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印度洋连接四大洲和两大洋，是海上交通的重要通道，自古以来就是海盗出没的地区。从16世纪开始，欧洲航海家开辟了从欧洲经大西洋，绕过好望角，横渡印度洋到亚洲的新航路。西方殖民者葡萄牙、西班牙、荷兰和英国相继进入印度洋，占领印度洋沿岸以及东南亚的重要港口，与中国开展海上贸易。西方殖民者组织远征军，采取海盗手段，抢夺商船，袭击印度洋沿岸地区、掠夺人口、贩卖奴隶等。经过几个世纪的殖民扩张，西方殖民者在印度洋沿岸建立了殖民政权，控制了欧洲和中国海上贸易通道，赚取了巨额的利润。
西方殖民者残酷的掠夺与剥削，损害了印度洋沿岸土著的利益，迫使土著势力使用暴力来捍卫自己的传统海上利益。1717年，大英帝国将破坏其在亚洲贸易的土著势力，称为海盗（Piracy），当时“海盗”一词带有强烈的殖民主义偏见。
从18—19世纪，随着东西方海上贸易不断发展，海上交通运输的贵重商品，成了沿海土著觊觎的目标，东南亚地区出现了大批以掳掠为生的职业海盗团伙，如伊朗努（Iranun）和巴朗吉吉（Balangingi） 海盗集团，东南亚地区进入了历史上海盗最猖獗的时期。
西班牙、荷兰和英国殖民者使用先进的火器和蒸汽船，联手打击东南亚海盗，以打击海盗的名义进行殖民扩张，巩固在东南亚的殖民统治基础。经过近百年的努力，直到20世纪初，大规模海盗活动已经平息。
从20世纪70年代起，海盗在印度洋东岸即东南亚地区死灰复燃，海盗问题再次引起人们的关注。20世纪70年代到80年代末，印度洋东岸的海盗以泰国海盗袭击泰国湾越南船民为特征。 20世纪90年代到2001年“9·11”事件前，马六甲海峡和南中国海地区的海盗，以“幽灵船”作案方式为特征，即海盗劫持商船，倒卖船上的货物，改变商船的外观，重新注册成为一艘“幽灵船”，利用这艘“幽灵船”从事海上走私、偷渡和贩毒等犯罪活动。“9·11”事件之后到2005年，打击海盗成为国际打击海事恐怖主义活动的重要内容，东南亚海盗得到了有效的遏制。2005年至今，印度洋西岸、索马里沿岸和亚丁湾地区成为海盗猖獗地区，索马里海盗以抢夺船只索取巨额赎金为特征。