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在世界民族之林中，中华民族的历史感可以说是比较强的，历来有后朝人为前朝人修史的传统，积累了丰富的文化典籍。在学术思想史方面，前人为我们留下大量的精品佳作。庄子著《天下篇》，荀子著《非十二子》，韩非子著《显学》，司马谈著《论六家要旨》，朱熹著《伊洛渊源录》，朱熹、吕祖谦著《近思录》，黄宗羲、黄百家、全祖望著《宋元学案》，黄宗羲著《明儒学案》，江藩著《国朝宋学渊源记》，章太炎著《訄书》，梁启超著《清代学术概论》和《中国近三百年学术史》，皆为学界称道。这些学术思想史名著为建立中国哲学史学科提供了必要的前提，但不能把它们与中国哲学史等同起来，因为后者出现较晚。
“中国哲学史”的称谓出现于20世纪初叶。1912年，京师大学堂设立中国哲学门，便以“中国哲学史”为主干课程。初期讲授“中国哲学史”的学者，有陈黻宸、陈汉章、马叙伦等人。他们讲授的课程，名为“中国哲学史”，实际上讲的还是学术思想史。他们没有树立自觉的哲学学科意识，也不掌握哲学史研究方法，没有真正进入中国哲学史领域。陈黻宸说：“儒学者，乃哲学之轨也。”
北京大学哲学系的第二届学生冯友兰在《三松堂自序》中，这样描述陈黻宸讲授中国哲学史的情形：“给我们讲中国哲学史的那位教授，从三皇五帝讲起，讲了半年，才讲到周公。我们问他：照这样的速度讲下去，什么时候可以讲完。他说：‘无所谓讲完讲不完。若说讲完，一句话可以讲完。若说讲不完，那就永远讲不完。’”
按照冯友兰的描述，陈黻宸所讲的内容，显然不能算是中国哲学史。
谢无量是第一位编写题为《中国哲学史》著作的学者。不过，他写此书的时候，也没有认清哲学的学科性质。他的看法与陈黻宸相近。他说：“儒即哲学，伎即科学。官学失散，乃谓之儒学，谓之道学，谓之理学，佛氏谓之义学，西方谓之哲学，其实一也。”
谢著《中国哲学史》，中华书局1916年出版，全书分上古、中古、近世三编，共七十二章。此书从传说中的黄帝写起，到清末戴震为止，时间跨度约五千年，涉猎人物一百多位。此书虽名为中国哲学史，实则为中国学术史。作者没有树立哲学学科意识、问题意识与方法意识，仍沿用以往的学案体例，对每个思想家的言论做了一些梳理，并没有从哲学角度做理论分析和评判。诚如胡适所批评的那样，此书不够“哲学”，算不得名副其实的中国哲学史著作。
此时“中国哲学史”学科，只有其名，尚无其实。陈黻宸、谢无量等人可以称得上建立中国哲学史学科的先驱，但他们毕竟没有真正迈入中国哲学史研究领域。近年来有人反对“胡话胡说”，主张“中话中说”，主张回归陈黻宸、谢无量的讲法，重现所谓“原汁原味的中国哲学史”。笔者认为，这种主张不切实际，对于中国哲学史学科建设没有任何益处。哲学是不断发展的学科，与此相应，哲学史也是不断发展的学科；因而哲学史的研究方法，亦需要不断地探讨和创新。若想“回到陈黻宸或谢无量”，那是不可能的事情。
最初迈入中国哲学史领域的学者，是蔡元培、胡适、冯友兰等一批在西方接受过哲学理论思维训练的学者。在他们之后，有些在本土完成哲学理论思维训练的学者，如张岱年等人，也加入中国哲学史学科建设者的队伍。这些学者同陈黻宸、谢无量等人的区别在于，他们都有自觉的哲学学科意识，不再沿用学术思想史的研究方法和表述方式，都努力探索哲学史的研究方法和表述方式，真正开启了中国哲学史学科建设之路。
“哲学”一词是外来语，是希腊语“爱智慧”（philosophy）的译名，出自近代日本学者西周。宋代理学家周敦颐有“圣希天，贤希圣，士希贤”（《通书·志学》）的说法。日本学者西周从中受到启发，把philosophy译为“希求贤哲之智之学”，后来简称为哲学。1874年，他在《百一新论》中写道：“将论明天道人道，兼立教法的philosophy译名为哲学。”
虽然中国古代没有“哲学”这个术语，但有类似的说法。在中文中，“哲”就是“大智慧”的意思。《尚书·皋陶谟》中说的“知人则哲，能官人”，孔子在临终前慨叹：“泰山坏乎！梁柱摧乎！哲人萎乎！”（《史记·孔子世家》）都用到了“哲”字。尽管“哲学”一词是外来语，但哲学思想在中国古已有之，则是不争的事实。
从宏观的意义上说，哲学可以分为两大类型。一种是古代哲学，指的是“一切学之学”，即包罗万象的学问。这是一种广义上的哲学。另一种是作为独立学科的哲学，指的是关于世界观和人生观的学问。这是一种狭义上的哲学。古代哲学家虽没有自觉的学科意识，他们的哲学思想没有以哲学形式出现，但不能否认他们的学术思想中包含着深刻的哲学思考。中国古代哲学事实上早已存在，只是没有“哲学”这种称谓而已。黑格尔在《哲学史讲演录》中，把中国哲学与印度哲学同视为东方哲学。中国古代哲学与古希腊哲学类似，也是一种包罗万象的学问，并不是一门独立的学科，那时哲学家还没有形成自觉的哲学学科意识。在哲学成为独立学科之前，史家可以有学术思想史的书写，却不能有哲学史的书写。西方哲学史都是近代哲学家编写的，都是哲学家关于学术史的哲学诠释，并不是从古代一直传下来的。在中国古代，没出现哲学学科，也没有出现哲学史学科；同样，在西方古代，也没有出现这样一些学科。现有的各种版本的西方哲学史，都是近代以来哲学理论工作者编写的历史。这种写出来的哲学史，不能等同于本然的哲学史。
从外延看，哲学史与学术思想史有重合之处；从内涵看，它毕竟是学术思想史中的另类。它虽脱胎于学术思想史，但不能等同于学术思想史。学术思想史是古代就有的学科，而哲学史则是哲学成为独立学科以后才出现的新兴学科。在西方，这门学科出现在17世纪中叶，在中国，则出现在20世纪初。
在西方近代，哲学已经成为一门独立学科。出于哲学学科建设的需要，开始有人编纂哲学史。于是，西方哲学史学科随着哲学学科的出现而出现。西方近代哲学家通常用讲哲学史的方式讲自己创立的哲学，甚至宣称“哲学就是哲学史，哲学史就是哲学”，借助古人之口，说他自己想说的话。与其说黑格尔讲《哲学史讲演录》，毋宁说他在讲哲学体系。在西方，每个哲学史家编写的哲学史，都留有他自己的烙印，没有一种我们想象中的标准版本。他即便不是黑格尔那样原创型的哲学家，也是有哲学学养的专家。在西方，哲学史领域从来就是百花园，并没有成为一言堂。没有哪位西方哲学史编写者，指望自己的著作能成为“大学通用教材”。
西方哲学史学史告诉我们，只有哲学成为独立学科以后，哲学史学科建设才有可能。在西方是这样，在中国也是这样。20世纪初，中国一批在西方接受哲学训练的学者，接受哲学理念，有了自觉的哲学学科意识，他们回国后着手在大学里建设中国哲学史学科。1919年以后，中国哲学史方从中国学术思想史中脱胎出来，有了学科建设的发展史。
philosophy 即“爱智”意义上的哲学，中国学人在16世纪就已经接触到了，比日本的西周早得多。他们把哲学译为“爱知学”。1631年，来华传教的耶稣会士傅泛济意译、李之藻达辞的《名理探》，开宗明义首论“爱知学原始”，写道：“爱知学者，西云斐录琐费亚，乃穷理诸学之总名。译名，则知之嗜；译义，则言知也。” 又说：“译名，则言探取凡物之所以然，开人洞明物理之识也。”中国学者黄遵宪最早在《日本国志》（1895年初刻本）使用“哲学”一词。近代中国学者虽然接受了“哲学”这一词汇，不过尚未认识到哲学的学科性质。1901年蔡元培写《哲学总论》时，也没有形成自觉的哲学学科意识，仍旧认为，“哲学为综合之学”，“以宇宙全体为目的，举其间万有万物之真理原则而考究之以为学”。
“爱智”同中国“弘道”、“穷理”言殊而旨同，中国学者正是从这个角度接受“哲学”一词的。中国哲学事实上早已存在，只是还没有成为一门独立的学科而已。在中国学术思想史上，存在着文史哲不分、经史子集不分的情形，其中《庄子·天下篇》、《荀子·非十二子》、王充的《论衡》、黄宗羲的《明儒学案》，以及黄宗羲、黄百家、全祖望的《宋元学案》等著作，都明显地包含着哲学史方面的内容。
在西方，哲学学科意识是在近代明朗起来的。西方近代以来，科学有了长足的发展，各门学科纷纷独立，哲学不再是包罗万象的学问，回到了它的本来意义，成为一种专门的学科，即关于世界观（含人生观）的学问。在中国，对于哲学学科意识的自觉，则是在现代才逐步明朗起来的。在西方17世纪，各门科学独立以后，哲学便成为独立学科；而在中国，20世纪初哲学才成为独立学科，比西方晚了近300年。中国哲学家的哲学学科意识，不是自然而然形成的，而是借鉴了西方哲学的理论思维成果而形成的，走了一条捷径。最初意识到哲学并非包罗万象的学问，而是关于世界观和人生观的学问的学者，当为蔡元培。
中国现代哲学史通常从1919年五四运动算起，这没有问题；可是，哪位先生是首席哲学家？应当把票投给蔡元培先生。他是中国现代大学的实际创始人，是中国大学第一个哲学系的实际创始人，是第一个拥有哲学博士学位的中国学者。北京大学的前身是1898年创立的京师大学堂。京师大学堂仍然保留着官吏养成所的性质，被纳入官员行政系统，不能算是真正的大学。那时大学堂教授拥有官员品级，有钱的学生坐轿子上学。1916年蔡元培出任北京大学校长，对其进行一系列改组和改造，才真正使之成为名副其实的现代大学。哲学系的前身是1912年建立的哲学门。据冯友兰在《三松堂自序》中讲，哲学门虽开设中国哲学史之类的课程，其实教授并不晓得哲学为何物。“当时的教授先生们所有的哲学这个概念，是很模糊的。”
蔡元培在主政北京大学期间，把哲学门改造成为名副其实的哲学系，1919年正式更名。1912年，他辞去中华民国教育总长的职务，到德国留学，专攻哲学，获得哲学博士学位。把蔡元培界定为现代中国首席哲学家，有如下理由。
第一点理由，蔡元培有明确的哲学学科意识，不愧为现代哲学家。哲学虽是一门古老的学问，却又是一门年轻的学科。说它古老，是说哲学的源头可以追溯到公元前5世纪。在西方可以追溯到古希腊的泰勒斯、苏格拉底；在中国可以追溯到春秋末年的老子、孔子。说它年轻，是说哲学到西方17世纪才成为一门独立学科；而在中国，20世纪初才成为一门独立学科。这样说来，哲学可以划分为两大类型：一种是非独立学科的哲学，包罗万象的学问，或称为“一切学之学”；一种作为独立学科的哲学，也就是关于世界观（含人生观）的学问。能把两种哲学类型区分清楚，方才算进入现代哲学之门。这一点蔡元培在中国率先做到了。在他之前，讲哲学或写哲学的学者大有人在，不过他们并没有哲学学科意识，并未真正迈入现代中国哲学之门。
在中国最早树立哲学学科意识的哲学家，当属蔡元培。1912年，他在留学德国期间，撰写了《世界观与人生观》一文，发表于在巴黎出版的《民德杂志》创刊号上，1913年4月《东方杂志》第9卷第10号全文转载。1915年，他应商务印书馆之约，在国外撰写《哲学大纲》一书，“供师范教科及研究哲学之用”。到1931年，此书共出11版。从这些论著中反映出，他已经弄明白了两种哲学类型的区别，对于现代哲学的学科性质有了明确的认识。
第一，哲学成为一门独立的学科，乃是西方近代以降科学昌明的结果。蔡元培在向读者讲解哲学学科性质的时候，找到的第一个参照系统是科学。他指出，哲学作为一门学科，其实是与科学相对而言，以各门科学成为独立学科为前提；不明白哲学与科学之间的区别与联系，就弄不懂哲学的学科性质。在西方古代，哲学并不是一门独立的学科，而是一切学问的总称，科学也包含在其中。例如“柏拉图之哲学，举一切物理、心理、政治、道德之理论，而悉包之”。古人虽然使用“哲学”这个词，但并没有觉察到哲学的学科性质。“自16世纪以后，各种科学，自由发展，为物理学、化学、动植物学等。关于自然现象者，已无不自立为系统之科学，而关于人事，如政治、法律、社会诸科学继之。至于今日，则如心理学者，亦以其根据生理利用实验之故，复离哲学而独立。”
各门科学从哲学中独立出去以后，哲学是否还存在呢？按照实证主义者的看法，哲学时代已经让位于科学时代，哲学不复存在了。蔡元培不认同实证主义的哲学观，理由是各门科学都以世界的部分为研究对象，提供具体的知识；而哲学以世界总体为研究对象，提供普遍的知识。二者非但不相冲突，反而相宜得彰。“合各科学所求得之公例，为之去其互相矛盾之点，而组织为普遍之律贯。又举普遍知识之应用于各科学而为方法、为前提者，皆探寻其最高之本体而检核之。如是，则哲学者，与科学互为因果而又自有其领域焉。”
科学发展起来以后，哲学不是被取消了，而是学科性质更明确了。哲学的学科化与科学的学科化，几乎同步进行。蔡元培清楚地意识到二者之间的区别，但也不同意把二者对立起来。他说：“科学与哲学，不是对待的，而是演进的。”
科学为哲学提供资源，但不能取代哲学。人类自有一种超乎实证科学的世界观和人生观的要求，只能由哲学来满足。科学出现后，哲学依然有独立的发展空间。
第二，哲学成为一门独立学科，乃是西方近代以降启蒙思潮的产物。蔡元培在向读者讲解哲学学科性质的时候，找到的第二个参照系统是宗教。在西方，科学是启蒙思潮的产物，哲学也是启蒙思潮的产物。哲学家以一种新的世界观理论解释世界，颠覆了基督教世界观的霸权话语；树立起理性的权威，不再把世界看成上帝的创造物。罗素在《西方哲学史》中写道：“通常谓之‘近代’的这段历史时期，人的思想见解和中古时期的思想见解有许多不同。其中有两点最重要，即教会的威信衰落下去，科学的威信逐步上升。旁的分歧和这两点全有连带关系。近代的文化宁可说是一种世俗文化而不是僧侣文化。”
成为一门学科的哲学,也属于“世俗文化”的组成部分，同以基督教为代表的“僧侣文化”形成鲜明的对照。蔡元培的看法与罗素大体相似。他指出，哲学学科化以后，不再是神学的婢女，甚至有取代宗教的趋势。“宗教家恒各以其习惯为神律，党同伐异，甚至为炮烙之刑，启神圣之战，大背其爱人如己之教义而不顾，于是宗教之信用，以渐减损，而思想之自由，又非旧日宗教之所能遏抑，而反对宗教之端启矣。”
蔡元培欢迎来自西方的科学和哲学，但拒斥基督教。理由是“哲学自疑入，而宗教自信入。哲学主进化，而宗教主保守。哲学主自动，而宗教主受动。哲学上的信仰，是研究的结果，而又永留有批评的机会；宗教上的信仰，是不许有研究与批评的态度，所以哲学与宗教是不相容的。世人或以哲学为偏于求真方面，因而疑情意方面，不能不借宗教的补充；实则哲学本统有知情意三方面，自成系统，不假外求的”
。两相比较，字里行间，褒贬分明。蔡元培主张“以美育代宗教”，其实就是主张以哲学代宗教，主张以哲学的方式安顿人的精神世界。哲学成为独立学科，意味着不再受到宗教的限制。
第三，哲学成为一门独立学科以后，真正回归它的本来意义，成为关于世界观（含人生观）的学问。蔡元培说：“哲学为学问中最高之一境，于物理界及心理界之知识，必不容有所偏废，而既有条贯万有之理论，则必演绎而为按诸实际之世界观及人生观，亦吾人意识中必然之趋势也。”
在这里，蔡元培十分明确地把哲学的研究对象，定位在“世界观”上，而不是定位在“世界”上。哲学仅以世界整体为理解的对象，并非认识的对象。所谓世界观，就是人对于世界整体的一种理解方式。世界观中的那个“观”字，不是“观察”的意思，而是“观念”的意思。这种观念是哲学家创造出来的，并且讲出一番道理，形成一套本体论学说。这种学说可以得到某些人的认同，就形成他们的哲学信仰。世界观是一种精神现象，故而黑格尔把哲学称为精神现象学。哲学作为关于世界观的学问，回答的问题是：以何种哲学把握世界整体？并不能回答“世界是什么”的问题。可是，在我们使用的哲学教科书中，却把哲学讲成关于世界的学问，讲成物质现象学。教科书以《世界的物质性》为章的标题，试图回答“世界是什么”的问题。其基本意思是：世界是物质的，还在运动着，并且有规律。这一系列以“世界”为主词全称判断，在理论上难以证明。既然说世界是无限的，怎么还可能把世界当成观察和判断的对象？人无法将世界对象化，无法站在世界之外观察世界。人只能观察世界的局部，不能观察世界的整体，怎么可能给“世界是什么”的问题找到答案呢？人只能以有限的事物为观察对象，做出“这是什么”之类的判断；不能以无限的世界为观察对象，无法做出“世界是什么”的判断。人不能以“世界”为主词做出全称判断，正如理发师不能给全村人理发一样。
哲学家所提出的本体论观念，不是从经验事实中归纳出来的，而是一种理论思维成果。实证主义者对哲学命题做出批评，认为既不能证实，又不能证伪，因而是假命题。他们之所以做出这种批评，显然是没有意识到哲学命题的特殊性，错误地用对待经验命题的方式对待哲学命题。由于哲学命题以世界总体为解释对象，当然不可能用经验事实来证实或证伪，但绝不能说是没有意义的假命题。它的意义就在于以哲学的方式肯定世界的真实性和整体性，从而为公共价值观提供理论担保。蔡元培很清楚这一点，他说：“哲学者，知识之学也。其接近于实行者，为价值论。”
在他编写的《哲学大纲》和《简易哲学纲要》两本书中，都以《价值论》或《价值问题》为最后一章。他特别看重哲学对于人们构建价值世界的指导作用。可是，我们所使用的哲学教学书，竟没有设专章谈论价值问题，似乎只关注立场、观点、方法。
蔡元培在论述哲学的学科性质时，已经划清了哲学与科学之间的界限。令人遗憾的是，蔡元培所倡导的哲学学科意识，在中国哲学界并未得到普遍的认同。哲学与科学之间的界限，后来还是被许多人搞模糊了。在1923年的“科学与人生观”论战中，科学派的核心论点是“科学可以解决人生观问题”，其潜台词就是科学可以取代哲学。科学派的这种观点，也得到唯物史观派在一定程度上的认同。陈独秀说：“只有客观的物质的原因可以变动社会，可以解释历史，可以支配人生观，这便是‘唯物的历史观’。”
在我们使用的哲学教科书中，哲学与科学也被捆绑在一起，似乎都是同样的知识。教科书有这样的表述：哲学“是关于自然知识、社会知识和思维知识的概括和总结”
。按照这种表述，掌握全部科学知识乃是讲哲学的前提；谁还没有把各门科学都搞懂了，谁就没有资格谈论哲学。在知识大爆炸的时代，哪个人有智力和能力对其做“概括和总结”呢？显然是不可能的事情！倘若按照这种表述，哲学根本就没法子讲。我们重温蔡元培关于哲学学科性质的论述，有助于澄清此类似是而非的说法，有助于推动哲学学科的建设和发展。
第二点理由，蔡元培有明确的哲学问题意识，不愧为理论思维大师。他在《简易哲学纲要》一书中，关于哲学问题意识做了这样的表述：哲学是人类思想的产物，思想起于怀疑，因怀疑而求解答，所以有种种假定的学说。普通人都有怀疑的时候，但往往听到一种说明，就深信不疑，算是已经解决了。一经哲学家考察，觉得普通人所认为业已解决的，其中还大有疑点；于是提出种种问题来，再求解答。要是这些哲学家有了各种解答了，他们的信徒认为不成问题了；然而又有些哲学家看出其中又大有疑点，又提出种种问题来，又求解答。有从前以为不成问题的，有从前以为是简单问题而后来成为复杂问题的。初以为解答愈多，问题愈少。那知道问题反而随解答而增加。几千年来，这样的递推下来，所以有今日哲学界的状况。
按照蔡元培的看法，哲学家之所以为哲学家，并不在于他建构了什么样的哲学体系，而看他是否提出新的哲学问题。哲学家未必是解决哲学问题的高手，但一定是提出哲学问题的高手，或者是改变提问题方式的高手。哲学史就是哲学问题演化的历史。哲学家对已有的哲学观点产生疑问，以求解疑，遂提出新的问题；但他的解疑又被质疑。从质疑到解疑，再到质疑，以往的哲学就是这样发展过来的，未来哲学发展依旧是这样。没有问题，也就没有哲学；问题越多，说明哲学发展的程度越高。蔡元培特别强调：研究哲学必须树立自觉的问题意识。在各门学科独立发展起来以后，哲学作为一门学科，不再是包罗万象的学问，只是一种不断深化的理性思考方式。对于哲学家来说，重要的并不是掌握多少哲学知识，而是有没有出众的思考哲学问题的能力。他关于哲学的看法，突出问题意识和怀疑精神，透出一种理性主义的眼光，折射出五四时期的时代精神。在他看来，哲学永远处在发展的过程中，绝不是僵化的教条，任何停止的论点都站不住脚，谁也不能以为自己达到了顶峰。近年来人们常常引用海德格尔“哲学在途中”的说法，其实蔡元培早已表达了类似的观点。
哲学涉及的问题很多，涉及的论域也很广。按照蔡元培的看法，哲学论域可以划分为以下三大块。
一是认识论方面的问题，涉及认识的起源、认识的适当、认识的对象等内容。从这个意义上说，哲学是一门关于认识论的学问。讲认识论应当诉诸理性，讲究逻辑证明，不能建立在“圣言量”上面。他所说的“圣言量”，是指讲者一味仰仗某个权威，以引证代替论证，而自己却说不出道理来。关于认识论，有各种各样的学说，充满了争议，这是正常现象。不能轻易断言，哪种说法绝对正确，哪种说法绝对错误；应当说各有各的道理，也各有各的局限。蔡元培举例说：“自希腊以降，凡思想家以人类之认识能力为不受限制者，谓之独断派；以其认识力为不足凭依者，谓之怀疑派。虽两派之中，各有绝对主张，或相对主张之不同，而要其不失为一派之所主张，则同也。”
迄今为止，任何一种认识论学说都不是尽善尽美的，关于认识论的争论还会继续下去，还会有新的学说出现。哲学家希望通过争议，破解认识论之谜。
二是世界观方面的问题，偏于原理研究，涉及实在论、生成论等内容，由此形成“理论的哲学”。从这个意义上说，哲学是关于世界观的学问。哲学家总是力图提出一种关于世界总体的理论，被称为本体论。在这一论域中，也争议不断。蔡元培把哲学家们的不同看法，归纳为唯物论、实质唯识论（今称客观唯心论）、二元论、一元论、我识论（今称主观唯心论）、凡识论（今称万物有灵论）、无神论、有神论、凡神论（今称泛神论）等九种类型。其中每一种看法，都不是没有缺陷的，都不是不能质疑的，争论还会继续下去。哲学家希望通过争议，来破解本体论之谜。
三是人生观方面的问题，以价值为主题，涉及价值、伦理、美感等内容，由此形成“实际的哲学”。从这个意义上说，哲学是关于人生观的学问。哲学的功用就在于帮助人们树立一种指导人生实践的价值理念。借用庄子的话说，叫作“无用之大用”。这也是一个充满争议的论域。关于价值，有人赞成相对论，有人赞成绝对论；关于道德，有人赞同功利主义，有人赞同人道主义；关于宗教，有人赞同一神教，有人赞同泛神论；关于美学，有人赞同纯粹形式论，有人赞同观念论。真可谓诸说纷纭，莫衷一是。哲学家希望通过争议，来破解价值论之谜。
基于哲学问题意识，蔡元培认为，讲哲学应当遵循两条原则。一是充分说理。讲哲学就是讲道理，并不是讲观点，必须以理服人。某种观点是谁提出来的，并不重要；重要的是这种观点是否有道理，是否立得住脚，是否还可以做更深刻的发挥。支持观点的理由，是道理，而不是提出观点的那个人。讲哲学必须把道理讲出来，绝不能抬出某个权威，拉大旗做虎皮，抱着自己去吓唬别人。蔡元培很厌恶这种做法，反对借助于“圣言量”，反对以引证代替论证。二是兼容并包。哲学问题层出不穷，哪个哲学家也不敢说自己已经把全部问题都解决了。哲学家的心态，应当是宽容的，而不应当是蛮横的。哲学家可以吵架，但不可以打架。在我们的哲学教育中，蔡元培讲的这两条，恐怕都没有落实到位。翻翻我们写的教材、论著，以引证代替论证的“圣言量”现象，恐怕比比皆是。作者把某位“圣人”的说法抄上去，就算有了根据，并不去解释他为什么这样讲，道理究竟在哪里。至于包容精神，更是缺乏。按照哲学教科书的说法，只有一种哲学是正确的，其他哲学都是错误的。这叫作“党性原则”。谁同情其他哲学，谁的“党性”好像就出了问题。蔡元培主张讲哲学只吵架而不打架；而我们的做法刚好相反，只打架而不吵架。这叫作“两军对战”。对于“敌人”有什么道理好讲？口诛笔伐就是了！
第三点理由，蔡元培大力推动中国哲学史学科建设，无愧为名副其实的奠基人。在蔡元培之前，固然有人讲或者写“中国哲学史”，但由于讲者或写者不明就里，实际上并未真正启动中国哲学史学科建设工程。他们的讲法或写法，遵循史学范式，并非哲学范式，不能算真正迈入中国哲学史研究领域。把他们看成中国哲学史学科建设的前驱可以，看成中国哲学史学科建设的奠基人则不可以。中国哲学史学科建设的奠基人，非蔡元培莫属。他虽然没有直接参与中国古代哲学史编写，但正是由于他倡导自觉的哲学学科意识和哲学问题意识，才使“哲学”真正成为中国哲学史的主语，突破史学范式，启动哲学范式，使中国哲学史学科建设开始起步。他是中国古代哲学史研究的强有力的推动者，也是第一位研究中国近现代哲学史的专家。他写的《五十年来中国之哲学》，发表于1923年，绍述了严复、王国维、杨文会、康有为、谭嗣同、宋恕、夏曾佑、章太炎等人在“西洋哲学介绍”和“古代哲学整理”两个方面的学术贡献。这是中国哲学家写的第一本关于中国近现代哲学的专著，论述了从1877年到1923年近50年间哲学在中国发展的概况。此书之所以从1877年写起，是因为那时严复在英国留学，开始接触西方近代哲学。“五十年来，介绍西洋哲学的，要推侯官严复为第一。”
接着蔡元培的思路，后来又有艾思奇著《二十二年来之中国哲学思潮》、郭湛波著《近三十年中国思想史》和《近五十年中国思想史》、贺麟著《五十年来的中国哲学》（又名《当代中国哲学》）等论著陆续问世。中国现代哲学研究会应当把蔡元培选为永远的名誉会长，因为他是开辟这一领域的先行者。
蔡元培出任北京大学校长之后，就着手改造哲学门。改造首先从主干课程中国哲学史的教员配置做起。他弃用那些不具有哲学学科意识和哲学问题意识的旧式学者，顶着巨大的压力，起用刚刚从美国归来、受过现代哲学训练的青年人胡适担任主讲教师。胡适没有辜负蔡元培的希望，他以哲学学科意识为指导，更新教学内容，把中国哲学史同中国学术思想史区别开来。他在讲义的基础上，撰写《中国哲学史大纲》（卷上），1919年由商务印书馆出版。这是中国哲学史学科在初建阶段取得的第一项成果。
蔡元培亲自为胡适著《中国哲学史大纲》作序，充分肯定和高度评价他的学术贡献。对于胡适借鉴西方哲学的理论思维成果梳理中国哲学史的思路，蔡元培表示认同。因为不这样做，便无法跳出学术思想史研究的框架，便无法进入哲学史研究领域，便无法找到表述哲学史的合适方式。“中国古代学术从没有编成系统的记载。《庄子》的《天下》篇，《汉书·艺文志》的《六艺略》、《诸子略》，均是平行的记述。我们要编成系统，古人的著作没有可依傍的，不能不依傍西洋人的哲学史。所以非研究过西洋哲学史的人，不能构成适当的形式。”蔡元培用了“依傍”两个字，只能说用词不当，并非提倡“以西范中”模式。哲学史乃是哲学家对学术史的哲学解读，不借鉴西方哲学系统化、理论化的研究方法，怎么能理出中国哲学史的头绪来？应当说这是十分必要、十分明智的选择，不能给其戴上“以西范中”的帽子。在蔡元培和胡适那里，“以西范中”顶多算一种倾向，并未成为范式。后来出现的“以苏范中”，才是不折不扣的范式，统治中国哲学史界长达几十年之久。在为胡著所写的《序》中，蔡元培认为该书已摸到进入中国哲学史研究领域的大门，实现了四点突破。
“第一是证明的方法。”胡适研究中国哲学史，并不仅仅引证前人的言论为依据，绝不盲从不可靠的传闻，善于用心考辨研究对象生存的时代、思想的来源、著作的真伪，善于从学理上分析研究对象的思想中是否存在矛盾。“不但可以表示个人的苦心，并且为后来的学者开无数法门”，有建立学术规范的意思，起到了示范效应。研究哲学史的任务，既要摆事实，更要讲道理；既要介绍古人说了什么话，还要解释古人为什么说这些话。研究者必须有所“见”，要提出自己的观点，还要对自己的观点做出充分的论证。
“第二是扼要的手段。”胡适已经跳出一般的史学范式，专门关注中国哲学发展的历史进程，力图从史料中提炼出哲学思想来，梳理出头绪来。他一改旧式学者从传说中的三皇五帝讲起的路径，“截断众流，从老子、孔子讲起。这是何等手段！”这样一来，便把哲学史与以往的学术史区别开来了。哲学史选材要精，不能杂，不必包罗万象；哲学史选人要准，只选有文本依据的哲学家，不必考虑他名气是大还是小。
“第三是平等的眼光。”胡适撇开以往流行的道统观念，不再抱任何门户之见。在他眼里，每个古代哲学家都是研究的对象，而不是崇拜的对象。对于任何一位古代哲学家，既要同情地了解，也要中肯地评判，绝不厚此薄彼。在他笔下，“各有各的长处，各有各的短处，都还他一本来面目，是很平等的”。这是很大的突破，真正找到了哲学的历史感。在道统观念中，只有尧、舜、禹、周公、孔子才是树立道统的权威；至于后来学者，则不足观。他们或者是道统的继承者，或者是道统的疏离者，但绝不是道统的推进者。在道统观念中，似乎没有发展，只有倒退。不破除这种观念，怎么可能写出中国哲学的历史性？
“第四是系统的研究。”胡适找到了哲学史的表述方式，改变了以往学术史表达的“平行法”。在胡适笔下，古代哲学家之间都是有联系的，哲学家的诸多思想侧面是有联系的，“都有递次演进的脉络可以表示。此真是古人所见不到的”
。哲学史是对学术思想史的哲学解读，而解读的方法就是做系统的考察，用系统的方法揭示哲学家实质的思想系统。这在当时，具有创新的意义；在今天，也是研究哲学史必须遵循的原则。
在蔡元培哲学史学的影响下，继胡适之后，又涌现出冯友兰、张岱年等中国哲学史家。他们皆为中国哲学史学科建设作出重要的贡献。从蔡元培改造北大哲学门算起，中国哲学史学科建设已经走过将近100年的历史了。令人遗憾的是，大部分时间却在歧路上徘徊。从1949年到1978年，由于“两军对战”这种教条主义模式把持主流话语权，中国哲学史学科建设不是推进了，而是倒退了。集体编写出来的“中国哲学史”教材，呈现出中国不到位、哲学不到位、历史不到位的情形，真是不堪卒读。我们重温蔡元培的哲学思考，对于中国哲学史学科建设再次起步，恐怕是极其必要的理论准备。
基于上述三点理由，可以说蔡元培是一位真正的哲学家，因为他真正把握了哲学思维方式，并且总结出一套系统的哲学学。有人著文指出，蔡元培没有形成一种哲学体系，这是事实，但不重要。衡量哲学家的尺度，并不是看他是否创立了体系，而是看他是否提出了新的观点，是否为推动哲学发展作出了贡献。杜林自以为创立了体系，被恩格斯所嘲笑；维特根斯坦没有创立体系，但他是哲学界公认的一流哲学家。蔡元培虽没有创立体系，也是现代中国一流的哲学家。他建构哲学学，远比建构哲学体系更为重要。他促成中国人对于哲学学科的认知，作出划时代的理论贡献：中国现代哲学开始起步发展。在蔡氏哲学学的范导下，现代中国形成一支哲学理论队伍，涌现出胡适、梁漱溟、冯友兰、熊十力、张岱年等一批哲学家或哲学史家。1949年以后，蔡氏哲学学似乎被遗忘了。我们的哲学教育，学科意识淡漠，问题意识淡漠，往往看重传授知识，尤其是“原理”，并不重视理论思维能力的提升，更不鼓励创新性思维。这种哲学教育的后果，就是只培养出一大批循规蹈矩的“哲学理论工作者”，而培养不出来有原创能力的哲学家。要想改变这种窘状，难道我们不应该到蔡元培的思想库里，补上哲学学这一课吗？
在中国哲学史学科的初建阶段，取得的第一项成果是胡适著《中国哲学史大纲》（卷上），而第二项成果则是冯友兰著《中国哲学史》，上下两卷。如果说胡适著《中国哲学史大纲》是中国哲学史学科建设的开山之作的话，那么，冯友兰著《中国哲学史》堪称奠基之作。此书的影响力已经走出中国，遍及全球。荷兰裔美国人卜德与冯友兰合作，将此书译成英文，在许多国家出版发行。国外汉学家大都是借助这本书，对中国哲学史有所了解。韩国第一位女总统朴槿惠曾表示，冯友兰著《中国哲学史》对她有很大影响。第三项成果是张岱年著《中国哲学大纲——中国哲学问题史》，这是中国第一部关于中国古代哲学的大部头的专论。
以上三项标志性成果，都从现代哲学观出发，找到一条中国哲学史的研究路径，都为中国哲学史学科建设作出重要的贡献。概括地说，他们的研究路径，大体上可以区分为两种类型：一种可以叫作史通型，采取纵向进路；另一种可以叫作史论型，采取横向进路。