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由于药物性肺损伤症状常呈进行性加重，及早发现、及时诊断、停止应用有关药物显得尤为重要。应该及时评价这些药物的危险性，并根据药物的不良反应及时调整治疗方案。
药物是治疗疾病的重要手段，但是没有任何一种药物是完美的，几乎所有药物都能引发不良反应，一些药物在治疗疾病的同时甚至能引起严重的不良反应。当药物引起疾病时，停药不仅是诊断药物性疾病的重要方法，也是一种重要的治疗手段。值得一提的是，对于引起药物性肺疾病的药物是否可以再次使用，目前并没有统一的标准，但绝大多数医生建议禁用或者慎用。
糖皮质激素对于药物所引起的肺间质纤维化、过敏性肺炎、肺水肿等药物性肺疾病几乎均有效。尤其在某些诊断未明确的情况下，如难以鉴别是特发性肺间质纤维化还是药物性肺间质纤维化时，早期应用糖皮质激素治疗，可明显减轻症状，改善患者的一般状况，为疾病诊断及进一步治疗争取时间，并能改善预后。
对于已明确诊断的药物性肺疾病，如果药物代谢周期长、残留成分较多，可以应用拮抗剂，以抑制或减轻肺部损伤，如使用新斯的明拮抗氨基糖苷类抗生素引起的呼吸抑制，使用钙剂拮抗多黏菌素引起的呼吸衰竭。
不论是不是药物引起的药物性肺疾病，对症支持治疗都是治疗疾病的重要手段，包括吸氧、输液、镇静、解痉等。
对于有基础疾病及危险因素（如过敏性鼻炎和哮喘）的患者，还应该积极治疗基础疾病，消除药物性肺疾病的危险因素。