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社会存在着犯罪，就必须对之进行追究和惩罚，否则，就不能保障公民的生命、财产和其他合法权利不受侵犯，不能保障国家的安全和维护社会秩序的稳定，这就需要国家通过刑事诉讼行使刑罚权对犯罪加以惩罚。因此，追究犯罪、惩罚犯罪是刑事诉讼的直接目的的一个方面。
为了保证及时有效地追究犯罪、惩罚犯罪，我国《刑事诉讼法》规定，公安机关或者人民检察院发现犯罪或者犯罪嫌疑人，应当立案侦查（第107条）。人民检察院对公安机关应当立案侦查而不立案侦查的案件，应当通过法律监督促使公安机关对犯罪的追究。对于犯罪事实清楚、证据确实充分、依照法律需要追究刑事责任的案件，公安机关应当移送检察机关审查起诉，检察院应当提起公诉，人民法院应当作出有罪判决（《刑事诉讼法》第160条、第172条、第195条）。
但是，惩罚犯罪只是刑事诉讼目的的一个方面，刑事诉讼目的的另一个方面则是保障人权。《牛津法律大辞典》对人权的定义是：“人权，就是人要求维护或者有时要求阐明的那些应在法律上受到承认和保护的权利，以使每一个人在个性、精神、道德和其他方面的独立获得最充分与最自由的发展。”人权被认为是当代国际社会获得普遍承认的价值和政治道德观念，尊重和保障人权已经成为评价一个国家民主法治文明程度的标杆。
我国《宪法》第33条第3款规定：“国家尊重和保障人权。”根据《宪法》的规定，《刑事诉讼法》第2条把“尊重和保障人权”列为刑事诉讼法的一项重要任务。刑事诉讼领域内的保障人权，可以从三个层面去理解：第一个层面是保障犯罪嫌疑人、被告人和罪犯的权利，防止无罪的人受到刑事法律追究，防止有罪的人受到不公正的处罚；第二个层面是保障所有诉讼参与人、特别是被害人的权利；第三个层面是通过对犯罪的惩罚保护广大人民群众的权利不受犯罪侵害。其中第一层面保障被追诉人的权利是保障人权的重心所在。
刑事诉讼中的人权保障之所以非常重要，是因为国家专门机关在追究、惩罚犯罪的过程中，往往自觉不自觉地超越权力、甚至滥用权力，从而侵犯了诉讼参与人的权利，特别是犯罪嫌疑人、被告人的权利，导致错追错判，严重损害了司法公正。正因为如此，世界上任何民主法治的刑事诉讼法，都着重规定了旨在保障人权的各种原则、制度和程序，以把惩治犯罪的权力的使用关在制度的笼子里。我国的《刑事诉讼法》也是如此，它规定了“保障无罪的人不受刑事追究”的任务，规定了平等权、辩护权原则，规定了不得强迫自证其罪原则和非法证据排除规则等一系列保障人权的原则、制度和程序。随着我国社会主义民主法制建设的不断发展，我国《刑事诉讼法》中的人权理念和制度保障将进一步加强和完善。
从权利和义务在法律关系中的地位来说，应当以权利为本位。法律规定公民的义务，从根本上说是为了更好地保障公民的权利，满足公民不断增长享受权利的要求。进行刑事诉讼，惩罚犯罪，从根本上说，也是为了保护人民，保障人权。但从刑事诉讼法的具体任务和直接目的来说，则不能把惩罚犯罪放在次要的位置，因为刑事诉讼的进行是以存在犯罪并应当追究为前提的。当然，也不能以削弱、牺牲人权保障为代价去追求和强化揭露犯罪、惩罚犯罪的效果。
综上，惩罚犯罪和人权保障，构成了刑事诉讼法目的两个方面的对立统一体，两者结合，不可片面强调一面而忽视另一面。刑事诉讼法应当把惩罚犯罪和保障人权两者妥善地加以协调，有机地结合在一起。此理念在中央政法机关文件中多次得到体现，例如，两院三部《办理死刑案件意见》明确指出，办理死刑案件应当“坚持惩罚犯罪与保障人权相结合”。
公正（正义）
是人类社会所追求的首要价值目标。在各种社会公正中，社会体制即社会基本结构的公正无疑是起决定性作用的公正。
司法公正则在社会公正中占有十分重要的地位，它是维护社会正义的最后一道屏障，是体现社会正义的窗口，是司法机关的灵魂和生命线。
司法公正，又称诉讼公正，分程序公正和实体公正两个方面。程序公正，即过程公正，指诉讼程序方面体现的公正。刑事案件的程序公正，其具体要求主要是：（1）严格遵守刑事诉讼法的规定。当然，这是以刑事诉讼法的公正内容为前提的。如果立法不公，执法越严越不公正，这是不言而喻的。（2）认真保障当事人和其他诉讼参与人，特别是犯罪嫌疑人、被告人和被害人的诉讼权利。（3）严禁刑讯逼供和以其他非法手段取证。（4）真正实现司法机关依法独立行使职权。（5）审前程序尽量透明，审判程序公开。（6）在审判程序中，控辩双方平等对抗，法庭居中裁判。（7）按法定期限办案、结案。以上七点，第一点可以说是形式上的程序公正，后六点可以说是实质上的程序公正。实体公正，即结果公正，指案件实体的结局处理所体现的公正。刑事案件的实体公正，其具体要求主要是：（1）据以定罪量刑的犯罪事实必须根据证据准确地加以认定，做到证据确实充分。（2）正确适用刑法，准确认定犯罪嫌疑人、被告人是否有罪及其罪名。（3）认定犯罪嫌疑人、被告人有罪或罪重在事实上法律上发生疑问的，应当从有利于被追诉人方面作出处理。（4）按照罪刑相适应原则，依法适度判定刑罚。（5）已生效的裁判得到合理有效的执行，使实体公正最后得以真正实现。（6）对于错误处理的案件，特别是无罪错作有罪处理的案件，依法采取救济方法及时纠正、及时补偿。由此可见，程序公正和实体公正各自有其独立的公正内涵和标准，不能互相代替。而且我们必须要注意：当事人启动诉权、参与诉讼，其目的主要不是追求过程的公正，而是为了在结果上有一个有利于自己的公正裁决。司法实践中，当事人不服一审判决提起上诉的，或者对已生效裁判提出再审申诉的，其理由绝大多数是实体不公。
程序的价值首先在于保证实体价值的实现。如果程序的设计和实施是公正的，那么大多数情况下得出的实体结论会是公正的。我国的《刑事诉讼法》为了准确及时地查明犯罪事实，正确地定罪量刑、惩罚犯罪、保护无辜，从诉讼原则、规则、制度和程序方面作了较系统的规定，并在两次修改中不断加以完善。但是，不论程序设计得多么完善，执行程序多么严格，实体公正也未必能完全实现，美国学者罗尔斯说：“关键的是有一个决定什么结果是正义的独立标准，和一种保证达到这一结果的程序。”“审判程序是为探求和确定这方面的真实情况而设计的，但看来不可能把法规设计得使它们总是达到正确的结果。”
因此，司法工作人员在诉讼过程中不能只满足于追求程序公正，而是要进一步认真实现实体公正的目标。
程序价值的第二个方面在于它的独立价值，即程序公正本身直接体现出来的民主、法治、人权和文明的精神，它不依附于实现实体公正而存在，本身就是社会正义的一种重要内容。犹如球赛的规则不仅为了保证较有实力的球队获胜——实体价值，而且要使球赛本身进行得更文明更精彩，观赏性更大——程序价值。公正的刑事诉讼程序，例如文明取证、公开审理、保障辩护权等，一方面直接体现司法活动的民主和人权精神，体现看得见的正义，同时保证案件的处理客观公正。因此，程序公正既是手段，又是目的。
程序独立价值也体现在它的终局性上。诉讼虽然必须努力追求实体公正，但不能没完没了，否则既影响效率，更导致司法权威的丧失。因此，在一定情况下，宁可以牺牲实体公正为代价去维持已生效裁判的稳定性，维护司法的权威性。例如冤假错案必须纠正；但量刑偏轻偏重的已生效刑事裁判就不必提起审判监督程序加以纠正。
另外，程序独立价值还体现在增加当事人对案件处理的实体结果的可接受程度上。如果程序不公，即使结果公正，有时当事人仍不理解、不接受而导致上诉、申诉；相反，如果程序公正，实体处理略有缺憾，也可能使当事人采取理解、容忍的态度而息讼。但是如果实体处理发生严重不公，如定罪发生根本性错误或量刑明显不当，这种情形下，即使程序公正，也无法或难以平息当事人心灵上的不平而必然继续寻求种种纠错的方法。
关于实体公正和程序公正的关系，外国学者见仁见智，莫衷一是。在美国，程序优先比较盛行。如美国一位著名大法官曾这样说：“只要程序适用公平，不偏不倚，严厉的实体法也可以忍受。”
但也有学者认为程序的手段作用更重要。他们说：“尽管程序也促进了一些独立于实体法目标的价值，但是庞德归纳出了一切程序性体系以实现实体法为存在的理由这一特征，在这一点上他无疑是正确的。”
大陆法系国家的学者则较多持实体和程序并重论。如德国的一本权威教科书指出：“在法治国家的刑事诉讼程序中，对司法程序之合法与否，被视为与对有罪之被告、有罪之判决及法和平之恢复，具有同等之重要性。”
我们认为，程序公正和实体公正，总体上说是统一的，但有时不可避免地发生矛盾。在二者发生矛盾时，在一定的情况下，应当采取程序优先的原则，例如非法证据排除规则、程序的终局性等，但在某种情况下，又应当采取实体优先的原则，例如非法证据的自由裁量规则，又如由于错误地认定事实或适用法律，造成错判错杀，冤枉无辜，这种情况下，一旦发现，就必须纠错平反，并且给予国家赔偿，而不受终局程序和任何诉讼时限的限制。总之，程序公正和实体公正如车之两轮，鸟之两翼，互相依存，互相联系，不能有先后轻重之分。这在我国中央政法机关发布的相关文件中也得到确认。如2003年11月12日最高人民法院、最高人民检察院、公安部联合下发的《关于严格执行刑事诉讼法，切实纠防超期羁押的通知》第1条明确指出：“进一步端正思想，牢固树立实体法和程序法并重、打击犯罪和保障人权并重的刑事诉讼观念……”当然，实体和程序的并重不是静态的机械的并重，而是动态的辩证的并重，即应当从实际情况出发对两者的价值取向有所侧重和调整。我国长期存在着“重实体、轻程序”的理念和做法，当前应当着重予以纠正。并应当在立法上和司法上建立程序制裁制度，以保证程序公正。所谓程序制裁，是指专门机关办理刑事案件违反法定程序，其行为结果视为无效，如非法证据排除等。
刑事诉讼的基本职能分为控诉、辩护和审判三种。在现代民主法治国家的刑事诉讼中，这三种基本职能的互相关系可概括为：控审分离、控辩平等对抗和审判中立的理念。
控诉是指向法院控告被告人的罪行并要求法院通过审判确定被告人有罪并加以处罚。控诉职能主要由国家的公诉机关——检察机关承担，被害人或其他单位、个人也可以行使。在我国，公诉案件由人民检察院向人民法院提起公诉，自诉案件由被害人及其代理人向人民法院起诉。控审分离就是指控诉职能和审判职能必须分别由专门行使控诉权的机关或个人以及专门行使审判权的机关来承担，而不能把两种职能集中由一个机关或一个人来承担，如果没有法定控诉机关或个人的起诉，法院就不能主动审判任何刑事案件，被动性是审判的一个重要特点。这也就是所谓不告不理原则。
在古代纠问式的诉讼模式中，没有专门的公诉机关，控诉职能和审判职能是由一个司法机关行使的。近代的司法改革，确立了控审分离原则，这是刑事司法制度史上的一个重大进步。控审分离的意义不仅在于使国家司法机关内部有明确具体的分工，有利于强化国家追诉犯罪的能力，提高公诉的质量；更主要的在于使审判机关中立化，从而保证审判机关客观公正地审理和裁判案件。
在刑事诉讼中，行使辩护职能是为了针对控诉在实体上和程序上提出有利于犯罪嫌疑人、被告人的事实和理由以维护其合法权利。辩护职能由犯罪嫌疑人、被告人及其所委托的辩护人来行使。在现代刑事诉讼中，不仅要设置辩护职能与控诉职能相对抗，而且双方应当诉讼地位平等地相对抗，这是辩护职能能否充分发挥作用的关键。因为行使控诉权的国家专门机关不论在权力、手段和物质条件上都明显超过被追诉人，从实际力量对比来说，双方是难以对抗的。正因为如此，国家制定刑事诉讼法时必须刻意构建控辩双方诉讼地位平等的程序，以保证辩护权的有效行使。当然，控辩平等对抗集中体现于审判程序，而在侦查、审查起诉程序中，则应根据程序运作的特点适用这一理念。
审判中立是对审判的基本要求，也是审判职能的基本特征。刑事审判中立是指审判者不仅不能由控辩双方的主体或与案件有直接、间接利害关系的人来担任，而且审判者应当对控辩双方不偏不倚，保持等距离的地位，即控辩审三者之间的关系应当保持等腰三角形的结构。审判只有中立才能公正，无中立就无公正可言。为了保证审判中立，控审必须分离，而且控辩双方主体在审判中的诉讼地位必须平等。
综上可见，控审分离、控辩平等对抗和审判中立，互相联系，它构成控辩审三者之间最科学最合理的关系，它是现代刑事诉讼的基本理念和要求，是实现司法公正的基本保证。
诉讼效率是指诉讼中所投入的司法资源（包括人力、财力、设备等）与所取得的成果的比例。讲求诉讼效率要求投入的司法资源取得尽可能多的诉讼成果，即降低诉讼成本，提高工作效率，加速诉讼运作，减少案件拖延和积压的现象。在市场经济中，任何企业只有不断提高效率，才能在竞争中立于不败之地并得到发展，司法工作尽管不同于企业，但也必须注意提高效率，因为国家投入于司法中的资源毕竟是有限的，远不能满足司法的需要。现代的发达国家，如美、英、德、日等国，均普遍感到司法经费的紧张，像中国这样的发展中国家，更是如此。提高诉讼效率不仅为了节约司法成本、缓和办案经费的紧张，更重要的是为了使犯罪分子及时得到惩罚，无罪的人早日免受刑事追究，被害人也可及时得到精神上和物质上的补偿，从而更有效地实现刑事诉讼法的任务。如果办案拖拉，超期羁押，即便案件最后得到正确处理，司法公正也必然受到严重影响。贝卡利亚在谈到刑罚的及时性时指出：“惩罚犯罪的刑罚越是迅速和及时，就越是公正和有益。”“我说刑罚的及时性是有益的，是因为：犯罪与刑罚之间的时间间隔得越短，在人们的心中，犯罪与刑罚这两个概念的联系就越突出、越持续，因而，人们就很自然地把犯罪看做起因，把刑罚看做不可缺少的必然结果。”
现代诉讼都把效率视为诉讼中的基本理念和价值要求，并在一些诉讼立法中加以规定。例如，《日本刑事诉讼法》第1条规定“本法的目的”包含有“正当而迅速地适用刑罚法令”的内容。《美国联邦刑事诉讼规则》第2条规定：“本规则旨在为正确处理每一起刑事诉讼提供规则，以保证简化诉讼，公正司法，避免不必要的费用和延缓。”多年来，西方国家在效率理念的指导下，对诉讼程序进行了许多改革，如美国大力推行辩诉交易、德国扩大有罪不起诉的案件范围等。我国的《刑事诉讼法》第2条也规定了“准确、及时地查明犯罪事实”的内容，而且我国《刑事诉讼法》还从诉讼期限、轻罪不起诉和简易程序等多方面体现诉讼效率的理念。但在效率问题上我国刑事诉讼明显不适应现实需要而有待从观念上、制度上进一步加以解决。
在刑事诉讼中，公正与效率的关系，应当是公正第一、效率第二。罗尔斯说：“某些法律和制度，不管它们如何有效率和有条理，只要它们不正义，就必须加以改造和废除。”
此话有点绝对，但有一定合理性。在刑事司法中，应当在保证司法公正的前提下追求效率，而不能因为图快求多，草率办案而损害程序公正和实体公正，甚至发生错案现象。如果发生错案，事后加以纠正和赔偿，反而损害了效率。当然，公正的优先地位不是绝对的，在一定情况下，为了效率，不得不对公正的价值作出适当的牺牲，例如简易程序等。但是这种牺牲不能过分，否则，就违反司法的基本要求了。