，无政府主义也不是行之有效的社会体制”
。“一切健康的经济和健康的社会都必须保持秩序与混乱之间的平衡。”“在自下而上组织而成的、具有灵活弹性的系统中，进化勃然而兴。但同时，在该系统中，自下而上的活动必须导入正轨，使其无法摧毁组织结构，进化才有可能。”
依据已经存在的社会治理模式以及它的组织基础，在秩序与混沌之间寻求平衡是很难做到的，甚至是根本不可能做到的。所以，复杂性理论实际上提出了社会治理模式必须发生根本性改变的要求。也就是说，首先需要实现组织形式的改变，而且它的改变方向必须能够满足秩序与混沌的双重需要。具体地说，这种组织在运行中所表现出来的，既不是自上而下的集权式运行模式，也不是自下而上的无政府状态，它在形式上可能是混沌的，而在实质上则是有序的。我们把这种组织形式称作“合作制组织”。我们认为，只有这种组织能够满足秩序与混沌的双重要求。因为，合作制组织中的合作既不需要自上而下的权力支配来为其提供保证，也不会在自主运行的过程中导致无政府状态。
当然，合作制组织的运行也需要得到政府的支持，或者说，在合作制组织成为基本的社会组织形态的时候，政府还会存在，但是，此时的政府基本职能模式发生了改变，这种职能模式既不是自由放任型的，也不是干预型的，而是一种引导型的。实际上，在合作制组织成为基本的社会组织形态后，组织意义上的政府自身也已经转化为合作制组织了。它也许在表现形式上还更多地保留了官僚制组织的形式，但在性质、运行方式以及发挥作用的机制方面，都具有了合作制组织的属性。而且，由于组织性质以及职能模式的这种变化，也实现了社会治理方式的根本性变革。这就是在复杂性理论视角中所看到的社会治理变革的前景。