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完成采摘、剔除未成熟的咖啡果之后，需要将咖啡豆（种子）从果实中分离出来进行干燥处理，不然咖啡果会腐坏。部分咖啡种植户会自行处理咖啡果，而加入了大规模合作社的种植户，会将咖啡果送往集中处理站进行水洗或其他处理。通常有3种常见的处理方法，分别是：自然（日晒）处理法、水洗法、半水洗法（有时也叫蜜处理）。
自然（日晒）处理法
由于水资源匮乏或其他历史原因，一些地区惯用自然（日晒）处理法。具体做法是：将收获的咖啡果直接放在晒架上，经过大约20天的日照，鲜红的果实会失水、缩小、变黑。（日晒时需要定期耙一耙，确保每颗咖啡豆都能均匀地获得日照，同时避免果实发霉或发酵。）
等到咖啡果变干、变硬，果肉变得与葡萄干一般，就可以用机器将咖啡豆分离出来了。
水洗法
先将刚摘下的新鲜咖啡果铺在桌上，手工挑出未成熟的果实，或者将咖啡果倒进一个大水槽，未成熟的咖啡果（虽然果皮是红色，但里面的咖啡豆还没有发育好）会浮在水面上，撇去这一部分，就可以进行下一步——脱胶。脱胶机会将咖啡果劈开，分离咖啡豆和果肉，果肉会被集中到堆肥箱里自然分解，形成有机肥，被施回土壤。
脱胶后，咖啡豆表面还是会黏着一层果肉，或者说果胶，需要将其放进另一个空水槽，用塑料布盖上，发酵12～24小时，依靠天然酵母分解果肉中的糖分，去除黏着的果肉。
最后，用清水洗一遍咖啡豆，然后把豆子放在阳光下晒干。在中南美洲，晒干一般就是把咖啡豆倒在大院空地上，不过越来越多的生产者开始使用高出地面的晒架，这样更利于空气循环。晒豆大约需要21天，其间一定要仔细，温度不可太高。
巴拿马地区。
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巴拿马“洛拉洪庄园”里，蜜处理中的咖啡果。
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埃塞俄比亚贝鲁地区。
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卢旺达胡叶地区，水洗法的最后一步正在进行。 |
半水洗法（蜜处理）
巴西人发明的处理方法，用这种方法处理的咖啡豆可用来制作更多风格的咖啡饮品。此方法包含水洗法的第一步脱胶处理，然后将带有果胶的咖啡豆直接晒干。日晒阶段，果肉颜色会变深，根据表面果胶残留的多少，有的豆子变成红蜜（果胶残留多），有的变成黄蜜（果胶残留少）。通常，果胶残留越多，所需日晒时间越长，咖啡最终的风味也会越丰富、甜度越高。
不同处理方法对风味的影响
以不同方法处理的咖啡豆，经过烘焙，其风味在平衡度上会有差别。处理方法可以说是继产地和烘焙方式之后，对咖啡风味影响最大的因素。
水洗法： 这种方法处理的咖啡容易凸显其酸味，并具有轻盈至中等厚实度的口感，柑橘韵最突出。
自然（日晒）处理法： 处理后的咖啡味道最“狂野”。可以甜如糖浆，其水果韵类似炖煮过的水果味，处理得比较好的还会有轻微的辣味或“酒”味。
半水洗法（蜜处理）： 结合了上述两种方法的优点。酸味依然丰富，但是因为咖啡豆里保留了更多的糖分，酸味更为温和。同样，因为糖分高，可以像糖浆一般甜蜜、醇厚。经蜜处理的咖啡味谱跨度最广。
处理好的咖啡生豆要先储藏上30～60天，此时豆子表面仍然有一层干掉的、质感像纸的种皮（羊皮层）。在这段时间里，咖啡豆里的风味元素会逐渐成熟并趋于稳定，水分渐渐蒸发。羊皮层就像一件防风防潮的外套，保护着咖啡豆。
最后，将咖啡豆脱壳（干碾），去除羊皮层，用机器将咖啡豆以大小分级，然后就可以装袋运输了。
不论采用哪种处理方法，咖啡豆必须干燥至含水量低于12.5%。如果含水量高于此标准，咖啡豆容易发霉，品质也会下降。
含水量应该用湿度计测量，但小型种植户通常会嚼上一颗咖啡豆，用牙齿感受豆子的硬度，靠经验判断含水量。咖啡豆需接受2次湿度测试，第一次在脱壳工厂，第二次在进口商库房或烘焙厂——它们的目的地。
卢旺达胡叶地区，种植户在脱胶前挑除未成熟的咖啡果。 |
卢旺达卡布叶地区。
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卢旺达胡叶地区的咖啡水洗站，画面后方是脱胶区、发酵池和干燥预备区，前景是库房和晒架。
哥斯达黎加米西帕合作社，带壳豆干燥初期在后方的离地晒架上进行，之后移至前院空地上。
卢旺达胡叶地区，咖啡豆接受脱胶处理。 |
卢旺达的小型种植户在自己家中为咖啡脱胶。 |
