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1856年5月6日，西格蒙德·弗洛伊德诞生于摩拉维亚弗莱堡市（现属德国）的一个中产阶级犹太家庭。弗洛伊德的祖辈早年定居在科隆，由于犹太人遭到大肆迫害，他们不得不背井离乡，向东逃难一直到立陶宛。19世纪，他们离开立陶宛，穿过加西里亚，迁返回来。
弗洛伊德的父亲雅各布是一位心地善良、乐于助人的犹太商人。雅各布在弗莱堡市和他的祖父西斯金合伙做些小生意，他们经营布匹、羊毛、蜂蜜等物品，生意还不错，因此生活比较宽裕，但并没有多少资产。
弗洛伊德诞生时，他的父亲雅各布已经40岁了。但母亲非常年轻，看上去像是弗洛伊德的姐姐。她是雅各布的第二任妻子，比雅各布小20岁。雅各布和前妻生有两个男孩，弗洛伊德的母亲为雅各布生了8个孩子，弗洛伊德是最大的一个。
弗莱堡的自然景观和犹太人的意识形态都对弗洛伊德以后的生活有很明显的影响。雅各布经常带着小弗洛伊德到附近的茂密森林去玩，那是从喀尔巴阡山一直伸展而来的森林。 这些经历使得弗洛伊德对大自然强烈的喜爱之情迅速滋长。后来，他回忆这段时光时说：“这些满足了我智慧上和美学上的需要。”他曾写道：“我在城市里从未真正感到舒适，无论任何时候，我都难以忘怀我家附近的美丽树林……”
犹太人的血缘、心理、信仰、智慧，像日出日落一样成为弗洛伊德生活的一部分。母亲对宗教的虔诚之心对弗洛伊德产生了尤为深刻的影响，使他笃信犹太人的宗教。后来，他把民族的重要性看得仅次于他的“精神分析说”。他经常强调：“我的父母亲是犹太人，我自己也一直保有犹太人的传统。”
雅各布的乐观性格对弗洛伊德也产生了不可忽视的影响。在弗洛伊德女儿的心目中，她父亲最突出的性格就是单纯，这完全遗传自雅各布。弗洛伊德酷爱事物的单纯化结构，并因而怀抱着某种想把一切都还原成最简单的元素的愿望。
1859年，奥意战争爆发。弗洛伊德全家人离开了弗莱堡，他们先到达德国的莱比锡，后来又迁往维也纳。维也纳是欧洲最著名的文化中心之一，在音乐、哲学、文学、经济各个方面都取得了闻名世界的成就。这时，维也纳正在发生着巨大的转变，富丽堂皇的环形大街被建设起来，宽广的大道把城市和多瑙河连接在一起。
迁往维也纳时，弗洛伊德4岁，他们全家住在简陋的公寓里。在这里，犹太人随时会受到敌对分子的侮辱和突然袭击。所以，弗洛伊德在成长的过程中，始终受到反犹主义的威胁。这种环境使弗洛伊德慢慢地形成了坚强、抗争的性格。
人口众多的弗洛伊德家的日子越来越艰难。弗洛伊德的两个异母哥哥伊曼努尔和菲力浦带着他们的妻儿搬到英国的曼彻斯特去了。伊曼努尔和菲力浦在那里开了家毛织品工厂，并迅速地发展起来。弗洛伊德一直向往英国，在他的心目中英国是自由的国度。英国对弗洛伊德而言，的确具有特殊意义，因为他生命的最后时刻就是在那儿度过的。