20世纪90年代,泰国湾的海盗案件逐渐平息,马六甲海峡和南中国海地区成了海盗活跃的地区。马六甲海峡和南中国海地区的海盗,比较突出的是“幽灵船”方式的海盗袭击。 “幽灵船”的犯罪方式,一般由跨国海盗犯罪集团来实施。跨国犯罪集团通过遍布世界港口的情报网,搜集货轮及其装载货物的信息,确定袭击的目标,然后派遣海盗在海上劫持货轮,转手倒卖船上的货物,改变货船的外观和船名,重新注册,更名后的船被称为“幽灵船”(Phantom Ship)。犯罪分子将“幽灵船”用于其他海上犯罪形式,如海运欺诈、走私、贩毒等。据估计,一艘抢夺来的“幽灵船”能给犯罪集团带来4000~5000万美元的收益。
根据国际海事局的报告,20世纪90年代末,发生在马六甲海峡附近的 “幽灵船”案件,是由5个跨国海盗团伙策划的,这些跨国犯罪集团的网络遍布于印尼、马来西亚、新加坡、菲律宾、台湾地区、中国大陆和香港地区。例如,1998年11月20日,印尼情报组织(Guskamar Armabar)在新加坡附近的印尼巴淡岛(Batam),抓获一名化名为“王先生”的海盗头子。根据“王先生”的供述,他的老板是中国香港商人,其他同伙分别在马来西亚和台北。该犯罪团伙在作案前,先在目标船上安插线人,了解船上的货物情况。然后在海上发动袭击,劫持船只,将货物运往中国大陆销赃,对劫来的船进行改装,改变船名、外观等,重新注册,用于其他不法活动。