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“十一五”以来，社会学研究尽管取得了可喜的进展，但在理论研究和经验研究的各个层面也存在不少问题。正是这些问题的存在，使得中国社会学在回应社会实践结构性巨变的能力上还有待提升，在学科的本土化、专业化水平上还任重而道远。
第一，理论研究和经验研究的失衡仍然比较严重。出于对美国实证社会学的简单模仿和急功近利的心态，我国社会学在理论研究上一直相对薄弱，理论研究与经验研究两张皮现象非常严重。无论是从研究力量还是从研究成果来看，社会学的理论研究和实证研究的比例都严重失衡，不少社会学教学科研单位甚至没有从事理论研究和教学的专门人才，这使得中国社会学的解释力大打折扣，难以担负起时代所赋予这一学科的历史使命。
第二，对西方社会学理论的研究和反思不够。有限的社会学理论研究大多集中在对西方理论的研究和介绍上。从总体来说，虽然不乏严谨扎实之作，但也存在浮躁、跟风、食洋不化、炒作概念等现象。很多研究停留在对西方理论的简单化、庸俗化理解，在对西方理论的理论脉络、实质意涵、历史背景、现实根基等都缺乏反思的情况下，就简单用这些概念框架来套用中国的现实，结果得出一些似是而非甚至令人啼笑皆非的结论，不仅不能发挥理论应有的简化认识的功能，往往还会对人们产生误导作用。还有一些研究者爱跟风，今天这边，明天那边，热衷于扎堆，满足于表面的热闹，真正深入某一人物、某一流派进行长期深入研究的还不够多。
第三，理论自觉精神和理论创新意识有待加强。中国社会正处在一个全面转型的“大时代”，这需要相应的“大理论”来解释和回应这种转型实践；同时，这种“大时代”也为“大理论”的诞生提供了有利条件和舞台。然而，我国社会学界的理论自觉和理论创新的意识和能力都还比较欠缺，要么沉溺于对西方理论的简单移植，要么停留于对具体问题的经验分析。这种状况产生的原因还在于对中国经验的理解深度、对传统学术资源的开发力度和对西方理论的借鉴程度都还远远不够。还有一些学者缺乏主体性和自信心，不敢进行基于中国经验的理论构建，甚至认为只有西方的理论才是理论，中国的理论都不是理论。
“十一五”期间，实证社会学的研究方法在许多方面都取得了主要进展，但也存在不同程度的问题，需要在今后的研究中不断改进。
第一，缺乏理论的提升。由于理论思维的缺乏，不少经验研究仅仅停留在运用社会调查和统计技术对社会现象进行描述的阶段，无法在理论上得到提升，这就造成当前中国社会学实证研究普遍面临一个缺陷——描述有余而解释不足。这种没有理论支撑的经验研究大行其道，造成了社会学的表面繁荣，其背后实际上潜伏着越来越深刻的危机，严重制约了中国社会学的整体发展。
第二，缺乏学术的积累。学术的进步需要知识的积累，这对经验研究提出了更高的要求：不能就事论事，而要在一定的学术脉络中展开自己的讨论，要有明确的理论前提、问题预设和解释框架。而当前的中国社会学的经验研究，正由于缺乏理论的维度，生产出来的只是大量的知识碎片，相关经验研究之间不能形成有效的学术对话，不同的文字围绕着相似的现象反复论述，对问题的讨论和对普遍性知识的贡献仍然只是原地踏步。
第三，对研究方法的反思不够。社会学研究的方法有很多种，共同构成了一个“工具箱”，研究者必须清楚各种不同工具所具有的特点和功能，了解其能做什么，不能做什么，然后根据自己的研究主题选择最为合适的研究方法。而且，必须保持清醒的是：任何研究方法（特别是调查方法）都是需要和具体的人打交道，既需要具体的人来操作，也是针对具体的人来展开的，因此都不可能仅仅是放之四海而皆准的客观技术；同一种方法在不同文化当中的效果可能是不一样的，这就需要特别注重对适合中国国情的研究方法的探讨。