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日本经济近代化始于19世纪60年代。明治维新后，日本开始从西方发达国家引进、移植近代技术与制度，实行植产兴业的政策。经过半个多世纪，到二战爆发前，日本已经建立了较为稳定的管理通货制度和完善的金融体系。
在货币制度方面，明治政府于1868年在东京和大阪等地设立了八家兑换行，它既有商业银行的性质，又被赋予发行银行券的特权。但不兑换纸币的大量发行使之陷于困境，未经数年大部分停业。明治政府仿照美国，试图通过设立国立银行来整顿金融秩序。1872年颁布了《国立银行条例》，第二年又制定了《可兑换金币公债发行条例》，两条例规定：“国立银行允许自由成立，其资本金的60%可用政府纸币支付，银行将它交给政府换取等额的公债券，而后以公债券为抵押从大藏省获得等额的银行券的发行权；资本金的40%以金银通货支付，充当兑换的准备。”但由于政府纸币发行速度持续增长，使纸币价值低于铸币价值，引起挤兑现象。另一方面，1877年日本国内西南战争爆发，滥发纸币造成恶性通货膨胀，这使明治政府财政陷入危机，也阻碍了近代工业化的发展进程。整顿币制，建立正常的兑换制度迫在眉睫。1882年6月，明治政府颁布了《日本银行条例》，日本银行作为中央银行宣布成立，其目的不仅在于整顿币制，也在于逐步完善以中央银行为核心的银行体系及信用制度，以保证殖产兴业政策的实现。1883年日本修改《国立银行条例》，它规定国立银行从获得开业执照之日起营业满20年时即改为私人银行，这样逐步将银行券的发行权集中到中央银行。1885年日本银行开始发行可兑换银币的银行券。中日甲午战争后，日本政府利用巨额赔款于1897年颁布《货币法》和《银行券条例修改法》，建立了金本位制度，从1899年起，日本的货币被统一为日本银行发行的银行券。
在金融组织体系方面，明治政府最初设立了兑换所，其资金的大部分是不可兑换的政府纸币构成的政府贷款，兑换行在政府的保护下向贸易和生产提供大量的短期资金。1872年日本设立了国立银行，同时，地主和商人陆续成立了经营银行业务的公司，当时称为“类银行公司”。也有一些名为银行的私营金融机构成立，这促使政府加速金融法制化的进程。1890年日本颁布了《银行条例》，确立了普通银行的法律性质，普通银行获得迅速的发展。不久，许多“类银行公司”改制成为普通银行，早期设立的“国立银行”也陆续转为普通银行。
与普通银行同时发展的还有储蓄银行。1874年明治政府颁布《储蓄规则》，开始兴办邮政储蓄；1890年颁布《储蓄银行条例》，成立了日本第一家专业性的储蓄银行。同一时期，保险公司、信托公司及其他民间金融机构也逐步建立。1881年成立了最早的灾害险公司和人寿险公司；1906年成立了信托公司；1900年成立了信用组合制度；1901年在城市设立了互助性质的“无尽”组织。另一方面，在这一时期日本也建立了一些受政府保护的特殊金融机构，它们大多提供长期商业融资。主要有1880年成立的横滨正金银行，从事国际金融业务并对抗外国银行势力；1897年成立的日本劝业银行，为不动产抵押贷款银行；1900年成立的北海道拓殖银行；1902年成立的日本兴业银行，为向产业提供长期资金的债券发行银行；此外还有日本的海外殖民地银行，如朝鲜银行和台湾银行。随着金融组织的完善和发展，金融市场也逐渐形成。日本的短期金融市场是在票据交换制度的基础上产生的。殖产兴业政策下，日本建立了公司制度，1878年根据股票交易所条例设立了东京、大阪股票交易所，从事国债和股票的交易。但大企业发行的股票往往被同一财阀内部的企业所控制，而事业债又几乎为银行和信托公司所垄断，证券市场规模狭小，市场功能发挥不大。
从1897年到1931年是日本金融制度的发展和完善时期。在这一时期，日本作为日俄战争和第一次世界大战的战胜国获得大量的硬通货，日本银行面临如何调整货币资金的问题，1919年引入银行承兑票据的再贴现业务。为确保金融制度的稳定性，当局实行银行合并的政策，1927年制定了《银行法》，规定了银行资本的最低限度、业务范围、资金运用的限制，以谋求普通银行的健全化，这样普通银行的数目大大减少，大银行确定了支配地位。同时，日本1921年颁布了《储蓄银行法》，储蓄银行或与普通银行合并或改为普通银行，数目大幅度减少但业务更为规范。在其他民间金融机构方面，20年代日本颁布了《信托法》，完善了信用组合制度，制定了《无尽业法》，特殊银行的业务也有了较大的发展。在金融市场方面，由于出口业务的增加，短期资金的供求增加，短期金融市场异常活跃，交易方法日趋完善。在长期金融市场方面，第一次世界大战后，日本重工业迅速发展，大企业通过发行债券大量筹集资金，到1928年形成公司债券的黄金时期，公司债的发行余额超过股票。
从1931年到1945年是日本发动侵略战争和战败投降的时期。在这一时期，随着国际金融形势的变化，日本放弃了金本位货币制度，转向管理通货制度，实行低利率政策，并制定了严格的外汇管理法。1937年中日战争全面爆发，日本经济由准战体制转为战时体制。一方面，1941年政府改组日本银行，日本银行要按照政府的意图来调节货币金融，同时还须向政府提供无限制、无担保的贷款；另一方面，政府着手加强民间金融机构的合并并强化对其的统治，普通银行的数目进一步减少，确立了一县一行制，普通银行中的都市银行逐步沦为军需融资机构。对特殊金融机构也强化了统制，日本兴业银行成为重要军需资金供给者，日本劝业银行吞并了农工银行，设立了农林中央金库和商工组合中央金库，此外还成立了一些特殊机构来满足战争需要，如战时金融公库、共同融资银行、资金统合银行等。短期金融市场受到抑制，证券市场根据《临时资金调整法》，对公司的设立、增资、发行企业债实行强化管制，强化了排除投机、为重点产业动员资金的功能，证券市场的发展受挫。
二战结束后，日本的政治、经济、社会制度面临着巨大的变革。在美国的指导下，日本对其金融制度进行了全面的改革。1948年8月联合军司令部非正式提出了“有关根据新立法对金融机构实施全面改革的备忘录”，提出了重建完善的金融制度的改革方向。第一，日本银行于1949年成立了“政策委员会”，作为最高决策机构，它使中央银行向自主性、独立性迈进了一步。第二，确定了都市银行和地方银行为主的普通银行制，即少数大银行发展为都市银行，战时形成的一县一行改称为地方银行。第三，对战时建立起来的特殊金融机构进行解体。1945年关闭了日本的海外殖民地银行，横滨正金银行关闭后改为东京银行，转为普通银行（1954年转为外汇专业银行），日本劝业银行和北海道拓殖银行成为普通银行，日本兴业银行成为从事中长期业务的银行。第四，在其他金融机构中，改组成立了信用金库，将“无尽”组织改为“相互银行”，成立了“农林中央金库”。第五，设立新的政府金融机构，为促进经济的复兴，战后成立了“复兴金融公库”（1952年解散），50年代为补充民间金融机构资金力量的不足，许多政府金融机构重新创立，包括两家银行、十几家金融公库和公团、事业团等。
在战时和战后持续不稳的短期金融市场，从1950年起重新活跃起来，政府公布了《证券交易法》（1947年）和《证券投资信托法》（1951年），规定只有证券公司才能经营证券业务，1949年批准开放了9家证券交易所，其中在东京、大阪、名古屋3家交易所可进行全国性的证券买卖交易，实现了证券市场的规范化，1949年重新开始了公司债的发行。1954年，日本实行了金融和证券自由化的政策，进一步加强了金融机构和证券市场的竞争力，大大推动了证券市场的发展。
战后，随着经济环境的变化，日本的金融制度进行了重新组建，它既是经济发展的必然结果，也是经济发展的重要保证。
从1955年到20世纪70年代前期，日本经济进入了高速增长时期，金融制度发生了进一步的变化。第一，日本银行的货币政策手段进一步完善，1957年开始采用存款准备金政策，灵活使用贷款政策，补充性运用窗口指导，1962年进行债券的公开市场操作。第二，都市银行在高速增长时期起了主导作用，一县一行制的地方银行成为区域性的核心金融机构，并开始向中心城市扩展。第三，以信用金库等中小企业金融机构为中心的其他民间金融机构和保险公司、储蓄机构得到惊人的发展。第四，日本政府实行限制证券市场发展的政策，如对企业发行债券在资格和数量上进行严格审查，规定企业增发新股要按票面价格等，这实际上不鼓励企业直接从证券市场上筹资，企业不得不依赖长期信用银行。
这一时期的显著特点是金融领域内严格的限制性措施，政府实行长短期金融分离、银行业与证券业分离、银行业与信托业分离、国内金融市场与国际金融市场分离的政策，同时对存款利率、长短期贷款利率和债券发行利率进行直接控制。这时的金融制度起到了聚集资金、保证重点产业需求、促进经济增长的作用，也兼顾了中小企业和落后地区的资金需求。
20世纪70年代以后日本经济进入稳定增长时期，其经济结构已发生了重大的变化，而在战后建立起来的金融制度下，政府对金融业进行严格的限制，各种金融机构的业务领域相互分离，影响了资金的运用效率，金融业开始新的变革。表现在：第一，逐步实现了利率自由化，首先参照二级市场的价格确定国债的发行价格，实现了有价证券利率的自由化，随后对新型金融工具如大额可转让定期存单、投资基金等实行自由利率，最后在80年代末放开对存贷款利率的控制。第二，金融制度转向综合化，各金融机构突破原有的专业化分工，开始经营多种金融业务，金融工具和金融交易方式呈现多样化的趋势。第三，金融市场逐渐自由化，80年代放松了对证券市场的限制，取消了外汇管制，允许外国金融机构进入日本，日元实现了国际化。第四，日本金融机构向国际化方向发展，在国际金融领域占据重要的地位。
以往，日本“护送舰队”和“三大分离”的管理模式在抑制过度竞争、减少金融秩序混乱方面具有十分积极的意义，尤其是在战后资金匮乏的年代，这种以安定为最大使命的金融制度为日本经济的复兴作出了很大的贡献。但随着日本经济走向成熟化和国际化，日本金融制度缺乏透明度、对金融机构监管不严等弊端逐步显露出来。1986年至1990年期间，大量银行资金流入股票和房地产市场，助长了日本泡沫经济的膨胀，而随后资产价格的暴跌造成金融机构庞大的不良债权（官方披露为50万亿日元），大量的金融机构陷入破产、倒闭的境地。
为克服当前的金融危机，解决不良债权问题，1996年11月，日本桥本内阁通过了题为《我国金融制度的改革——2001年东京市场的复兴》的改革方案，决定加速推进包括进一步实现金融自由化在内的全面的金融制度的改革，将2001年作为改革的最后期限。其原则是自由、公平、国际化，目的是促使以间接金融为主的日本金融市场向以直接金融为主的欧美模式转化。改革涉及以下四个方面：
第一，修改1942年通过的《日本银行法》，加强其独立性和决策的透明度；在大藏省下设立金融监管局，专门负责对金融市场和机构的监管。
第二，金融组织形态的自由化。改革原有的分业管理体制，废除了外汇银行制度，取消普通银行与信托银行、长期信用银行的业务差别，解除对证券公司业务的限制，允许各金融机构通过直接扩大主营业务范围或间接控股参与的方式，相互渗透，加强竞争，提高效益。
第三，市场制度与交易规则的改革。例如，实行股票交易手续费的自由化，修改金融税制与会计制度，券商资格由许可制改为注册制，鼓励证券商之间的竞争等。
第四，推动金融产品的创新。在国内业务方面，允许设立综合账户和包揽账户，允许设立私募基金和公司型基金，允许开设私人银行业务，为个人从事资产运营管理。在外汇业务方面，1998年4月实施新的《外汇法》，外汇兑换业务完全开放，内外资往来自由化。
但是，到此为止，日本的金融制度改革并未实现推行金融自由化、彻底实行金融大改革、强化东京国际金融市场及增强金融机构的国际竞争力等预期目标。
2002年，小泉首相和竹中大臣推行的“激烈”的金融结构改革，可以说是源于1996年桥本内阁时期的“日本版金融大爆炸”。小泉内阁实施的金融结构改革与“金融大爆炸”的区别在于：“金融大爆炸”所作的是与放松金融管制促进金融自由化相关的金融法律、制度以及组织方面的变革，例如，修改《禁止垄断法》、《银行法》、《证券法》等，允许成立金融控股公司；由金融分业体制转变为金融混业体制；金融厅与大藏省分离，成为独立的统一金融监管机构等。这些改革对金融界的现状改变不大，不像金融结构改革对金融业乃至全社会都形成了一股强烈的“竹中冲击”。
“竹中流”的金融结构改革实际上是通过处理不良债权，把日本民间的和国有的金融机构来一个彻底洗牌，按照“适者生存”、“强者生存”的市场规律优胜劣汰的选择。这无疑是对金融界既得利益的一次严重的侵犯。与金融界和国民党主流派系激烈反对形成鲜明对照的是，这个改革得到了普通民众和舆论的大力支持。“竹中流”金融结构改革的重点如下：
首先，加速银行不良债权处理，实现民间银行再建。
当前围绕金融结构改革的最大问题就是对银行不良债权的最终处理。日本银行的不良债权到底有多少，至今也没有定论。政府向外公布的不良债权数字最多是70多兆日元，但是美国金融界相信日本的不良债权至少有100多兆日元。从不良债权随清随长的情况看，对于日本银行的不良债权问题日本历届政府也无法把握。从1992年至2001年，日本银行已经处理的不良债权的累积额已达72兆日元，但是还剩下32.5兆日元的风险管理债权。《东洋经济》杂志2002年12月发表的统计表明，截至2002年12月，日本全国银行有问题的债权约有135兆日元，其中全国不良债权的数字升至43.2兆日元。
在竹中制定的“金融再生计划”中，把“金融和产业的再生”与加速不良债权合并考虑，提出了至2004年底把日本主要银行的不良债权比率降低一半的目标。作为改革的配套组织措施，在存款保险机构之下成立了政府、民间对半出资组成的“产业再生机构”。该机构是企业债权审查和收购的主导方面。
其次，改革公共融资体制。
日本融资体系中的银行分为民间银行和国有银行两种。国有银行主要是邮政储蓄和相当于政策银行的国际协力银行以及各种金融公库。日本所谓的“公共资金”大部分就是邮政储蓄和在邮局办理的简易保险的资金，至2001年度末，邮政储蓄的存款总额达250兆日元，占日本个人储蓄总额的35%。政府从邮政储蓄中贷出的资金约为170兆日元，相当于日本融资总量的28%。正因为有如此充裕的公共资金的供给，才会有日本政府对公共资金的严重依赖，因此才会产生如此严重的财政赤字。由于这个原因，改革作为“公共资金”出口的公共融资体制就成为金融结构改革的重要一环。
2001年11月，总务省的“关于邮政事业公社化研究会”提出了对邮政事业特殊法人改造的中期报告书。预定到2003年把三大邮政事业团体改革为“日本邮政公社”（实际上，到2005年8月小泉内阁才正式实施），逐步实现民营化，由于实现民营化，今后在运营、规划方面也要受金融厅的统一监管，这样就切断了政府不受限制地使用“公共资金”的渠道。
另外关于政府系统的其他金融机构（各种金融公库）的改革，也在2001年6月颁布了《特殊法人等改革基本法》，12月制定了具体的《特殊法人整顿合理化计划》。通过特殊法人改革，将改变政府系统金融机构的政策银行的职能。
以上公共融资体制的改革不但成为金融结构改革的必要步骤，也成为财政结构改革的重要一环。政府失去了“公共资金”的来源，被迫向“小政府”转变，在这个意义上，改革公共融资体制不但对金融结构产生重要影响，在政治、行政体制改革方面的影响也是极其深远的。
从近两年来日本的经济表现来看，作为政治改革，小泉实施的结构改革无疑是有效的，而他的金融制度改革却没能成功。不仅如此，金融危机反而加深了：一方面，政府为推进金融改革，对银行进行了特别检查，为测定不良债权数额，制定了严格的审查标准。中小金融机构的破产增加，不良债权处理的问题日趋严重，银行担心被国有化的程度加深。另一方面，通货紧缩的不断加剧带来的是日本经济进一步的混乱，股价持续下跌，市场对经济和金融改革的评价不容乐观。
日本的金融组织结构可以由图1-3来表示：
图1-3 日本的金融组织结构
日本的中央银行是日本银行，成立于1882年，其总行设在东京。日本银行私人持有的股份占45%。日本银行的总裁、副总裁由内阁任命，须接受大藏大臣的监督。日本银行的最高决策机构为政策委员会，其成员由日本银行总裁、大藏省、经济企划厅及都市银行、地方银行、工商业和农业的代表共七人组成，它负责货币政策的制定和实施。
在日本，属于商业银行性质的金融机构主要是都市银行和地方银行，它们构成了民间金融机构的主体，日本的银行法中称其为普通银行。它们之间在法律上没有区别。都市银行规模较大，总行设在大城市，在全国范围内经营，多由旧财阀体系的银行和过去的特殊银行、地方银行发展而成，目前共有13家；地方银行总行设在都、道、府、县内的中心城市，业务限于所在地，近年来有所拓展。
由于日本金融体系实行分业化经营，其专业性金融机构十分庞大，主要有三类，即长期信用金融机构、中小企业金融机构和农林渔业金融机构。
长期信用金融机构有长期信用银行和信托银行两类。长期信用银行有3家（即日本兴业银行、日本长期信用银行和日本债券信用银行）；信托银行有7家（即三菱、住友、三井、安田、东洋、中央、日本信托银行），它们以提供长期贷款为主。中小企业金融机构有五类，它们是相互银行、信用金库、信用组合、劳动金库和商工组合中央金库，它们的共同点是以中小企业为主要融资对象。农林渔业金融机构有农林中央金库、农业协同组合和渔业协同组合三种。
此外，日本原有专业的外汇金融机构即东京银行，它是根据《外汇银行法》于1954年建立的，专门从事外汇交易和外贸融资业务（日本的普通银行经大藏省审批也可兼营外汇业务）。长期以来，东京银行是唯一从事日本政府外汇存款业务的银行，也是政府对外金融业务的代理机构，现已与三菱银行合并成为普通银行。
它们的共同点是不吸收存款，而是通过发行证券、保险单或从银行贷款来获取资金，但资金运用差别很大。它们也称为非银行金融机构。种类有证券投资信托公司、委托公司、保险公司、住宅金融公司、消费者信用机构、风险资本公司、证券公司、证券金融公司和短资公司等。
它是指由政府提供资金或由债务担保，原则上不接受存款的非盈利性的金融机构。日本的政策性金融机构十分发达，分工较细，它向民间金融机构无意提供资金或资金投入不足的领域进行融资和担保，从而保证社会经济的正常运转、国民生活的安定。主要机构有邮政局（它是唯一接受存款的政府金融机构）、政府开办的银行（有日本开发银行和日本输出入银行2家）、海外协力基金会、政府金融公库（包括国民金融公库、中小企业金融公库、中小企业信用保险公库、环境卫生金融公库、农林渔业金融公库、住宅金融公库、公营企业金融公库、北海道东北开发公库、冲绳振兴开发金融公库9家）、政府融资事业团（共有8家）、公团（石油公团、地区振兴整备公团、船舶整备公团3家）等。
日本金融制度的最高决策层是大藏省和日本银行，大藏省主要通过行政手段管理金融体系，而日本银行则采用经济手段进行管理、调节和监督。在法律上，日本银行隶属于大藏省，为实现日本银行的目标，大藏大臣在认为特别必要时，可对日本银行发布一定的业务命令。但实际上并不这样做，政府在货币政策委员会中的代表也无表决权，日本银行具有较高的独立性。
日本实行的是“单元多头”（也称“单线多头”）的金融监管体制，即银行的监管权集中在中央，地方没有独立的权力，在中央这一层次上由两家或两家以上监管机构共同负责的监管模式。该模式反映了国家权力集中的特性和权力制衡的需要。以1998年通过的《新日本银行法》为新的起点，日本开始对其金融监管体制进行大幅度的机构调整和改革。
在日本金融体系中，银行业占据支配的地位。日本经济高速增长时期，为支持输出、投资为导向的经济倍增计划，对金融业实行低利率及业务分离的政策，以降低融资成本，防止金融业的过度竞争，但同时也使债券市场和股票市场发展受阻，从而形成发达的间接融资体制。特别是20世纪60年代，通过间接融资提供的资金占企业资金需求的93%左右，到80年代前期仍占87.1%。80年代中期，日本对金融业的限制开始放松，但长期形成的间接金融占优势的特点并未发生根本性改变，普通银行“超贷”
现象严重。70年代以来，日本经济进入低速增长期，企业资金的需求减少，与“超借”有关的银行业“超贷”现象有所缓解。
日本近代化过程中，政府对银行制度采取按资金需求分业设置的原则，形成了民间金融机构各自独特的业务领域。
1. 银行业与信托业、证券业相分离。普通银行不能办理任何信托业务，由1952年成立的信托银行办理现金信托、证券信托和贷款信托；同时，战后禁止普通银行办理除国债、地方政府债券和政府担保债券以外的所有证券业务，一般证券业务由证券公司经营。
2. 长短期金融业务分离。1890年日本银行条例将普通银行定为商业银行，从事短期融资，又设立劝业银行、兴业银行等特殊银行从事不动产抵押等长期金融业务；1952年的长期信用银行法，再次设立了通过发行金融债券从事长期业务的金融机构。
3. 民间金融机构的服务对象有明确的分工。表现在以下方面：一是城市与地方金融相分离，都市银行主要对全国和大城市提供金融服务，而地方银行则提供区域性金融服务；二是大企业与中小企业金融相分离，都市银行、长期信用银行和信托银行主要面向大工商企业，而中小企业则由地方银行、专业性的金融机构及政府金融机构提供融资；三是工农业金融相分离，对农、林、渔业的资金融通由专设的民间和政府金融机构负责。
与其他西方各国相比，日本的政策性金融机构不仅种类繁多，而且资金雄厚，在社会经济中发挥重要的作用。从类型来看，有邮政局（2万多家营业机构）、海外协力基金、银行（2家）、金融公库（9家）、政府融资事业团（8家）、公团（3家）。1990年政府金融机构贷款相当于同期都市银行贷款余额的44%，它们专业性强，多投向基础产业、人民生活、中小企业和农林渔业等部门。